二种淡水微囊藻rDNA16S-23S基因间隔区的序列测定与分析

本研究采用ＰＣＲ及序列测定的方法,对我国淡水铜绿微囊藻有毒株和另一低毒的种类惠氏微囊藻（Ｍ５７４）ｒＤＮＡ１６Ｓ－２３Ｓ基因间隔区进行了序列的测定和分析,结果表明：ｒＤＮＡ１６Ｓ－２３Ｓ基因间隔区可以作为一个精细且稳定的指标,用一微囊藻的分类和鉴定。并从分子水平提出了同囊藻与惠氏微囊藻在种系有较近缘的关系,本文首次对微落属ＭｉｃｒｏｃｙｓｔｉｓｒＤＮＡ基因间隔区全序列作了报道。为微囊藻属的鉴定及系     

二种淡水微囊藻rDNA16S-235基因间隔区的序列测定与分析

本研究采用PCR及序列测定的方法,对我国淡水铜绿微囊藻有毒株(M8641)和另一低毒的种类惠氏微囊藻(M574)rDNA16S-23S基因间隔区进行了序列的测定和分析,结果表明:rDNA16S-23S基因间隔区可以作为一个精细且稳定的指标,用于微囊藻的分类和鉴定。并从分子水平提出了铜绿微囊藻与惠氏微囊藻在种系发生上有较近缘的关系。本文首次对微囊藻属Microcystis rDNA基因间隔区全序列作了报道,为微囊藻属的鉴定及系统学研究提供了分子基础。       

植物核基因组核糖体基因间隔区序列的结构特点及其在系统发育研究中的应用

目前,在植物系统发育研究中应用较多的核基因组的核糖体DNA基因间隔区序列主要有5S rDNA基因间隔区、内转录间隔区ITS和基因间间隔区IGS.虽然这些间隔区序列在长度、结构等方面各不相同,但都具有进化速率较快的特点,在植物属及属下分类水平的系统发育关系研究中非常有用.本文重点就核基因组的5S rDNA基因间隔区以及IGS在植物中的特点以及各自在植物系统发育研究中的应用进行了综述.     

基于16S-23S rDNA 间隔区序列（ITS）、REP序列的基因指纹图谱及UPGMA聚类法的拟诺卡菌属分类方法

拟诺卡菌属（Nocardiopsis）是拟诺卡菌科（Nocardiopsaceae） 的唯一属．该属内进行物种鉴别时通常是在多相分类方法基础上,以全基 因组杂交同源性在70%以下的为不同物种,此为国际公认的定种标准;但在 进行大量菌株的比对时操作比较复杂,于是多种基于DNA的基因图谱技术发 展起来．本实验利用适宜引物,对拟诺卡菌属15株基准株基因组DNA的16S -23S rDNA 间隔区序列（ITS）和REP序列进行了扩增,获得了两种基因指 纹图谱,同时根据UPGMA聚类法构建了相应的进化距离树图．结果表明,对 于拟诺卡菌属中不同物种的区分,两种基因图谱技术的分辨力相当,均可 以较好的呈现物种间差异,可以作为拟诺卡菌属菌株多相分类的组成部分 ,应用于物种水平的分类与鉴定．     

蓝藻Oscillatoriaceae rDNA16S—23S基因间隔区的序列分析及其分 …

采用末端终止法对蓝藻类颤藻科Ｏｓｃｉｌｌａｔｏｒｉａ ｓｐ．ｒＤＮＡ １６Ｓ－２３Ｓ基因间隔区进行了序列测定,获得了Ｏｓｃｉｌｌａｔｏｒｉａ ｓｐ．ｒＤＮＡ基因间隔区４２７个核苷酸,其中包含１个异亮氨酸ｔＲＮＡ基因。并通过计算机联网从国际分子生物学数据弹库中获取颤藻科其它种的ｒＤＮＡ基因间隔区序列,通过比较分析,从分子水平对颤藻科Ｏｓｃｉｌｌａｔｏｒｉａｃｅａｅ属间的某些分类学问题进行了讨论,并根     

