一株高毒力致病杆菌CB6的鉴定

从北京郊区果园采集的小卷蛾斯氏线虫（Steinernema carpocapsae）肠道内分离到一株具有较强杀虫和抑菌活性的致病杆菌菌株CB6。形态特征及生理生化特征测定结果表明,CB6菌株与致病杆菌属（Xenorhabdus）中的嗜线虫致病杆菌（X. nematophila）种的特征基本一致。测定了该菌株的16S rRNA序列并根据16S rRNA序列构建了系统发育树;在系统发育树中,CB6菌株与嗜线虫致病杆菌其他4个菌株形成一个类群,序列同源性大于99%。但CB6菌株的酪氨酸酶、脂酶（蛋黄）的产生、核糖产酸等生化特征与嗜线虫致病杆菌种内的其他菌株存在一定的差异,且具有更强的杀虫和抑菌活性。因此认为CB6菌株是嗜线虫致病杆菌的一个变种,命名为嗜线虫致病杆菌北京变种（X. nematophila var. pekingensis）。     

西藏拉鲁湿地夏季土壤线虫群落特征

2010年6–7月,对拉鲁湿地5个样点的土壤动物进行了调查,共捕获土壤线虫10183条,隶属于2纲6目8科14属,其中真矛线属(Eudorylaimus)、似绕线属(Anaplectus)、地单宫属(Geomonhystera)为优势类群,占土壤线虫总个体数的62.23%。营养类群有食细菌线虫和捕食-杂食线虫。不同样点中,土壤线虫的类群数和个体数垂直分布差异显著(P<0.05),大小顺序为0–5 cm>5–15 cm。5个样点的土壤线虫Shannon-Weiner多样性指数(H′)依次为3#>5#>4#>1#>2#。5个样点间土壤线虫群落的相似程度为极不相似到中等不相似(S值在0.154–0.667)。     

基于核糖体ITS区和28S rRNA D2～D3区的短体线虫系统发育研究

短体线虫又称根腐线虫,是世界分布最为广泛和最具破坏性的迁徙性植物内寄生线虫之一.本研究根据214条核糖体ITS序列,218条核糖体28S大亚基D2～D3序列,应用MEGA 4.0软件,通过邻接法(NJ)构建了短体线虫的系统发育树.结果发现,2个系统树在整体上大致相似,仅在小的分支上存在差异.基于ITS序列的系统树将25种短体线虫至少分为8组,相应的基于D2～D3序列的系统树将23种短体线虫至少分为7组.其中,有3个大组内部的系统发育关系比较清晰.根据本研究的系统发育分析仍然无法从总体上确定短体线虫种间的系统发育关系.     

中国西部麦红吸浆虫种群遗传结构的RAPD分析(双翅目:瘿蚊科)

对采自我国西北春麦区武威市 ( 38°N,1 0 3°E)、皋兰县 ( 36.5°N,1 0 4°E)及冬麦区长安县 ( 34.2°N,1 0 9°E)的麦红吸浆虫 Sitodiplosis mosellana ( Gehin)种群和皋兰县的麦黄吸浆虫 Contarinia tritici( Kirby)种群用 4种引物 S1 8、S61、S50、S83进行了RAPD测定分析。结果表明 ,引物共产生 1 0 6个 RAPD标记 ,没有任何一个引物能单独区分所有个体 ,但四种引物扩增结果联合则可。引物在麦红吸浆虫的 3个地理种群之间没有产生各自的特征带谱 ,但在 2个种之间可扩增出鉴别图谱。聚类分析显示 :同种同地理种群的个体间遗传相似程度高 ,变异范围小 ;同种不同地理种群间的遗传相似程度变异范围大 ,部分与种群内个体间的遗传相似程度重叠 ;不同种之间的遗传相似程度最低。在麦红吸浆虫种群间 ,长安与皋兰的种群遗传关系最近 ,而与武威种群较远。以近缘属种麦黄吸浆虫作参照分析表明 ,麦红吸浆虫不同地理种群之间表现为种下的遗传差异。     

