异源四倍体鲫鲤及其原始亲本遗传变异的微卫星标记分析

采用从鲤中分离出来的32对微卫星DNA标记,对异源四倍体鲫鲤、红鲫和野鲤的基因组DNA进行了研究。在筛选出的15对微卫星引物中,随引物不同,各等位基因数为1～8个,大小在100～420bp之间。从3个不同群体内部的遗传相似系数来看,异源四倍体鲫鲤个体之间的遗传相似系数最大,说明异源四倍体鲫鲤群体内部的遗传变异程度最低,已经形成了一个遗传性状稳定的群体。从3个不同群体之间的遗传相似系数来看,异源四倍体鲫鲤和红鲫遗传相似系数为0．5625,和野鲤的遗传相似系数为0．5125,说明异源四倍体鲫鲤接受原始母本的遗传物质比原始父本野鲤要多一些。微卫星标记与以前报道的RAPD标记的检测结果是相似的,然而由微卫星标记获得的种群内和种群间的遗传距离均大于RAPD,说明微卫星标记比RAPD标记显示出更高的个体多态性。     

我国地方鸡品种保种群微卫星多态性分析与分子标记档案的建立

利用20个微卫星标记对国家家禽品种资源基因库中保存的11个地方鸡品种保种群进行了遗传检测,计算各群体的等位基因频率、平均基因杂合度、平均多态信息含量及各群体间的遗传距离,并用类平均法进行聚类分析。研究结果表明：20个微卫星标记在11个地方鸡品种保种群共检测到176个等位基因,平均为8.8个,基因频率分布在0.013～0.838之间。检测到等位基因中,有45个等位基因为11个地方鸡品种所共有;11个地方鸡品种平均杂合度在0.6800～0.7432之间。其中藏鸡最高,为0.7432;狼山鸡最低,为0.6800;平均多态信息含量在0.6329～0.7023之间,均大于0.5,表现为高度多态性;11 个鸡品种聚为4类。丝羽乌骨鸡、茶花鸡、仙居鸡、藏鸡、萧山鸡聚为一类,鹿苑鸡、狼山鸡聚为一类,固始鸡、北京油鸡、大骨鸡聚为一类,河南斗鸡单独聚为一类;通过利用20个微卫星基因座检测不同世代群体中等位基因及其频率、群体基因平均杂合度和多态信息含量,建立地方鸡品种保种群微卫星标记档案,并分析世代间的差异,预期可以达到监测保种效果的目的。     

大口鲇微卫星标记在三个鲇形目鱼类种群间适用性研究

研究分析了12对大口鲇(Silurus meriaionalis)微卫星标记引物在兰州鲇(Silurus lanzhouensis)、鲇(Silurus asotus)及革胡子鲇(Clarias fuscus)各群体间通用性。结果表明,大口鲇微卫星标记引物除位点DQ223147、DQ223160扩增无特异性条带,位点DQ223149、DQ223159无多态性外,其余8对在这几种鲇形目鱼类中具有较高的通用性,每个位点等位基因数为2—15个不等;不同重复拷贝类别的位点以富含AC重复单元的等位基因数较多,多态性比较丰富。4个群体平均观测杂合度为0.7571,平均期望杂合度为0.6870,平均多态性信息含量0.6441,均为高度多态,说明这8个位点适用于鲇形目鱼类的遗传学研究。采用Nei’s遗传距离(D)绘制NJ系统发育树,4个群体聚成两大类,兰州鲇与鲇群体先聚类后和大口鲇聚为一大类,革胡子鲇聚为另一大类。8个有效微卫星位点中3个具有特异基因型的稀有等位基因位点(DQ223146、DQ223151与DQ223173),可区分4种鲇形目鱼类,作为其种质鉴定的标记位点。借用已有鲇形目鱼类遗传标记资源,增加同目鱼类遗传连锁图谱上遗传标记的密度,将对今后开展鲇形目鱼类种质资源保护及分子育种奠定坚实基础。       

