流感病毒基因组及其转录

甲型流感病毒的特点是其表面抗原经常发生变化。1931年首先从猪分离出流感病毒;接着也从人体分离出;以后每隔10—15年就出现新的亚型,在人群中广泛流行。流行期间,病毒经常发生变异,这给疫苗研究带来很大困难。甲型流感病毒的不同毒株之间,重组率非常高。灭活病毒经两次或多次感染之后,可以恢复感染     

人类最大的瘟疫——流感

流感是由正粘液病毒引起的下呼吸道传染病。流感病毒分为甲型、乙型和丙型。引起流感暴发流行的病毒主要是甲型流感病毒,乙型流感病毒可引起局部流行。流感起病急,剧烈头痛、发冷、发热、食欲减退、全身乏力、背部和四肢疼痛为主要症状。全身中毒症状很重,呼吸道炎症却很轻。严重病例发生下呼吸道并发症,如支气管炎、气管支气管炎和支气管肺炎。流感病毒传播快,新亚型出现,几个月内横扫全球。在流感大流行时,造成学校停课,工厂停工,机关瘫痪,军队失去战斗力,医院人满为患。在历史上,流感曾发生很多次世界性流行。近百年来,发生过四次很大规模的流行。甲型流感病毒的表面抗原经常发生变异,病毒变异又有抗原漂流(Antigenicdrift)和抗原突变(Antigenicshift)之分。抗原漂流为血凝素抗原结构微小变异,抗原突变为病毒在自然界进行基因重组。每当新亚型出现时,人群对新病毒缺乏免疫力,往往造成大流行。只有加强流感病毒生态学研究,弄清病毒变异的规律,人类才能制服流感。     

流感病毒灭活疫苗研究进展

流感病毒的不断变异是造成流感经常流行的主要原因．研究表明人流感病毒的来源与禽流感病毒的存在密切相关．最近出现的禽流感病毒跨种属感染人的事件,预示引起下一次爆发的流感病毒流行可能直接来源于禽流感病毒．因人类对新出现的病毒缺乏免疫力,开发有效疫苗仍然是预防流感流行的关键．对流感灭活疫苗包括灭活疫苗有效成分的改良,H5N1、H9N2型人．禽流感疫苗研究和应用反向遗传技术制备流感灭活疫苗等方面的研究进展进行了探讨．     

禽流感与禽流感病毒研究进展

对禽流感的症状、传播、感染、流行规律、疾病发生历史、流行监测、诊断、防治以及禽流感病毒的分类地位、命名、病毒粒子形态结构、病毒基因组结构、病毒复制、病毒变异的研究进展作了综合评述,并对该领域的研究热点和方向作了探讨。     

诺如病毒新型GII.4流行株Sydney2012在上海地区的检出和鉴定

为了解上海地区诺如病毒相关急性胃肠炎疫情的流行病学特点及流行株基因型的演化情况,2012年3月至2013年2月,收集上海市两处哨点医院成人急性胃肠炎粪便样本进行诺如病毒的分子检测并对其基因特征进行系统分析。在502份样本中,GI群共检出19例,检出率3.78%,呈现低位流行、全年散发的状态,无明显的季节分布;GII群检出86例,检出率17.13%,在10¹2月出现高位流行,并发现中老年人群GII群诺如病毒检出率显著高于青年个体（P<0.05）。同时首次于2012年9月在上海地区检出新型GII.4变异株Sydney₂012,证实是该变异株引发了2012年秋冬季诺如病毒急性胃肠炎的高位流行。序列分析表明该变异株为GII.e型开放阅读框（Open reading frame,ORF）1与GII.4型ORF2的重组体,目前已成为本地区的优势流行株。研究发现,2012年上海地区出现GII.4新型变异株Sydney₂012,并引发秋冬季诺如病毒急性胃肠炎的高位流行。     

从进化生物学角度谈为何中国目前需要动态清零而非与新冠病毒共存

<正>自从2021年11月在南非发现了新冠病毒奥密克戎(Omicron)变异株以来,该变异株迅速取代德尔塔(Delta)变异株成为全球主要流行的变异株^[1]。2022年3月初开始的上海疫情便是由奥密克戎变异株所引发。从2022年4月9日上海的流行病学调查数据来看,新冠病毒新增患者多为无症状感染者,和确诊病例的比例为24∶1 (https://wsjkw.sh.gov.cn/)。     

