烟草黄矮双生病毒基因组突变体间的持久性互补和功能研究

应用基因突变技术,在烟草黄矮双生病毒（Ｔｏｂａｃｏｙｅｌｏｗｄｗａｒｆｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ,简称ＴｏｂＹＤＶ）基因组的正义和反义链引入或缺失碱基,从而构建成一系列移码突变体。这些突变体在个别感染的情况下,全部丧失了系统侵染三生烟植株的能力,但是,成对地进行接种,能发生持久的互补作用,重新获得系统侵染的能力。突变体的互补作用发生在重组之前。在个别感染的叶块组织中,各种反义链突变体丧失了复制能力,然而,突变体Ｖ１－、Ｖ２－和Ｖ１－Ｖ２－能高度复制,表明反义链读码框编码产物为复制所必需,Ｖ１和Ｖ２读码框编码产物与复制无关,而为病毒的转移所必需。从Ｖ１－和Ｖ２－转化叶块中再生转基因植株,发现Ｖ１－和Ｖ２－都能在植株中维持复制,但是,只有Ｖ１－引起典型的病症,表明Ｖ１编码产物与病症出现无关。这些结果将为发展ＴｏｂＹＤＶ为载体,在寄主植物中高度复制和表达外源基因提供依据。     

烟草黄矮双生病毒中双向启动子的活性及其调节控制

将烟草黄矮双生病毒（ＴｏｂＹＤＶ）中双向启动子的区域,以不同长度的片段和方向插入启动子分析载体ｐＧ１,与ＧＵＳ报道基因和ＮＯＳ终止子融合。同时,将各个ＴｏｂＹＤＶ读码框区域插入表达载体ｐＡＲＴ７中,置于ＣａＭＶ３５Ｓ启动子和ＯＣＳ终止子之间。用电穿孔法将各种启动子构建物个别地或者与读码框构建物成对地导入烟草和玉米原生质体,以考察ＴｏｂＹＤＶ启动子控制下ＧＵＳ基因瞬间表达的活性,以及ＴｏｂＹＤＶ的读     

小麦黄矮病毒GPV株系的提纯及血清学研究

小麦黄矮病是危害我国小麦生产的一种重要病毒病害。国内对此病毒的形态结构和提纯方法方面的研究工作已有报道。但对广为应用的蔗糖密度梯度离心法纯化该病毒、提纯病毒的产量估算以及血清学检测技术的研究报告却极少。本文报道我们有关这方面的研究     

水稻矮缩病毒基因组数据库的构建

二级数据库的构建是生物信息学新的重要领域。目前部分生物的基因组序列测定完成后,正在进行广泛而深入的结构和功能研究,使二级数据库的重要性显得日益突出。水稻矮缩病毒是一种在日本、中国和东南亚感染水稻的病原微生物,给农业生产造成很大损失。根据国际和国内对水稻矮缩病毒基因组的研究,利用已有的基因序列和结构、功能等方面的数据,以计算机网络为载体,参考国际通用数据库的格式,尝试建立一个简洁的、友好的通用性好而且专用性强的二级数据库：水稻矮缩病毒基因组数据库。希望能够为研究普通水稻矮缩病毒的粒子结构、基因表达调控、致病机理和防治方法提供一个良好的工具,为从事水稻矮缩病理论和应用研究的工作者提供方便和帮助,并为探索二级数据库的构建积累经验。     

烟草脉扭病毒基因组部分序列的克隆和分析

烟草脉扭病毒（Tobacco vein distorting virus,TVDV）是引起烟草丛顶病的两种病毒之一。TVDV被归为黄症病毒科的暂定成员。应用黄症病毒科的通用引物和根据马铃薯卷叶病毒属成员核酸序列设计的简并引物,通过RT－PCR从烟草丛顶病烟株总RNA中扩增到了TVDV基因的部分序列。序列分析获得了长度为1654bp的序列,编码推测的TVDV复制酶基因的部分序列,外壳蛋白基因及运动蛋白基因的全部序列。根据这三个基因编码的氨基酸序列构建的分子进化树分析表明,TVDV为黄症病毒科的确定成员。根据其基因间隔区的长度特征和各ORF编码的氨基酸的分子进化分析,我们推测TVDV应当是马铃薯卷叶病毒属的一个新成员。这是TVDV的分子生物学特征的首次报道。     

