NME1在皮肤黑色素瘤中的表达及其与临床预后的相关性分析

为探讨非转移性细胞1(NME1)基因在皮肤黑色素瘤（SKCM）中的表达及其与临床预后的相关性，通过GEPIA数据库及UALCAN数据库分析NME1在SKCM组织中的表达；通过GSCA数据库、GEPIA数据库和TIMER数据库分析NME1表达水平与SKCM患者总生存率的相关性；通过cBioPortal数据库分析SKCM患者中NME1基因的突变情况及其与患者总生存率的相关性；通过STRING数据库分析可能与NME1相互作用的蛋白，并利用Metascape数据库对其进行功能富集分析；通过TIMER数据库分析SKCM中NME1的表达水平与免疫细胞浸润水平的相关性。结果显示：NME1在SKCM组织中表达水平明显高于正常组织；NME1的高表达与转移性SKCM患者较低的总生存率显著相关；NME1基因变异与SKCM患者总生存率无明显相关性；NME1及其相互作用蛋白主要参与ARF6运输通路、嘌呤代谢、细胞发育的调节、DNA代谢等生物学过程；转移性SKCM中NME1的高表达与CD4+T细胞、CD8+T细胞、中性粒细胞、巨噬细胞和树突状细胞较低的免疫浸润水平相关。本研究表明，在转移性SKCM患者中，NME1...     

FN1在GBM中的表达差异及对预后的影响

[目的]探究纤维连接蛋白1(Fibronectin 1,FN1)在多形性胶质母细胞瘤(GBM)中的表达情况及对患者预后的影响,为GBM的早期诊断和治疗提供生物标志物。[方法]CCLE数据库分析FN1在不同肿瘤细胞系中的表达;UALCAN和GEPIA2数据库分析FN1在GBM肿瘤组织和正常组织中的表达差异;The Human Protein Atlas数据库分析FN1蛋白在GBM肿瘤组织和正常组织中的表达;GEPIA2数据库分析FN1在肿瘤组织中的异常表达对GBM患者总体生存率和无病生存率的影响;DAVID 6.8在线软件对FN1相关基因进行KEGG通路富集。[结果]在所有类型肿瘤细胞系中,GBM肿瘤细胞系中FN1 mRNA表达水平中排第八;FN1在GBM肿瘤组织中的表达高于正常组织(***P<0.001和*P<0.05),并且FN1高表达后GBM患者的总体生存率和无病生存率均降低(P=0.028和P=0.0056);KEGG分析结果表明与FN1正相关的基因富集通路有57个,癌症通路位于第三位。[结论]FN1在GBM中明显上调,是GBM诊断和预后的有效生物标志物。     

胰腺癌中CDK1的表达与预后的生物信息学分析

为探讨胰腺癌的发病机制并为胰腺癌的防治提供生物信息学依据,用GEO2R在线工具分析GSE16515中胰腺癌患者肿瘤组织和相应正常组织的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),通过DAVID数据库对DEGs进行GO分析和KEGG通路富集分析,然后通过STRING数据库构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,用Cytoscape软件进行关键基因(hub基因)筛选和功能模块分析,并在GEPIA数据库对hub基因进行验证,用CCLE数据库检测靶基因在胰腺癌组织及细胞系中的表达水平。分析结果显示胰腺癌中筛选出的376个DEGs主要涉及细胞周期、p53信号通路、蛋白质消化吸收、ECM-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路、血小板激活信号通路。GEPIA数据库验证结果显示10个hub基因均在胰腺癌组织中高表达,其中8个hub基因与胰腺癌患者的不良预后有关。CCLE数据库检测结果显示周期蛋白依赖性激酶1 (cyclin-dependent kinase 1, CDK1)在胰腺癌组织和细胞中均有较高的表达水平。本研究结果表明CDK1可能与胰腺癌的发生发展最为相关,为进一步探究胰腺癌的发病机制提供了生物信息学依据。     

同源异型盒1基因促进乳腺癌细胞增殖和侵袭

同源异型盒1 (sine oculis homeobox homolog 1,SIX1)基因参与多种肿瘤调控,在乳腺癌发生发展过程中发挥了重要作用,但具体机制仍有待探讨.本研究目的 在于分析SIX1基因在乳腺癌中的表达情况,研究其在乳腺癌细胞增殖与侵袭过程中所发挥的作用并探讨作用的机制.TCGA数据库和GEPIA2在线...     

