最早传入北京地区的SARS冠状病毒S基因序列分析和克隆

SARS冠状病毒的spike(S)蛋白对病毒的致病力至关重要,也是机体特异性体液和细胞免疫主要针对的靶分子。从北京地区最早发现的SARS患者咽拭子细胞培养上清中提取病毒RNA,用反转录巢式聚合酶链式反应(RTPCR)分6个片段扩增出S基因全序列,用TA载体克隆后进行DNA序列分析,再通过重叠PCR将6个片段连接成一条完整的S基因并克隆测序。DNA测序结果表明病毒S基因序列与报告的BJ01株SARS冠状病毒S基因序列完全一致,用重叠PCR将6个S基因片段连接成了一条完整的S基因,插入到pGEMT载体后读序完全正确。上述结果表明最早传入北京地区的病毒与新近报告的BJ01株SARS冠状病毒在分子流行病学上具有同源特征,重叠PCR技术可以用于有效连接多个基因片段。S区全基因的克隆为进一步研究该基因的功能和DNA疫苗等研究提供了基础。     

大麻性别的RAPD和SCAR分子标记

利用随机扩增多态性DNA（random amplified polymorphic DNA,RAPD)技术获得与大麻性别连锁的分子标记,将10株雄性大麻或10株雌性麻的单个DNA样品等量混合分别组成雄性或雌性DNA池（DNApool),以提供具有相同遗传背景的雄,雄性DNA样品。每个随机引物分别用三个不同的循环程序进行PCR扩增,在30个随机引物中,用引物S401扩增得到一条约2．5kb雄性多态性片段,对该片段进行了克隆和序列分析 ,并根据序列分析结果将上述RAPD分子标记转化为重复性和特异性更好的SCAR（Sequence characterized amplified regions)分子标记。     

大麻性别的RAPD和SCAR分子标记

利用随机扩增多态性DNA(randomamplifiedpolymorphicDNA,RAPD)技术获得与大麻性别连锁的分子标记.将10株雄性大麻或10株雌性大麻的单个DNA样品等量混合分别组成雄性或雌性DNA池(DNApool),以提供具有相同遗传背景的雌、雄性DNA样品.每个随机引物分别用三个不同的循环程序进行PCR扩增.在30个随机引物中,用引物401扩增得到一条约2.5kb雄性多态性片段.对该片段进行了克隆和序列分析,并根据序列分析结果将上述RAPD分子标记转化为重复性和特异性更好的SCAR(sequencecharacterizedamplifiedregions)分子标记.     

镁离子稳定tRNA高级结构及其重要意义--生化所tRNA研究的一段历史回顾

镁离子稳定tRNA高级结构并具有重要的生理功能已经写入生物化学教科书。上世纪60年代初,中国科学院上海生物化学研究所的研究者与国外同行同时发现了这一现象。镁离子稳定tRNA的高级结构在tRNA的序列分析中可以得到较大的片段,甚至tRNA半分子。将这一事实运用于“片段重叠”法测定tRNA序列工作中,极大地推动了tRNA的序列测定。     

聚丙烯酰胺凝胶技在DNA序列分析中的应用

序列胶 在Maxam-Gilbert化学限制降解及Sanqer的阻断合成序列测定技技中,凝胶电泳按分子大小把寡聚核苷酸片段分开。由两种方法所得到的标记DNA片段都是一端相同而在另一端长短不一。任一片段与其相邻的较小片段相比,总是在其可变端多一个核苷酸。     

