黔北人群TGFα基因多态性与非综合征性唇腭裂的相关性研究

本研究旨在探讨黔北地区人群TGFα基因3个SNP位点的多态性及其与非综合征性唇腭裂的相关性。采用PCR和测序方法对86个对照儿童(其中核心家系41例)和116个NSCL/P儿童(其中核心家系52例)的TGFα基因rs11466297、rs473698和rs115055578 3个SNP位点进行扩增和测序;对样本群体进行Hardy-weinberg平衡检测,对2组人群进行基因型频率、等位基因频率比较及OR分析;对病例组核心家系进行HHRR和TDT检验。对照组与病例组人群rs11466297基因型均为AA野生型,rs473698位点包含GG型、GC型和CC型,rs115055578位点基因型均为GG野生型。对于rs473698位点,对照组和病例组均符合Hardy-Weinberg平衡法则(p>0.05),2组人群的基因型和等位基因频率分布差异均无统计学意义(p<0.05);rs473698位点未发现传递不平衡现象(p>0.05)。黔北地区人群TGFα基因rs11466297和rs115055578位点以野生纯合型为主,rs473698位点具有多态性,但其多态性与黔北地区人群区非综合征性唇腭裂的发生可能没有相关性。     

中国北方人群TCF7L2 基因多态性与血脂谱的相关性

目的:研究中国北方人群TCF7L2基因rs11196218和rs290487多态性的分布特点及其与血脂谱的相关性。方法:对1255例中国北方人群TCF7L2基因进行单核苷酸多态性检测,同时检测其血脂水平,分析血脂水平与上述基因的相关性。结果:在中国北方人群中TCF7L2基因rs11196218位点AA,AG和GG基因型频率分别为6.61%,39.68%和53.71%,等位基因A、G频率分别为26.45%和73.55%;而rs290487位点TT,CT和CC基因型频率分别为37.45%,45.98%和16.57%,等位基因T,C频率分别为60.44%和39.56%。rs11196218A/G与血清低密度脂蛋白、总胆固醇水平具有相关性(P≤0.05),而rs290487C/T与血脂水平无相关性(P0.05)。结论:在中国北方人群中存在TCF7L2基因rs11196218A/G和rs290487C/T单核苷酸多态性,且其变异频率大,rs11196218A/G与血脂异常相关。     

COL1A1及IGF-1基因与中国北方汉族人群高度近视相关性研究

目的:探讨I型胶原α1链(collagen I alpha-1,COL1A1)基因和类胰岛素生长因子-1 (insulin-like growth factors-1, IGF-1)基因与中国北方汉族人群高度近视的相关性。方法:收集2011年10月~2017年1月经我院眼科视光学中心诊疗的高度近视眼患者286例(病例组)及正常对照者201例(对照组),病例组按照眼球中轴长度分为A组(眼轴长度≥27 mm)126例和B组(眼轴长度27 mm)160例。用血液基因组DNA提取试剂盒提取受试者外周静脉抗凝血中的基因组DNA,采用多重PCR反应和基因测序得到目标片段COL1A1基因的多态位点rs2075555、rs2075554、rs2269336、rs1107946、rs1007086,IGF-1基因的多态位点rs12423791、rs10860860、rs2946834、rs6214的碱基序列,用卡方检验和Logistic回归分析的方法分析病例组和对照组之间各基因分布的差异。结果:病例组和正常对照组COL1A1基因的单核苷酸多态性位点的基因型频率和等位基因频率均无显著性差异(P0.05)。病例组和正常对照组IGF-1基因的rs12423791位点的基因型频率和等位基因频率有统计学差异(P=0.016),其他3个位点的单核苷酸多态性位点均无显著性差异(P0.05)。病例A组和对照组及A组和B组之间COL1A1基因的5个单核苷酸多态性位点分布均无显著性差异(P0.05),IGF-1基因的rs12423791位点有统计学差异(P=0.033)。结论:胶原类基因COL1A1的多态性与中国北方汉族人群高度近视的发生无显著相关性,IGF-1基因的rs12423791位点的多态性与中国北方汉族人群高度近视的发生有显著相关性。     