基于生物信息学分析Notch3通路在胃肠道肿瘤中预后作用

本文旨在探讨Notch3通路基因在胃肠道肿瘤中预后的作用。通过Timer和GEPIA数据库在泛癌水平探索Notch3表达模式;利用GEO数据库中GSE31168和GSE11417芯片数据集,基于Spearman相关性分析和差异表达分析,对Notch3通路关键基因进行筛选;基于TCGA-STAD和TCGA-COAD数据集探索Notch3表达水平和胃癌、结肠癌患者生存的关联;应用Notch3特征基因进行胃癌和结肠癌风险评估模型构建。结果显示,Notch3在胃癌和结肠癌组织中的表达均高于对照的。胃癌Notch3表达水平与DLL1、DLL3、HEY1、HEYL、FLT4成正相关性,且Notch3、DLL1、DLL3、HEY1、HEYL、FLT4的高表达也与胃癌的预后不良呈正相关。利用结肠癌GSE11417研究表明,结肠癌Notch3表达水平与DLL1、DLL3、HEYL、FLT4成正相关性,且Notch3、DLL1、DLL3、HEYL、FLT4的高表达与结肠癌的预后不良成正相关。依据Notch3、DLL1、DLL3、HEYL和FLT4特征基因,构建的胃癌和结肠癌风险评估模型在TCGA中具备预后...     

人结肠癌SW480细胞裸鼠皮下移植瘤DcR3基因的RNA干扰及其作用

目的:观察DcR3基因小干扰RNA(siRNA)对人结肠癌SW480细胞裸鼠皮下移植瘤DcR3基因表达的影响。方法:建立结肠癌SW480细胞裸鼠皮下移植瘤模型,瘤体注射脂质体与DcR3siRNA混合物,转染DcR3siRNA,免疫组织化学及RT-PCR检测观察DcR3基因的表达。结果:建立了结肠癌SW480细胞裸鼠皮下移植瘤模型;治疗后,治疗组移植瘤明显减小,空白对照组、阴性对照组肿瘤体积显著大于治疗组(P<0.01);各组肿瘤组织中DcR3基因均有不同程度的表达,治疗组表达程度明显低于阴性对照组及空白对照组(RT-PCRP<0.05,免疫组化P<0.01)。结论:人结肠癌SW480细胞在裸鼠皮下有良好的成瘤性;脂质体与DcR3siRNA混合物可特异性抑制结肠癌裸鼠皮下移植瘤内DcR3基因的表达。     

Neuronatin在人体常见肿瘤中的表达及对肿瘤细胞增殖的影响

目的:研究印记基因Neuronatin(NNAT)在人体常见肿瘤中的表达情况及其两种编码产物NNATα和NNATβ对肿瘤细胞增殖的影响。方法:运用组织芯片免疫组化技术对一些人体常见肿瘤及其对应正常组织中NNAT的表达进行系统检测;同时利用腺病毒载体技术,将NNATα和NNATβ分别导入人结肠癌细胞系SW620,并用实时细胞分析仪和平板克隆实验分析细胞增殖能力的变化。结果:①免疫组化结果显示:NNAT在食道鳞癌,结肠腺癌,直肠腺癌,胰腺腺癌,乳腺非特殊性浸润性导管癌,宫颈鳞癌,子宫内膜癌,膀胱移行上皮癌,肺鳞癌,皮肤鳞癌以及前列腺腺癌11种肿瘤组织,肾上腺,皮肤,睾丸,脑,骨骼肌,胰腺6种正常人体组织,以及慢性结肠黏膜炎与慢性肝炎2种炎性组织中呈阳性。②体外细胞增殖实验结果显示,NNATα对人结肠癌肿瘤细胞增殖有一定的抑制作用。结论:NNAT基因在多种人体肿瘤组织中表达,其α片段的表达对于结肠癌细胞系SW620增殖具有轻微抑制作用。     

NHP2调控肝癌细胞衰老机制的生物信息学分析

为了探讨核糖核蛋白NHP2在肝细胞癌（hepatocellular carcinoma, HCC）中的表达情况,了解其与疾病进展与预后的关系,通过Quick Go、GEPIA 2在线数据库筛选HCC细胞衰老的差异表达基因并确定了研究对象基因NHP2;进一步使用STRING、TIMER 2.0、UALCAN数据库等生物信息学方法分析NHP2在泛癌中的差异表达以及在肝癌和其他泛癌中病理进展过程中的相关性,并预测预后生存关系;使用miRNet数据库分析其靶向miRNAs和lncRNAs,应用Cytoscape v3.8.0绘制可能的CeRNAs调控网络图。结果显示,在线数据库检索到细胞衰老相关生物学过程相关基因113个,HCC差异表达基因2 206个,共有19个差异表达基因参与了肝癌细胞衰老的生物学过程。其中,NHP2在包括HCC的多种癌症中显著高表达,NHP2高表达的肝癌人群预后较差,具有统计学差异。NHP2基因编码的互作蛋白有10个,主要参与了1个信号通路（KEGG信号通路）、6个分子功能（molecular function,MF）、11个细胞组分（cellular component...     

