实时逆转录PCR检测G1、G2和G4型轮状病毒方法的建立

目的建立3种用于检测G1、G2和G4型轮状病毒VP7基因的一步法实时逆转录PCR,用于本实验室G1、G2和G4型轮状病毒的快速检测和定量、定性分析。方法设计G1、G2和G4型轮状病毒VP7基因特异性引物和探针,采用G1、G2和G4型轮状病毒特异性体外转录RNAs,建立实时逆转录PCR,特异性检测G1、G2和G4型轮状病毒VP7基因方法。结果 3种实时逆转录PCR标准曲线R~2均大于0.99,扩增效率均在90%～110%之间。不同浓度体外转录RNAs重复性检测结果 CV均5%,且可以对单拷贝RNAs样本进行检测。结论本检测方法快速、灵敏且重复性好,可以对轮状病毒VP7基因进行特异而有效的检测,为实验室轮状病毒毒株的分型和定量检测提供了特异而有效的检测方法,也为今后多重实时逆转录PCR的建立奠定了试验基础。     

大熊猫轮状病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为了能对大熊猫轮状病毒的早期感染和隐性感染大熊猫做出有效诊断,并为病毒定量分析提供技术支持。本研究根据 GenBank中登录的大熊猫轮状病毒（GPRV）VP4基因序列设计1对引物,建立一种快速准确的检测大熊猫轮状病毒的荧光定量 RT-PCR方法,并对引物浓度、退火温度和循环数进行优化,同时建立标准曲线,并将建立的荧光定量方法与常规RT-PCR方法比较。结果显示,本试验建立的荧光定量RT-PCR方法灵敏度可达1.0×100拷贝/μL,比常规 RT-PCR灵敏度高出至少100倍。特异性和重复性检测结果表明,该方法具有良好的特异性和较高的重复性。研究结果表明该方法可以对大熊猫轮状病毒进行稳定、可靠的检测,可以满足大熊猫轮状病毒特性研究和感染诊断的需要。     

猪轮状病毒RT-LAMP检测方法的建立及应用

为了建立一种适用于猪轮状病毒(PoRV)的逆转录-环介导等温核酸扩增(RT-LAMP)的快速、灵敏检测方法。依据GenBank上登录的PoRV VP7基因保守序列,设计了6条特异性引物,通过对外引物与内引物浓度比、Bst DNA聚合酶浓度、Mg2+浓度、dNTP浓度和反应条件等进行优化。结果显示,当外引物与内引物浓度比为200nmol/L∶2 400nmol/L(1∶12)、Bst DNA聚合酶浓度为0.64 U/μL、Mg2+浓度为2.5 mmol/L、dNTP浓度为1.0mmol/L,在恒温(60℃)条件下作用60min,扩增效果出现明显"梯状"条带,同时对建立的RT-LAMP检测方法进行特异性和敏感性验证,其只有PoRV获得特异性扩增条带,与其他猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪瘟病毒等无交叉反应,具有良好的特异性,最低检测分子拷贝数为1.0×102拷贝/μL,具有极高的敏感性。反应结束后肉眼可见阳性扩增产物出现白色沉淀,加入SYBR GreenⅠ观察颜色变化可以判定结果。该方法适用于野外、基层部门和海关快速检测PoRV的新方法,在临床上有良好的推广意义。     

A组轮状病毒可视化RT-LAMP方法的建立

【目的】建立一种利用颜色判定的快速、简单、灵敏度高的检测方法,即可视化的逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)方法,并应用于人A组轮状病毒的基因检测。【方法】针对A组轮状病毒VP6基因的6个保守区域设计4条特异性引物,在64 °C恒温条件下进行核酸扩增反应1 h,在扩增前加入染料钙黄绿素(Calcein)作为反应指示剂,以钙黄绿素的颜色变化作为结果判定标准。评价该方法的特异性和灵敏度,并同时利用RT-LAMP和RT-PCR两种方法对90份临床腹泻样本中的病毒核酸进行检测。【结果】RT-LAMP方法特异性较高,灵敏度可以达到103 copies/μL RNA分子水平,比RT-PCR高出100倍。对临床标本的检出率与RT-PCR方法相当。【结论】建立的RT-LAMP法灵敏度较高,特异性强,节省时间,结果可视化,具有野外检测和现场快速检测的潜力。     