蓝藻OscilatoriaceaerDNA16S-23S基因间隔区的序列分析及其分类学意义

采用末端终止法对蓝藻类颤藻科Ｏｓｃｉｌａｔｏｒｉａｓｐ．ｒＤＮＡ１６Ｓ－２３Ｓ基因间隔区进行了序列测定,获得了Ｏｓｃｉｌａｔｏｒｉａｓｐ．ｒＤＮＡ基因间隔区４２７个核苷酸,其中包含１个异亮氨酸ｔＲＮＡ基因（ｔＲＮＡＩｌｅ）。并通过计算机联网从国际分子生物学数据弹库中获取颤藻科其它种的ｒＤＮＡ基因间隔区序列,通过比较分析,从分子水平对颤藻科Ｏｓｃｉｌａｔｏｒｉａｃｅａｅ属间的某些分类学问题进行了讨论,并根据序列中核苷酸差异值探讨了颤藻科属间界定的分子标准。提出了ｒＤＮＡ基因间隔区是良好的分子标记,可用于“赤潮”或“水华”蓝藻专一性核酸分子探针的研制     

蓝藻Oscillatoriaceae rDNA16S-23S基因间隔区的序列分析及其分类学意义

采用末端终止法对蓝藻类颤藻科Oscillatoria sp.rDNA 16S-23S基因间隔区进行了序列测定,获得了Oscillatoria sp.rDNA基因间隔区427个核苷酸,其中包含1个异亮氨酸tRNA基因(tRNAIle).并通过计算机联网从国际分子生物学数据弹库中获取颤藻科其它种的rDNA 基因间隔区序列,通过比较分析,从分子水平对颤藻科Oscillatoriaceae属间的某些分类学问题进行了讨论,并根据序列中核苷酸差异值探讨了颤藻科属间界定的分子标准.提出了rDNA 基因间隔区是良好的分子标记,可用于"赤潮"或"水华"蓝藻专一性核酸分子探针的研制.     

微囊藻毒素降解菌的筛选、鉴定及其降解活性研究

采用从巢湖水华蓝藻细胞中提取、提纯的藻毒素（Microcystins,MCs）为微生物生长的唯一碳源和氮源,通过平板分离纯化,从巢湖底泥中分离出5株能够降解藻毒素的菌株,并对其中降解活性较高的一株进行分子鉴定。应用PCR技术克隆到16S rDNA片段,核苷酸序列分析结果表明,该菌的16S rDNA的全序列与吉氏库特菌kurthia gib-soniistrain HC050630C-1的相似性达99%。微囊藻毒素降解实验结果表明,用15mg/L乙醇作为外加碳源时可显著提高菌株M9降解MCs的能力,在48h内对初始浓度分别为17.1mg/L的MC-RR和11.3mg/L的MC-LR的降解率分别达到70.0%和81.6%。而葡萄糖对菌株M9的生长有明显抑制作用。     

花椒cpDNA trnL-F间隔区序列的特征及其在混淆品鉴别中的应用

目的:通过分析花椒cpDNA trnL-F间隔区序列特点,探讨该序列在花椒与其混淆品鉴别中的意义.方法:对花椒及其混淆品进行cpDNA trnL-F间隔区序列比较研究.结果:花椒cpDNA trnL-F间隔区序列为349bp、AT百分比为62.1%.尽管花椒的果实在外部形态,物理特性上与混淆品差异较小,但在cpDNA trnL-F间隔区序列上却存在着显著而稳定的差异.该序列在属以下的分类阶元中同源性极高,可达100%.结论:根据cpDNA trnL -F间隔区碱基序列的差异,能有效地鉴别花椒及其属以上分类阶元的混淆品.     