PLA2G7基因在宫颈癌中的表达及与临床预后和免疫浸润的关系

通过多种肿瘤数据库和生物信息学方法分析磷脂酶A2-Ⅶ(PLA2G7)的基因在宫颈癌中的表达与预后及免疫浸润的关系。利用cBioPortal、GEO、GEPIA2、TCGA数据库分析PLA2G7基因的遗传变异、表达情况及其与患者预后的关系。利用基因集富集分析(GSEA)和基因集变异分析(GSVA)方法研究TCGA中宫颈癌患者PLA2G7表达的生物学功能及参与的信号通路。通过TIMER数据库分析PLA2G7表达与免疫浸润细胞及其标记基因之间的相关性。结果显示：与正常宫颈组织相比,PLA2G7在宫颈肿瘤组织中高表达;PLA2G7的高表达显著富集在趋化因子信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、T细胞受体信号通路等免疫相关通路上;PLA2G7高表达与总生存期(OS)的延长相关(log-rank P=0.030);亚组分析表明,PLA2G7高表达在年老组、stageⅠ&stageⅡ和G3&G4中与较长的OS相关;PLA2G7表达与宫颈肿瘤组织中CD4⁺T细胞、CD8⁺T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞的浸润水平呈正相关,并与免疫细胞...     

Recent advances in the study of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus replication and pathogenesis

It has now been over twenty years since a novel herpesviral genome was identified in Kaposi's sarcoma biopsies. Since then, the cumulative research effort by molecular biologists, virologists, clinicians, and epidemiologists alike has led to the extensive characterization of this tumor virus, Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus(KSHV; also known as human herpesvirus 8(HHV-8)), and its associated diseases. Here we review the current knowledge of KSHV biology and pathogenesis, with a particular emphasis on new and exciting advances in the field of epigenetics. We also discuss the development and practicality of various cell culture and animal model systems to study KSHV replication and pathogenesis.     

The structure, reproduction and taxonomy of Vidalia and Osmundaria (Rhodophyta, Rhodomelaceae)

Comprises species occurring mostly in subtidal habitats in tropical, subtropical and warm-temperate areas of the world. An analysis of the type species, V. spiralis (Sonder) Lamouroux ex J. Agardh, a species from Australia, establishes basic characters for distinguishing species in the genus. These characters are (1) branching patterns of thalli, (2) flat blades that may be spiralled on their axis, (3) width of the blade, (4) primary or secondary derivation of sterile and fertile branchlets and (5) position of sterile and fertile branchlets on the thalli. Application of the latter two characters provides an important basic method for separation of species into three major groups. Osmundaria , a genus known only in southern Australia, was studied in relation to Vidalia , and its separation from the Vidalia assemblage is not accepted. Species of Vidalia therefore are transferred to the older genus name, Osmundaria. Two new species, Osmundaria papenfussii and Osmundaria oliveae are described from Natal. Confusion in the usage of the epithet, Vidalia fimbriala Brown ex Turner has been clarified, and Vidalia gregaria Falkenberg, described as an epiphyte on Osmundaria pro/ifera Lamouroux, is revealed to be young branches of the host, Osmundaria prolifera.     

New or rare chromosome counts in Artemisia L. (Asteraceae, Anthemideae) and related genera from Kazakhstan

Fifteen chromosome counts of six Artemisia taxa and one species of each of the genera Brachanthemum, Hippolytia, Kaschgaria, Lepidolopsis and Turaniphytum are reported from Kazakhstan. Three of them are new reports, two are not consistent with previous counts and the remainder are confirmations of very scarce (one to four) earlier records. All the populations studied have the same basic chromosome number, x = 9, with ploidy levels ranging from 2x to 6x. Some correlations between ploidy level, morphological characters and distribution are noted.     

肝癌中HBV和HCV基因和抗原的分布及意义

采用原位分子杂交方法检测HCV RNA及HBV X基因;采用免疫组织化学方法研究HCV核心抗原,非结构区C33c抗原及HBxAg在肝细胞肝癌中的定位及分布.结果表明(1)HCV RNA、HBV X基因在肝细胞肝癌组织检出率分别为40%(55/136)和82%(112/136).HCV RNA定位于癌细胞的胞浆内,阳性细胞呈散在、灶状及弥漫分布三种形式;HBV X基因在肝癌细胞中的分布呈胞浆型、核型及核浆型,阳性细胞也呈上述三种分布形式;(2)HCV C33c抗原、核心抗原在肝细胞肝癌中的阳性率为81%(133/164)及86%(141/164).C33c抗原定位于癌细胞及肝细胞的胞浆内;核心抗原既定位于癌细胞核中,又可定位于胞浆中.C33c抗原阳性细胞以灶状分布为主;而核心抗原阳性细     

Selection with two alleles and complete dominance

For a plant selection model with frequency-independent viabilities, fertilities and selfing rates, it is shown that apart from global fixation, for certain parameter combinations a protected polymorphism and facultative fixation (either allele may become fixed according to initial frequencies) may both occur. Facultative fixation requires different selling rates for the dominant and recessive type. Protection of the polymorphism requires resource allocation for male and female function. In this connection the problem of purely genetically caused population extinction is discussed.
For general frequency dependence and regular segregation, the chances for establishment of a completely recessive gene are compared to those of a completely dominant gene. It is proven that the process of establishment of the recessive gene, despite a fitness advantage, may be considerably endangered by drift effects if random mating prevails. The recessive gene may reach the same effectivity in establishment as a dominant gene, only if the recessive homozygote mates exclusively with its own type during the period of establishment.