海南省三亚市15例新冠病毒Omicron变异株BA.5.1.3亚型的基因组特征分析

本文选取15例SARS-CoV-2感染病例的鼻咽拭子样本,采用新冠病毒全基因组三代Nanopore测序技术进行全基因组测序并对病毒的变异位点进行分析;结果显示,15株病毒均为BA.5.1.3变异株（Omicron）,NextStrain进化分析为22B。15株毒株共同发现了71个核苷酸突变位点,氨基酸的变异位点有54个,其中存在相同的16个同义突变。15株毒株具有5个特有的核苷酸变异,4个特有的氨基酸变异位点,个别毒株还具有其他突变位点。这是中国境内首次发现Omicron BA.5.1.3变异株,此变异株存在引发本地的流行和暴发风险,需要严密持续的对境外输入病例进行流行病学调查和病毒基因分子特征分析。本研究构建测序方法和分析结果可用于新冠病毒的变异分析和病例溯源,对新冠疫情防控具有重要意义。     

21世纪的首次大流行：2009甲型（H1N1）流感

2009年4月初,在墨西哥和美国出现一种新型甲型（H1N1）流感病毒。该病毒通过人-人传播迅速在全球范围蔓延。该病毒拥有来自人流感病毒、禽流感病毒和猪流感病毒的基因片段,其HA基因与引发1918年大流行的流感病毒株的HA基因同源性很高。该病毒倾向于感染儿童、青少年、孕妇,以及具有心肺疾病的人。据观察,它在人群中的传播能力高于季节性流感。部分感染患者具有在季节性流感中罕见的呕吐和腹泻症状。先前的流感病毒大流行和2009年爆发的甲型H1N1流感病毒大流行表明,由于流感病毒变异速度快、容易发生基因重排,新产生的变异毒株很可能造成新的大流行,威胁人类健康。由于禽流感病毒和人流感病毒都能感染猪,猪被认为是通过基因重排生成新的大流行病毒的＂混合容器＂。     

GⅡ.4型诺如病毒的进化及疫苗研究进展

人诺如病毒(Noroviruses,No Vs)是杯状病毒科(Caliciviridae)的一种单链正股RNA病毒,是引起急性胃肠炎的主要病因,以GⅡ.4基因型最为流行.GⅡ.4型诺如病毒极易发生变异,每隔2~3年便可形成新的变异株,引起胃肠炎大范围流行,这与甲型流感病毒的流行特点相似.GⅡ.4型诺如病毒的进化机制涉及受体-组织血型抗原(HBGAs)、基因组空间、群体免疫、复制保真度等因素,这些因素共同影响GⅡ.4型的进化率.诺如病毒变异较快,使得诺如病毒疫苗的研发较为困难.但令人欣慰的是,目前基于GⅡ.4病毒样颗粒(VLPs)的疫苗研制进展顺利,有望在短期内面世;此外,诺如病毒体外感染模型的建立,使得减毒活疫苗与灭活疫苗的研发成为可能.     

诺如病毒流行株GⅡ.4型进化研究进展

诺如病毒是目前全球流行性腹泻的首要病原,具有丰富的遗传多样性,其中GⅡ.4型作为主要流行基因型,二十多年来通过自身变异持续感染着人类。近年来,随着病毒受体的发现以及对免疫特异性的理解,有关诺如病毒进化机制的研究得到了不断的深入,有假说提出,结合受体的转换与抗原位点的漂移是GⅡ.4型病毒进化的主要因素。同时,作为RNA病毒,高变异率及有限的基因组变异空间也决定了诺如病毒的进化方向。     