新成人腹泻轮状病毒J19株的全基因组克隆和VP4、VP6和VP7基因序列分析

为了进一步了解新成人腹泻轮状病毒J19株的基因和蛋白特征,利用一种改良的非依赖核酸序列的单引物扩增方法扩增J19株的11个基因,克隆到pMD18-T载体中并进行测序。在此基础上,将主要抗原蛋白VP4、VP6和VP7的蛋白序列与其它轮状病毒的相关蛋白序列进行比较分析并对VP6蛋白序列做遗传进化分析。结果获得J19株11个基因的全长基因序列。基因序列分析表明J19株的第3、6和第9基因分别长2 512bp、1 287bp和820bp,它们分别预测编码抗原蛋白VP4(823aa)、VP6(396aa)和VP7(258aa)。组成J19株的VP4、VP6和VP7蛋白序列对B组轮状病毒的CAL株、IDIR株以及ADRV株的相关蛋白序列的一致性分别是27.6%、38.5%和22.3%。对分组抗原蛋白VP6的遗传进化分析表明,J19株在进化树上的位置靠近外群蛋白分支以及A、B和C组轮状病毒分支的根部,而且它比较偏向于B组轮状病毒的分支。J19株的VP4、VP6和VP7蛋白序列与其它轮状病毒的相应蛋白序列存在显著差异。VP6蛋白序列的遗传进化分析表明J19株可能是一个新组轮状病毒的代表性毒株;同时,它也可能是一个与B组轮状病毒的起源和进化密切相关的毒株之一。关于新成人腹泻轮状病毒J19株11个基因的克隆及VP4、VP6和VP7基因的序列分析,这是第一次报道。     

G5型人A组轮状病毒LL36755株的VP4、VP6和NSP4编码基因的分子特征

最近在亚洲首次发现并报道了感染人的G5型人A组轮状病毒LL36755株,为进一步探讨其进化来源,克隆了G5型人A组轮状病毒LL36755株的VP4、VP6、NSP4编码基因,并分析其基因序列的分子特征。结果发现卢龙株LL36755为罕见的G5P[6]型,其VP6的亚群为SGⅡ型,NSP4的基因型为B型。系统进化树分析表明,卢龙株LL36755的VP7、VP4编码基因与猪来源的毒株关系密切,而VP6、NSP4编码基因与人来源的毒株紧密相联系。可以推断新的人腹泻A组轮状病毒LL36755株是猪的VP7,VP4编码基因与人的VP6,NSP4编码基因的自然重组;而且该毒株不是G5的原型,很可能是人类轮状病毒与猪轮状病毒毒株的自然重组后逐步进化而来。     

PDCoV、SADS-CoV与SVA三重RT-PCR检测方法的建立与应用

【背景】猪丁型冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV)、新型猪急性腹泻综合征冠状病毒(swine acute diarrhea syndrome coronavirus,SADS-CoV)与塞内卡病毒A型(Seneca virus A,SVA)均为猪的新发病原,严重危害养猪业的发展。猪感染这3种新发病原难以根据临床症状诊断,因此亟须建立多重RT-PCR检测方法对疑似患病猪进行快速诊断,以降低经济损失。【目的】建立能同时检测PDCoV、SADS-CoV和SVA单一或混合感染的三重RT-PCR检测方法。【方法】参考GenBank中登录的PDCoV和SADS-CoV N基因、SVA L/P1基因保守区域,设计3对特异性引物,以温度梯度PCR法确定最适退火温度(T_m);采用方阵法优化其引物浓度;构建重组质粒PMD-PDCoV、PMD-SADS-CoV和PMD-SVA作为标准品确定最小检测量(limits of detection,LOD);以猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒等6种常见感染猪的病毒核酸样本为模板,确定三重RT-PCR法的特异性;以批间和批内实验验证其重复性;经检测疑似感染的临床样本并与已报道的检测方法进行比较,评估其临床应用效果。【结果】最佳退火温度为58.3℃;引物最佳浓度分别为0.5、0.25和0.25μmol/L;其敏感性高,PMD-PDCoV、PMD-SADS-CoV与PMD-SVA最低检测限分别为1、1和10copies/μL;其特异性强,仅对PDCoV、SADS-CoV和SVA有特异性条带,对其他病毒均无扩增条带;该方法重复性好,批间和批内实验检测结果均一致。经临床样本检测PDCoV、SADS-CoV和SVA的阳性率分别为65.85%、30.49%和57.32%,与已报道的检测方法一致。最后从13份PDCoV、SADS-CoV和SVA均为阳性的样品中随机选取5份样品进行测序,并做同源性及进化树分析,结果显示5份阳性病料的PCR扩增序列之间相似性较高,而且和参考序列之间也具有较高的相似性,均可达到96%以上。表明本研究建立的方法在应用于临床样品检测中具有较高的准确性和可靠性。【结论】建立了一种能够同时快速检测PDCoV、SADS-CoV和SVA的三重RT-PCR方法,为临床上检测上述3种病毒提供了技术支撑。     

