CRISPR/Cas9介导的外源基因靶向插入鸡EAV-HP基因组

本研究旨在通过CRISPR/Cas9介导外源基因靶向插入鸡EAV-HP基因组。首先设计特异性引物并扩增鸡内源性病毒(EAV-HP)左右同源臂和增强型绿色荧光蛋白(eGFP)基因表达盒,然后通过重叠延伸PCR技术将两个同源臂DNA连接至eGFP表达盒两侧,获得全长DNA片段LER,并克隆至pMD19-T载体,获得携带eGFP基因的供体载体pMDT-LER。随后在HEK293T细胞中验证供体载体pMDT-LER能成功表达eGFP后,将EAV-HP打靶载体和供体载体共转染至DF-1细胞,观察绿色荧光阳性细胞,提取细胞基因组,PCR检测外源基因eGFP成功整合至鸡基因组EAV-HP位点。最后,将转基因细胞DF-1传至第7代,用PCR和Western blotting检测eGFP在转基因细胞中稳定表达。文中初步验证外源基因eGFP能整合至鸡EAV-HP位点并稳定表达,为转基因鸡的研究提供新整合位点。     

略阳乌鸡抗病毒蛋白基因Mx多态性研究

鸡抗病毒蛋白Mx(myxovirus resistance protein)具有抵抗流感病毒等多种病毒感染的能力。Mx蛋白631位氨基酸决定其抗病毒活性。为了揭示地方特色品种略阳乌鸡Mx蛋白631位氨基酸多态性和抗病毒能力,本研究采用PCR特异性扩增Mx基因,通过引物3'末端区分编码631位氨基酸密码子的A/G多态位点,测序PCR产物鉴定Mx基因多态位点。结果显示,138只略阳乌鸡的抗病毒蛋白Mx编码基因有AA、AG和GG三种基因型,其中病毒强抗性AA型公鸡6只,母鸡15只,共21只,比例为15.2%;敏感性GG型34只,比例24.6%,其中10只公鸡和24只母鸡;杂合AG型83只,公鸡31只,母鸡52只,比例高达60.1%。研究结果解析了略阳乌鸡Mx基因多态性,从DNA水平阐释了略阳乌鸡抗病毒能力低的原因,为后续培育强抗病毒能力的乌鸡个体和种质资源保存提供参考。     

SPF鸡胚中内源性白血病病毒全基因序列鉴定与分析

摘要:以国内某3家SPF鸡场的SPF鸡胚成纤维细胞提取的基因组DNA为模板,参照已发表的序列,设计合成了4对检测内源性白血病病毒引物,分别检测gag基因、pol基因、env基因和LTR片段,结果显示4者检出阳性率很高(gag,29/46;pol,27/46;env,24/46;LTR,31/46).设计合成了8对引物,选取4片段检测均为阳性的样品之一,经PCR成功扩增出了8段连续的、相互部分重叠的目的DNA片段,分别连接入T载体进行克隆测序.用DNAstar软件对测序结果进行拼接,从一个鸡胚得到了内源性白血病病毒前病毒全基因组序列.比较分析发现,该序列env基因与已知的E亚群内源性病毒代表株env基因的核苷酸序列同源性在98.5%以上,全基因组序列同源性在99.1%以上,而与其他亚群代表株同源性相对较低,env基因同源性仅为56.3%～91.5%.     

