SARS-CoV-2与SARS-CoV:病原学、流行病学、临床与病理

2019年12月在武汉暴发了由SARS-CoV-2感染引起的新型冠状病毒肺炎(Coronavirus disease 2019,COVID-19),并迅速扩散至全国.SARS-CoV-2和SARS冠状病毒(SARS-CoV)都属于套式病毒目、冠状病毒科、冠状病毒属中的SARS相关冠状病毒种,本文总结了两者在来源、病毒结构、流行病学、临床表现和病理学特征等方面的差异,以期更全面认识SARS-CoV和SARS-CoV-2,为COVID-19的防治研究提供帮助.     

基于Web of Science对COVID-19的研究现状分析

在新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情暴发的大背景之下,为进一步了解和明确COVID-19当前研究的全球现状和热点,本研究基于Web of Science数据库对该主题进行检索,对自疫情暴发到2020年4月30日新型冠状病毒(SARS-CoV-2)领域的SCI文献进行计量学分析,探讨SARS-CoV-2的研究重点以及研究现状.本研究通过对SARS-CoV-2相关文献的信息获取、处理、分析,应用文献计量学方法对该研究领域进行研究态势分析.统计分析数据及可视化数据分析结果表明,以"COVID-19 or Novel coronavirus pneumonia"为主题词,搜索到文献共计1 523篇;在现阶段处于研究的初期,在该领域中国发文量排名第一位;伦敦大学、哈佛大学和华中科技大学是世界范围内发文量前三名的机构;并对高频关键词进行类群整理明确研究热点为COVID-19、SARS以及public health(公共卫生).研究发现,中国学者在"COVID-19"领域的研究取得了快速发展,在文章的影响力、发文量上都属于世界前沿水平.     

新型冠状病毒肺炎感染病例中鼻咽拭子与咽拭子标本的病毒核酸检验结果分析

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)主要通过飞沫和密切接触传播,传染性强,目前在全球蔓延,给人的身体健康及世界公共卫生安全造成了严重的损害。病毒核酸检验是新型冠状病毒肺炎(COVID-19)病例确诊的金标准。本研究分别采集武汉江夏方舱医院67例确诊为COVID-19病例的鼻咽拭子与咽拭子标本送检,进行SARS-CoV-2核酸检验。其中28例患者鼻咽拭子病毒核酸呈阳性,13例患者咽拭子病毒核酸呈阳性,26例患者鼻咽拭子与咽拭子病毒核酸均为阴性。本研究结果提示,鼻咽拭子送检标本病毒核酸检验结果优于咽拭子标本(P<0.05)。     

新型冠状病毒疫苗研究策略分析

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)是一种可引起人新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的新发呼吸道病原体,与重症急性呼吸道综合症冠状病毒(SARS-CoV)和中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)同属于β-冠状病毒,具有较高的传染性和一定的致死率。2019年12月在我国武汉被发现,随后蔓延到我国大部分省份,给我国人民健康和经济发展造成巨大损失。疫苗接种是预防和控制传染病的常规和有效手段,国内外多个机构已启动COVID-19疫苗研究工作。文中基于SARS和MERS疫苗研究的经验和教训,对COVID-19疫苗的研究策略和需要注意的关键问题进行了阐述,为相关研究人员提供参考。     

SARS病毒与其他冠状病毒的基因组比较

本文利用生物信息学方法比较SARS病毒和其他冠状病毒基因组.通过数据库搜索,找出与SARS病毒基因组相似的核酸或蛋白质序列,并对相似序列进行比对,分析它们的共性和差异.结果表明,SARS病毒在基因组的组织上及结构蛋白质方面与现有冠状病毒有比较大的相似性,SARS病毒基因组与冠状病毒基因组相关.但是,SARS病毒基因组还存在一些特异性序列,ORF1a和S蛋白(特别是S1)的变化以及SARS-CoV特异性的非结构蛋白可能是SARS发病机理与传染特性区别于其他冠状病毒的分子基础.在全基因组水平上进行核酸单词出现频率分析,结果表明,SARS病毒远离已知的其他冠状病毒,单独成为一类.     

喀什边境口岸陆运卡车及集装箱污染的新冠病毒基因特征分析

新疆维吾尔自治区喀什地区作为我国与中亚和欧洲的重要陆路货运口岸,来往货物运输频繁,引入新型冠状病毒(SARS-CoV-2)风险大,对我国新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情防控造成压力.2020年11月我国新疆维吾尔自治区喀什地区发生输入SARS-CoV-2导致的本土聚集性COVID-19疫情.为明确货物运输载体携带SARS-CoV-2的基因特征以及边境快速物流系统作为SARS-CoV-2传播载体的可能性,本研究对2020年11月6日-2020年11月10日期间在喀什边境口岸货运卡车及运输的集装箱采集的35份SARS-CoV-2核酸阳性样本进行SARS-CoV-2全基因组序列测定和比对分析.结果 显示,35份样本ORFlab基因Ct值的中位数(最小值～最大值)为37.64(28.91～39.81),N基因Ct值的中位数(最小值～最大值)为36.50(26.35～39.30),Reads数匹配率的中位数(最小值～最大值)为51.95％(0.86％～99.31％),病毒载量较低;35份样本中基因组覆盖度达到70％以上的共计18份.基于Pango命名法,18条SARS-CoV-2基因组序列分别属于B.1、B.1.1、B.1.9、B.1.1.220、B.1.153和B.1.465共6个不同的基因型,其中3个基因型(B.1、B.1.1和B.1.153)在喀什边境接壤或邻近的四个国家同期采集的病例样本中也有发现.核苷酸突变位点和系统进化树分析显示,同一个地点采集的样本病毒基因组相似程度高;18条序列中的4条与喀什COVID-19疫情毒株代表序列处在同一个进化分支;其中1条序列与喀什COVID-19疫情毒株基因组存在1个或2个核苷酸突变位点差异,高度同源.本研究证实喀什COVID-19疫情期间边境货运卡车和集装箱存在境外多种基因型病毒的污染,其中存在喀什COVID-19疫情毒株的祖父代病毒,高度提示边境快速物流系统卡车及集装箱作为载体携带SARS-CoV-2病毒入境造成了本土疫情,这些数据为我国边境口岸地区的新冠防控策略制定及后续疫情溯源提供了关键的参考依据.     