水稻瘤矮病毒基因组S9片段的基因结构特征

应用RT-PCR技术克隆了水稻瘤矮病毒(RGDV)中国广东信宜分离物(RGDV-C)的基因组S9片段,测定了全序列并进行了生物信息学分析.结果表明,RGDV-C S9片段全长共有1202bp(登录号AY556483),含有一个长的开放阅读框,这一开放阅读框编码一个由323个氨基酸残基组成的多肽,推测分子量约35.6kDa,与泰国分离物(RGDV-T)的全序列相比,它们的核苷酸长度相等,核苷酸同源性为98.1%,氨基酸同源性为98.5%.RGDV S9片段编码的Pns9蛋白在植物呼肠孤病毒属内未发现同源蛋白,其功能尚待确定.利用NCBI的BLAST查找与比较,发现Pns9与伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi)ATP依赖的Clp蛋白水解酶组分[ATP-dependent Clp protease proteolytic component(clpP-1)]有21.8%的氨基酸序列同源性.     

水稻瘤矮病毒基因组S9片段的基因结构特征

应用RT-PCR技术克隆了水稻瘤矮病毒(RGDV)中国广东信宜分离物(RGDV-C)的基因组S9片段,测定了全序列并进行了生物信息学分析。结果表明,RGDV-C S9片段全长共有1202bp(登录号AY556483),含有一个长的开放阅读框,这一开放阅读框编码一个由323个氨基酸残基组成的多肽,推测分子量约35.6kDa,与泰国分离物(RGDV-T)的全序列相比,它们的核苷酸长度相等,核苷酸同源性为98.1%,氨基酸同源性为98.5%。RGDV S9片段编码的Pns9蛋白在植物呼肠孤病毒属内未发现同源蛋白,其功能尚待确定。利用NCBI的BLAST查找与比较,发现Pns9与伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi)ATP依赖的Clp蛋白水解酶组分[ATP-dependent Clp prote-ase proteolytic component(clpP-1)]有21.8%的氨基酸序列同源性。     

烟草脉扭病毒基因组部分序列的克隆和分析

烟草脉扭病毒(Tobacco vein distorting virus,TVDV)是引起烟草丛顶病的两种病毒之一.TVDV被归为黄症病毒科的暂定成员.应用黄症病毒科的通用引物和根据马铃薯卷叶病毒属成员核酸序列设计的简并引物,通过RT-PCR从烟草丛顶病烟株总RNA中扩增到了TVDV基因组的部分序列.序列分析获得了长度为1654 bp的序列,编码推测的TVDV复制酶基因的部分序列、外壳蛋白基因及运动蛋白基因的全部序列.根据这三个基因编码的氨基酸序列构建的分子进化树分析表明,TVDV为黄症病毒科的确定成员.根据其基因间隔区的长度特征和各ORF编码的氨基酸的分子进化分析,我们推测TVDV应当是马铃薯卷叶病毒属的一个新成员.这是TVDV的分子生物学特征的首次报道.     

大麦黄矮病毒GAV基因组全序列测定及其结构分析

测定了在中国分离得到由麦二叉蚜和麦长管蚜传播的大麦黄矮病毒GAV的基因组核苷酸全序列, 该病毒分离物的RNA由5685个核苷酸组成, 内含6个开放阅读框架(ORF)和4个非编码区(UTR), 基因组大小和结构与黄症病毒属(Luteovirus)的大麦黄矮病毒PAV(BYDV-PAV)和MAV(BYDV-MAV)相似. 序列分析表明, 它与BYDV-MAV的PS1分离物基因组序列的同源性最高. 在6个开放阅读框架中, 除ORF6核苷酸序列同源性为72.0%外, 其他ORF的核苷酸序列同源性均大于90%. 两者全基因组的同源性为90.4%. 推导的编码产物氨基酸序列同源性除P6和通读蛋白(RTP)分别为67.4%和87.4%外, 其他均大于90%, 其中外壳蛋白(CP)为95.5%. 根据与BYDV-MAV的相似性, BYDV-GAV应是一种与BYDV-MAV类似的病毒.     

