多浪羊mtDNA D-loop区遗传多样性及系统发育分析

以多浪羊为研究对象,分析绵羊线粒体D-loop区的遗传多样性,为研究多浪羊的起源和进化历史奠定基础。结果显示,多浪羊线粒体DNA D-loop序列长度为945~1 039 bp,A、T、G和C含量分别为29.4%、27.7%、17.7%和25.1%,其中A+T为57.1%,G+C为42.8%。研究获得了26种单倍型,56个多态位点,其中单一多态位点42个,简约信息位点14个。平均核苷酸差异数k为5.289,核苷酸多样度Pi为0.02 415,核苷酸多样度较低,说明多浪羊的遗传多样性贫乏,应采取重点措施予以保护。另外研究发现多浪羊经历过群体扩张,其母系起源除A、B和C世系外,可能存在D或E世系。     

基于线粒体Cytb基因分析高原鳅种群遗传多样性与系统发育关系

以高原鳅(Triplophysa)属鱼类8个种群共75个个体的线粒体Cytb基因为标记,通过生物信息学分析高原鳅属种群遗传多样性和系统发育关系.结果表明,全长1 140bp的Cytb基因序列中共检测到527个多态位点,界定了61个单倍型,A+T含量(55.9％)高于G+C含量(44.2％).8个种群单倍型多样度(Hd)...     

罗非鱼mtDNA D-loop区部分序列结构和种群遗传多样性分析

采用PCR扩增和测序的方法获得了尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)埃及品系(简称AJ,22尾)、88品系(简称XH,26尾)和奥利亚罗非鱼(O.aureus)(简称ALY,28尾)夏奥1号线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)的部分序列(575～581 bp)。对照其他已报道的鱼类控制区结构,对序列结构进行分析,成功识别了罗非鱼mtDNA D-loop区序列的中央保守区和保守序列区,找到了4个特征序列(CSB-D、CSB1、CSB2、CSB3)。76个个体共检测出28个单倍型。AJ群体有12个单倍型,XH群体有10个单倍型,ALY群体存在9个单倍型。其中,3个群体共享1个单倍型(XH06),AJ和XH群体共享一个单倍型(XH10),其他为各个群体独有。AJ和XH(Nm=0.77)、AJ和ALY(Nm=0.02)、XH和ALY(Nm=0.02)之间均存在一定的遗传分化。AJ和XH的核苷酸多态性(Pi)值(分别为0.042 4、0.031 1)明显高于ALY的Pi值(0.001 2)。本实验中的ALY品种纯度高,AJ和XH的遗传多样性较丰富。mtDNA D-loop区能反映出罗非鱼群体的种质特征,适用于罗非鱼群体内的遗传多样性研究。     

西藏牦牛mtDNA D-loop区的遗传多样性及其遗传分化

通过测定和分析西藏11个牦牛类群114个个体的mtDNA D-loop区全序列,对西藏牦牛的遗传多样性、类群间的亲缘关系及其遗传分化进行了研究。结果表明:①西藏牦牛mtDNA D-loop区全序列长度为890—896 bp,4种核苷酸T、C、A、G的平均比例分别为28.5%、25.3%、32.4%、13.8%,西藏牦牛mtDNA D-loop区富含碱基A+T,表现出一定的碱基偏好性。②共检测到130个变异位点,占分析总位点数的14.33%;其中单一多态位点85个,占多态位点总数的65.38%,简约信息位点45个,占多态位点总数的34.62%。序列变异中碱基缺失、插入和碱基替换等均有,其中碱基替换变异类型中转换114次,颠换12次,在转换变异类型中以A/G、T/C为主,占95.61%,在颠换变异类型中以A/T为主,占75%。③在114个个体中鉴定出90种单倍型,单倍型多样性为0.981±0.008,核苷酸多样性为0.01056±0.00701,均说明西藏牦牛具有丰富的单倍型类型。④90种单倍型分为2个聚类簇(Ⅰ、Ⅱ),聚类簇Ⅰ包含80种单倍型,占全部单倍型的88.89%,涵盖本研究中所有的西藏牦牛类群;聚类簇Ⅱ中有10种单倍型,占单倍型总数的11.11%,涉及的类群有工布江达、帕里、丁青、巴青、江达、类乌齐、桑桑、桑日、斯布,说明西藏牦牛可能有2个母系起源。⑤西藏牦牛类群间核苷酸分歧度(Dxy)在0.503%—1.416%之间,聚类分析和AMOVA分析显示西藏牦牛可分为两大类,康布牦牛、嘉黎牦牛为一类,其余的牦牛类群为另一类。     