轮状病毒NASBA检测研究

轮状病毒是世界范围内流行性胃肠炎暴发的重要病因。以患者粪便为样抽提轮状病毒RNA,在轮状病毒VP7高保守基因区段上设计引物,运用核酸序列依赖的扩增(NASBA)法进行检测,变性琼脂糖凝胶电泳和Northern杂交验证。NASBA预期的特异性产物为392bp,并在仅以目标核酸为模板或在浓度高达1μg/μL的非特异性核酸存在的混合模板中,均有清晰的目标带产生,表现出了很高的特异性。其灵敏度和RT-PCR相同甚至更高,可检测到50pg的核酸,并且当反应时间为3h时检测灵敏度最高。NASBA法扩增效率高、灵敏度高、快速易操作,尤其适用在基层单位推广应用。     

双重实时逆转录PCR检测G2、G3型轮状病毒方法的建立

目的建立一种双重实时逆转录PCR,用于G2、G3型轮状病毒的快速检测和定量分析。方法采用G2、G3型轮状病毒VP7基因特异性引物/探针和体外转录RNAs,建立双重实时逆转录PCR,在同一反应管中同时检测G2、G3型轮状病毒VP7基因;并对该方法的灵敏度、重复性、有效性进行验证。结果双重实时逆转录PCR标准曲线R~2>0.99,扩增效率在90%～110%之间。灵敏度可达10~1拷贝,不同浓度体外转录RNAs重复性检测CV均≤4.18%。单重和双重实时逆转录PCR均可以对G2、G3型单价样本和混合样本进行有效检测,试验内CV均≤2.08%,试验间CV均≤2.52%。单重和双重实时逆转录PCR检测同一样本时具有良好的一致性,检测结果之间差异无统计学意义(P>0.05),两种方法相关性较好(R~2>0.95)。结论本方法特异、快速、灵敏且重复性好,可以在同一反应管中同时检测两种目的基因,缩短了检测周期,降低了检测成本和污染风险,为轮状病毒的分型和定量提供了更为快速、有效的检测方法。     

免疫荧光法检测原核和真核细胞中表达的轮状病毒外壳蛋白VP4

目的：用免疫荧光法快速检测原核和真核细胞中表达的轮状病毒（RV）外壳蛋白VP4。方法：以抗VP4的抗体为一抗、FITC标记的羊抗豚鼠IgG为二抗,用免疫荧光方法检测在大肠杆菌BL21（DE3）中重组表达的同源RVVP4;检测SA11或Wa株RV感染MA104细胞后不同时间段病毒VP4的合成及其在感染细胞中的分布情况。结果：用免疫荧光法可直接检测到原核细胞中表达的外源蛋白,也可检测到病毒蛋白在真核细胞中的分布情况。结论：免疫荧光法可特异、方便、快速地检测RV VP4在原核和真核细胞中的表达;来源于RV TB—Chen株的VP4抗体可特异性识别同源病毒VP4,交叉识别SA11或Wa株的VP4。     