中国野生稻及栽培稻核糖体DNA第一转录间隔区序列分析及其系统学意义

用 PCR技术从产于我国的 3种野生稻和亚洲栽培稻的 2个亚种中特异地扩增和测序了 r DNA的第一转录间隔区。普通野生稻 (Oryza rufipogon)、药用野生稻 (O.officinalis)、疣粒野生稻 (O.granu-lata)和栽培稻的两个亚种 (O.sativa ssp.indica,O.sativa ssp.japonica)的 ITS1序列为 1 93bp、1 94bp、2 1 8bp、1 94bp和 1 94bp,它们的 G/ C含量为 69.3%～ 72 .7% ,序列中位点趋异率为 1 .5%～ 1 0 .6%。序列的相似性比较和简约性分支分析的结果表明 ,普通野生稻与栽培稻的两个亚种之间的亲缘关系最为密切 ;药用野生稻与普通野生稻和与栽培稻的两个亚种的相似性都为 82 % ,说明它与 AA基因组有一定的亲缘关系 ;疣粒野生稻与普通野生稻、药用野生稻和栽培稻两个亚种的亲缘关系相对较远 ,它在稻属中可能是一个系统地位较独特的类群。以 ITS1序列构建的 3种野生稻和 2个栽培稻亚种的系统发育关系与前人用同工酶、叶绿体 DNA、线粒体 DNA和核 DNA资料重建的稻属的系统发育关系基本一致     

基于多位点序列分型方法的于桥水库微囊藻遗传多样性分析

为了研究天津于桥水库微囊藻(Microcystis)的遗传多样性及其系统发育关系,将分离自于桥水库的10株微囊藻的7个管家基因(ftsZ、glnA、gltX、gyrB、pgi、recA和tpi)构建了微囊藻的多位点序列分型(MLST)基因库,与20个鄱阳湖序列型(STs)和237个日本湖泊的序列型进行比对,结果发现于桥...     

微囊藻对柔细束丝藻生长及土臭素合成与释放的影响

文章选择两种特征不同的微囊藻——产毒的铜绿微囊藻(Microcystis aeruginosa)和无毒的惠氏微囊藻(Microcystis wesenbergii),分别以不同的接种比例(1﹕2、1﹕1和2﹕1)与产土臭素(Geosmin)的柔细束丝藻(Aphanizomenon gracile)混合培养,以探索种间相互作用对藻类生长和束丝藻土臭素合成与释放的影响。结果表明,在共培养条件下,两种微囊藻均抑制了柔细束丝藻的生长,而柔细束丝藻却促进了两种微囊藻的生长。惠氏微囊藻促进了柔细束丝藻土臭素的释放(接种比例为1﹕1时,束丝藻胞外土臭素的细胞份额达到269.43 fg/cell),仅在生长早期与生长受到抑制阶段促进了土臭素的合成;铜绿微囊藻在共培养早期促进了束丝藻土臭素的合成,但共培养却抑制了土臭素的释放,而且在共培养的中后期已检测不到土臭素。研究结果表明,在自然水体中束丝藻与微囊藻的季节演替过程中,微囊藻在与束丝藻的竞争中处于优势,且微囊藻对束丝藻的竞争压力促使后者合成异味物质,随着束丝藻的消亡可能伴随大量异味物质的释放,增加异味事件发生风险。     

微囊藻与水体细菌相互关系的研究进展

近年来, 微生物群落在水生态系统中的结构和功能受到了越来越多的关注。在富营养化水体中细菌在微囊藻水华的发生、发展及衰亡、降解过程中发挥着重要的作用。文章总结了水体中微囊藻与细菌独有的群落结构特征,以及微囊藻与细菌群落对环境因素变化的响应等方面的研究成果。在微囊藻与细菌的相互作用方面, 从藻细胞微环境中附着细菌对微囊藻生长的促进或抑制作用, 细菌在微囊藻群体的形成和维持过程的作用, 细菌参与的微囊藻水华的聚集和降解过程, 细菌对微囊藻毒素的降解作用等方面进行了综述。文章还对未来微囊藻与细菌相互关系的研究热点以及可利用的组学技术等进行了展望。     

