RET原癌基因与肿瘤相关性研究的进展现状

RET原癌基因是一种重要的癌症驱动基因,与人类多种肿瘤的发生、发展密切相关。RET相关肿瘤的发病机制包括RET基因激活性点突变与RET基因融合突变。近年来,针对致癌性RET基因融合突变开发的精准靶向药物取得了突破性进展。综述了RET原癌基因与肿瘤发生、发展相关性研究及近年来临床诊疗方面的研究进展,旨在为RET基因突变癌症患者的精准化诊疗提供参考,并通过精准高效地抑制RET基因突变,提高疾病缓解率和控制率。     

肿瘤精准医学知识数据库的设计与构建

目的:整合现有前沿的大量而分散的精准医学知识以形成系统完整的知识数据库,为个体组学数据的临床应用提供依据,旨在最终实现基于组学特征的精准用药推荐。方法:采用MySQL数据库管理系统构建数据库,从FDA伴随诊断、NCCN指南、My Cancer Genome、GDSC四大权威医学资源中手动收集精准用药知识,并将原始数据标准化、结构化后以统一的格式存储。结果:成功设计并构建了肿瘤精准医学知识库,目前共收录1 940条精准用药指导,涵盖了基因突变等14种不同类型的组学特征。结论:精准医学知识数据库收录了肿瘤分子组学特征和治疗策略的关联信息,可为临床上个体化治疗方案的制订提供参考依据。数据库的建立为精准医疗临床决策支持系统的开发奠定了基础。     

基因突变在结直肠癌诊疗及预后中的研究进展

结直肠癌是常见的恶性肿瘤之一,其发病率居全球恶性肿瘤发病率的第三位,死亡率呈逐年上升趋势。中国已成为全球结直肠癌每年新发病例数和死亡病例数最多的国家。对结直肠癌基因突变状态的识别以及对结直肠癌发生发展过程进行精确分类,可实现对患者进行个性化精准治疗的目的,而精准治疗的实现有赖于基因测序技术。目前,二代测序技术(Next generation sequencing,NGS)结合基因捕获技术,集中对研究者感兴趣的候选基因或外显子进行平行测序,极大拓展了对肿瘤特征基因的认识,为发展新的治疗手段和治疗策略奠定了基础。整合癌症基因组数据库IntOgen已明确72个结直肠癌驱动突变基因,包括“TP53”、“KRAS”、“PIK3CA”等;癌基因数据库Cancer Gene Census目前收录的结直肠癌突变基因有59个,包括原癌基因“BRAF”、抑癌基因“SMAD4”等;在线人类孟德尔遗传OMIM数据库已收录55个与结直肠癌相关的体细胞突变基因,包括“SRC”、“APC”等。本文通过26篇国内外文献,对结直肠癌基因突变检测的共识基因进行综述,并总结了与结直肠癌患者临床诊断、分型、预后、治疗等临床病理特征相关的突变基因标志物。     

基于多组学数据的肿瘤药物敏感性预测北大核心CSCD

肿瘤药物敏感性预测在指导患者临床用药方面具有重要意义。本文基于癌症药物敏感性基因组学数据库(genomics of drug sensitivity in cancer, GDSC) 198种药物的细胞系敏感性IC50数据,通过Stacking集成学习构建了包含基因表达、基因突变、拷贝数变异数据的多组学癌症药物敏感性预测模型。采用多种特征选择方法对基因特征进行降维,使用Stacking方法集成6种初级学习器和1种次级学习器进行建模,采用5折交叉进行模型验证。预测结果中AUC大于0.9的占比为36.4%,在0.8–0.9之间的占比为49.0%,最低AUC为0.682。基于Stacking构建的多组学预测模型较已有单组学和多组学模型的准确性和稳定性具有优势。多组学整合预测药物敏感性优于单一组学。特征基因功能注释和富集分析解析了肿瘤对sorafenib潜在的耐药机制,从生物学角度提供了模型可解释性及其应用于临床用药指导的价值。     