黑琴鸡北方亚种mtDNA D-loop遗传多样性初步研究

黑琴鸡(Tetrao tetrix)为国家Ⅱ级保护动物,但近年来种群数量不断减少。因此,了解不同种群的遗传变异情况,可为制定保护管理策略提供依据,以便恢复野外种群的数量。本文测定加格达奇(42个个体)和呼伦贝尔市扎兰屯(76个个体)两个黑琴鸡种群的共118个个体的mtDNA D-loop 序列,共发现25个变异位点,定义了33个单倍型,整体的平均核苷酸差异数(K)为2.608,核苷酸多样性(π)为0.228%,种群的遗传多样性偏低,两个种群有一定的基因交流,N_m为14.63,群体间无显著的遗传分化。Tajima's D和Fu&Li's D的估算结果表明,这两个黑琴鸡种群相对于中性的歧异度并没有明显的偏离(P>0.1),两个种群可能未经过大规模的种群扩张过程。     

都柳江南方白甲鱼群体mtDNA D-loop序列及遗传多样性分析

为探究都柳江流域南方白甲鱼种群种质资源现状。本研究以采集自都柳江的40尾南方白甲鱼个体为实验样本,使用mtDNA D-loop分子标记技术,得到了长度近700 bp的南方白甲鱼D-loop序列。经分析序列中碱基A、T的含量高于碱基C、G,识别了序列的保守序列区、终止序列区和中央保守区以及相关的核心序列。都柳江南方白甲鱼群体D-loop序列有变异点13个,变异类型包括缺失、插入、转换和颠换。多态位点11个,其中单突变点和简约信息点分别有3个和8个。碱基转换颠换比为4.5∶1,变异尚未达饱和。确定了15个单倍体型。都柳江南方白甲鱼群体D-loop序列单倍型多样性度和核苷酸多样性指数分别为0.877 7和0.003 3。都柳江南方白甲鱼群体近期可能存在扩张现象,但其核苷酸多样性较低,需要开展其种质资源研究和保护。本研究从分子水平上为都柳江南方白甲鱼种质资源的评价、开发和利用提供基础。     

新疆塔里木河叶尔羌高原鳅遗传多样性研究

为探究新疆塔里木河叶尔羌高原鳅(Triplophysa yarkandensis)遗传多样性现状,研究基于线粒体Cytb和D-loop序列对塔里木河两条支流(车尔臣河和渭干河)的8个地理群体进行了遗传学多样性和遗传结构分析.结果显示,基于Cytb和D-loop序列分别获得了41和51个单倍型,单倍型多样性指数/核苷酸多...     

婆罗门牛mtDNA D-loop变异及其遗传背景

对10头原种婆罗门牛mtDNAD-loop全序列912 bp测序,婆罗门牛遗传多样性丰富,检测到的9种单倍型兼有瘤牛(B.indicus)与普通牛(B.taurus)的遗传背景,核苷酸变异率为6.25 %,单倍型多态度为0.978±0.054 ,核苷酸多态度为0.014 30±0.008 68。所有单倍型聚为明显的两大分支,婆罗门牛的大部分单倍型为普通牛单倍型类群,并占绝对优势(90 %) ,仅Brah-6与亚洲瘤牛聚在一起,属于亚洲瘤牛线粒体单倍型,表明婆罗门牛的确是集亚洲瘤牛、欧洲普通牛等优良特性于一身(易产犊、产肉性能好、耐热与体表寄生虫等)的瘤牛品种之一。育种学家引种瘤牛的目的是改善当地牛的生产力与适应性,现代普通牛表现出明显又普遍的瘤牛渐渗现象。对现代的瘤牛品种而言,除亚洲瘤牛品种外,普通牛对其他瘤牛品种育成的贡献同样高。支持瘤牛(B.indicus)为独立驯化、起源于印度次大陆的假说。     