甲磺隆对微囊藻生长和光合系统的影响

研究选取了水体常见蓝藻优势种类——铜绿微囊藻(Microcystis aeruginosa PCC7806)作为研究对象, 了解磺酰脲类除草剂甲磺隆(Metsulfuron-methyl)对铜绿微囊藻生长和光合系统的影响。研究表明, 当甲磺隆浓度大于80 mg/L时, 对铜绿微囊藻的生长具有显著抑制。通过回归分析和Probit分析, 甲磺隆对铜绿微囊藻生长的EC₅₀为81.998 mg/L。细胞色素研究结果显示, 实验第6天, 各浓度处理下单位细胞内Chl.a和类胡萝卜素含量均低于对照组, 且当甲磺隆浓度为80 mg/L时, 单位细胞内类胡萝卜素含量显著低于对照组。快速叶绿素荧光诱导动力学变化结果分析显示, 实验第6天甲磺隆胁迫下单位反应中心捕获的用于电子传递的能量(ET₀/RC)及单位反应中心用于电子传递的量子产额(φE₀)受到显著抑制, 综合细胞色素变化结果显示, 甲磺隆能显著抑制光合系统反应中心电子受体侧电子性能。综上所述, 甲磺隆可能作用于光合系统反应中心电子受体侧, 从而对铜绿微囊藻光合系统造成影响。     

团头鲂foxO基因家族的序列特征及表达分析

为了研究鱼类foxO(Forkhead box O)基因的功能, 基于组学测序及PCR扩增获得了团头鲂(Megalobrama amblycephala)foxO家族7个基因, foxO1a/b、foxO3a/b、foxO4和foxO6a/b的编码序列, 分别为1965、1892、1929、1959、1878、1803和2157 bp。SMART结构域分析显示该家族基因属于典型的FoxO家族蛋白, 具有保守的Forkhead、FOXO_KIX_bdg和 FOXO-TAD结构域。系统进化分析显示, 团头鲂FoxO与其他鲤科鱼类的同源基因具有较高的相似性。基于qPCR分析显示7个基因在所检测的9个组织中均有表达, 但在各组织间存在表达差异, 其中foxO4在血液中表达量最高, foxO6a在肝脏中表达量最高, 而foxO6b在脑中表达量最高。在胚胎早期发育过程中, foxO1a和foxO1b、foxO3a和foxO3b、foxO6a和foxO6b的表达模式类似; 而foxO4在发育早期, 除了体节出现期、眼色素沉淀晚期、体节生成期和受精后10d表达量高外, 其他时期表达量都比较低。经急性低氧处理后, 团头鲂foxO家族基因的表达水平在所检测的大部分组织中呈现显著上调趋势, 尤其是在肌肉组织中。基于JASPAR分析显示foxO家族基因都包含有Hif-1α结合位点, 利用双荧光素酶报告系统对foxO1b启动子进行了验证, 发现该基因受到Hif-1α调控。这些结果说明foxO基因可能通过Hif-1α介导的途径在团头鲂低氧应激中发挥重要作用。     

阴离子表面活性剂LAS对产毒和无毒微囊藻生长及产毒特性的影响

文章研究了低浓度范围内不同浓度梯度的阴离子表面活性剂直链烷基苯磺酸盐(LAS)对产毒微囊藻(Microcystis aeruginosa, FACHB905)和无毒微囊藻(Microcystis wesenbergii, FACHB908)生长、光合特性、种间竞争及毒素合成的影响。结果表明,在0.05—5.0 mg/L LAS浓度梯度处理下,产毒微囊藻的生物量、产毒基因mcyD表达量和每细胞MCs含量均在培养12d后显著增加。产毒微囊藻胞内和胞外MCs含量在各LAS浓度处理后分别为0.069、0.052、0.061、0.038和0.037 fg/fg Chl.a及107.1、103.7、127.1、99.6和113.7 ng/L。即使在0.5 mg/L低浓度LAS处理条件下,上述3个参数也分别比对照组显著增加了24.2%、12.4倍和10.4%。浓度为0—0.2 mg/L LAS对无毒微囊藻的生物量无明显影响,而较高浓度的LAS(0.5—5.0 mg/L)明显抑制了无毒微囊藻的生长。在两株微囊藻混合培养时, 0.2—1.0 mg/L LAS处理组的产毒铜绿微囊藻mcy D的表达对LAS...     

