葎草性别相关SRAP分子标记的鉴定

葎草是一种研究雌雄异株植物性别分化分子机制的理想材料。本研究以葎草雌、雄基因池为模板,采用序列相关扩增多态性(SRAP)分子标记技术筛选与性别相关的分子标记,从256对引物组合中筛选出了50对可以稳定扩增出特异条带的引物组合,聚丙烯酰胺凝胶电泳结果显示,50对引物组合共扩增出671条带,247条呈现多态性,多态率为36.81%。后以葎草5个雄性单株、5个雌性单株为材料,采用琼脂糖凝胶电泳对引物组合me15+em11,me14+em16,me13+em12和me7+em10扩增结果再次进行验证,结果表明尽管扩增条带有所不同,但是雌、雄性特异条带是比较稳定的。对本研究中获得性别相关特异条带进行克隆、测序及染色体定位,将会有助于研究葎草性染色体演化的分子机制。     

菠菜性别相关的ISSR标记

菠菜为雌雄异株植物,用CTAB法提取其雌、雄株成株幼嫩叶片DNA,分别构建雌、雄株DNA池,以之为模板,用已优化的ISSR体系扩增,在74条ISSR引物中,I62扩增出一条约1 200 bp雌性连锁标记,回收纯化该特异扩增片段,将其连接于pUCm-T载体,转化进大肠杆菌JM109菌株,并检测及测序。回收克隆和测序后发现该片段全长1 176 bp,富含AT,AT占57.0%。根据测序结果设计1对25 bp的特异引物将这个雌性连锁的ISSR标记转化为稳定性和特异性更好的SCAR标记。该特异引物对随机选取的雌雄菠菜单株进行PCR扩增,在雌株中均有1 176 bp的特异条带,而雄株中均无。此特异条带的获得为菠菜性别相关基因的克隆奠定基础。     

菠菜性别相关 EST-SSR 标记的开发及应用

为了明确菠菜EST序列中SSR的总体特点,开发菠菜EST-SSR引物;为利用EST-SSR引物进行菠菜性别相关特异序列的克隆奠定基础,本文从NCBI上获得1093条EST,利用在线软件SSRIT检测所含SSR序列,并进行分析。共检索出68条SSR序列,分布于64条EST中,检出率为6.22%,包括22种重复基元。其中二核苷酸重复基元的EST-SSR占主导地位,占总SSR数目的32.3%。利用在线引物设计软件Primer3.0设计了7对EST-SSR引物,在适合的PCR反应体系下,分别以雌、雄菠菜DNA基因组为模板,对设计的EST-SSR引物进行筛选,结果显示以EST序列HS097148设计的一对引物从菠菜雌雄基因组中扩增出一条雄性特异的条带,表明通过菠菜EST-SSR引物获得菠菜性别相关特异序列是可行的。     

番茄耐低温相关基因的SRAP标记筛选

以番茄耐低温和不耐低温基因组DNA为材料进行SRAP分析,共筛选了225对SRAP引物,其中27对引物在两池之间表现差异,经测序只有Me2Em5扩增出与番茄耐低温相关的差异性片段,大小约为273bp,该片段仅在耐低温植株中稳定扩增。经Blast分析比对,该片段与已报道的PEG和低温诱导后在沙冬青幼苗中表达基因的cDNA片段同源。根据差异片段序列设计特异引物,将M2E5—273标记成功转化为更稳定的SCAR标记。     

甜瓜抗白粉病基因SRAP分子标记筛选

以感白粉病甜瓜A120和抗白粉病甜瓜A119为亲本构建F2代分离群体,采用BSA和SRAP相结合的方法筛选与甜瓜抗白粉病基因相连锁的分子标记.结果显示,294条SRAP引物中有6条引物在抗病与感病池间表现出多态性;对8个高抗和8个高感单株进行扩增,引物me46em51和me3em6分别在高感单株中扩增出210 bp和205 bp的多态性条带,而高抗单株无此扩增带,与抗病、感病池结果一致.采用JoinMap3.0软件进行连锁分析,两标记与抗白粉病基因的连锁距离分别为18.2 cM和23.4 cM,初步推测本实验中甜瓜白粉病抗性为隐性多基因控制.     