花生根瘤菌群体遗传多样性和系统发育研究

利用16S rRNA RFLP,16S rRNA序列分析和16S－23S IGS PCR RFLP技术对43株花生根瘤菌和来自其他种属的15个参比菌株进行了群体遗传多样性和系统分析。16S rRNA PCR RFLP分析结果表明,所有供试花生根瘤菌均属于慢生根瘤菌属,在系统发育上与B.japonicum的亲缘关系最近,具有相同的16S rRNA RFLP基因型,而与B.elkanii相对较远。16S rRNA 序列分析结果表明,供试花生根瘤菌在系统发育上更接近于B.liaoningense,序列间差异小于1％,而B.liaoningense在系统发育上与B.japonicum相距很近,其序列间差异小于1％,16S－23S rRNA IGS RFLP分析结果表明,尽管花生根瘤菌与B.japonicum和B.elkanii的亲缘关系很近,但在71％的相似性水平上供试花生根瘤菌仍各自聚为一群,并可进一步分为A、B、C和D4个亚群,该分群还明显反映了地理因素对群体遗传多样性和系统发育的影响。     

我国根瘤蚜mtDNA COⅠ遗传多样性与系统发育

通过线粒体DNA COⅠ多态性研究了我国根瘤蚜Daktulosphaira vitifoliae Fitch的遗传分化与系统发育,并将我国根瘤蚜单倍型与GenBank中已发表的85个单倍型进行了聚类分析。结果表明：序列中A,C,T,G 4种核苷酸的比例分别为34.8%,15.8%,39.2%和10.2%, 29 个变异位点中单一多态位点 12 个,简约信息位点17 个。确定了 13 种单倍型,检测5种单倍型,其中上海群体单倍型相对丰富,且上海葡萄根瘤蚜群体与其他3个群体之间没有共享单倍型。同时上海群体与其他3个群体的遗传距离最大（0.039~0.040）,Nm最小（0.02）,在分子系统发育树和单倍型网络图上为独立分支,说明我国根瘤蚜至少有两个独立的起源。     

中国山羊mtDNA D-loop遗传多样性及其起源研究

采用DNA测序技术分析了中国9个山羊品种（板角山羊、成都麻羊、贵州黑山羊、贵州白山羊、黔北麻羊、马头山羊、陕南白山羊、黄淮山羊和雷州山羊）共计128个个体的mtDNA D-loop全序列。结果表明：山羊mtDNA D-loop全序列长度为1212-1213bp,检测到102个变异位点,约占分析位点总数的8．42％,可变位点中转换占99个,颠换2个,1个转换/颠换共存;界定了92种单倍型,有78种为各品种独享单倍型,另外14种为群体内或群体间共享单倍型。9个山羊品种单倍型多样度为0．9333-1．0000,核苷酸多样度为0．7062％-1．8265％,表明中国山羊品种遗传多样性丰富。根据92种mtDNA单倍型构建了中国山羊的NJ分子系统树,聚类表明,中国山羊mtDNA D-loop序列单倍型分为支系A和支系B两大类。支系A包括75种单倍型,代表95个样本,占总数的74．22％;支系B包括17种单倍型,代表33个样本,占总数的25．78％,说明中国山羊存在支系A和支系B两大母系起源。对中国山羊mtDNA D-loop的支系A和支系B进行核苷酸不配对分布曲线分析和Fu的Fs中性检验,分析表明,支系A的分布曲线呈单峰形,Fs值为-24．6491,P值为0．0000,显著偏离中性,表明山羊支系A曾经历群体扩张;支系B呈近似双峰分布,Fs值为-3．3947,P值为0．0980,中性检验差异不显著,表明山羊支系B没有经历群体扩张,群体大小保持相对稳定。山羊支系B可能起源于中国。     

The Genetic Diversity of mtDNA D-loop and the Origin of Chinese Goats

The complete sequences of mitochondrial DNA D-loop of 128 individuals in nine Chinese goat (Capra hircu) breeds were analyzed by DNA sequencing technology. The results show that the length of mtDNA D-loop in Chinese goats is 1 212-1 213 bp. There are 102 polymorphic sites, accounting for 8.42% of 1 212 bp sequence. Ninety-two mtDNA haplotypes were determined. The haplotype diversity and nucleotide diversity are 0.9333-1 .0000 and 0.7062%-1.8265%, respectively. The results indicate that the genetic diversity of Chinese goats is very abundant. The NJ tree indicates that Chinese goats have two types of maternal origins from lineage A and lineage B. The possibility of lineage B originating from China is also discussed.     