大麦黄矮病毒分子生物学的研究进展

大麦黄矮病毒（ＢａｒｌｅｙＹｅｌｏｗＤｗａｒｆＶｉｒｕｓ,ＢＹＤＶ）是黄矮病毒组（Ｌｕｔｅｏｖｉｒｕｓ）中的一员。它只能通过蚜虫传播,广泛流行于北美、欧洲、东亚的大麦产区。大麦黄矮病主要引起大麦矮化,抑制分蘖,减少穗数,造成不孕以至不能结实。除大麦外...     

水稻黄矮病毒基因2的核苷酸序列

从水稻黄矮病毒基因组的ｃＤＮＡ文库中,获得了包含邻接核衣壳蛋白基因的基因２的克隆,并测定了其核苷酸序列。ＲＹＳＶ基因２的５‘端起始序列推测为５’ＡＡＣＡＣ－３‘,该起始序列与ＲＹＳＶ其他基因及其他弹状病毒基因的５’端起始序列高度同源。     

烟草曲叶双生病毒的研究 I．广西分离物的生物学特性和血清学反应

烟草曲叶病已在广西九个产烟县(市)发生危害,一般为零星发生,局部地区平均发病率高达50％以上,造成严重经济损失。试验结果表明,此病仅可通过嫁接和烟粉虱(Bemisiatabaci)传染,而汁液摩擦、种子和中国菟丝子((Cuscuta chinesis)不传病。除普通烟(Nicotianatabacum)外,还可侵染枯斑三生烟(N.tabacum var.xanthi N)、番茄(Lycopersicon esculentum)和蔓陀罗(Datura stramonium)等鉴别寄主,产生典型的曲叶症状。ELISA检测结果表明,病烟叶提取液与非洲木薯花叶病毒(ACMV)的两个单抗(SCR 18和SCR 23)呈阳性反应,而与另外两个单抗(ACMV SCR 11和ICMV(印度木薯花叶病毒)SCR 52)呈阴性反应,用ACMV单抗SCR 18免疫吸附法制片,在电镜下观察到球状成对或单个的病毒颗粒,单颗粒直径为18nm,成对颗粒大小为15—18x 25—30nm。     

草鱼出血病病毒基因组体内转录的研究

本文采用α-[~(32)p]ATP标记物在鱼肾细胞系(CIK)系统中,对草鱼出血病病毒(Grass carp hemorrhage virus,GCHV)基因组进行了体内转录的研究。通过放线菌素D抑制宿主细胞基因组的转录活动,从感染病毒细胞中分离出病毒的mRNA,分别采用液相杂交和Nortbern blot方法检查病毒mRNA的转录情况。试验结果表明,GCHV含有内源性转录酶,其基因组的转录活动是在病毒感染细胞后4小时开始,由早期基因所转录,8—10小时获得晚期基因的转录产物。这些mRNA的大小、数目大体上与病毒基因组一致。     

从烟草上分离的中国番茄曲叶病毒及其卫星DNA全基因组结构特征

本研究从具有典型曲叶病症状的广西靖西烟草病植株上分离到病毒分离物JX-2,全基因组序列测定结果表明,JX-2 DNA-A 全长2 738个核苷酸,共编码6个开放阅读框架(open reading frames,ORFs),其中病毒链编码AV1 (CP)和AV2两个ORFs,互补链编码AC1、AC2、AC3和AC4 共4个ORFs.BLAST结果表明,JX-2 DNA-A与中国番茄曲叶病毒(Tomato leaf curl China virus,ToLCCNV)各分离物的相似性在93.0%~99.7%之间,其中与ToLCCNV广西番茄分离物ToLCCNV-G32的相似性最高,达99.7%,而与其它双生病毒的同源性均在88.0%以下,表明JX-2是ToLCCNV的一个分离物.基于JX-2和已报道的双生病毒属代表种DNA-A全基因组核苷酸序列构建的系统进化树显示,JX-2与ToLCCNV-G32分离物的亲缘关系最近,并与ToLCCNV其它分离物形成一个分支,而与其它10种双生病毒的亲缘关系均相对较远.利用双生病毒卫星DNAβ的特异性引物β01/β02在JX-2样品中扩增到DNAβ分子(JX-2β),全长为1 341个核苷酸,其互补链编码1个ORF (即βC1),并包含一个富含A序列和一个卫星病毒保守序列.序列分析表明,JX-2β与ToLCCNV伴随的DNAβ的相似性在91.0%~96.1%之间,其中与ToLCCNV-G61DNAβ和ToLCCNV-G18 DNAβ的相似性最高(96.1%),与其它卫星DNAβ的相似性均低于61.8%.基于JX-2β全基因组核苷酸序列构建的系统进化关系树显示,JX-2β与ToLCCNV G61分离物伴随的DNAβ亲缘关系最近,并形成一个独立的分支,再与ToLCCNV 其余两个分离物伴随的DNAβ形成一个较大的分支.这是首次报道从烟草中分离到的中国番茄曲叶病毒及其伴随卫星DNA分子的全基因组结构特征.     