长江中下游黄鳝遗传多样性的微卫星分析

为了解我国长江中下游地区野生黄鳝(Monopterus albus)的种质资源现状,利用黄鳝微卫星分子标记分析我国长江中下游4个黄鳝野生群体(湖北群体、安徽群体、江苏群体和浙江群体)的遗传多样性水平.通过磁珠富集法获得50个黄鳝徽卫星序列,设计并合成了30对微卫星引物,经筛选得到8对多态性稳定的引物,均为高度多态位点.每对引物扩增得到等位基因数12 -26,平均等位基因数17.4个群体的平均多态信息含量分别为0.804、0.864、0.824和0.736,平均等位基因数分别为9.13、11.00、9.00和7.25,平均期望杂合度分别为0.865、0.918、0.882和0.813,表明4个黄鳝群体遗传多样性丰富,其中安徽群体遗传多样性水平最高,浙江群体相对较低.4个群体间遗传分化指数(FsT)为0.031 2-0.096 5,6.28％的遗传变异存在于群体间,表明4个群体间存在一定的遗传分化.聚类分析显示,浙江群体与安徽群体先聚在一起,再与江苏群体聚为一支,湖北群体单独聚为一支.     

采用微卫星DNA标记分析部分地方鸡种保种场的保种效果

采用28对微卫星引物分析了我国两个地方鸡种大骨鸡和北京油鸡不同保种场的保种效果。检测了大骨鸡和北京油鸡共计125个个体的基因型,通过计算等位基因数、等位基因频率、遗传杂合度(H)、多态信息含量(P,G)、F统计量、Nei氏遗传距离,并采用UPGMA聚类法分析了大骨鸡和北京油鸡群体内与群体间的遗传变异,比较了两个鸡种不同保种场的保种效果。在所检测的4个群体中,各群体均有较高的多态性,其杂合度都超过了0．55,各位点等位基因的数目为2～22。除LE110194和MCW0032外,其余26个微卫星位点都处于基因平衡状态。结果表明,4个保种场均较好的保存了这些品种的遗传多样性,但同一品种保种场间保种群体已经产生了差异。     

丁坝对鱼类栖地的影响范围评估

利用磁珠富集法和5’锚定PCR法开发背瘤丽蚌的微卫星标记,将获得的多态性引物用于群体的遗传多态性分析,以期在比较两种开发微卫星标记方法的基础上同时获得一批有用的微卫星引物。从磁珠富集法获得的微卫星序列阳性克隆率为69.2%,重复次数超过10的占总数的70.2%,从设计的28对引物中筛选得到多态性引物11对,开发效率为39.3%。这11对引物用于养殖群体的遗传多样性分析,结果显示,等位基因数范围为4～13,观测杂合度、期望杂合度范围分别为0.205～0.738、0.566～0.839。而5’锚定PCR法获得的微卫星序列阳性克隆率为97.8%,重复次数超过10的占总数的24.7%,从设计的56对引物中筛选得到多态性引物19对,开发效率为30.4%。这19对引物用于养殖群体的遗传多样性分析,结果显示,等位基因数范围为3～10,观测杂合度、期望杂合度范围分别为0.208～0.894、0.431～0.896。实验结果表明,磁珠富集法所获微卫星序列质量高,开发微卫星标记效率较高;而5’锚定PCR法实验操作更简便,所获得的引物遗传多样性指数更高。两种方法开发的引物均可用于背瘤丽蚌和近缘种的野生种质资源遗传多样性研究。     

滩羊微卫星标记多态性及与体尺性状关联分析

滩羊是我国特有的蒙古羊品种,肉质鲜美但生长缓慢。通过筛选的29个高多态性微卫星标记,对宁夏盐池滩羊种羊场基础母羊群体用随机抽样法检测了96个成年个体,测量了体重和体尺数据,分析了其微卫星标记遗传多样性、群体遗传结构及分子标记与表型的相关关系。结果显示,微卫星标记平均等位基因数9.5,平均有效等位基因数4.5,平均期望杂合度0.72,平均观测杂合度0.64,平均多态信息含量0.69;滩羊基础母羊群体保持了丰富的遗传多样性;关联分析结果显示MAF33与滩羊的体高、胸深显著相关,BMS1788与荐高、胸围显著相关,而BL41、BMS835、BOVILS56、MAF33和BMS500与管围极显著关联。这些标记对未来滩羊的分子辅助育种有所帮助。     