白细胞介素23 受体基因rs6682925 多态与冠心病发病的相关关系

目的:本研究探讨白细胞介素23受体(Interleukin 23 Receptor,IL23R)基因单核苷酸多态位点(rs1884444与rs6682925)与中国北方汉族人群冠心病发病的相关关系。方法:本研究采用病例-对照的设计方法,收集568名冠心病患者以及45岁以上、年龄及性别匹配的524名正常对照个体为研究对象,采用测序法检测IL23R rs1884444与rs6682925单核苷酸多态性基因型,分析IL23R基因rs1884444与rs6682925单核苷酸多态位点的基因型及等位基因的分布情况。结果:IL23R rs6682925与rs1884444单核苷酸多态位点的基因型频率符合Hardy-Weinberg定律。IL23R基因rs6682925单核苷酸多态位点的三种基因型分布频率(CC型,TC型和TT型)在冠心病组为22.9%,39.6%和37.5%,在对照组分别为41.7%,47.2%和11.1%,IL23R基因rs6682925单核苷酸多态位点C等位基因是冠心病发病的一个独立的危险因素(P0.05);IL23R基因rs1884444单核苷酸位点的基因型和等位基因的频率在对照组和冠心病组之间不存在统计学差异(P0.05)。Logistic回归校正性别、年龄、体重指数、吸烟、高血压、高脂血症、糖尿病等冠心病的易患因素后,IL23R基因rs6682925 C等位基因仍是冠心病发病一个独立危险因素。结论:在中国北方汉族人群中,IL23R基因rs6682925 C等位基因可能是冠心病发病的独立危险因素。     

中国北方汉族人群核呼吸因子-1基因+141G/T单核苷酸多态与冠心病发病的关联研究

目的:本研究旨在探讨IRF-1基因+141 G/T单核苷酸多态位点与中国北方汉族人群冠心病发病的相关关系。方法:本研究采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性对经过冠脉造影证实的冠状动脉有一条主要分支狭窄大于70%的675例冠心病患者和经过冠状动脉造影证实冠状动脉狭窄小于20%或完全正常的636例对照患者进行检验检,分析核呼吸因子IRF-1基因+141G/T单核苷酸多态位点的基因型和等位基因频率在两组间的分布情况。结果:核呼吸因子IRF-1基因+141 G/T单核苷酸多态位点三种基因型(GG型,GT型和TT型)在中国北方汉族人群冠心病组的分布频率分别为53.8%,36.2%和10.1%,在对照组的分布频率分别为45.6%,46.2%和8.2%,核呼吸因子IRF-1基因+141 G/T单核苷酸多态位点的基因型和等位基因频率分布在对照组和冠心病组之间存在统计学差异(P0.05)。Logistic回归分别校正冠心病的其他危险因素性别、年龄、体重指数、吸烟、高血压、高脂血症、糖尿病等后,核呼吸因子IRF-1基因+141 G/T单核苷酸多态位点与中国北方汉族人群的冠心病的发病存在相关关系(P0.05)。结论:核呼吸因子IRF-1基因+141 G/T单核苷酸多态与中国北方汉族人群冠心病的发病存在相关关系,IRF-1基因+141 G/T多态可能是中国北方汉族人群冠心病发病的独立危险因子。     

干扰素调节因子-6基因与非综合征性唇腭裂的关系

先天性唇腭裂常分为综合征性唇腭裂和非综合征性唇腭裂两大类,其中非综合征性唇腭裂（nonsyndromic cleft lip with orwithout cleft palate,NSCL/P）约占先天性唇腭裂的70%-80%。国内外学者在对NSCL/P相关基因进行研究后发现,干扰素调节因子6（Interferon Regulatory Factor 6,IRF6）是迄今发现最有价值的并且与NSCL/P致病有相关性的热点基因之一,但是仍有部分学者通过实验研究后得出了相反的结论,故IRF6基因与NSCL/P之间的相关性说法不一,存在较大的争论,究竟前者是通过何种遗传方式作用于后者、仍然不十分清楚,且需要大样本的研究来证实。本文就IRF6基因与NSCL/P的关系做一综述,为研究两者的关系提供系统性参考。     