基因表达谱芯片及核酸测序技术在癌症研究中的应用现状

基因表达谱芯片和核酸序列数据在癌症研究中占有很重要的地位。基因表达谱芯片被广泛的应用在医学研究中,它的主要优势在于灵敏快速成本低,缺点只能对现有基因进行研究,无法进行新基因发现以及变异等方面的研究;而核酸序列数据在这方面则具有很大优势。总体来说,二者在癌症研究中都发挥着巨大的作用。随着精准医学的不断发展,对这些高通量数据的深入研究可以有助于人们进一步了解癌症的分子机制,从而加速个体化治疗的进程。     

精准医疗及伴随诊断在肺癌中的临床应用

肺癌是我国发病率和死亡率最高的肿瘤,属于基因型疾病,患者在分子遗传上具有很强异质性,临床表现复杂多样,相同病理类型的肺癌患者对同一种抗癌药物的治疗反应差异较大,因此,肺癌是在我国实施精准医疗的最佳领域之一。肺癌的发展进程与驱动基因密切相关,驱动基因突变状态为靶向治疗疗效的重要预测因子。随着对肺癌发病机制及其生物学行为研究的深入以及精准医疗的不断发展,以特异性高、不良反应小为特点的分子靶向治疗及免疫治疗成为关注的重点,促进了伴随诊断的发展,使得肺癌的个体化治疗成为可能。对精准医疗及伴随诊断在肺癌中的临床应用进行综述。     

基于机器学习的医学影像分析在药物研发和精准医疗方面的应用

MRI,PET,和CT等医学影像在新药研发和精准医疗中起着越来越重要的作用。影像技术可以被用来诊断疾病,评估药效,选择适应患者,或者确定用药剂量。 随着人工智能技术的发展,特别是机器学习以及深度学习技术在医学影像中的应用,使得我们可以用更短的时间,更少的放射剂量获取更高质量的影像。这些技术还可以帮助放射科医生缩短读片时间,提高诊断准确率。除此之外,机器学习技术还可以提高量化分析的可行性和精度,帮助建立影像与基因以及疾病的临床表现之间的关系。首先根据不同形态的医学影像,简单介绍他们在药物研发和精准医疗中的应用。并对机器学习在医学影像中的功能作一概括总结。最后讨论这个领域的挑战和机遇。     

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)SNV分型检测技术

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的全球大流行对整个人类社会造成了重大影响,人类面临着财政刺激、金融压力、债务重整等挑战。在特效治疗药物与方法出现之前,大规模的人群筛查隔离成为现在疫情治理的最有效方法。然而,这一次的新冠病毒(SARS-CoV-2)展示出了极高的遗传变异性,截至2022年3月31日统计突变率超过了2.3‰,迄今为止高传染性的新病毒株不断出现,被世界卫生组织正式警告的变异株就达到了7个。因此,在接下来的病毒防控与研究中,不但需要检测SARS-CoV-2,更需要精准、实用的单核苷酸变异(single nucleotide variation, SNV)基因分型技术,特别针对大规模人群筛查中,不仅需要获得SRAS-CoV-2的信息,还需要精准快速区分具有更高传染性与毒性的变异株感染。对病毒的感染和突变机制进行了简要介绍,并着重对现有主要的SARS-CoV-2 SNV分型技术进行了分类综述,希望为新型检测技术的开发提供参考。     

抗癌药物作用预测计算方法的研究现状与展望

对精准医疗即个体化医疗理念的探讨与实践是当下医学研究的热门课题,如果精准医疗的设想实现可为患者提供更加精确有效的治疗方案,而对癌症的研究是医学界尚未攻破且意义重大的研究课题,也是和精准医疗结合最密切的课题之一。应用生物信息学的计算方法可以通过分析患者的概况来为癌症患者的药物选择提供有效方案,从而提高癌症患者的生存率。通过参考多篇使用计算方法研究抗癌药物作用的研究成果,从数据源和网络分析、机器学习和深度学习等计算方法两个方面总结了当前的研究成果,并对该课题存在的问题与未来发展趋势做出了分析与展望。     

