急性髓性白血病预后免疫相关基因的生物信息学分析

急性髓性白血病(acute myeloid leukemia,AML)是一种造血干细胞的恶性克隆性疾病,复发率高,预后差,临床缺乏准确而稳健的预后标志物.本研究旨在构建一个免疫相关基因(immune-related genes,IRGs)的拟合模型来预测AML患者的预后.首先,从TCGA中下载AML样本的基因表达谱数据...     

急性髓系白血病铁死亡相关基因筛选及预后模型的建立

基于急性髓系白血病(Acute Myeloid Leukemia,AML)临床大数据及多组学数据库探讨铁死亡相关基因在AML中的作用,并建立铁死亡基因表达相关预后模型。整合TCGA数据库中151例AML患者和GTEx数据库中337例正常人外周血的临床和转录组数据。将Wilcoxon检验和单因素Cox分析结果取交集,筛选出预后相关差异表达基因(Differential Expression Genes, DEGs),使用Lasso回归建立基因标志物预后模型,利用受试者工作特征曲线(Receiver Operating Characteristic Curve,ROC曲线)评价预测价值,Kaplan-Meier法进行生存分析,对AML患者临床数据进行单因素和多因素Cox回归分析,使用差异基因表达分析等方法比较高、低风险患者间的组学差异,最后,利用BeatAML数据库对基因标志物进行验证。将差异基因表达分析和单因素分析结果取交集,得到13个预后相关DEGs。构建了8个基因标志物的预后评分模型,并将患者分为高、低风险两组;ROC曲线分析证实了模型良好的预测性能;生存分析提示高、低风险组患者的生存率具有显著差异;单因素分析显示年龄和风险评分与患者整体生存显著相关,多因素分析显示,年龄和风险评分是独立预后指标。在2个风险组之间筛选出384个DEGs,GO富集分析结果显示,富集的基因大多与中性粒细胞和白细胞的趋化与迁移等免疫相关分子和通路显著相关,KEGG富集通路主要与TNF信号通路、细胞因子与细胞因子受体相互作用相关。BeatAML数据库验证结果显示,5个基因与预后显著相关。铁死亡相关基因在AML中显著表达,且高风险患者预后较差,该研究对AML铁死亡相关潜在生物标志物的发现和应用奠定了一定的基础。     

MSI2通过下调circRNA_001214促进急性髓系白血病细胞HL60生长

Musashi-2（MSI2）是一种RNA结合蛋白质,对维持造血干细胞功能具有重要作用。研究表明,MSI2高表达能促进急性髓系白血病（acute myelocytic leukemia, AML）进展,但其作用机制尚不明确。本研究稳定沉默HL60细胞MSI2后,第1、2、3、4 d对照组的相对细胞生长率分别为1.931 ± 0.027、3.070 ± 0.073、4.017 ± 0.092和4.215 ± 0.246;敲减组分别为1.927 ± 0.035、2.564 ± 0.090、2.825 ± 0.097和3.223 ± 0.182,两组相比具有统计学差异,P<0.001;细胞凋亡明显增加(7.967% ± 0.698% vs 3.400% ± 0.322%., P<0.01);G₀/G₁期细胞比例明显增高（67.430% ± 4.390% vs. 50.360% ± 2.160%, P<0.01）;NUMB蛋白明显上调,LEF1明显下降。环状RNA（circular RNA, circRNA）芯片筛选和荧光定量PCR验证显示,MSI2沉默组circRNA_001214表达水平是对照组3.48倍。这一结果也在NALM6细胞得到证实。进一步用生物信息学分析,显示circRNA_001214最可能与miR-1273a、miR-1273e和miR 5095结合,进而影响参与细胞凋亡相关基因（CYCS、AKT1、BAX、TNFRSF10A、TNFRSF10D）、Wnt信号基因（WNT4、WNT2B、WNT7B、 DKK2、SFRP1、CSNKE1和LEF1）以及参与细胞代谢相关基因（RPE, PGAM4, PGAM1, TAT, CBS、RPE、SUCLG2、PGAM4、PGAM1和 IDNK）。总而言之,MSI2可能通过干扰circRNA_001214生成,减少靶miRNA对凋亡、Wnt信号及细胞代谢相关基因表达的影响,促进细胞生长。     