海南岛象耳豆根结线虫的种类鉴定及其rDNA ITS序列分析

【背景】植物根结线虫病是世界性分布的土传病害,常造成农作物的重大经济损失。目前分布于热带亚热带区域的象耳豆根结线虫,由于其致病性和分子特征以及与植物互作关系的独特性,被认为是一种对农作物具有潜在危害性的重要病原根结线虫,因而引起国内外植物寄生线虫学者的广泛关注。【方法】用形态学、同工酶技术和分子生物学技术相结合的方法,对从海南岛农作物上采集到的10个根结线虫纯化种群进行分类鉴定。【结果】象耳豆根结线虫在海南岛大面积栽培的10种农作物和南药植物,包括黄瓜、南瓜、苦瓜、丝瓜、葫芦瓜、辣椒、番石榴、海巴戟、沈香和丁香上均有寄生,其形态学、酯酶表型和mtDNA PCR扩增产物均有别于常见的根结线虫种类;用引物18S和28S扩增象耳豆根结线虫种群的rDNA ITS区序列,并对其进行克隆、测序和比对分析,结果表明,象耳豆根结线虫4HBJ种群分别与南方根结线虫、爪哇根结线虫和花生根结线虫的同源性均仅为88%左右。【结论与意义】本文准确鉴定了象耳豆根结线虫,首次阐述其对海南岛多种农作物的致害性;阐释了象耳豆根结线虫的形态和分子特征,并明确了其与3种常见根结线虫的系统发育关系。本研究对今后进一步开展象耳豆根结线虫的基础研究和防治工作具有重要参考价值。     

海南岛象耳豆根结线虫的种类鉴定及其rDNA-ITS序列分析

【背景】植物根结线虫病是世界性分布的土传病害,常造成农作物的重大经济损失。目前分布于热带亚热带区域的象耳豆根结线虫,由于其致病性和分子特征以及与植物互作关系的独特性,被认为是一种对农作物具有潜在危害性的重要病原根结线虫,因而引起国内外植物寄生线虫学者的广泛关注。【方法】用形态学、同工酶技术和分子生物学技术相结合的方法,对从海南岛农作物上采集到的10个根结线虫纯化种群进行分类鉴定。【结果】象耳豆根结线虫在海南岛大面积栽培的10种农作物和南药植物,包括黄瓜、南瓜、苦瓜、丝瓜、葫芦瓜、辣椒、番石榴、海巴戟、沈香和丁香上均有寄生,其形态学、酯酶表型和mtDNA-PCR扩增产物均有别于常见的根结线虫种类;用引物18S和28S扩增象耳豆根结线虫种群的rDNA-ITS区序列,并对其进行克隆、测序和比对分析,结果表明,象耳豆根结线虫4HBJ种群分别与南方根结线虫、爪哇根结线虫和花生根结线虫的同源性均仅为88%左右。【结论与意义】本文准确鉴定了象耳豆根结线虫,首次阐述其对海南岛多种农作物的致害性;阐释了象耳豆根结线虫的形态和分子特征,并明确了其与3种常见根结线虫的系统发育关系。本研究对今后进一步开展象耳豆根结线虫的基础研究和防治工作具有重要参考价值。     

基于ITS序列探讨荻属及其近缘植物的系统发育关系

荻属是禾本科的一个小属,其分类地位存在争议。通过测定和从Gen Bank中提取荻属Triarrhena及其近缘植物的ITS序列,以芦苇Phragmites australis为外类群,采用MP(maximum parsimony)和NJ(neighbor-joining)分析方法进行了系统发育分析,这两种方法得到的系统发育树基本相同。荻属和芒属Miscauthus的种类形成一个单系类群;河八王Narenga porphyrocoma与芒属和荻属的植物聚在一起并构成姐妹群;白茅Imperata cylindrica与斑茅Saccharum arundinaceum聚成一小支并构成姐妹群,白茅与荻属的关系较远;荻属植物归并到芒属更为合理,不支持将荻属置入白茅属或另立一属的观点。斑茅与白茅、河八王及蔗茅Erianthus fulvus系统发育关系较近,而与滇蔗茅E.rockii及甘蔗属的竹蔗Saccharum sinense、甘蔗S.officinarum、细秆甘蔗S.barberi和甜根子草S.spontaneum的关系较远。甘蔗属、河八王属及蔗茅属关系复杂,还需要进一步研究。     

