液相芯片技术在检测致病相关基因中应用进展

液相芯片是一种重要的高通量分子检测技术,能够快速对一个样本进行多重检测和分析。该文综述了近年来液相芯片检测人类和模式动物的致病基因的应用,发现该技术能够对遗传性疾病、心血管疾病等致病相关基因及其在组织中的表达进行了定量检测,为临床诊疗和致病机制的研究提供了有力的支撑;还能够筛查实验动物的相关致病基因,以期为深入研究疾病与致病基因之间的关系,以及疾病动物模型的构建提供参考。     

寡核苷酸芯片技术用于检测过氧化物酶体活化物激活受体基因多态性

 通过寡核苷酸芯片技术检测PPARα基因Leu162Val、Val227Ala多态性和PPARγ Pro12Ala的基因多态性,建立一种快速、简便、准确的方法,为研究非酒精性脂肪性肝病的发病机制、临床诊断和治疗提供依据.收集人体外周血标本,提取DNA进行PCR扩增,设计相应的探针和引物,制备检测芯片,PCR产物与芯片杂交后,扫描芯片并分析结果.PCR产物进行测序验证.寡核苷酸芯片技术检测PPARα基因Leu162Val、Val227Ala多态性和PPARγ Pro12Ala基因多态性结果与测序结果一致.寡核苷酸芯片技术检测非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)密切相关的PPAR基因多态性快速、准确,值得临床推广和应用.     

双色荧光杂交芯片在检测 P 1A 1M P I 基C 因多态性中的应用

目的：应用一种新的高通量SNP检测方法-双色荧光杂交芯片技术检测CYPIA1 MspI基因多态性。方法：收集江苏汉族人群原发性肺癌患者75例和相应对照77例,应用双色荧光杂交芯片技术检测了152例样本的CYPIAI基因MspI基因多态性,并应用PCR-RFLP技术验证双色荧光杂交芯片的特异性。结果：152例样本的CYPIAI基因双色荧光杂交芯片技术分型结果与PCR-RFLP结果完全相符,两种方法的基因型分型结果具有很好的一致性。结论：双色荧光杂交芯片技术是一个高通量SNP检测的良好工具,特异性高,在大规模人群SNP筛检中具有良好的发展前案。     

新城疫液相芯片快速检测方法的建立

目的：建立可检测新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）的液相芯片快速检测技术。方法：用DNAStar软件对GEN-BANK中NDV的NP基因进行序列分析设计NDV特异性探针并标记生物素,利用该探针与荧光编码微球偶联后与抽提的NDV病毒RNA的RT-PCR产物杂交反应,用液相芯片检测仪（Liquichip 200）检测荧光信号建立了NDV快速液相芯片检测方法。结果：检测结果显示,该法具有较好的特异性,不与H5AIV和H9AIV反应;检测灵敏度达到150个EID50;该法与鸡胚病毒分离法检出NDV的符合率达到97.1%。结论：初步建立了检测NDV的液相芯片技术,为进一步搭建NDV全新快速高通量检测平台奠定了基础,也为其他同类病毒的快速高通量检测提供了借鉴和经验。     

单核苷酸多态性检测方法的研究进展

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)作为第三代遗传标记已经广泛应用于基因作图、疾病相关性分析、群体遗传学及药物研究等领域.因此建立高度自动化和高通量的SNP检测分析技术十分重要.简要介绍了国内外几种主要SNP检测技术的原理和检测分析手段,并对SNP高通量检测技术的发展进行了展望.     

转基因玉米Bt176液相芯片检测方法的建立

为建立转基因玉米Bt176的液相芯片检测方法,根据已公布的转基因玉米Bt176外源插入基因CaMV35S启动子序列,外源基因3’端与玉米基因组DNA连接区序列,同时以玉米特异Zein内源基因序列为参照,利用Primer Premier5.0等软件设计特异性引物和探针。将探针与荧光编码微球偶联后,与PCR产物杂交反应,用液相芯片检测仪(Bio-plex 200)检测荧光信号。检测结果显示,该方法具有高特异性及灵敏度,各条探针之间无交叉反应,最低检测限可达0.01%。初步建立了检测转基因玉米Bt176的液相芯片技术,为其他转基因作物的快速高通量检测提供了借鉴和经验。     