登革病毒流行株的分离鉴定及其毒力位点变异研究

目的:从登革热患者血清中分离登革病毒,鉴定流行株的血清型及其毒力。对其中两分离株E基因进行序列测定,分析其可能的毒力位点变异。方法:采集临床诊断为登革热患者急性期血清91份,接种于C6/36细胞分离病毒,应用间接免疫荧光法鉴定及分型。并通过乳鼠脑内接种和空斑试验,测定分离株的毒力。扩增2株分离株E基因,克隆到pGEM-T载体进行序列测定,分析变异位点。结果:在91份血清中经2~3次传代分离出8株病毒,鉴定为登革1型病毒。在E蛋白影响毒力的3个区段中,两分离株有3处存在变异。结论:推测此次广州地区流行登革热可能由DEN 1型病毒感染引起,流行株的毒力较弱。毒力减弱可能和其基因位点变异有关。     

SARS-CoV-2（新冠病毒）变异流行株命名系统

SARS-CoV-2(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2),又称“新型冠状病毒”或“新冠病毒”,正不断进化和变异,产生了大量的病毒变异株（Variant）,其致病性、宿主适应性和传播性变化显著,给COVID-19(Coronavirus disease-19),又称“新型冠状病毒肺炎”或“新冠肺炎”的防治带来巨大挑战。变异株的命名对COVID-19的分子流行病学调查和防控技术研究起到关键性的辨识作用。本文综述了GISAID、Nextstrain、Pango、TILE和希腊字母5种SARS-CoV-2变异株的命名原则、适用范围和重要的流行变异株,为SARS-CoV-2变异株的监测、研究SARS-CoV-2变异株的进化机制、传播特性及抗原位点设计提供一定的参考。     

A/swine/H1N1流感病毒中国分离株血凝素进化分析

2009年3月以来,甲型H1N1病毒已在全球包括中国造成了巨大的危害,所以利用生物信息技术对其进行研究显得十分必要。从NCBI数据库下载中国大陆境内A/swine/H1N1病毒HA基因核酸序列及其编码蛋白序列,利用MEGA4.0软件对核苷酸编码序列构建系统进化树,利用BioEdit软件对蛋白序列进行比对,分析重要抗原位点变异情况,结果显示2010年在广东流行的病毒,从其他地方传播到广东的,而非早期广东流行的的病毒变异而来。2008年福建,山东,北京等地区的病毒传播比较迅速.这些分析结果阐明了中国大陆境内A/swine/H1N1病毒血凝素(HA)基因的进化关系和变异趋向,对于研究A/swine/H1N1病毒具有重要的参考价值。     

犬细小病毒:从起源到进化

犬细小病毒(Canine parvovirus,CPV-2)首次分离于1978年,被认为是由遗传关系相近的猫泛白细胞减少症病毒(FPLV)或其他肉食兽细小病毒(FPLV-like virus)跨宿主感染犬产生的新病原.其感染能引起新生犬急性心肌炎或幼犬出血性肠炎,造成较高的发病率和死亡率.该病原爆发后短短一年时间内即广泛流行到世界各地.随着CPV-2对宿主的适应和变异,新抗原变异型(CPV-2a、CPV-2b和CPV-2e)不断产生并在世界各地逐步替代了CPV-2的流行.伴随CPV-2抗原变异的同时,其对宿主(犬、猫)嗜性、毒力等生物学特性也随之改变.本文综述了CPV-2过去30多年在世界流行和变异情况,并探讨了基因变异在病毒跨宿主传播中的意义.     

防治禽流感特异性免疫球蛋白值得关注

中国工程院院士、军事医科院军事兽医研究所研究员夏咸柱近日表示,疫苗是禽流感最有效的预防方法,但由于病毒抗体漂移引起病毒的变异,生产应对当前流行株的疫苗至少需要4个月,这当然也包括H5N1抗原变异株。因此,在流感大流行的早期阶段应用抗病毒药物有助于控制疫情。WHO正准备利用现有的流感实验室网络,建立测定抗病毒药物敏感性检测机制,我国更有必要对国内的H5N1禽流感病毒株进行药物筛选与调查,为药物储备提供参考。     