新成人腹泻轮状病毒J19株VP2、VP3的编码基因序列分析

利用一种改良的非依赖核酸序列的单引物扩增方法,从新成人腹泻轮状病毒J19株的核酸中扩增基因,克隆至pMD18-T中并进行测序和基因序列分析。J19株的VP2、VP3的编码基因为基因2、4,分别长2 969bp、2 204bp,它们分别编码973个氨基酸和719个氨基酸。J19株的VP2蛋白序列对B组人轮状病毒IDIR株的一致性为47.2%;J19株的VP3蛋白序列对C组人轮状病毒Cowden株一致性为25.1%。对J19株VP2的遗传进化分析表明,J19株在进化树上的位置靠近外群蛋白以及A、B和C组轮状病毒分枝的根部,并且它比较偏向于B组轮状病毒的分枝。这与VP6的遗传进化分析结果相一致。根据上述结果推测J19株可能是一个与B组轮状病毒的起源和进化密切相关的毒株之一;同时,这表明VP2在研究轮状病毒的遗传进化上具有重要价值。关于新成人腹泻轮状病毒J19株VP2、VP3的编码基因的序列分析,这是首次报道。     

产气荚膜梭菌实时荧光PCR方法的建立

目的:利用荧光定量PCR技术,建立快速敏感特异的检测产气荚膜梭菌的方法。方法:以产气荚膜梭菌基因为靶序列设计引物和探针,以自产气荚膜梭菌菌株中提取的DNA为模板,优化引物和探针的浓度比,同时验证方法的特异性、敏感性。结果:建立的反应体系在上游引物浓度为0.45μmol/L、下游引物浓度为0.15μmol/L、探针浓度为0.3μmol/L时,具有良好的特异性和敏感性,与创伤弧菌等12种相关细菌均无交叉反应;对纯菌检测的灵敏度低于10 CFU/反应体系。结论:建立的实时荧光PCR方法特异、灵敏、快速,能对战时气性坏疽做出快速准确的报告,实现对这种战时高发疾病的安全、快速和定量检测。     

猪PEDV与PDC_OV二重RT-PCR检测方法的建立

旨在建立能同时检测出猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)和猪丁型冠状病毒(Porcine delta corona virus,PDCOV)的二重RT-PCR检测方法。根据GenBank已收录发表的PEDV和PDCOV基因序列设计2对特异性引物,首先运用RT-PCR反应技术,通过PEDV和PDCOV病毒的目的基因的单项扩增,对反应条件进行优化。然后通过特异性试验、敏感性试验以及临床样品的检测验证确定二重RT-PCR方法的建立。结果显示,目的基因PEDV-M扩增的片段大小是750 bp,PDCOV-N扩增的片段大小是372 bp;能够同时检测出PEDV和PDCOV目的基因,却检测不到PRV、CSFV、PPV三种病毒;体系优化扩增PEDV-PDCOV混合核酸浓度下限为100 pg/μL;能够初步诊断出临床疑似病毒感染的病例。结果表明,成功的建立PEDVPDCOV二重RT-PCR检测方法,此方法敏感性高、特异性强,是一种能够快速有效的检测出猪PEDV-PDCOV单病毒感染或多病毒混合感染的临床诊断方法。     

以agr基因为靶点快速检测金黄色葡萄球菌方法的建立

旨在建立一种以agr基因为靶点,快速检测金黄色葡萄球菌的环介导等温扩增（LAMP)方法。针对金黄色葡萄球菌附属基因调控基因agr序列,设计了4条特异性引物;优化了LAMP体系中甜菜碱、dNTP浓度、长短引物比等因素;通过对14株不同金黄色葡萄球菌菌株和4株其他常见食品致病菌株进行检测,评估引物特异性。结果表明,在Mg²⁺浓度为2.4 mmol/L,dNTP浓度为0.8 mmol/L,甜菜碱浓度为0.1 mol/L,长短引物比为1:8,65 ℃反应50 min条件下扩增可达最佳效果。优化后的LAMP对14株金黄色葡萄球菌均表现为阳性,对4株非金黄色葡萄球菌菌株表现为阴性,证明引物具有特异性。本文首次利用agr基因作为靶基因片段,建立了一个简单、快速、特异性强的检测金黄色葡萄球菌的方法,在食品安全检测方面极具意义。     