大豆种质资源SRAP分子标记中的引物筛选

以113个大豆栽培品种和20个野生品种为材料,从288对引物组合中筛选出12对多态性丰富、条带清晰、可重复性好的SRAP引物组合。用筛选出的12对引物组合对大豆品种进行PCR扩增,获得了带型丰富和清晰可辨的DNA的PAGE指纹图谱;共扩增出251条谱带,其中多态性条带220条,多态性谱带比率为87.6%,平均每个引物扩增出18.3条谱带。结果显示,所筛选出的12对引物组合可以有效的应用于大豆种质资源的SRAP分析。     

SRAP分子标记分析西瓜遗传多态性

目的:探讨西瓜遗传多样性和遗传基础。方法:采用SRAP分子标记对西瓜品种D1、D2、D3、H1、H2、H3、M1、M2、M3、m1、m2、m3的多态性进行了分析。结果:每对引物组合产生13~25对比较清晰的扩增带.8对引物组合共产生131条扩增带。平均每对引物组合产生16.375条。8对引物组合共产生多态性带37条,每对引物组合产生3~7条,平均4.625条。每对引物组合产生的多态性带的比例为16.666%~38.464%,平均为28.675%。另外,对银染过程进行了优化。结论:SRAP标记多态性还是较高的,可以适于分析西瓜等遗传差异小的作物。     

北极狐SRAP分子标记的多态性初步研究

相关序列多态性（SRAP）是近年来发展起来的一种新型分子标记技术,具有稳定、简便、中等产率、高共显性等优点。实验利用北极狐的基因组为模版,首次把SRAP方法引入到哺乳动物中进行分析,对北极狐SRAP反应条件进行了优化,确立了北极狐SRAP-PCR的反应条件是：94℃预变性5min,94℃1min,350C1min,72℃2min,5个循环;940C变性1min,94℃1min,55℃1min（根据不同的引物设定）,72℃1min,35个循环,72℃延伸10min,最后产物用6％的非变性的聚丙烯酰胺凝胶分离,得到的结果清晰、稳定、多态性高,条带可以用在后续对北极狐的遗传多样的分析和品种鉴定上。     

草鱼种质相关SRAP及SCAR的分子标记

采用相关序列扩增多态性(Sequence-realted Amplified Polymorphism, SRAP)技术分析野生草鱼和家养草鱼,筛选与草鱼种质退化相关的分子遗传标记.共进行88对引物组合的检测, 产生标记数目共计905个.依据标记在群体中出现的频率和变化规律,共筛选出2 1个可能与种质相关的特异性标记,对这些特异性标记进行测序并将测序结果进行BLAST分析 .发现测得片段中有8个片段在GenBank中找到同源性较高的序列,而其他片段与数据库中序列的相似性较低.根据序列信息分别设计了3对引物.用这3对引物分别对草鱼三个群体进行 PCR扩增,分别产生了SCAR1(308 bp)、SCAR2(66 bp)、SCAR3(114 bp)3个扩增带.采用大样本对这3个标记进行验证,发现其中SCAR1在家养群体中呈现阳性,在野生群体中为阴性,可区分出这两种群体.以SCAR3为引物在174条家养群体中得到目的片段,在26个家养群体没有扩增出条带,分布频率为87%;在100个野生群体中有6个个体检测到该条带,分布频率为6%.以SCAR2为引物在野生群体中完全扩增出目的条带,淡水中心群体中有7条扩增到条带,前洲群体中没有扩增出条带,标记在家养种群中的分布频率为96.50%.因此SCAR1可作为草鱼家养群体的一个重要的分子遗传特征指标,为进一步进行分子标记辅助育种奠定了基础 [动物学报 54(3):475-481,2008].     