TT型病毒基因组的克隆与进化分析

利用PCR方法从输血传播性病毒 (transfusiontransmittedvirus,TTV)阳性标本中获得不同长度且重叠覆盖TTV基因组的DNA片段。将PCR扩增片段克隆到pT Adv载体中 ,筛选获得阳性克隆。DNA序列测定结果表明所克隆的片段为TTV基因组序列。利用DNA片段中特有的限制性内切酶位点将TTV的DNA片段首尾相连 ,得到近全长的基因组克隆 ,命名为TTV0 2 1。对TTV0 2 1的核酸序列进行分析 ,TTV0 2 1长 3472nt,存在 2个阅读框架ORF1和ORF2 ,分别编码 785和 1 46个氨基酸。将TTV0 2 1与其它已知的TTV基因组全序列进行了同源性比较 ,并进行进化分析。结果表明 ,TTV0 2 1序列与TTV分离株CHN2、BDH1的遗传距离较近 ,而与其它分离株相对较远。     

在DNA序列上寻找蛋白质基因的计算机程序

测定DNA分子的核苷酸排列顺序的快速方法已经出现,在一个DNA分子的序列被阐明后,如何尽快地搞清分子上哪些区域是蛋白质的编码区将是一个重要的问题。近年内,Staden在这方面做了一些工作。程序介绍我们在TRS-80Ⅰ型微计算机上实现了一组从DNA分子的核苷酸顺序出发来预测蛋白质基因区的计算机程序。程序是用Basic语言写的,它能够把计算结果在WX4671型绘图仪     

运用重叠延伸PCR技术构建在甘丙肽全长cDNA嵌入第二内含子的重构分子

构建嵌入第二内含子的甘丙肽(Galanin,GAL)全长基因组cDNA的重构分子。通过RT-PCR扩增出cDNA编区的序列,分别从基因组中扩增出cDNA的5′和3′端部分非编码序列;使用重叠延伸PCR(overlap extention PCR,OE-PCR)方法将三个片段重叠获得全长cDNA序列;再将全长cDNA从第三外显子第15个碱基处分成两部分,分开的cDNA前半部分和后半部分以及第二内含子进行重叠延伸获得重构分子,含有第二内含子的甘丙肽(GAL)全长基因组cDNA;将重构分子连入pMDI9-Tsimple载体。电泳分析观察到清晰的重构分子片段;测序显示重构分子由所设计的序列组成,第二内含子插入的位置准确,且无移码。使用重叠延伸PCR能够成功在cDNA中插入内含子获得一段重构基因。     

从凝胶中回收DNA——基因研究中的一个重要方法

在基因的结构与功能的研究中,如研究基因的物理图谱,测定DNA序列,DNA杂交,DNA重组等,都必须首先得到高纯度的足量DNA片段。凝胶电泳是按照分子大小分离DNA的好方法,既简便,又分辨率高。但电泳分离以后,如何从凝胶中回收DNA组份则是一个比较困难而又关键的问题。从已发表的     

人类垂体和血浆中存在裂解型催乳素

1980年,在大鼠和小鼠垂体中发现了裂解型催乳素(cleaved prolactin)。完整的催乳素(PRL)分子含有三个二硫键,分子内部形成一个大环和两个小环。裂解型PRL分子内二硫键大环中出现一个断口,处于130位和140位两个赖氨酸残基之间,分子中虽出现断口,但大环中二硫键仍保留,因而裂解型PRL仍为一连续分子。当二硫键还原而断裂时,裂解型PRL即断裂成两个片段,按其分子量大小分别称为16K片段(N端)和8K片段(C端)。裂解型PRL与完整PRL的作用不同,前者的16K部分能诱发乳腺上皮细胞DNA合成和细胞分裂,为一种促乳腺有丝分裂因子;后者则促进乳汁特异性蛋白质合成。     

分子生物学技术讲座（五）：放射性标记的DNA和RNA探针的制备

放射性标记的核酸探针（DNA和RNA探针）目前已被广泛地应用于分子生物学的各个领域,例如克隆的筛选,Southern杂交分析,基因表达水平的测定等等。放射性核酸分子探针是指特定的已知核酸分子片段,内含放射性核素（例：‘千、‘H和”S）,并能与被检测的核酸分子退火杂交（核酸序列互补）,因此可用于待测核酸样品中特定基因序列片段的探测。1探针的种类和选择根据核酸分子探针的来源及其性质可将其分成3大类,即：DNA探针、RNA探针和人工合成的寡聚核青酸探针。而DNA探针又可分为基因组DNA探针和。DNA探针。探针的选择是根据不…     