新疆伊犁2005年甲型肝炎病毒流行株基因分型研究

为了解2005年新疆伊犁甲型肝炎病毒(甲肝病毒)流行株分子流行病学特征,收集了部分甲肝病人血清标本,用国际上通用的甲肝病毒结构区基因VP1-2A分型引物,经核酸提取,做RT-PCR,序列测定,对甲肝病毒基因进行分型研究,并对甲肝病毒在甲型肝炎(甲肝)病人血清中存在的时间进行了探讨.结果显示,甲肝病毒核苷酸序列变异在0～3.2%之间,分为不同的基因簇,但都属于1A亚型(同一基因亚型间核苷酸序列变异小于7.5%);氨基酸序列几乎相同.甲肝发病8周后的病人血清中仍能检测到甲肝病毒.结果说明该流行区有多株甲肝病毒存在,其传染源可能有多个传播途径,当人群免疫水平较低时,可引起甲肝流行.甲肝病毒在病人血液中可存在较长时间.这些工作为今后进一步开展甲肝病毒溯源研究及有效控制甲肝病毒流行提供了理论和技术支撑.     

书刊介绍

本卷收集了10篇有关医学病毒、昆虫病毒、动物病毒、植物病毒方面的研究文章,大部分是以分子水平上进行论述的,内容涉及基因结构、复制及其与寄生的关系,抗原变异等。同时也介绍了一些病毒的新领域,对河湖中植物病毒及其流行、控制也有专文介绍。     

一起旅游团中急性胃肠炎的暴发与GII. 17型诺如病毒相关

为了解2016年夏季一起发生在某赴内蒙古旅游团游客中的急性胃肠炎暴发流行的病毒病原。分别采集此次胃肠炎暴发流行中两名患病游客腹泻症状发生后第3天、5天和7天的粪便标本,提取核酸后首先用荧光定量PCR扩增诺如病毒核酸进行检测,阳性标本分别用RT-PCR扩增病毒VP1基因和RdRp区域基因,通过基因测序和序列比对进行基因分型,构建进化树确定进化同源性。通过荧光定量PCR法检测到两名患者的粪便标本均为诺如病毒阳性,提示此次胃肠炎暴发流行的病原为诺如病毒,进一步的RT-PCR扩增病毒基因分析显示检测到的诺如病毒为GII.P17-GII.G17型;构建系统进化树分析显示本次与2014~2015年度广州、中国香港、中国台湾和日本等地的病毒亲缘关系更为接近;氨基酸序列分析显示该基因型与2014年以来流行的毒株同源性较近,与2014年之前流行的毒株相比变异较大,氨基酸变异主要出现在主要衣壳蛋白的P结构域。提示GII.P17-GII.G17型诺如病毒也是引起内蒙地区急性胃肠炎暴发流行的病毒病原。     

用单克隆抗体选择具有潜在流行病学意义的A/曼谷79—1流感病毒变异株

用甲3型流感病毒A/曼谷79-1血凝素特异的单克隆抗体,对我国从1979—1984年分离的45株H3N2病毒进行了抗原分析,并与用单克隆抗体选择的51株A/曼谷79-1变异株作了比较。发现后者同1979年以来我国流行的H3N2流感主流株高度相似。这证明,用单克隆抗体可选出有流行潜力的变异株。本文就通过单克隆抗体选择、提前获得甲型流感亚型内变种的可能性进行了讨论。     

2007-2009年玉溪市流行性腮腺炎病毒的基因型分析

目的了解2007-2009年玉溪市流行性腮腺炎病毒流行株(MuV)的基因型分布及变异情况。方法采集玉溪市医疗机构部分临床诊断病例含漱液进行RT-PCR病毒核酸检测,对核酸检测阳性标本进行病毒培养病毒分离,将分离病毒株进行SH基因316 bp片段序列分析,并与其他基因型参考株进行同源性比较,构建亲缘进化树。结果采集流行性腮腺炎病例标本136份,RT-PCR病毒核酸阳性30份,阳性率为22.1%;vero细胞分离到6株,6株MuV属于F基因型,各流行株SH基因之间的核苷酸最大差异为2.6%;与其他各基因型代表株之间的核苷酸最大差异达到17.8%,与疫苗株的最大差异为17.4%,与国内F基因型代表株SP的基因差异为2.7%。结论玉溪市流行性腮腺炎病毒流行株为F基因型,针对基因型变异和疫苗效果评价的预防控制策略变得日益重要。