血清10型禽腺病毒AHFY19株全基因组序列测定与分析

禽腺病毒（Fowl Adenovirus,FAdV）是一组血清型众多及致病性多样的病原体,多数呈亚临诊性长期潜伏带毒,部分毒株可造成禽群包涵体肝炎、心包积液、肌胃糜烂症、产蛋下降、生长迟缓等病症,严重威胁养禽业健康发展。为分析血清10型禽腺病毒（FAdV-10）全基因组序列特征,本研究将分离自外表健康鸡泄殖腔拭子的FAdV-10 AHFY19株经卵黄囊途径接种8日龄SPF鸡胚扩繁,从死亡鸡胚肝组织中提取病毒基因组,采用illumina二代基因测序技术和特殊结构区二温式PCR扩增测定病毒全基因组并分析其遗传特征。结果显示,AHFY19株（103.1EID50/0.1 mL/枚）接种的鸡胚于18～21日龄全部死亡。全基因组测序显示,AHFY19株病毒基因组全长为45 757 bp(GenBank登录号：MN542422),其G+C含量为54.63%,末端重复序列（ITR）长为56 bp,共有52个开放阅读框（ORF）。基因组比对分析显示,AHFY19株属I群FAdV C种FAdV-10型,与C2-B-FAdV-10株（MK572851）全基因组同源性最高（99.91%）,但AHFY19株基...     

J亚群禽白血病病毒蛋鸡分离株SD07LK1全基因组核苷酸序列的比较

[目的]分析我国ALV-J蛋鸡分离株的来源和进一步演变趋势.[方法]以J亚群禽白血病病毒(ALV-J)蛋鸡分离株SD07LK1感染的鸡胚成纤维细胞(CEF)基因组:DNA作为其前病毒基因组模板,根据已发表序列设计合成9对引物,经PCR扩增出9段连续的、相互部分重叠的DNA片段和闭合环形前病毒两末端LTR的连接区段,并分别连入T载体进行克隆、测序.[结果]用:DNAstar软件对测序结果进行剪辑和拼接,首次完成了ALV-J蛋鸡分离株SD07LK1的前病毒全基因组核苷酸序列.[结论]将该序列与另外已完成的全基因组序列的比较表明,ALV-J的整个基因组gag和pol基因相对保守,各毒株间对应基因的同源性分别在95.O%以上,env基因的同源性仅为88.6%～94.0%.     

J亚群禽白血病病毒蛋鸡分离株SD07LK1全基因组核苷酸序列的比较分析

[目的]分析我国ALV-J蛋鸡分离株的来源和进一步演变趋势.[方法]以J亚群禽白血病病毒(ALV-J)蛋鸡分离株SD07LK1感染的鸡胚成纤维细胞(CEF)基因组:DNA作为其前病毒基因组模板,根据已发表序列设计合成9对引物,经PCR扩增出9段连续的、相互部分重叠的DNA片段和闭合环形前病毒两末端LTR的连接区段,并分别连入T载体进行克隆、测序.[结果]用:DNAstar软件对测序结果进行剪辑和拼接,首次完成了ALV-J蛋鸡分离株SD07LK1的前病毒全基因组核苷酸序列.[结论]将该序列与另外已完成的全基因组序列的比较表明,ALV-J的整个基因组gag和pol基因相对保守,各毒株间对应基因的同源性分别在95.O%以上,env基因的同源性仅为88.6%～94.0%.     

前病毒插入诱变与白血病发生的研究进展

慢性白血病病毒包括禽白血病增生症病毒、猫白血病病毒、牛白血病病毒、长臂猿白血病病毒和小鼠白血病病毒等,它们的基因组结构完整,具有病毒复制能力,但是序列内不含有癌基因,这是此类病毒的共同特点,其中以小鼠白血病病毒最具代表性。小鼠白血病病毒感染动物后可产生不同类型白血病,潜伏期较长（3－4个月）。小鼠白血病病毒诱发白血病机制较复杂,是一个由多因子参加、多阶段发展的过程。本文就小鼠白血病病毒前病毒插入诱发的淋巴细胞白血病和粒细胞白血病中,原癌基因激活及其作用机制进行综述。     