VKORC1基因rs9923231及GGCX基因rs2592551位点多态性与新疆维吾尔族、汉族人群心源性脑栓塞的相关性研究

目的:探讨维生素K环氧化物还原酶复合体亚单位1(VKORC1)基因rs9923231及γ-谷氨酰羧化酶(GGCX)基因rs2592551位点多态性同新疆维吾尔族和汉族人群发生心源性脑栓塞的关系。方法:选取2017年1月至2018年10月曾就诊于新疆医科大学第六附属医院神经内科的维吾尔族和汉族散发性房颤致脑栓塞患者各50例做为病例组,同时选取非心源性脑卒中维吾尔族患者50名及汉族患者150名为对照组,从外周静脉血中提取基因组DNA,采用PCR-RFLP技术检测VKORC1基因rs9923231及GGCX基因rs2592551多态性位点在不同人群中的分布。结果:维吾尔族脑栓塞组及对照组VKORC1基因rs9923231多态性位点基因型频率分布差异有统计学意义(P0.05);汉族脑栓塞组及对照组VKORC1基因rs9923231多态性位点基因型频率的分布比较差异无统计学意义(P0.05)。GGCX基因rs2592551多态位点在汉族、维吾尔族脑栓塞组及对照组的分布差异均无统计学意义(P0.05)。结论:VKORC1基因rs9923231多态性可能与新疆维吾尔族人群心源性脑栓塞的发病有关,而与汉族人群无关;GGCX基因rs2592551多态性可能与维吾尔族及汉族人群心源性脑栓塞的发病均无关。     

TLR4基因rs10983755位点单核苷酸多态性与非小细胞肺癌易感性的相关性研究

目的:探讨TLR4基因rs10983755 A/G单核苷酸多态性(SNP)与非小细胞肺癌(NSCLC)易感性的相关性。方法:采用病例-对照研究方法纳入160例非小细胞肺癌患者(NSCLC组)和160例健康对照(NC组),利用MassARRAY飞行时间质谱生物芯片系统对TLR4基因rs10983755位点的单核苷酸多态性进行分型检测,并进行统计学分析。结果:rs10983755等位基因频率在中国汉族NSCLC患者和健康人群中的分布差异具有统计学意义(P0.05),A等位基因携带者NSCLC发生风险是G等位基因携带者的1.821倍(95%CI=1.124~2.906);rs10983755基因型频率在NSCLC患者和健康人群中分布差异具有统计学意义(P0.05),AA+AG基因型NSCLC发生风险是GG基因型的2.103倍(95%CI=1.118~3.898)。结论:TLR4基因rs10983755 A/G单核苷酸多态性与NSCLC的易感性显著相关,A是风险等位基因。     

LKB1基因多态性与2型糖尿病相关性研究

目的:探讨陕西汉族人群中LKB1基因位点rs741765(380CT)及rs6510599(459GA)单核苷酸多态性(SNPs)与2型糖尿病遗传易感性及相关临床代谢指标的关系。方法:采用等位基因特异性引物PCR(SASP-PCR)对2型糖尿病患者130例及健康对照组100例进行LKB1基因内含子6 rs741765(380CT)及内含子1 rs6510599(459GA)两个位点进行基因多态性筛查,并测序鉴定,分析其基因多态性位点与2型糖尿病临床代谢指标关系。结果:rs741765(380CT)基因突变情况:2型糖尿病患者TT基因型频率显著高于健康对照组(P=0.023);TT基因2型糖尿病组中糖化血红蛋白水平及低密度脂蛋白胆固醇水平在型中明显升高(P=0.030;P=0.002);健康对照组中,空腹血糖水平在TT基因型中明显升高(P=0.011)。rs6510599(459GA)基因突变情况:AA基因型频率在2型糖尿病组及健康对照组间无显著性差异(P0.05);该基因位点与临床指标亦无相关性(P0.05)。结论:陕西汉族人群中LKB1基因内含子6 rs741765(380CT)及内含子1 rs6510599(459GA)存在基因多态性。LKB1基因内含子6 rs741765(380CT)基因多态性与2型糖尿病的发病有相关性。LKB1基因内含子1 rs6510599(459GA)基因多态性与2型糖尿病的发病无相关性。     

BRCA1 基因启动子区SNPs 与散发性乳腺癌易感性的相关研究

目的:探讨BRCA1基因启动子区rs11655505、rs73625095位点单核苷酸多态性与散发性乳腺癌易感性的关系。方法:采用ASA-PCR方法对200例乳腺癌患者(均经病理确诊)及200例正常女性BRCA1基因启动子区rs11655505(A/G)、rs73625095(A/G)位点单核苷酸多态性(SNP)进行分析,并将其PCR产物进行测序。结果:乳腺癌患者BRCA1基因启动子区rs11655505位点的A/G基因型频率为75%,显著高于正常人的40%;A/A基因型频率为7%,G/G基因型频率为18%,分别低于正常人的30%、30%。此位点的A或G等位基因在乳腺癌病例组及对照组中均无差别(x2=2.427,P=0.119);rs73625095位点的A/G基因型频率为68%,显著高于正常人的15%;G/G基因型频率为32%,低于正常人的84%;乳腺癌病例组中BRCA1基因启动子区rs11655505、rs73625095位点的A/G基因型与淋巴结转移与否相比,差别均有统计学意义(x2=7.321,P=0.026、x2=4.782,P=0.029)。结论:BRCA1基因rs11655505位点、rs736...     