拟双角斯氏线虫共生细菌的分离与鉴定

从我国东北地区采集的拟双角斯氏线虫(Steinernema ceratophorum)肠道内分离到1株具有较强生物活性功能的致病杆菌菌株CB43。形态特征及生理生化特征测定结果表明,CB43菌株与致病杆菌属(Xe-norhabdus)的基本特性相似;对寄主线虫的产量有明显的促进作用,其代谢物对细菌和真菌均有较强的抑制活性,符合线虫共生菌的基本特性和功能。16S rRNA序列及根据16S rRNA序列构建的系统发育树中,CB43菌株与Xenorhabdus budapestensis序列同源性最高,形成一个类群。但CB43菌株不能产生吲哚,在麦芽糖、海藻糖、D-葡萄糖酸和乙酸利用等生化特征与X.budapestensis存在一定的差异,可能是由于菌株的生态差异造成的。根据形态及生理生化特征,结合16S rRNA序列分析,CB43菌株属于Xenorhabdus budapestensis。     

升金湖和菜子湖越冬白额雁肠道寄生线虫多样性研究

肠道寄生虫是鸟类中常见的病原体之一,可以传播给人类及其他动物,引起严重的人禽共患病。通过采集菜子湖和升金湖60份越冬白额雁粪便样本,以肠道寄生线虫特异引物作为标记基因进行高通量测序,分析两个湖泊越冬白额雁的肠道寄生线虫感染种类、多样性及其群落组成结构。将3299430条reads归属为肠道寄生线虫门,共定义3249个肠道寄生线虫的OTUs,鉴定到4个目,91属和191种;4个目分别为小杆目(Rhabditida)(62.12%)、垫刃目(Tylenchida)(32.20%)、疏毛目(Araeolaimida)(3.40%)和单宫目(Monhysterida)(2.27%),其中小杆目为优势物种。Shannon-wiener指数和Simpson指数显示,菜子湖越冬白额雁的肠道寄生线虫alpha多样性高于升金湖越冬白额雁,而差异性不显著, PCA聚类分析表明,两个湖泊中越冬白额雁肠道寄生线虫群落的组成结构相似。系统发育关系显示,样品与湖泊匹配度不高,部分样品分布不均匀。升金湖和菜子湖越冬白额雁的肠道寄生线虫群落群落结构相似,可能是由于食物来源相似、食性相似、栖息地环境类似等因素引起寄生虫...     

福建省直播稻根结线虫病的病原种类鉴定

[目的] 福建省福清市江镜镇与福安市潭溪镇水稻区直播稻苗期分别发生严重的根结线虫病,本研究对其病原物进行形态和分子鉴定,明确病原物种类,以期为福建省直播稻根结线虫病害防控提供理论依据。[方法] 通过根结线虫各虫态形态学特征进行观测;同时对其rDNA-ITS区进行测序,通过贝叶斯法与最大似然法构建了系统发育树来确定种类;利用拟禾本科根结线虫特异性引物Mg-F/Mg-R检测种群。[结果] 根结线虫的雌虫、雄虫和2龄幼虫的形态学特征与拟禾本科根结线虫原始描述种一致;rDNA-ITS区序列长度为576 bp,与GenBank拟禾本科根结线虫种群相似度均达99%以上;系统发育树明确了该根结线虫与拟禾本科根结线虫处于同一分支;特异性引物Mg-F/Mg-R检测进一步明确病原为拟禾本科根结线虫单一种群。[结论] 本研究通过形态与分子特征,明确了在福建直播稻上发现的根结线虫为拟禾本科根结线虫。拟禾本科根结线虫在福建省最早于2011年在政和县小范围水稻田发现,此后未在其他水稻种植区发现。本次在福建直播稻上首次发现大面积的根结线虫为害。随着直播稻的种植面积扩大,拟禾本根结线虫引起的水稻病害可能会成为制约其发展的新问题,应引起足够重视。     

云南江城和黑井盐矿沉积物未培养放线菌多样性比较

类群特异性引物的应用使得研究者可以对感兴趣的微生物类群进行针对性研究.围绕云南江城和黑井两个地区的3个盐矿样点沉积物中放线菌的多样性和群落组成,我们通过放线菌特异性引物对总DNA进行16S rRNA基因扩增,经过克隆文库构建,利用酶切并选择其中不同带型的133个克隆的16S rRNA基因插入片段进行测序.系统发育分析和统计学结果表明,两地放线菌16S rRNA基因克隆广泛分布于整个放线菌门,同时发现部分序列可能属于放线菌的新类群.分析结果还预示,江城和黑井两地盐矿虽处云南不同地域含盐区,但两地未培养放线菌物种多样性和系统发育关系均较为相似.     