应用反向PCR克隆慢病毒介导的转基因小鼠整合位点序列

目的：为分析慢病毒介导的转基因小鼠中外源基因整合位点的信息,应用反向PCR克隆整合位点序列。方法：小鼠基因组总DNA酶解和自连接后,针对慢病毒载体的特点在LTR附近设计一组特异的PCR引物,优化半巢式PCR的各种参数,提高整合位点序列克隆的效率。结果：克隆了分别携带绿色荧光蛋白（GFP）和转铁蛋白（TF）基因的慢病毒介导的转基因小鼠家系7只小鼠中10个外源基因整合位点序列。结论：本方法可用于慢病毒介导的转基因小鼠整合位点序列的克隆,为分析整合位点与外源基因表达之间的关系等提供了科学依据。     

禽白血病病毒J亚群(ALV-J)的血清学调查及PCR诊断

禽骨髓细胞性白血病(myeloid leucosis)(或称禽骨髓细胞瘤,myelcytomatomatosis)(ML)是由禽白血病病毒(Avian leukosis virus)J亚群(ALV-J)引起的禽的一种肿瘤性传染病[1],ALV-J是英国的Payne于1991年从肉鸡中分离出来的一个新的囊膜亚群[2,3].对ALV-J的原型株,HPRS-103的致病性和传播的研究中发现,本病毒能诱导肉鸡产生骨髓细胞瘤病(ML)、肾瘤和其它多种肿瘤,死亡率为1%～2%,偶尔可高达20%.由于本病毒为ALV和禽内源性反转录病毒囊膜(E51)的重组体[4,5],因此其可通过水平传播和垂直传播迅速地感染整个鸡群,使鸡群在短时间内遭受灭顶之灾.近十年来,在许多国家,包括美国在内的肉鸡中,ML已经是引起死亡和其它生产性问题的严重原因.     

蛋鸡J亚群禽白血病的分子生物学诊断

根据J亚群白血病病毒(ALV-J)原型株HPRS-103的序列设计了一对针对外源性ALV-J引物H5和H7,从发生ML病死鸡的肿瘤、骨髓、肝脏、脾脏和输卵管组织中提取DNA作为模板,经PCR扩增得到长度为545bp的片段,对其序列进行测定后,与ALV-J原型株HPRS-103的序列进行了比较,发现其核苷酸同源性为97．4％,所编码氨基酸的同源性为96．1％。该片段含有ALV-J gp85编码基因的部分序列和ALV-J pol基因的部分序列,从分子水平上证实了蛋鸡发生J亚群禽白血病,进一步证明了此前根据病理学观察、免疫组化及免疫荧光诊断的结果。这是首次从分子水平上证明蛋用型鸡发生J亚群禽白血病。     

一株源自孔雀的新型支原体的鉴定及其致病性和基因组分析

【背景】Mycoplasma gallinaceum (MGC)是禽源支原体的一种,仅在南非、英国等地发生,我国鲜有报道。【目的】从患呼吸道病的孔雀气管中分离到一株支原体,命名为Peacock20181011,确定其分类、致病性和基因组特征。【方法】利用微生物学常规方法,结合分子生物学检测和基因组序列,对其进行鉴定;通过对Special pathogenic free(SPF)鸡、鸡胚的致病性研究和最小抑菌浓度(minimal inhibitory concentration,MIC)测定,确定其致病性和药敏性。【结果】通过对分离菌的培养、纯化、形态学和染色观察,结合生化试验和16SrRNA基因测序证实,该菌为一株新的MGC,与模式菌株NCTC10183的16S rRNA基因相似性高达99.86%,系统发育树显示该菌与MGC属同一分支;人工感染实验表明该菌对SPF鸡无致病性,但可造成SPF鸡胚发育迟缓,爪部蜷缩;MIC结果显示该菌对单硫酸卡那霉素和氟苯尼考等敏感。基因组序列表明,该菌基因组长度为1 183 913 bp,(G+C)mol%含量为28.7%,含有898个Coding sequences (CDS),拥有4个拷贝的16S rRNA基因和6个质粒,预测有20个毒力因子基因和2个耐药基因。【结论】明确了MGC在我国的存在,丰富了中国禽源支原体的种类,为支原体病的防控提供了依据。     