过表达TRAF6对人急性髓系白血病细胞自噬活性的影响

该文旨在探讨过表达肿瘤坏死因子受体相关因子6(tumor necrosis factor receptorassociated factor 6,TRAF6)对人急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)细胞自噬活性的影响。利用基因表达数据库GEO分析TRAF6在AML患者白血病细胞中的mRNA表达水平。通过癌症基因组图谱TCGA分析TRAF6表达与AML患者临床预后的关系。将TRAF6重组质粒载体转染人AML细胞系(KG-1a和THP-1),采用自噬激活剂雷帕霉素(Rapamycin)和自噬相关抑制剂3-甲基腺嘌呤(3-methyladenine,3-MA)、巴弗洛霉素A1(bafilomycin A1,Baf-A1)分别处理AML细胞。荧光定量PCR、蛋白免疫印迹技术检测过表达TRAF6后白血病细胞自噬标志物(LC3和p62)mRNA和蛋白水平;免疫荧光方法检测LC3绿色荧光斑点结构(puncta);流式细胞术检测细胞凋亡率;CCK-8实验检测AML细胞的体外增殖能力。结果显示,AML患者白血病细胞高表达TRAF6(P<0.01);TRAF6高表达的白血病患者总体生存率和无事件生存率均较TRAF6低表达组显著降低(P=0.01)。TRAF6重组质粒转染能够显著增加两株AML细胞系中TRAF6的mRNA和蛋白水平(P<0.05)。Rapamycin处理能够激活AML细胞系自噬水平,过表达TRAF6后AML细胞LC3 mRNA和LC3II蛋白水平表达上调(P<0.05)、p62 mRNA和蛋白水平下调(P<0.05)以及LC3 puncta聚集增多。用Baf-A1处理以阻断过表达TRAF6的白血病细胞系中的自噬流后,LC3II蛋白表达水平显著提高(P<0.05)。3-MA处理过表达TRAF6的白血病细胞后,LC3II蛋白表达减少、p62蛋白表达增加(P<0.05)。此外,过表达TRAF6降低白血病细胞凋亡率和促进细胞的体外增殖(P<0.001),而过表达TRAF6后联合3-MA处理则可逆转TRAF6对白血病细胞的抗凋亡和促增殖作用(P<0.001)。以上研究结果提示,过表达TRAF6能够增强AML细胞的自噬活性,促进AML细胞的生长。     

急性髓细胞性白血病（AML）中IL-3Rα 基因的表达及意义

目的:检测白介素-3受体α亚基(IL-3Rα)在急性髓细胞性白血病(acute myeloid leukemia,AML)中的表达,研究其在AML发病和预后评估中的意义。方法:应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)法检测57例AML患者IL-3Rα的表达,其中包括52例初治和复发患者(6例M1、28例M2、10例M3、3例M4、5例M5)及5例缓解患者,另10例正常人作为对照。结果:①10例正常人和5例AML缓解患者未检测到IL-3Rα表达。②52例初治和复发的AML患者中IL-3Rα阳性表达21例,占40.38%,M1～M5各型患者的阳性率差异无显著性(P>0.05)。初治和复发AML患者之间IL-3Rα阳性表达无明显差异(P>0.05)。③AML患者的IL-3Rα阳性表达与外周血白细胞计数、骨髓中原始细胞比例、CD34阳性表达有关(P<0.05)。④AML患者中IL-3Rα阳性表达的患者CR率低于阴性者(P<0.05)。结论:①IL-3Rα在AML发病中有一定作用。②IL-3Rα基因可作为AML预后不良的一个指标。     

HSV1即刻早期基因产物ICP22对P53-mdm-2反式转录激活功能的抑制作用

Ⅰ型单纯疱疹病毒(HSV1)即刻早期基因产物ICP22在病毒感染细胞的过程中能够和细胞内的多种调控分子发生相互作用, 从而影响细胞内正常的分子生物学过程. 在转染细胞内表达的ICP22分子能够促进细胞进入S期, 这一作用可能是通过ICP22对mdm-2启动子的结合作用, 从而影响了P53对其的反式转录激活作用, 导致MDM-2结合P53并经泛素途径降解的效应降低, 间接地使细胞内P53水平增加而使细胞进入S期的过程加速.     

中国儿童急性淋巴细胞性白血病染色体6q16.3～21区域候选肿瘤抑制基因的定位与鉴定

为了克隆儿童急性淋巴细胞性白血病 (ALL) 候选肿瘤抑制基因,首先选取分布于6q16.3～21上的11个多态性微卫星标记,对139例中国儿童ALL标本进行杂合性缺失 (LOH) 分析. 分析显示32%的患者存在至少一个位点的LOH,且高频缺失区位于D6S1709～D6S301之间,大小为2cM. 各位点LOH与白细胞总数、病态细胞数有显著性相关 (P < 0.05) ,与年龄、性别、形态学分型和免疫学分型无显著相关 (P > 0.05). 进一步在高频缺失区域内,采用定位候选克隆策略、生物信息学技术及RT-PCR技术筛选、鉴定与儿童ALL相关的候选肿瘤抑制基因及其cDNA片段. 在D6S1709～D6S301之间筛选到一个在儿童ALL细胞中低表达的EST (GenBank登录号：AA403058),与正常外周血单个核细胞比较,在15例ALL患者中有10例表达下调 (P < 0.05). 采用数字化差异表达分析显示,位于6q16.3～21区域内的AMD1基因、PPIL6基因和WASF1基因在肿瘤组织中的表达丰度要低于正常组织 (P < 0.05). 上述结果为进一步在6q16.3～21区域克隆肿瘤抑制基因提供了线索.