科研快讯

<正>Cancer Discov:科学家开发出治疗肺癌的潜在疗法据美国国家癌症研究所数据显示,三分之一以上的人类癌症,包括胰腺癌、肺癌以及结肠癌在内等癌症都是由于Ras家族基因突变而诱发的,长期以来科学家们一直致力于研究Ras家族基因,其或许是一种潜在的药物靶点,并不会对对癌症药物产生反应,但是近日,刊登在国际杂志Cancer Discovery上的一篇研究报道中,来自罗格斯大学癌症研究所的研究人员通过研究阐明,对     

p53：一个具有双面性的癌基因

根据经典的癌症遗传学，有两类癌症诱发的基因突变：一类是原癌基因（Oncogenes），其突变后增加了表达或功能；另一类是肿瘤抑制基因tumour suppressor genes），突变后导致其丧失表达或功能，这些都作为肿瘤的诱发事件。从1979年发现到1980年代后期，p53都被认作原癌基因。但是后来的研究又对该基因进行了重新分类，这是由于发现在肿瘤细胞中p53突变和基因缺失，     

癌症基因治疗新进展

随着癌症分子机理研究的深入和基因转移技术的快速发展,一种癌症治疗的新方法－基因治疗,已开始从理论研究向临床试验过渡,本着重介绍通过体细胞基因转移治疗癌症的各种可能性,包括反义核酸等信息药物,基因规换,基因免疫调节,自杀基因及正常细胞保护等。     

精准医疗与伴随诊断产业发展研究

<正>1概述1.1精准医疗精准医疗被誉为医疗的未来,它基于人们在基因、环境、工作与生活方式的个体差异,应用现代分子生物学、分子病理学、分子遗传学、分子影像技术、生物信息技术以及目前热门的大数据技术、人工智能技术等,通过对患者的生活环境和临床数据等进行分析,实现精准的疾病分类和诊断,制订具有个性化的疾病预防和诊疗方案。精准医疗包括对风险的精确预测、疾病精确诊断、疾病精确分类、药物精确应用、疗效精确评估与疗后精确预测。精准医疗是科学技术及医学自身发展的客观必然,也是广大民众摆脱贫困以后对健康、教育、生活质量追求的必然。因     

白血病诊治中的分子学检测及其临床意义

精准治疗是当前白血病治疗的新策略,而准确诊断和预后分层是精准治疗的基础。目前白血病主要依据形态学、免疫学、遗传学和分子学进行综合性的诊断分型。近年来,大量白血病相关的分子学异常被确认,分子学检测在白血病诊治中发挥着越来越重要的作用。PCR和测序是临床常规中基本的分子学检测技术。白血病常用的分子学指标包括融合基因、基因突变、基因过表达等,它们在白血病的诊断、靶向治疗的选择、微小残留病的监测以及预后等方面具有重要的临床意义。     

基于人类蛋白质图集的蛋白质表达的总论

新的人类蛋白质图集4.0版本上已经含有了对应5000个人类基因的6000多种抗体。这个版本里已经拥有500多万张高分辨率的免疫组化和激光共聚焦图片。每张图片都是经过优秀的病理学家的注释,从而为功能研究提供知识储备,也可以进行正常和病理组织中蛋白质表达谱的查询和文献检索。一个新的结构实现了,它包括了所有预测的基因(大约20400个),并且带有可视化的所有编码蛋白质基因的特征。一个新的搜索工具也已经启动了,它可以执行高级检索功能,包括染色体定位、蛋白质分级和(或)组织特异性的检索。蛋白质图集作为一种搜索工具可以发现癌症诊断学的潜在生物标志物。     