整合REV LTR序列的MDV弱毒株的分离鉴定与生物学特性

【目的】从非免疫健康三黄鸡中分离到一株马立克氏病病毒(MDV),命名为MDV GD06株,本工作系统研究了其生物学特性。【方法】PCR扩增GD06株Meq基因及短末端重复区(RS)序列,进行序列分析,并用间接免疫荧光试验进行血清型特异性鉴定;通过接种SPF鸡和鸡胚成纤维细胞(CEF)来判定GD06株体内外的增殖能力;为确定GD06株的致病性,用1日龄SPF鸡进行攻毒试验。【结果】GD06株为MDV血清I型病毒,其基因组中自然整合禽网状内皮增殖症病毒(REV)的长末端重复序列(LTR),Meq基因富含脯氨酸的结构域比参考强毒株Md5多59个氨基酸,与MD商品化疫苗CVI988/Rispens和814株相符,具有弱毒株的特征。在接种CEF细胞96、120、144、168、192 h,GD06株病毒滴度分别为1.9×105、3.9×105、6.1×105、6.5×105、5.8×105PFU,明显比CVI988/Rispens(病毒滴度分别为1.3×105、3.5×105、5.0×105、5.7×105、4.7×105PFU)高(P0.05);接种SPF鸡21、28天,GD06株在鸡体内的病毒滴度分别为740和350 PFU,明显比CVI988/Rispens株(病毒滴度分别为460、216 PFU)高(P0.05),结果表明,GD06株在CEF细胞和鸡体内具有比CVI988/Rispens更快的增殖能力。人工接种攻毒实验表明,GD06株对SPF鸡没有致病性,不引免疫抑制。【结论】研究结果表明,MDV GD06株为国内首次分离的自然整合有REV LTR序列的重组MDV弱毒株。     

禽源致病性大肠埃希菌安徽分离株I型菌毛pilA基因的序列测定与分析

目的探明大肠埃希菌I型菌毛pilA基因在不同宿主来源菌株间的同源性,为利用Ⅰ型菌毛基因诊断和防治大肠埃希菌病提供理论基础。方法以禽源致病性大肠埃希菌安徽分离株基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增Ⅰ型菌毛pilA基因,并进行序列测定与分析。结果 13株不同血清型禽源致病性大肠埃希菌安徽分离株均携带pilA基因,彼此间该基因的核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别介于84.9%～99.7%和86.2%～99.2%。pilA基因核苷酸序列在安徽分离株与鸡源参考株、猪源参考株以及人源参考株之间的同源性分别为85.9%～99.7%、85.9%～93.9%和87.5%～100%,氨基酸序列同源性分别为83.1%～99.2%、88.5%～93.8%和90%～100%。系统发育进化树分析显示JD16、JD34、JD11、JD24、YD2、JD8和YD1禽源安徽分离株与人源参考株sPH2的亲缘关系较近,在进化树的同一分支上;GD3、YD5、GD2、YD3、YD5和YD7禽源安徽分离株与鸡源参考株PDI-386和猪源参考株107/86的亲缘关系较近,在进化树中属于同一分支;GD1禽源安徽分离株与鸡源参考株HY1-2和MS2-1的亲缘关系较近,在进化树中属于另一分支。结论大肠埃希菌I型菌毛pilA基因在不同宿主来源菌株及不同血清型菌株之间高度保守,可作为大肠埃希菌病的诊断基因和疫苗候选基因。     

禽白血病病毒的亚群和准种多样性及其在不同选择压作用下的演变

禽白血病病毒(avian leucosis virus,ALV)是最易发生突变的病毒之一,它有多个亚群,其中感染性和致病性最强的J亚群(ALV-J)的囊膜蛋白gp85基因和LTR片段的变异性更强。ALV-J不同毒株间gp85差异很大,即使同一株病毒或同一分离物内的准种也有很大的多样性。在1988年ALV-J出现后最初的10年里,基本上只在白羽肉鸡中流行。最近10多年在我国的流行中,它又逐步适应蛋用型鸡、黄羽肉鸡及多种我国固有的地方品种鸡,而且诱发肿瘤细胞的类型也逐渐多样化,显然这与病毒的演变有关。现汇集了过去25年里国内外147个代表毒株的gp85序列及部分毒株的LTR序列,利用现代病毒分子流行病学技术,比较分析了ALV-J的准种多样性及其在不同选择压作用下的演变。以此为预测ALV进一步演变及制定更有效的预防控制措施提供新的科学数据。     