应用SRAP标记对莲藕资源的聚类分析

利用一种新的分子标记SRAP技术对17个莲藕品种进行了DNA多态性分析。选取7对引物扩增基因组DNA,共获得168条带,其中159条为多态性条带,每对引物平均提供24个标记信息。由UPMGA方法得到的聚类分析结果表明了17个品种间的遗传关系:(1)亚洲莲与美洲莲之间有明显的差异;(2)在亚洲莲内部,藕莲和花莲有明显的遗传分化,在花莲内部亚洲莲与美洲莲的杂交后代和其它花莲品种之间存在明显的差异;(3)SRAP标记是作分子图谱的好标记,但很难区分遗传关系较近的品种。     

SRAP与TRAP标记及其在园艺植物研究中的应用

SRAP与TRAP是最近发展的新型分子标记系统,具有简便、高效、重复性好等优点,已在园艺植物遗传育种和种质资源研究的各个方面得到广泛应用.本文介绍了SRAP和TRAP标记的原理、特点,综述了这两种新型分子标记在园艺植物遗传图谱构建、遗传多样性分析以及比较基因组学研究等方面的应用,并对其应用前景进行了展望.     

莲品种资源的SRAP遗传多样性分析

利用分子标记SRAP技术对国内广泛栽培以及新近育成的39个莲品种进行了DNA多态性分析。选取5对引物扩增基因组DNA,共获得101条带,其中88条为多态性条带,每对引物平均提供20个标记信息。由UPMGA方法得到的聚类分析结果表明了39个品种间的遗传关系,结果表明:花莲、籽莲和藕莲三大类群有明显的界限,花莲和籽莲的遗传距离较近,藕莲与它们的遗传距离较远。分子方差分析结果表明:莲品种间和品种内均存在遗传变异,藕莲品种内的遗传变异略低于品种间的遗传变异,而诱变籽莲、诱变花莲和常规籽莲品种内遗传变异均大于品种间的遗传变异,尤其是诱变籽莲、诱变花莲品种内遗传变异占总变异的分量分别超过了70%和60%,这种品种内的遗传变异,一方面对于莲的高产稳产具有重要的意义,另一方面也说明了从这些国内广泛栽培的品种以及新近育成的莲品种中可以直接进一步选育出更优良的新品种。     

利用SRAP和SSR分子标记检测分析29份棉花种质遗传完整性

利用SRAP和SSR分子标记检测29份棉花种质遗传完整性。结果表明,无论每一份不同更新发芽率水平繁殖后代的种质之间,还是每一份不同繁殖世代数种质之间,其等位基因频率差异不显著,也没有检测到稀有等位基因缺失的情况。本试验表明不同更新发芽率水平和繁殖世代数差异没有对棉花这种常异花授粉作物种质遗传完整性变化产生影响。     

应用SRAP标记分析黄瓜的遗传差异

利用49对SRAP引物对4种不同类型28份黄瓜种质资源进行了遗传差异分析.结果表明,有35对引物扩增出多态性,在28份资源间共产生724条扩增带,平均每对引物组合产生20.69条;共检测出337个多态性位点,多态性比率为46.5%,每对引物平均为96.3个.利用NTSYS软件分析遗传相似系数,UPGMA方法聚类分析表明,28份资源可聚为两大类.试验结果表明SRAP标记位点多,重复性好,可以揭示不同类型黄瓜种质之间的遗传基础.     

红掌品种亲缘关系SRAP分析

利用相关序列扩增多态性（SRAP）分子标记,从100对引物组合中筛选出 26对多态性高、条带清晰的SRAP引物,对33个红掌品种进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果如下：（1）26对引物共扩增出366条条带,其中有314条多态性条带,多态性比率为85.79%。引物组合产生的条带数在9～23之间,平均每对引物组合扩增出14.1条和12.1条多态性条带。（2）根据SRAP扩增结果,利用UPGMA法进行聚类分析,33份材料的遗传相似系数在0.55～0.94之间,在遗传相似系数0.786处可将33个红掌品种分为5个类群。结果表明,供试品种遗传多样性丰富,本研究为品种鉴定和杂交育种提供了参考信息。     