利用17个微卫星标记分析鳙鱼的遗传多样性

选用本实验室克隆的17个鳙鱼微卫星分子标记分析四川泸州和江西鄱阳湖的两个种群鳙鱼的遗传多样性及种质特性,计算和统计了杂合度、多态信息含量（PIC）、有效等位基因数、等位基因频率、遗传距离、遗传相似系数、Hardy-Weinberg平衡偏离指数等方面内容。结果表明：选择使用17个微卫星标记,其中有4个为单态标记,13个为多态标记。江西和四川鳙鱼群体每个微卫星位点的平均等位基因数分别为3.325及3.882,平均有效等位基因数分别为3.531及2.676,多态位点百分率分别为82.4及70.5, 17个微卫星标记共有等位基因71个,多态微卫星位点的PIC在0.114~0.960之间变动,平均为0.417 ,两群体位点平均观测杂合度为0.385和0.452,平均期望杂合度为0.360和0.422,两个群体间的遗传相似系数为0.897,群体间的遗传距离为0.109。     

红色原鸡群体遗传多样性

为了阐明红色原鸡的群体遗传结构,以对其有效保护提供遗传学依据,采用33个微卫星标记对其群体中56个个体进行了PCR-聚丙烯酰胺多态性电泳检测。33个微卫星座位共检测到140个等位基因,所有座位都呈现出多态性,每个座位的等位基因数在2～8个之间,平均每个座位等位基因数4.24个,有效等位基因数3.30个。根据等位基因频率,计算出的群体表观杂合度、期望杂合度及多态信息含量分别为0.7980、0.6506和0.5948。结果表明,红色原鸡群体遗传多样性较丰富。     

莲品种DNA指纹图谱的构建

为了克服单纯依据形态特性鉴定品种的局限性, 我们开展了莲品种DNA指纹图谱构建研究, 旨在对其品种的快速准确鉴定及专利权保护等起一定作用。本研究以圆明园保存的72个莲品种为实验材料, 用来自不同地点的1,409份野生莲(Nelumbo nucifera)和58份美洲黄莲(N. lutea)群体样本作遗传背景参照。从104对核微卫星引物(nSSR)中筛选出15对, 从17对叶绿体微卫星(cpSSR)引物中筛选出2对, 共17对引物作为72个莲品种DNA指纹鉴定的条码。15对nSSR引物共检测到94个等位基因(平均6.27个), 其中11个属于美洲黄莲, 65个属于野生莲, 18个不能区分; 多态信息含量(PIC)介于0.3899-0.8023之间 (平均0.5748)。2对cpSSR引物共检测到13个单倍型, 其中9个属于野生莲, 4个属于美洲黄莲。全部17对引物标记结果显示, 共有19个品种含有美洲黄莲遗传组分, 其中8个母系来源于美洲黄莲; 有36个品种(涉及12对引物)具有至少1个特有基因型; 最少8对引物组合可完全区分开68个品种。有2组共4个品种组内全部17对引物均不能区分。本研究通过核心引物组合法使68个莲品种获得特异性DNA指纹。推荐13对nSSR和2对cpSSR共15对引物作为莲品种鉴定的核心条码, 并建议将形态特征与DNA指纹相结合作为莲品种的鉴定标准。     

应用微卫星标记对不同基因组组合生物型遗传多态性的研究(英文)