表达绿色荧光蛋白的重组鸡传染性支气管炎病毒的构建

为探讨鸡传染性支气管炎病毒(IBV)作为载体表达外源基因的可行性,本研究根据IBV H120疫苗株的全基因组序列设计引物,采用RT-PCR方法分10个片段对其基因组进行扩增,并克隆至pMD19-T载体中;同时构建IBV基因组5a基因编码区被增强型绿色荧光蛋白(EGFP)基因替换的重组质粒。采用体外拼接策略,将BsaI酶切处理的10个基因片段顺序连接,构建5a基因编码区被EGFP基因替换的基因组全长cDNA,其5’端具有完整的T7 RNA聚合酶启动子核心序列,3’端具有polyA尾巴结构。然后通过T7 RNA聚合酶体外转录系统合成病毒基因组RNA,脂质体转染BHK-21细胞进行病毒拯救。结果表明成功的从基因组全长cDNA拯救出重组病毒H120-5a/EGFP株,其在鸡胚中能有效的复制和传代,并表达绿色荧光蛋白;5a基因的缺失并不影响病毒对鸡胚的致病性。本研究为进一步开展IBV的分子致病机理、载体疫苗等研究奠定了基础。     

新疆绵羊肺腺瘤病理学诊断与全基因组序列分析

为了完成新疆绵羊肺腺瘤病毒诊断及全基因组序列测定,本研究采用兽医临床病理学和组织病理学观察疑似患病羊,并提取病毒悬液进行透射电镜观察,从患病绵羊的肺脏组织中提取基因RNA反转录为cDNA。参照GenBank中外源性绵羊肺腺瘤病毒美国株基因序列(AF105220)设计六对引物,对病料样品进行RT-PCR扩增和测序分析。结果表明,"小推车试验"时有鼻液流出,显微镜下观察,患病羊的肺脏有大小不一的腺瘤灶,且肺泡上皮细胞呈乳头状增生,肺泡腔内充满巨噬细胞,病灶中央的细胞核溶解。透射电镜观察到病毒颗粒直径大小约为88nm~125.4nm。RT-PCR扩增病毒基因组片段,获得完整的基因组序列全长7 456bp。与美国代表株(AF105220)和英国代表株(AF357971)BLAST在线比对核苷酸同源性结果分别为96%和95%,与内源性绵羊肺腺瘤病毒(enJSRV)内蒙株(DQ838493)和美国株(EF680300)的核苷酸同源性分别为89.8%和89.9%。获得的全基因组序列的TM区的氨基酸序列中具有外源性绵羊肺腺瘤病毒(exJSRV)特有的致病性"YXXM"序列。说明此基因序列具有致瘤作用,这是我国新疆首次报道的外源性绵羊肺腺瘤病毒的全基因组序列,为更深入的研究新疆绵羊肺腺瘤病毒的生物学特性和致病机理奠定基础。     

疫苗

此发明的基础是发现了外源禽造白细胞组织增生病毒(ALV)的先天性传递取决于此病毒基因组的gag序列此疫苗由减毒的猫传染性腹膜炎病毒构成。此病毒与冠状病毒形态上相似;但又有差别,它能在哺乳动物组织培养中而不能在鸡胚中生长。此病毒株系是通过将     