细胞分子生物学技术在靶向药物筛选中的应用

随着细胞及分子生物学的发展,新技术方法越来越多地用于新靶点建立和药物筛选研究,为药物设计、靶点的选择和用药方案的确定提供理论依据,同时使药物筛选有了更高的特异性,对药物筛选和药理学研究起到了极大的促进作用. 论述了功能基因的筛选、高通量细胞筛选和高内涵筛选技术、反义核酸技术、转基因/基因敲除技术、基因芯片、蛋白质芯片、组织芯片、酶免疫分析、荧光免疫分析、流式细胞技术等方法在靶向药物筛选中的应用.     

结直肠癌血清肿瘤标记物液相芯片制备条件的优化及在CEA抗原检测中的初步应用

液相芯片技术由于其高通量,灵敏度高,信噪比高,液相条件下反应,操作简便,耗时短等优点,已被美国FDA批准成为临床的检测手段。本文主要介绍了结直肠癌血清肿瘤标记物液相芯片制备条件的优化及其在CEA抗原检测中的初步应用。本研究首先将CEA抗原的捕获抗体与微球载体进行偶联,制备液相芯片,然后对影响反应的微球与抗原的反应时间,生物素化检测抗体的浓度及avidin-PE荧光染料的反应浓度等因素进行正交设计,确定出最优的反应条件;用该液相芯片反应体系检测55例临床样本,与ELISA试剂盒检测结果相比：在同样的样本浓度范围内,两者的检测结果基本一致,但液相芯片检测的浓度范围更大而且液相芯片可将多种肿瘤标记物在一个反应进行检测,节省检测的时间和人力。     

基因芯片技术在病原细菌检测中的应用

基因芯片技术具有快速、高通量、平行化等优点,在病原细菌检测中有广泛的应用前景,选择细菌适宜的靶基因是芯片制备的关键之一。用细菌核糖体基因做靶基因的芯片技术,虽然应用广泛,但仍存在一些不足,随着基因组信息及基因功能的深入研究,包括毒力基因、耐药基因等具有较好种属特异性的细菌基因不断被发现,为芯片技术检测病原细菌提供了更多特异的靶基因,使检测结果更加灵敏、准确,在病原细菌研究中将发挥更大的作用。     

高通量流式荧光微球悬液芯片检测乙肝病毒基因分型

目的:建立HBV基因分型高通量液相芯片检测技术,并探讨其应用价值.方法:对GenBank中收录的明确分型的HBV基因序列进行分析,选择preS2-S区设计引物和A、B、C和D型特异性探针.与荧光编码微球偶联的特异型探针与一条引物生物素标记的PCR产物直接杂交反应,然后结合亲和素标记的藻红蛋白,用流式检测仪(Bio-Plex 200)检测荧光信号.检测182份阳性乙肝患者血清DNA,其中35份样品检测结果与测序法比较.用B、C型质粒DNA倍比稀释及混合样品检测灵敏度来评估该方法.结果:建立了HBV基因分型的快速高通量液相芯片检测方法.182份患者血清检测结果为:B型占24.2％ (44/182),C型占71.4％(130/182),D型为6.6 ％(12/182),BC混合型4.4％(8/182).其中35份样本与测序法比较,除3份混合型测序法未检出外,其它32例结果均相同本方法的灵敏度检测下线为1×103 copies/mL.结论:应用悬液芯片技术进行乙肝病毒的基因分型分析,具有较好的特异性和较高的灵敏度,并有简便、灵活和高通量等优势.该检测系统不仅在科研中有广泛的前景,也有望成为临床推广的多重分子诊断和基因分型的新方法.     