微卫星ＤＮＡ在真核基因组中分布频率为每２０～３０ｋｂ一个,具有片段长度短、序列 高度重复、种类多以及高度多态的特点,极适于遗传变异研究。本文报道：采用微卫星 标记对不同基因组组合的鱼类进行了基因组指纹图谱构建。受试材料为红鲤（ＲＣ）、红鲫 （ＲＡ）、镜鲤（ＭＣ）、鲤鲫杂种二倍体（ＣＡ）鲫鲤杂种三倍体（ＣＡＡ）,人工复合三倍体（ＣＣＡ） 等六种生物型。微卫星ＤＮＡ座位（探针）ＭＦＷ２、ＭＦＷ８和ＭＦＷ１６各自存在１２、１６和 １０个等位基因（Ｆｉｇ．１,２,＆３）。通过对微卫星标记图谱的量化分析,利用ＵＰＧＭＡ构建了 不同生物型的遗传关系树系图（Ｔａｂｌｅ　１,Ｆｉｇ．４）。本研究发现,徽卫星和ＲＡＰＤ分析两种 手段反映六种生物型之间的聚类模式完全一致。然而由微卫星标记获得的生物型内和生 物型之间的遗传距离均大于ＲＡＰＤ的,此结果表明微卫星标记在揭示群体内个体间差 异上有独到之处。     

鲫鱼微卫星DNA的分离及多态性分析

目的：用近缘物种鲤微卫星引物来分离鲫鱼微卫星标记并对其多态性进行分析。方法：以鲫鱼基因组DNA为模板,采用6对鲤微卫星引物进行PCR扩增,PCR产物经8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染色检测。结果：筛选出2个以AC和TA为重复单元的鲫鱼新的微卫星标记。多态性分析表明,这2个微卫星标记的遗传杂合度分别为0.611和0.644,多态信息含量为0.536和0.572,属于高度多态性标记。结论：该研究筛选的2个微卫星标记可应用于鲫鱼遗传多样性、遗传连锁图谱构建及分子标记辅助育种等方面的研究。     

东平湖麦穗鱼群体遗传结构的微卫星标记分析

利用微卫星标记技术,采用26对鲤微卫星引物对山东东平湖麦穗鱼进行全基因组扫描.结果表明,有13对引物能获得稳定的特异性条带(占总数的50%),其中有6个微卫星位点具有多态性(占总数的23.1%).6个多态位点共检测到22个等位基因,每个位点的等位基因数从2个到7个不等,大小在80～406bp之间;平均多态信息含量(PIC)为0.5115,平均观测杂合度(H0)为0.6812,平均期望杂合度(HE)为0.5775.研究结果表明,东平湖麦穗鱼群体遗传多样性较丰富,种群结构合理,种质资源处于安全状态.     

家养水牛30个微卫星标记的多重PCR体系建立及其多态性检测

利用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结合硝酸银染色方法, 从30个微卫星标记中筛选出9组多重PCR体系, 其中4组三座位组合, 5组二座位组合; 在此基础上进一步检测了这些标记在中国海南兴隆水牛中的遗传变异性。结果显示其中26个标记具有多态性, 而其余4个标记(CSSM045, ILSTS008, RM099和HMH1R)为单态, 群体平均等位基因数4.7, 平均期望杂合度为0.534。所筛选出的多重PCR组合为家养水牛的群体遗传多样性 检测和亲子鉴定等研究提供了技术基础。     

中国对虾微卫星家系鉴定的模拟分析与应用

本研究基于中国对虾群体所获的微卫星标记等位基因频率进行了计算机模拟分析,并选择5个微卫星标记,就单独养殖家系群体微卫星标记家系鉴定的准确性及混养家系群体微卫星标记家系鉴定的应用价值做了研究.模拟分析表明4个微卫星标记可以鉴定95%的后裔.而单独养殖的家系鉴定准确率达到92.9%,在30个可能的父母对,215尾中国对虾组成的混养家系群体中,90.7%的后裔可以鉴定其父母.本研究结果表明微卫星分子标记可以应用于中国对虾的家系鉴定.模拟分析与实际应用的差异及父母与子代间的错配部分原因是由于无效等位基因的出现,基因分型错误也是一个重要原因.基于父母LOD值的分析可以降低错配的几率.     