大麦黄矮病毒的冰核活性与作物霜冻的关

对大麦黄矮病毒(Barley Yellow Dwarf Virus,BYDV)的冰核活性,以及它的侵染与作物霜冻的关系进行了研究.利用人工摸拟霜箱,测试了接种BYDV的小麦等作物植株的霜冻温度,并用ELISA法检测了供试植株的病毒含量.结果表明,接种样品与对照相比,感病品种的霜冻温度升高1—2℃以上,抗病品种的霜冻温度变化不大.离体叶片测定结果表明,“中7902”的叶片中,病毒含量与霜冻温度成正相关,说明BYDV可以起到异源冰核(heterogeneous ice nuclei)的作用,它的侵染能影响作物的抗霜冻能力.用“Vali小液滴冻结法”检测提纯的BYDV,证明BYDV具冰核活性,从而首次发现病毒也能起到生物冰核的作用.     

黄地老虎颗粒体病毒的研究VI．均一完整的AsGV DNA的制备和鉴定

本文采用氯化铯密度梯度一步离心,直接从纯化包涵体抽提出均一、完整的AsGV(Agrotissegetum granulosis virus)DNA分子。电镜观察和限制性内切酶二种方法测得AsGV DNA基因组大小为112．Okb。     

小麦丛矮病毒基因组5′端尾随区的克隆及序列分析

根据已知的弹状病毒聚合酶Ｌ蛋白分子中一段高保守的８个氨基酸顺序ＥＧＬＲＱＫＧＷ,合成简并的２４核苷酸引物,用锚定ＰＣＲ方法从小麦丛矮病毒（ＷＲＳＶ）基因组中扩增出包含全长５′尾随（ｔｒａｉｌｅｒ）区和部分Ｌ蛋白基因的ＤＮＡ片段,并克隆到ｐＵＣ１９Ｔ载体上,经测序,获得全长的ＷＲＳＶ基因组５′尾随区顺序。     

韭葱黄条病毒、洋葱黄矮病毒和胡葱黄条病毒六安分离物CP基因克隆及同源性分析

设计特异性引物PCR扩增了六安大蒜病样中的韭葱黄条病毒(Leek yellow stripe virus,LYSV)、洋葱黄矮病毒(Onion yellow dwarf virus,OYDV)和胡葱黄条病毒(Shallot yellow stripe virus,SYSV)的全长CP基因,插入到pGEM-T载体并测序。分别比较3种病毒CP基因种内变异性和种间亲缘关系。结果表明LYSV六安分离物CP基因由864个碱基组成,与Genbank上已报道的68个LYSV不同分离物CP基因的核苷酸序列同源性为76.12%～84.31%;OYDV的CP基因由771个碱基组成,与Genbank上已报道的86个OYDV不同分离物同源性为81.06%～90.40%;SYSV的CP基因由774个碱基组成,与Genbank上已报道的11个SYSV不同分离物CP基因同源性为88.63%～94.32%;从分析结果来看,LYSV的CP基因不同分离物之间变异性较大,OYDV CP变异性不大,SYSV变异性很小;3种病毒都有1个以上的宿主,病毒种内不同宿主分离物之间CP序列差异很小。进化分析显示OYDV和SYSV的CP基因亲缘性较近并成簇,LYSV的CP基因与OYDV和LYSV的CP基因亲缘性较远。