甲基溴土壤消毒替代技术条件下的线虫生态学研究

为评价和筛选几种甲基溴替代技术及其对土壤线虫群落的影响 ,2 0 0 1年 6月～ 2 0 0 2年 3月对 5种土壤消毒处理的线虫数量和群落结构及微生物量动态作了测定和分析。试验共分离到土壤线虫 4个目 14个科属 ,包括小杆目 (Rhabditida)、垫刃目(Tylenchida)、矛线目 (Dorylaimida)、单宫目 (Monhysterida)。小杆目线虫占总数的 88.7% ,表明食细菌的小杆目线虫是该温室土壤线虫群落的优势类群。分析表明甲基溴 VIF、威百亩、威百亩 VIF三种措施的消毒效果达到了甲基溴处理的水平 ,可作为甲基溴土壤消毒替代技术 ,而太阳能 BCA处理未达到甲基溴消毒的效果。研究显示同一处理的线虫数量在两个番茄品种(AF179和毛粉 80 2 )间不存在显著差异 ,即表明这两种番茄品种不是影响土壤线虫数量动态的主要因素。对消毒处理后土壤线虫各营养类群在群落中的比例进行分析 ,发现与对照相比 ,化学消毒提高了线虫群落中优势类群 (即食细菌线虫 )的比例 ,而使弱势类群的比例下降 ,这表明土壤线虫的弱势类群对化学熏蒸剂更加敏感。两番茄品种小区中土壤食细菌、食真菌线虫数量与微生物量碳之间呈显著正相关关系 ,表明微生物生物量的消长受土壤消毒措施的影响 ,同时也证实了上述两营养类群线虫与土壤微生物间的食物依赖关系。     

相似穿孔线虫拮抗细菌的筛选及分子鉴定

【背景】相似穿孔线虫是一种重要的检疫性有害生物,其寄主范围广,危害具有毁灭性,已给我国农业生产造成潜在威胁。由于目前大多化学杀线剂毒性较高,筛选获得对相似穿孔线虫具有拮抗活性的微生物菌株对线虫防控具有重要意义。【方法】广泛从染病香蕉植株根际采集土壤样本,运用等比稀释涂布平板法分离菌株;采用摇瓶发酵法制备拮抗菌株上清液和发酵液。通过室内生物测定和盆栽试验,筛选出对相似穿孔线虫具有拮抗作用的细菌菌株,并通过16S rDNA的PCR扩增和序列分析,对拮抗菌株进行种类鉴定。【结果】获得5株对相似穿孔线虫具有较理想拮抗活性的细菌菌株。其中,菌株HD-86的作用效果最好,其发酵上清液处理24 h后的相似穿孔线虫死亡率达100%。盆栽试验表明,菌株HD-86发酵液处理42和70 d后对相似穿孔线虫的相对防效分别为77.34%和90.51%,均优于对照药剂阿维菌素。【结论与意义】菌株HD-86对相似穿孔线虫具有很强的拮抗作用,将其鉴定为洋葱伯克氏菌Burkholderia cepacia。本研究可为相似穿孔线虫生防制剂的研发和病害的防控提供依据。     

永兴岛土壤芽胞杆菌多样性与抗线虫活性分析

从永兴岛的土壤中分离到187株芽胞杆菌,利用16S r DNA序列分析与RFLP技术对芽胞杆菌进行多样性分析,并初步探索了其抗南方根结线虫的活性。16S r DNA PCR-RFLP酶切图谱和代表菌株系统发育分析表明,永兴岛土壤中分离的187株芽胞杆菌分属于16个遗传类群,这些芽胞杆菌主要分布在Bacillus、Lysinibacillus、Paenibacillus、Brevibacillus和Sporosarcina 5个属。抗线虫的筛选结果显示,有5株芽胞杆菌表现出很好的抗线虫活性,其中活性最高的DB14381,可能是Lysinibacillus属的新资源。本研究揭示了永兴岛土壤蕴含丰富的芽胞杆菌物种多样性及潜在的新分类单元,并且存在拮抗南方根结线虫的芽胞杆菌资源。     