Trk激酶与肿瘤发生的关系及其小分子抑制剂的研究进展

Trk是一类神经生长因子激活的酪氨酸激酶家族,包括Trk A、Trk B和Trk C 3个亚型,分别由NTRK1(neurotrophic receptor tyrosine kinase 1)、NTRK2和NTRK3基因编码。Trk激酶被磷酸化后,能够激活下游信号分子,从而起到调节细胞增殖、分化、代谢、凋亡等作用。NTRK基因可以与其他基因发生融合,导致Trk激酶的高表达或者Trk激酶活性持续升高,最终可能引起癌症的发生。近几年来,Trk激酶的小分子抑制剂作为一种新的癌症治疗手段,进入人们的视线,这些化合物对NTRK基因融合的癌症患者有显著的治疗效果。现总结了Trk激酶的结构及生理功能,以及NTRK基因融合与肿瘤发生的关系;同时列举了10多种近十几年来研究发现的Trk激酶抑制剂,并讨论了其分子抑制的机制以及未来的发展方向。     

从蛋白质基因组学视角出发的精准肿瘤学

癌症是一种机制复杂的异质性疾病,需要有针对性的精准医疗策略。精准医疗的发展离不开基因组学的飞速发展,但基因组学在分子表型分析中具有一定的局限性,蛋白质基因组学应运而生。蛋白质基因组学是蛋白质组学和基因组学的融合学科。文中描述了基因组学分析的局限性,强调了蛋白质基因组学的重要性,旨在从蛋白质基因组的视角重新了解精准肿瘤学。此外,还简要介绍了蛋白质基因组学在精准肿瘤学中的应用,对相关的公共数据项目进行了描述,最后,提出了现阶段需要克服的困难。     

LITAF、RAB7、LMNA和MTMR2基因在中国人腓骨肌萎缩症患者的突变分析

为了分析LITAF、RAB7、LMNA和MTMR2基因在中国人腓骨肌萎缩症(Charcot-Marie-Tooth disease, CMT)的突变特点, 文章分别应用PCR结合DNA序列分析方法和PCR-单链构象多态性(PCR-SSCP)结合DNA序列分析方法对6个常染色体显性遗传家系先证者和27个散发病例进行LITAF和RAB7基因突变分析; 应用PCR-SSCP结合DNA序列分析方法对14个常染色体遗传的CMT家系先证者和27个散发患者进行LMNA和MTMR2基因突变分析。结果发现: LITAF基因c.269G→A、c.274A→G序列变异和LMNA基因c.1243G→A、c.1910C→T序列变异, 未发现RAB7和MTMR2基因的序列变异。其中LITAF基因c.269G→A、LMNA基因c.1243G→A和c.1910C→T为新发现的单核苷酸多态; LITAF基因c.274A→G为已知多态。说明LITAF、RAB7、LMNA和MTMR2基因突变在中国人CMT患者中罕见。     

基于CRISPR/Cas9的精准基因编辑技术研究进展

基因编辑技术是一种可以在基因组水平上对DNA序列进行改造的遗传操作技术。基于CRISPR/Cas9系统的精准编辑技术是一个操作方便、应用广泛的基因编辑技术,与传统的CRISPR/Cas9不同,精准基因编辑技术可以在不需要DNA模板的情况下对基因进行定点突变。本文重点介绍了近年来基于CRISPR/Cas9介导的精准基因编辑技术的发展,并深入分析了基因精准编辑技术面临的挑战和机遇。     

癌症病因新进展：更多体细胞突变基因被鉴定

癌症通常是因为基因突变导致细胞的过度增殖而发生。导致癌症发生的突变后基因称为癌基因。通过扫描定位、生物鉴定等方法,目前已经有超过350个癌基因被鉴定。因为技术手段有限,必定存在被漏检基因。人类基因组测序工作的完成使对肿瘤细胞基因组进行系统的重新测序成为可能。由此可发现更多与癌症发生相关的基因突变。蛋白激酶是很多生物调控过程的关键,目前很多已知的癌基因都含有蛋白激酶结构域。抑制蛋白激酶的突变是有效的肿瘤预防治疗措施。最近,科研工作者对至少210种人类癌症相关的518个蛋白激酶基因外显子进行了大规模测序研究,结果新发现了超过1000个体细胞突变基因。它们大多属于“过客”基因而不引起癌症发生。