核桃炭疽菌携带病毒种类鉴定及多样性分析

炭疽菌是核桃主要病害核桃炭疽病的病原,目前对核桃炭疽菌携带的病毒种类及病毒基因组序列信息了解较少。利用宏病毒组测序技术,对分离自我国3个不同省份的25株核桃炭疽菌所携带的病毒基因序列进行发掘、鉴定和分类。经同源比对分析,获得22种病毒基因组序列,其中19种为新病毒。在22种病毒中,有21种为正单链RNA病毒,1种为dsRNA病毒。正单链RNA分别隶属于裸露病毒科（Narnaviridae）、线粒体病毒科（Mitoviridae）和葡萄孢欧尔密病毒科（Botourmiaviridae）,而dsRNA属于Alternaviridae病毒科。RT-PCR验证结果表明22种病毒都能在核桃炭疽菌株中被检测到,且25株炭疽菌的病毒携带率为100%,每个菌株都至少被1-11种病毒侵染。研究结果丰富了炭疽菌属所携带的病毒基因组信息,为后续深入分析炭疽菌真菌病毒的多样性和分子特性奠定基础。     

2017–2019年我国南方地区高致病性H5N6亚型禽流感病毒血凝素蛋白分子特征分析

【背景】自2014年以来,H5N6禽流感病毒在我国家禽和活禽市场持续进化,成为人类和动物健康的重大威胁。【目的】对2017–2019年中国南方地区93株高致病性H5N6禽流感病毒的HA基因进行分子进化分析。【方法】接种9–11日龄鸡胚分离核酸检测阳性的H5N6标本,运用下一代测序平台对病毒分离物进行全基因组测序,从NCBI和GISAID数据库下载参考序列,利用BLAST、MEGA6.1及Clustal X等软件进行序列分析。【结果】2017–2019年,从189份江苏省H5亚型禽类/环境标本和1名H5N6患者咽拭子标本中共分离到43株病毒,完成了33株H5N6病毒的全基因组测序。下载网上同时期中国其他地区流行的H5N6毒株序列,对总计93株H5N6病毒的HA基因进行分子进化分析。93株H5N6病毒中有78株属于Clade 2.3.4.4h,9株病毒属于Clade 2.3.4.4e,4株H5N6病毒属于Clade 2.3.4.4b,1株属于Clade 2.3.4.4f,1株属于Clade 2.3.4.4g。所有93株病毒HA蛋白的裂解位点含有多个碱性氨基酸,表明它们都属于高致病性禽流感病...     

MicroRNA靶向病毒携带的microRNA模拟靶序列对病毒的抑制作用

Micro RNA模拟靶序列(target mimic,TM)通过竞争性结合miRNA,从而干扰miRNA对靶标m RNA的调控.我们前期工作发现:以黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)作为载体在植物体内表达TM序列有效地抑制了miRNA的活性或稳定性,从而消减了miRNA对靶基因的调控.但是,miRNA与CMV携带的TM序列的结合在一定程度上抑制了病毒的积累.研究分析了miRNA靶向病毒携带的TM序列对病毒抑制作用的内在原因.a.通过RNA印迹分析CMV携带不同miRNA TM序列对病毒积累的影响,进一步明确miRNA靶向病毒携带的TM序列对病毒的抑制作用;b.利用GFP作为报告基因,通过荧光显微镜、蛋白质印迹以及RNA印迹分析TM序列对重组病毒积累的影响;c.以GFP作为报告基因,利用荧光显微镜观察和免疫印迹方法分析模拟靶序列对GFP翻译的影响;d.利用CMV病毒的反式复制系统分析miRNA模拟靶序列对病毒负链RNA合成的影响.结果表明,多种植物内源的miRNA靶向CMV基因组携带的miRNA TM序列,在不同程度上抑制了病毒的积累,miRNA与其TM序列的结合抑制GFP蛋白的翻译和负链的合成.植物内源的miRNA通过与病毒基因组携带的miRNA模拟靶序列结合,通过抑制病毒蛋白的翻译以及病毒负链RNA的合成,从而降低了病毒的积累水平.基于该论文的研究结果有可能建立一种抗病毒的新方法.