烟草主要栽培类型的SRAP标记研究

利用SRAP分子标记从700对引物中筛选到普通烟草栽培种内(Nicotiana tabacum L.)两条晾烟(马里兰烟、白肋烟)类型的特征标记带、一条晒烟(香料烟和名优晒烟)类型的特征标记带,一条烤烟与晾烟特征标记带.这些标记不但可以直接转化成SCAR标记,而且可通过分离群体的遗传分析用于烟草类型间遗传转化的特征带,也可进一步用于测序发掘新基因.在分子水平上为研究普通烟草种内不同栽培类型间的遗传差异和类型划分奠定了可行性实验基础.     

棉花遗传多样性SCoT和SRAP标记的研究及比较分析

利用SCoT和SRAP两种分子标记技术对30份彩色棉与白色棉种质资源,进行遗传多样性研究。用29对SRAP引物组合和26个SCoT引物分别对供试棉花的基因组DNA进行扩增。SCoT引物共扩增出163条带,多态性比率为61.96%,遗传相似系数GS值变化范围为0.5405～0.9972。SRAP引物组合共扩增条带1067条,多态性比率仅为14.1%,遗传相似系数GS值变化范围为0.5415～0.9109。两种标记系统得到了相似但并不完全相同的聚类图,2种标记方法间存在显著相关性(r=0.5518,P<0.05)。结果表明,SRAP与SCoT标记均适用于棉花种质的遗传多样性分析,且SCoT的标记指数MI高于SRAP标记,为SCoT这种新兴的标记技术在棉花育种中的应用提供了重要的依据。     

西藏牦牛SRAP遗传多样性及分类进化研究

用4对SRAP分子标记引物对西藏11个牦牛类群和四川麦洼牦牛的DNA进行扩增,研究其遗传多样性和分类关系。结果表明,在335头牦牛中,共得到29个基因位点,其中有19个多态位点,多态率占65.52%。12个牦牛群体间的Nei’s遗传多样性和Shannon多样性指数分别为0.048 2和0.073 4,遗传相似系数在0.781 1-0.989 1。巴青牦牛和康布牦牛的遗传多样性指数较其他类群高,分别为0.095 5和0.090 0;桑日牦牛类群的遗传多样性指数最低,仅为0.008 5。这些结果表明,12个牦牛类群的SRAP遗传多样性较低。根据Nei’s遗传距离,利用UPGMAM构建聚类关系图结果显示,嘉黎牦牛、帕里牦牛、类乌齐牦牛、桑桑牦牛、康布牦牛、巴青牦牛、丁青牦牛、斯布牦牛和麦洼牦牛聚为一大类,然后依次才与桑日牦牛、工布江达牦牛和江达牦牛相聚在一起,显示在SRAP分子遗传标记所反映的牦牛基因组的遗传结构中,江达牦牛、工布江达牦牛和桑日牦牛与其他牦牛群体间的亲缘关系较远,牦牛的这种亲缘关系与其地理分布也不一致,说明这12个牦牛的起源、演化关系较复杂,有待于进一步研究分析。     

基于SRAP标记的大花蕙兰种质资源遗传多样性分析

采用SRAP技术分析了来源于不同国家和地区的42个大花蕙兰品种及4个国兰原生种之间的遗传亲缘关系。34对引物组合中筛选出29对带型稳定、多态性较好的引物组合,共扩增出398条谱带,其中387条为多态带,多态性比率97.2%,平均每个引物组合扩增多态性带13.3条。46份种质之间的相似系数变化范围为0.60～0.99,平均为0.76。基于29个SRAP标记的扩增结果,利用NTSYS 2.10e软件计算Dice遗传相似系数,并建立UPGMA聚类图,结果表明:在遗传相似系数0.69处将供试材料分为4类,较好地揭示了大花蕙兰品种及国兰原生种间的遗传多样性与亲缘关系,可为大花蕙兰种质资源利用及杂交育种中亲本选择提供科学依据。