新型冠状病毒Wuhan-Hu-1株Np空间结构及其B细胞抗原表位的预测

新型冠状病毒(Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2,SARS-CoV-2)是最新发现的一种可侵染人体的β属冠状病毒,该病毒入侵机体可引发新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019,COVID-19),该疫情的暴发在国内甚至国际上造成了严重...     

COVID-19确诊病例居住环境病毒检测结果分析及防控探讨

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)传播速度快、感染范围广,其感染方式主要是聚集性感染,感染途径主要是呼吸道飞沫和接触传播。了解环境中,特别是COVID-19确诊病人生活环境中的病毒存在情况,是做好环境消毒,阻断新型冠状病毒(SARS-CoV-2)传播的重要步骤,对COVID-19防控具有重要意义。本研究旨在探讨COVID-19患者生活环境中SARS-CoV-2的存在情况,从SARS-CoV-2存在的空间部位、病毒核酸含量、消毒效果等方面对SARS-CoV-2的相关特点做出初步研究,为制定有效的SARS-CoV-2防控措施提供科学依据。本研究以COVID-19病例治疗前的3个家庭居住环境和治疗出院后隔离期间的2个宾馆居住环境中采集的样本为研究材料,采用RT-PCR方法检测样本中的SARS-CoV-2核酸并进行比较分析。结果显示,首次从3个家庭环境中采样48份,RTPCR检测SARS-CoV-2核酸阳性5份(10.42%),3个家庭的环境样本中均有阳性样本检出。首次采样48h后在家庭3进行第二次采样16份,SARS-CoV-2核酸检测阳性2份(12.5%),检测Ct值比首次升高。家庭3消毒后24h采集的16份样本SARS-CoV-2核酸检测均为阴性,并且两处宾馆环境采集的24份样本SARS-CoV-2核酸检测也均为阴性。本研究提示,COVID-19病例的生活环境中可以检出SARS-CoV-2,病毒存在区域、存在物品、病毒核酸含量均有差异;对外环境进行消毒可以达到消毒目的,能够起到阻断SARS-CoV-2传播的防控效果。     

2019冠状病毒病(COVID-19)实验室诊断方法的应用现状

严重急性呼吸综合征冠状病毒2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)系通过分析鉴定2019年武汉不明原因的肺炎病例而被发现。世界卫生组织将该新型冠状病毒感染的肺炎命名为2019冠状病毒病(corona virus disease 2019, COVID-19)。COVID-19的实验室诊断方法主要有基于病毒核酸的病原学检查、通过特异性抗体检测的血清学检测以及一般检查。目前,实时逆转录PCR是COVID-19确诊的金标准,但该方法存在漏检和假阴性的问题,因此,为了更有效防控COVID-19,有必要发展高质量、高敏感的诊断方法。本文综述了COVID-19实验室诊断方法的应用现状及最新进展,以期为快速准确诊断COVID-19提供参考。     

基于三种试剂盒分析新型冠状病毒特异性抗体的动态变化

为了解新型冠状病毒肺炎(COVID-19)发病后血清中新型冠状病毒(SARS-CoV-2)特异性抗体的动态变化,本研究使用三种不同检测原理的SARS-CoV-2抗体检测试剂盒,对来自甘肃省33例核酸检测阳性的COVID-19确诊病例的58份血清标本,分别进行了病毒特异性抗体(IgM、IgG和总抗体)的检测。结果显示,COVID-19发病后IgM、IgG和总抗体阳性率随发病时间的推移而逐渐上升:发病早期3d以内,三种试剂盒检测病毒特异性抗体阳性率在13.6%～31.8%之间;发病4～7d时,阳性率在36.4%～45.5%之间;发病8～14d时,阳性率在55.6%～77.8%之间;而发病15d以上时,阳性率达到100%。此外,本研究使用三种试剂盒检测了健康人血清标本,检测特异性在99%～100%之间。统计学分析结果显示,三种检测试剂盒的检测结果差异无显著性(P>0.05)。综上所述,三种SARS-CoV-2抗体检测试剂盒均具有较好的敏感性和特异性,可用于COVID-19疑似病例在核酸检测阴性时的辅助诊断;本研究初步获得的SARS-CoV-2特异性抗体动态变化特征可为COVID-19血...