军事医学科学院生物芯片研究进展

生物芯片技术是20世纪末兴起的以微加工技术、化学和生物技术为依托的一项综合性高新技术,它是目前高新科技水平的代表之一.该技术根据分子间特异性相互作用的原理,将生命科学领域中不连续的分析过程集成于平方厘米大小的固相介质表面或液相介质中构建微分析系统,以实现对蛋白质和核酸等分子的准确、快速、高通量、平行化、自动化及大信息量的检测.基因芯片、蛋白质芯片、组织芯片和芯片实验室都属于生物芯片的范畴.与传统的检测技术相比,生物芯片具有准确、快速和高通量的优势.生物芯片根据其用途可分为实验室研究用和临床体外诊断用两大类.目前,生物芯片技术已广泛应用于疾病分子诊断、药物筛选、食品卫生安全、传染病预防控制、生物反恐和司法鉴定等领域.本文主要从疾病体外诊断的角度对生物芯片技术和产品进行综述.     

PCR 芯片及其应用研究进展

PCR芯片实质上就是固定有与研究对象有关的许多已知基因的引物阵列并可用于PCR检测的固相载体,其制作时最关键的是目的基因的引物设计。与基于杂交的芯片技术不同,PCR芯片技术是一种高通量的,准确、灵敏的定量检测基因表达的技术,它将待测基因的引物固定于固相载体上,通过简单的、经过优化的定量PCR体系和荧光定量PCR仪,实现待检样品中已知基因的扩增,用于定量检测待检样品中已知基因的表达情况。PCR芯片由于其操作简单、结果准确、数据产出快而多等特点,已应用于疾病发病机制、药物作用机理和细菌分型等研究领域,并将在生命科学研究领域得到更为广泛的应用。     

单管PCR-Pyrosequencing快速检测华法林代谢酶基因多态性方法的建立

文章旨在建立一种单管、快速及高通量的华法林药物代谢酶相关基因多态性的检测方法。通过抽取人外周血DNA,应用带有生物素标记的扩增引物,经PCR扩增并制备焦磷酸测序单链模板,于PyroMark ID焦磷酸测序仪上进行焦磷酸测序,以Sanger测序法测序结果为对照,观察分析的准确性。结果显示,华法林药物代谢酶的3个相关基因多态性(CYP2C9*2、CYP2C9*3、VKORC1(-1693))于单管中可被同时检测,一次可获得96份DNA的华法林药物代谢相关多态性位点检测结果。经与Sanger测序方法比较,符合率为100%。结果表明本方法可准确、高通量、快速检测华法林药物代谢酶相关基因多态性,与单管检测一个位点的焦磷酸测序方法相比,能有效降低检测成本,节省检测时间。该方法在个性化医疗上有较大的推广应用价值,也可以将该平台运用于其他疾病相关基因多态性检测。     

一种新的基于单碱基延伸的SNP芯片技术

单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism, SNP)是人类基因组中最常见的一种变异, 与疾病易感性、药物代谢等有着密切的关系。已经建立了多种SNP检测技术并得到了应用。单碱基延伸(Single base extension, SBE)是常用的SNP分型技术之一。文章建立了SBE结合Zip-code芯片技术对SNP进行分型, 为个体化用药及临床诊断芯片的研究与开发提供技术和方法。     

.液相芯片技术在检验医学和生物医学中的应用

 液相芯片技术是以100种不同荧光编码的微球作为探针的载体,生物分子间的反应在悬浮液态体系中进行的一类新的生物芯片技术.在这个灵活和开放的平台中可进行蛋白质、核酸等生物大分子的检测.液相芯片较传统的固相芯片的优势在于检测准确、信息质量稳定、可重复性好.液相芯片以其易于操作、高通量、高灵敏度、高准确度、高精密度以及宽的线性测定范围的特点,逐渐进入了临床诊断领域.     

人类基因组结构变异检测研究进展

高通量、高分辨率基因组学技术的出现推动了人类基因组中长度在1kb～3Mb的亚显微水平结构变异检测方法的发展,这些结构变异主要包括基因拷贝数变异、倒置、插入、缺失、重复及其他基因重排．而传统的细胞遗传学技术达不到如此高的分辨率．本文介绍了目前主要的基因组结构变异的检测技术,包括基于芯片的比较基因组杂交技术和代表性寡核苷酸芯片分析技术,基于PCR的多重扩增探针杂交技术和依赖于连接反应的多重探针扩增技术,配对末端图谱技术等．还比较和分析了各种方法的优劣势并提出了目前结构变异数据库存在的问题．最后讨论了这些变异对于人类表型多态性、疾病易感性、药物反应程度及群体遗传学的影响．     