中国香菇种质资源中主要真菌病毒的多重RT-PCR检测技术

【背景】病毒是食用菌生产上较重要的一类潜在隐患。我们在前期的研究中发现,中国香菇(Lentinula edodes)种质资源中最常见的病毒有2种,分别为L. edodes partitivirus 1 (LePV1)和L. edodes mycovirus HKB (LeV-HKB)病毒,这2种病毒能单一或复合感染香菇。【目的】建立香菇种质主要病毒的快速检测技术,提高香菇病毒检测效率,降低检测成本。【方法】依据香菇β-actin基因及病毒LePV1和LeV-HKB编码依赖RNA的RNA复制酶(RdRp)基因序列分别设计引物,以复合感染了这2种香菇病毒的菌丝体为材料,对影响RT-PCR反应的主要因素模板浓度、引物浓度、dNTPs浓度、退火温度和循环次数等进行优化筛选,建立同时检测LeV-HKB病毒(LeV-HKB相关病毒)和LePV1病毒的多重RT-PCR检测技术。【结果】模板浓度、退火温度和循环次数对多重RT-PCR检测结果均有较大影响,而引物浓度和dNTPs浓度对检测结果的影响较小。所建立的多重RT-PCR技术在香菇核心种质病毒检测中表现为扩增目标条带清晰分明,检测结果与单重RT-PCR检测结果一致。对两种病毒的多重RT-PCR产物进行了序列测序,结果表明扩增片段序列与目标基因序列相似性在99%以上。【结论】所建立的多重RT-PCR检测体系具有较好的特异性与适用性,为室内和田间香菇病毒早期检测、病害流行的监测提供了技术储备。     

多重PCR技术快速检测烤后烟叶转基因成分

为提高烟叶转基因成分检测效率,建立了烤后烟叶中3种外源基因成分的多重PCR检测技术体系,通过优化该反应体系中的Mg2+、d NTP、r Taq酶、引物浓度及退火温度等参数,实验最适条件为将4对相等摩尔浓度引物预先按1∶1∶1∶1(V/V)混合,在Mg2+为1.5 mmol/L、d NTP为125μmol/L、r Taq酶1 U、混合引物1μmol/L,DNA 100 ng,退火温度65℃,循环数35个的反应条件下,在一次PCR反应中便可同时检测烟草内源基因NR,外源基因35S启动子、NOS终止子、NPT II筛选标记基因。优化后的反应体系能够有效地检测出转基因烤后烟叶百分比含量为0.9%(V/V)的转基因成分。     

轮状病毒VP4抗原表位在VP6载体蛋白同一位点表达比较研究

目的:评价轮状病毒(RV)VP4两个抗原表位插入VP6载体蛋白同一位点所表达的重组嵌合蛋白免疫学性质及在研制嵌合蛋白疫苗中的意义。方法:采用分子克隆和基因重组技术将RV VP4的两个抗原表位插入到VP6载体蛋白同一位点上,构建重组抗原表达质粒,表达携带不同抗原表位的重组嵌合蛋白,用Western blot和中和试验分析重组嵌合蛋白的抗原反应性和免疫原性。结果:成功构建了两个嵌合蛋白表达质粒,并在大肠杆菌中高效表达;表达的嵌合蛋白可与相应抗体特异性反应;可诱导豚鼠产生特异性血清抗体;抗嵌合蛋白血清抗体可特异性识别载体蛋白VP6F,Wa株病毒的VP6和VP4蛋白,可中和Wa株病毒在MA104细胞上的感染性;结果表明,所构建和表达的两个以VP6为载体的VP4抗原表位嵌合蛋白具有较高抗原反应性和免疫原性;嵌合蛋白携带的VP4抗原表位具有增强载体蛋白免疫原性作用;为研制新型RV重组蛋白疫苗的奠定了较好的基础。     

A组人轮状病毒VP6基因克隆及在大肠杆菌中的高效表达

轮状病毒(rotavirus RV) 结构蛋白VP6位于病毒三层衣壳结构的中间层,在病毒粒子的形成过程中起重要的作用。从临床样品中分离的人轮状病毒TB-Chen株VP6基因通过RT-PCR得到扩增产物。以pET作为表达载体,将VP6蛋白编码基因序列插入到质粒pET中成功构建原核表达质粒pET-VP6。实验表明,带有pET-VP6质粒的大肠杆菌BL21(DE3)可以高效表达目的蛋白VP6,重组表达产物VP6占菌体总蛋白的27.4%, 其分子量约为45 kDa,并且能被豚鼠抗SA11血清抗体识别（Western blot）。这一结果为进一步研究VP6的结构和功能奠定了重要的物质基础。