快速液体衰减反转回复序列在颅脑肿瘤诊断中的应用价值

１２６例颅脑肿瘤同时行快速液体反转回复序列成像和常规ＦＳＥＴ２Ｗ成像。通过比较分析两者显示病变的能力，探讨ＦＬＩＡＲ对颅脑肿瘤的诊断价值。结果显示示ＦＬＡＩＲ序列ＭＲＩ较Ｔ２ＷＩ有更高的对比度，在显示病变的部位，大小，轮廓，范围和数目方面具有更好的敏感性。     

介形纲(甲壳亚门)系统分类中核基因18S rDNA的应用研究

本研究采用贝叶斯法(Bayesian-inference,BI)、最大似然法(Maximum-likelihood,ML)和最大简约法(Maximumparsimony,MP),基于18SrDNA序列对介形纲4目12超科间以及其它相关泛甲壳动物(Pancrusacea)间的系统分类关系进行了分析,其目的是探讨单独的核基因18SrDNA序列研究介形纲各阶元分类时的稳定性,及分析介形纲两大主要类群内的系统分类关系。结果发现,应用单独的核基因18SrDNA序列对介形类进行研究时,所获的三种系统树的拓扑结构在介形纲的目、亚目和超科阶元均表现稳定,表明单独的核基因18SrDNA序列在该3个阶元的分类研究中可发挥重要作用。基于此,进一步对介形类内两主要类群的系统分类研究,结果支持Martin和Davis(2001)对介形纲中壮肢亚纲(又称丽足亚纲,Myodocopa)在目、亚目和超科阶元上的分类;但尾肢亚纲(又称速足亚纲,Podocopa)中各主要类群间的系统发育关系却与Martin和Davis(2001)的分类略有不同,其中Punciidae游离于尾肢亚纲主要类群尾肢目(又称速足目,Podocopida)之外,而该结果却与Liebau(2005)对Punciidae归类一致;此外尾肢目中5个主要类群的分类关系呈现[浪花介亚目Cytherocopina+[金星介亚目Cypridocopina+简肢亚目Platycopina(小花介科Cytherellidae)+[达尔文介亚目Darwinulocopina+巴氏介亚目Bairdiocopina]]]。     

稻瘟病菌重复顺序PoR6和稻瘟病菌的分型

POR6是一具有高度多态性的稻瘟病菌(Pyricularia oryzae)重复顺序。利用脉冲电泳技术和Southern分析,表明它是非均匀地散布于基因组中的。经测定POR6的拷贝数约为30—40,序列测定未发现在内部有更小的重复单位。用POR6作探针对44株稻瘟病菌进行DNA指纹分析,分析的中国北方地区的22个菌株可根据相似率归并成8个谱系。对一些转管培养中致病型发生变化的菌株用POR6进行指纹分析,发现这些菌株在转管过程中基因组DNA是有变化的。     

黑粉菌属某些种的核rDNA ITS2序列分析

本文报道从某些黑粉菌的黑粉孢子粉末中提取核糖体脱氧核酸(rDNA)后,用聚合酶链式反应(PCR)的方法,对其转录间区(ITS2)片断进行了扩增,核苷酸序列测定和分析,其结果表明异形黑粉菌(Ustilago anomala)与其它3种近似黑粉菌,科尔达黑粉菌(U. cordae),柳叶刺黑粉菌(U. bungeana)和网孢黑粉菌(U. reticulata)的rDNA ITS2序列区别很大,在被测定的190个碱基对中,差别达69个位点以上(26.3-36.3%),异形黑粉菌与这三种黑粉菌亲缘关系较远,在中国作者原定名为异形黑粉菌的种与在欧洲取材的科尔达黑粉菌相似程度较高.因此将在中国已报道的异形黑粉菌更正为科尔达黑粉菌,而柳叶刺黑粉菌与科尔达黑粉菌近似程度也较高,将柳叶刺黑粉菌作为科尔达黑粉菌的异名.