Cleft palate: A clinical review

Orofacial clefts, including cleft palates (CP), are one of the most common birth defects. CP have a multiplicity of effects on the individual and society in terms of economic costs, loss of productivity, psychosocial effects, and increased morbidity and mortality at all stages of life. Embryological development of the palate is well delineated, with developments in the last decade regarding the biomolecular processes involved. Etiology is complex, involving a number of genetic and environmental factors. Various techniques can be employed for the repair of CP, depending on whether the cleft is of the primary or secondary palate, the width of the cleft, whether lengthening of the palate is necessary, and with regard to concerns of disruption of midfacial growth. All surgical techniques have the goals of restoring functional speech, swallowing, and aesthetics. A multidisciplinary team is necessary for the long‐term pre‐ and postoperative care of CP patients to handle complications, associated anomalies, and to optimize function and quality of life. Birth Defects Research (Part C) 102:333–342, 2014. © 2014 Wiley Periodicals, Inc.     

Machine Learning Models for Genetic Risk Assessment of Infants with Non-syndromic Orofacial Cleft

The isolated type of orofacial cleft, termed non-syndromic cleft lip with or without cleft palate (NSCL/P), is the second most common birth defect in China, with Asians having the highest incidence in the world. NSCL/P involves multiple genes and complex interactions between genetic and environmental factors, imposing difficulty for the genetic assessment of the unborn fetus carrying multiple NSCL/P-susceptible variants. Although genome-wide association studies (GWAS) have uncovered dozens of single nucleotide polymorphism (SNP) loci in different ethnic populations, the genetic diagnostic effectiveness of these SNPs requires further experimental validation in Chinese populations before a diagnostic panel or a predictive model covering multiple SNPs can be built. In this study, we collected blood samples from control and NSCL/P infants in Han and Uyghur Chinese populations to validate the diagnostic effectiveness of 43 candidate SNPs previously detected using GWAS. We then built predictive models with the validated SNPs using different machine learning algorithms and evaluated their prediction performance. Our results showed that logistic regression had the best performance for risk assessment according to the area under curve. Notably, defective variants in MTHFR and RBP4, two genes involved in folic acid and vitamin A biosynthesis, were found to have high contributions to NSCL/P incidence based on feature importance evaluation with logistic regression. This is consistent with the notion that folic acid and vitamin A are both essential nutritional supplements for pregnant women to reduce the risk of conceiving an NSCL/P baby. Moreover, we observed a lower predictive power in Uyghur than in Han cases, likely due to differences in genetic background between these two ethnic populations. Thus, our study highlights the urgency to generate the HapMap for Uyghur population and perform resequencing-based screening of Uyghur-specific NSCL/P markers.     

唇腭裂相关基因IRF6基因沉默促进细胞增殖和迁移并抑制上皮间质转化

干扰素调节因子6(interferon regulatory factor 6,IRF6)基因突变在单纯型和综合征型唇腭裂中均有报导。然而,其基因突变如何导致了唇腭裂的病理发生目前尚不清楚。本文以培养细胞为模型,研究了IRF6基因沉默对细胞增殖、迁移、凋亡以及上皮间质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)的影响,从而探讨唇腭裂形成的可能的分子病理机制。采用分子克隆技术构建IRF6真核过表达载体;设计合成IRF6基因特异siRNA,成功构建IRF6基因沉默和过表达细胞模型;利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)、免疫印迹法(Western blot)检测转染siRNA-IRF6质粒48 h时,发现IRF6的mRNA和蛋白质表达均降低2倍;CCK8法检测转染siRNA-IRF6后,对细胞增殖能力提高1.98倍;划痕法观察转染siRNA-IRF6质粒72 h后检测细胞的迁移能力,比对照组增强2.36倍;利用Western印迹、qRT-PCR检测EMT标志性分子E-钙黏着蛋白(E-cadherin),发现过表达IRF6后EMT有显著降低。与对照相比,E-钙黏着蛋白表达下调3.57倍;流式细胞技术检测IRF6时未发现对细胞凋亡有影响。在体外培养细胞模型中,IRF6基因沉默显著促进了细胞的增殖和迁移,抑制EMT发生。提示IRF6这一唇腭裂相关基因有可能通过影响上述细胞事件,而导致唇腭裂的病理发生。