谷氨酸棒状杆菌启动子在枯草芽孢杆菌中的克隆及其序列分析

利用枯草芽孢杆菌启动子探针质粒pPL 603为载体,从谷氨酸棒状杆菌1014—6染色体DNA上克隆到一个有较强启动功能的DNA片段。生物素标记的DNA—DNA分子杂交实验证明该片段确实来自谷氨酸棒状杆菌1014—6染色体DNA。在绘制该片段限制酶酶切图谱的基础上,经另一个启动子探针质粒pPL 703的亚克隆,将其启动子功能区定位在Bamm酶切片段中。对后者进行了核苷酸序列分析,发现它具有棒状杆菌类启动子的－35区和－10医序列。     

炭疽毒素受体ATRcDNA的合成和克隆及ATR-Fc融合蛋白的真核表达载体的构建

可溶性炭疽毒素受体(sATR)可以特异性结合炭疽毒素保护抗原(PA),为获得用于中和炭疽毒素以防治炭疽感染的候选抗毒素药物,构建了表达ATRFc抗体样分子融合蛋白的真核表达载体。将全长为681bp的编码炭疽毒素受体N端1～227氨基酸的基因分成长约50～60碱基的18个寡核苷酸片段,相邻片段重叠部分为20～22个碱基,利用重叠延伸PCR和引物PCR法,将合成的片段组装与扩增,得到了含有ATR_1～227的全部编码区和HindIII、BamHI位点在内的DNA片段。回收的基因片段经BamHI/HindIII双酶切连接到pUC19质粒中,挑选阳性克隆进行酶切鉴定和双向序列测定,获得了全序列正确的克隆。将ATR基因与Fc基因连接后插入pcDNA3.1载体多克隆位点HindIII和NotI之间,得到表达ATRFc融合蛋白的真核表达载体pcDNA3.1/ATRFc,为利用CHO哺乳动物细胞表达ATRFc并研究其生物学性质奠定了基础。     

红树林土壤细菌群落16S rDNA V3片段PCR产物的DGGE分析

从土壤中抽提微生物总DNA ,直接扩增 16SrDNAV3片段 ,应用变性梯度凝胶电泳 (DGGE)和分子克隆技术分析 16SrDNAV3片段的多态性 ,发现地域因素和红树品种都是影响土壤细菌群落结构的因素。通过对杯萼海桑土壤 16SrDNAV3片段PCR产物两个DGGE条带进行分子克隆、序列测定和Blast分析 ,发现每个DGGE条带包含着许多不同的 16SrDNAV3片段 ,并且其中多数为NCBI未收录的序列。这表明DGGE和克隆技术相结合的方法是研究土壤微生物群落结构的一种可行方法。     

天麻特异DNA序列的克隆及其在天麻鉴定中的应用

应用改进的RAPD方法测定了名贵中药材天麻基因组DNA指纹图谱;通过选择和回收各种天麻种群共有和优良种群特有的DNA片段,加以克隆、测序和生物信息学分析,证明其中5个DNA序列是未报道的,已被美国基因数据库收录,并运用高效液相色谱技术测定了天麻样本的有效成分天麻素含量。运用PCR技术研究了这些DNA序列在9个天麻种群中的分布及其与天麻素含量的关系。结果表明这5个DNA序列在这些天麻种群中的分布各不相同,其中DNA序列1是所研究的全部天麻种群共有、而其伪品没有的特异DNA分子标记;DNA序列2可能与天麻的天麻素含量高有关。这些DNA标记序列可用于天麻的真伪鉴别、品种鉴定和优选优育等。     