微流控芯片在乳腺癌骨转移研究中的应用

乳腺癌骨转移患者死亡率高达70%～80%,目前缺乏有效的治疗药物.微流控芯片技术能够有效模拟骨组织的生化和生物物理微环境,便捷地实现模拟骨微环境中乳腺癌骨转移的研究,这将为探索乳腺癌骨转移的细胞和分子机制、进而进行抗乳腺癌骨转移药物高通量筛选提供有价值的技术方法和平台.本综述简要介绍了乳腺癌骨转移的分子机制和治疗药物研究现状,详细阐述了乳腺癌骨转移的微流控芯片模型,分析了基于微流控芯片技术进行抗乳腺癌骨转移药物高通量筛选的优势和挑战,旨在为乳腺癌骨转移机制研究和药物筛选提供参考.     

cDNA芯片阳性对照的制备及在芯片敏感性分析中的应用

cDNA芯片是一种高通量基因表达谱分析技术,在生理病理条件下细胞基因表达谱分析,新基因发现和功能研究等方面具有广阔应用前景。CDNA芯片阳性对照的选取以及CDNA芯片检测敏感性是芯片成功应用的关键问题之一。以在系统发育上与人类基因同源性小的荧火虫荧光素酶基因材料,制备了用于人类和其他动物基因表达谱CDNA芯片的通用型阳性对照探针和相应的mRNA参照物,经反转录对mRNA参照物进行Cy3荧光标记并与DNA芯片杂交后发现,mRNA参照物能特异性地与荧光酶基因cDNA片断杂交,而与人β-肌动蛋白基因,人G3PDH基因以及λDNA/HINDⅢ无杂交反应。把mRNA参照物以不同比例加入HepG2总RNA中,以反转录荧光标记后与CDNA芯片杂交,结果发现当总RNA中的MRNA含量为1/10^4稀释（即mRNA分子个数约为10^8个）时,CDNA芯片基本检测不出mRNA标记产物的杂交信号。而且,cDNA芯片检测的信号强度与芯片上固定的探针浓度密切相关,当探针浓度为2g/L时,杂交信号最强,随着探针浓度下降芯片的杂交信号趋于减弱。CDNA芯片通用型阳性参照物的制备以及应用于CDNA芯片检测敏感性研究为CDNA芯片应用于人和其他动物基因表达谱高通量分析和新基因功能研究提供了技术基础和理论依据。     

基于 DArT 标记的三疣梭子蟹地理种群遗传多样性分析

三疣梭子蟹是中国重要的水产养殖动物。目前,其养殖业的蟹苗主要还是依靠野生资源,但种质（生长速度、肌肉品质和抗病性）退化现象严重,因此迫切需要了解个体、种群和物种遗传多样性。报道了一种检测三疣梭子蟹多样性芯片技术（diversityarraystechnology,DART）。DArT技术采用芯片可同时检测数百个基因座,即使没有基因组DNA序列信息也可以分析遗传多态性。采用了风tL／TaqI复杂性降低方法,多态性效率为12．5％。利用多样性芯片杂交获得313个DArT标记。这些DArT标记用于点制多态性富集芯片,DArT标记具有较高的多态性信息含量（polymorphisminformationcontent,PIC）。最后根据0／1矩阵获得UPGMA系统进化树,结果表明样品间的遗传多样性与文献报道一致。芯片质量检测中包括赋值重复性为99．1％,同一样品不同个体间的差异不显著,其差异介于0．7％～1．6％。研究表明,DArT技术具有高通量和低成本的显著特点,该技术可为三疣梭子蟹资源保护和良种选育提供支持。     

组织相容性Ⅰ类相关链A位点基因多态性在预判肾移植物排斥中的意义

目的 研究组织相容性Ⅰ类相关链A位点(MICA)基因多态性和抗MICA特异性抗体在肾移植排斥反应发生中的意义.方法 采用免疫磁珠液相芯片技术对40例肾移植患者在移植术前和移植术后1个月、3个月、6个月、1年和2年动态检测抗MICA抗体的特异性和阳性分值的变化,同时采用SSOP方法分析16对肾移植供受者的MICA基因分型...