青海高原牦牛mtDNA Cytb基因和D-loop区遗传多样性及系统进化分析

为探究青海高原牦牛的遗传多样性和起源进化关系,本研究通过测定和分析青海高原牦牛155个个体细胞色素b基因(Cytb)和D-loop区全序列,分析多态性及构建系统进化树.结果表明:青海高原牦牛Cytb基因全序列长度为1 140 bp,个体间序列长度无差异,4种核苷酸T、A、G、C的含量分别为26.26％、31.73％、1...     

四川裂腹鱼乌江种群mtDNA控制区序列的遗传多样性分析

采用PCR扩增和直接测序法分析了四川裂腹鱼乌江种群32个个体mtDNA控制区的序列差异和遗传多样性.在该种群mtDNA控制区长度为464 bp的同源序列中,共计有9个变异位点,占总位点数的1.94%.32个个体共定义了9种单倍型,单倍型间平均遗传距离(P)为0.0060,单倍型多样度(Hd)为0.768.核苷酸多样性(π)为0.00324,平均核苷酸差异数(K)为1.500.用单倍型间遗传距离构建的NJ分子系统树聚为两个分支.结果提示四川裂腹鱼乌江种群遗传多样性匮乏,保护四川裂腹鱼乌江种群刻不容缓.     

西藏小型猪线粒体D-loop区及微卫星多态性的遗传学分析

目的通过分析西藏小型猪线粒体控制区(D-loop区)及微卫星位点的遗传多态性,检测西藏小型猪的遗传背景,从而为其作为实验动物提供分子生物学方面的可靠依据。方法利用特异性引物对西藏小型猪的线粒体D-loop区及10个具有多态性的微卫星位点进行扩增,割胶纯化并对线粒体D-loop区进行测序,另外采用聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法分离微卫星位点的等位基因。结果西藏小型猪线粒体D-loop区全序列没有多态性,微卫星位点则具有高度的遗传多态性和杂合度,分别为0.584和0.573。结论西藏小型猪线粒体基因组无多态性,证明其在母系进化和遗传上与其他猪种较为一致,本实验所用的西藏小型猪生长于一个封闭的环境,导致其微卫星位点遗传多态性的中低度水平。     

中国黄牛mtDNA D-loop遗传多样性及起源

黄牛自古以来就是我国一个重要的畜种,其经济、文化价值很高。我国是世界上黄牛品种资源最丰富的国家之一。据《中国牛品种志》介绍,把一些地区同种异名的黄牛品种合并以后,尚有28个地方黄牛品种,按照其地理分布区域分为北方黄牛、中原黄牛和南方黄牛三大类型(邱怀,1986)。如果把中国地方黄牛品种分得更细,则有49个固有品种(常洪,1995)。关于中国黄牛的起源,历来有不同的观点。一般认为,中国黄牛是多元起源的,但究竟起源于哪几个牛种,观点不一(陈宏等,1993;于汝梁等,1993;Yu et al.,1999;陈幼春,1990)。主要的观点有:(1)中国黄牛主要起源于…     

Genetic diversity and origin of Chinese cattle revealed by mtDNA D-loop sequence variation

To determine the origin and genetic diversity of Chinese cattle, we analyzed the complete mtDNA D-loop sequences of 84 cattle from 14 breeds/populations from southwest and west China, together with the available cattle sequences in GenBank. Our results showed that the Chinese cattle samples converged into two main groups, which correspond to the two species Bos taurus and Bos indicus. Although a dominant lineage was clearly discerned in both B. taurus and B. indicus mtDNAs, network analysis of the lineages in each of the two species further revealed multiple clades that presented regional difference. The B. taurus samples in China could be grouped into clades T2, T3, and T4, whereas B. indicus harbored two clades I1 and I2. Age estimation of these discerned clades showed a time range of 14,100-44,500 years before present (YBP). The phylogenetic pattern of Chinese cattle was consistent with the recently described cattle matrilineal pool from northeast Asia, but suggested that B. indicus contributed more to the cattle from south and southwest China. The genetic diversity of Chinese cattle varied among the breeds studied.