利用SSR标记研究茄子种质资源遗传多样性

本研究利用105个SSR分子标记分析了50份茄子种质资源遗传多样性。105对SSR引物中筛选出的20对多态性含量较高的引物,在50份茄子品种组成的群体中共检测出91个等位基因,平均每个基因位点检测到4.55个等位基因。PIC的变幅为0.202 1~0.735 6,平均为0.401 2。根据遗传距离并结合UPGMA聚类分析可将50份种质分为10个类群。SSR分子标记与品种资源性状聚类分析基本一致。     

福建家鸭品种的分子遗传多样性

通过筛选的28个多态性较好的微卫星标记检测了福建省金定鸭、莆田黑鸭、连城白鸭、山麻鸭4个家鸭品种的遗传多样性.利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数、群体间的Nei氏标准遗传距离D_S和D_A遗传距离,并采用邻近法（NJ）和类平均法（UPGMA）进行聚类分析和比较.结果表明,福建省4个家鸭品种全部群体的平均杂合度为0.5353,遗传一致性较好,应加强各保种场（区）多样性的保护;各品种间的遗传距离远近顺序在两种遗传距离D_S和D_A的结果中完全一致,以D_A和D_S为基础分别得到的UPGMA和NJ的聚类结果完全相同,表明在应用微卫星标记分析品种的遗传多样性时,使用更多的微卫星位点,才可以获得更准确更具普遍性的结论.4个家鸭品种的聚类与各品种的经济类型、生态地域分布关系密切.     

利用SSR分析山西省玉米地方品种的遗传多样性

采用混合取样方法和SSR分子标记技术,利用48对引物对山西省38个玉米地方品种的遗传多样性进行了分析.共检测出368个等位基因,每个SSR位点的等位基因数为2～14个,平均为7.48个;多态性信息量(PIC)变化范围在0.24～0.89之间,平均为0.66.总共检测出185个稀有等位基因,21个特有等位基因.SSR标记聚类分析把38个品种大体分成了4个群.研究表明,山西地方品种遗传多样性非常丰富,很多品种具有频率很高的独特基因,它们可能具有一定的特异性.因而,山西玉米地方品种对于拓宽玉米种质的遗传基础可能会起很大的作用.     

采用微卫星标记分析10个双峰驼群体的遗传变异和群体间的遗传关系

为从分子水平上对我国双峰驼(Camelus bactrianus)群体的遗传多样性、群体间遗传关系、群体遗传分化及近交情况进行全面、系统地研究,为双峰驼种质资源保护和新品种培育提供基础数据,本文利用18对微卫星引物,分析了我国9个双峰驼群体和1个蒙古双峰驼群体的遗传多样性和遗传关系。结果显示:10个群体均具有较高的遗传多样性,共检测到242个等位基因,平均等位基因数为13.44,平均有效等位基因数为4.18,平均观察杂合度(Ho)为0.5528。10个群体间存在显著的遗传分化,有9.6%的遗传变异来自群体间,90.4%的遗传变异来自群体内部的个体间。聚类分析、主成分分析和群体遗传结构分析结果都表明10个群体被分成2个明显的分支,新疆4个群体单独聚为一类,剩下的6个群体聚为一类。这一结果可能与它们的地理分布和群体间的地理屏障有关。     

基于简化基因组数据开发岭南青冈微卫星引物

微卫星标记（simple sequence repeat，SSR）在基因组中普遍存在，具有共显性、高多态性等特点，在群体空间遗传研究中应用广泛。随着测序技术的发展，SSR的开发方法也更加多样化。岭南青冈（Quercus championii Benth）是中国南方常绿阔叶林的珍贵材用树种，对其分子标记的开发可促进岭南青冈的育种和种质保护。本研究基于4个岭南青冈个体的简化基因组序列进行SSR引物的开发。使用pyRAD软件分析显示：①每个个体中包含微卫星重复片段的序列在46 000~84 000条；②个体内聚类后得到的位点数在5 500~24 000；③个体间聚类后获得1 158个一致性位点。在1 158个位点中获得186个侧翼序列没有变异且重复碱基位于序列中间位置的位点。使用Primer Premier 5.0设计了25对引物，在来自3个群体的36个岭南青冈个体中进行验证，结果表明17对引物能成功扩增，共获得106个等位位点，每个引物的等位基因数在2~12，平均为6.2。引物的期望杂合度和观测杂合度分别为0.19~0.88和0.11~0.76。本研究的引物开发方法具有速度快、效率高、成本低的特点，可应用于群体遗传学分子标记的开发。