克隆片段DNA用于测定Epstein-Barr病毒基因组拷贝数

本文报道用非标记的克隆 EBV DNA 限制性酶解片段作标准,同时以标记的克隆片段R 作探针,经 DNA 点杂交检测每个 H_(18)细胞中 EBV 基因组拷贝数。由于实验中结合用 W 片段作标准 DNA 和探针,测定每个 Raji 细胞中所具有稳定的 EBV 基因组拷贝数,以及每个 Raji 细胞中 EBV 基因组的重复序列 W 片段数均与前人报告的结果基本一致,所以说明了本文所用方法及结果的可靠性。此项技术可在病毒阳性细胞培养物中定量测定病毒核酸,也可用于临床分子病毒学作为常规的核酸杂交技术。     

利用12S rRNA、COI基因分子标记鉴定少棘巨蜈蚣干燥体

本研究旨在利用线粒体DNA上的12S rRNA基因、COI基因分子标记鉴定少棘巨蜈蚣(Scolopendra subspinipes mutilans L. Koch)干燥体。通过提取少棘巨蜈蚣干燥体样本DNA,PCR扩增线粒体DNA上的12S r RNA基因、COI基因片段,对PCR产物进行电泳检测及测序分析,测序结果在GenBank上进行BLAST搜索,同源性分析,并用MEGA7.0软件对所有实验样品及少棘巨蜈蚣的近缘物种进行遗传距离分析、构建邻接(NJ)树以验证序列比对结果。结果表明,从少棘巨蜈蚣(Scolopendra subspinipes mutilans L. Koch)干燥体中成功地提取到了基因组总DNA,并成功扩增出了用于动物种属鉴定的12S rRNA、COI基因片段。但所得蜈蚣样本12S rRNA基因片段序列与NCBI的GenBank中的物种的同源性无90%以上的。通过文献调研发现尚无蜈蚣12S rRNA基因片段的相关报道,将该序列作为新的基因序列注册到NCBI基因数据库中,该基因片段序列的GenBank登录号为JN558832.1。这说明利用线粒体DNA上的12S rRNA、COI基因DNA分子标记皆可准确鉴定动物种属。本研究得到的12S rRNA基因片段序列可作为后续准确鉴定少棘巨蜈蚣药材的分子标记参考。     

重组PCR技术的应用及优化

重组PCR是通过DNA重叠序列的衔接作用,使多个DNA分子融合在一起的体外扩增技术。它使基因全序列的拼接、基因融合、基因破坏及启动子交换等DNA操作变得简单易行。如今重组PCR已成为DNA分析的有效利器。本研究通过重组PCR在分子进化、基因敲除及基因敲入、启动子研究和转基因植物转化载体的构建等方面的实际应用,分析了该技术的影响因素,并针对引物设计、DNA碱基重叠长度、温度参数等重要反应条件提出了优化方案。     

大白菜细胞质雄性不育系RAPD特异扩增片段的克隆及其序列分析

利用RAPD技术从大白菜细胞质雄性不育系CMS3411-7的DNA中得到1个特异扩增片段CMSO-PL01670,进一步以该片段为探针进行Dot和Southern杂交证实了该片段为不育系所特有。回收该特异扩增片段并将其克隆到pGEM-T Easy载体上进行序列测定。测序结果表明该片段全长673bp,其碱基组成为A T=67.16％。通过与GenBank EMBL DDBJ PDB中的455 972个序列进行比较,同源性均小于30％,表明该片段为一新发现序列。并且该序列的 4 - 216的区域内含有1个可编码70个氨基酸的开放阅读框架。上述结果为今后从分子水平进一步研究大白菜细胞质雄性不育打下了坚实的基础。     

疫苗

构建了一种基因工程系统,以用来克隆大肠杆菌K88ac和K88ad鞭毛素基因中编码一种肤的DNA序列并使它们表达为重组鞭毛.通过在质粒pBR322内再克隆鞭毛素基因和用一连接片段代