基于流式细胞术的海菜花属植物基因组大小测定

利用改良的裂解液P1,以中国古代莲(Nelumbo nucifera Gaertn.Fruct.et Semin)为外标,采用流式细胞术(FCM)对海菜花属(Ottelia Pers.)6个代表性物种及3个存疑类群的基因组大小(C值)进行测定,并对海菜花属系统发育关系进行评估。结果显示:所测定的材料中,水菜花(Ottelia cordata(Wall.)Dandy)C值最小(6.759 pg),灌阳水车前(O.guanyangensis Z.Z.Li,S.Wu&Q.F.Wang)C值最大(12.929 pg);对基因组大小与该属系统发育树进行比较分析,结果发现该属植物基因组大小与系统发育关系具有一致性;对海菜花属3个存疑类群进行分子系统学研究,结果发现存疑类群与嵩明海菜花(Ottelia acuminata var.songmingensis Z.T.Jiang,H.Li&Z.L.Dao)及灌阳水车前的关系最近,而与水菜花的关系较远,这与基因组大小变异相一致。根据基因组大小进一步推测3个存疑类群很可能为二倍体。本研究结果可为海菜花属植物的系统学研究提供新资料,同时为该属植物基因组学研究提供基础数据。     

川中丘陵地区大豆根瘤菌遗传多样性与系统发育关系

【目的】研究分离自川中丘陵地区大豆根瘤菌的遗传多样性和系统发育。【方法】采用16S rDNA PCR-RFLP和16S rRNA基因、glnII、共生基因(nodC)系统发育分析的方法进行研究。【结果】供试未知菌的16S rDNA用4种限制性内切酶(HaeⅢ、HinfⅠ、MspⅠ及TaqⅠ)酶切后获得5种16S遗传图谱类型。16S rDNA PCR-RFLP结果表明,所有供试菌株在83%水平分为慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)和中华根瘤菌属(Sinonrhizobium)两大类群,而75%的菌株为中华根瘤菌。6个代表菌株的16S rDNA、glnII和nodC三个位点基因的系统发育结果基本一致,4株与S.fredii USDA205T相似度最高;有2株分别与B.yuanmingense CCBAU10071T、B.diazoefficiens USDA110T相似度最高。4个Sinonrhizobium代表菌株16S rDNA、glnII序列相似度分别为98.3%-99.9%、98.2%-100%,但它们的nodC基因序列完全相同。【结论】川中丘陵地区大豆根瘤菌具有较丰富的遗传多样性,S.fredii为优势种。     

腾格里沙漠东南缘可培养微生物群落数量与结构特征

以腾格里沙漠东南缘沙漠化土壤为研究对象,研究了不同沙漠化修复程度土壤结皮及结皮下微生物分布特征及多样性。结果表明:研究区域可培养细菌数量随沙漠化生态修复进程呈升高趋势,随采样深度呈下降趋势。数量以节杆菌属和芽孢杆菌属为主,其含量随沙漠化修复程度分别呈降低与升高趋势。修复过程中可培养土壤微生物数量与土壤碳、氮含量呈极显著正相关关系,与pH值呈极显著负相关关系,说明微生物数量与沙漠化土壤改良程度密切相关。通过16S rDNA基因测序及构建系统发育树,研究区域可培养细菌归类为18个属,分属于6个系统发育组:高G+C革兰氏阳性类群、低G+C革兰氏阳性类群、α-变形菌、β-变形菌、γ-变形菌和CFB类群,序列比对显示菌株功能多样。     

石鲈科鱼类的系统发育分析兼论髭鲷属的分类地位

通过线粒体16S rRNA基因部分序列分子标记,分析了石鲈科7属15种鱼的分子系统发育关系,并通过对部分种类16S rRNA基因片段的RNA二级结构的分析,对髭鲷属分类地位进行了探讨.结果表明:15种石鲈科鱼类分为3个类群,石鲈属Haemulon、Xenistius和Anisotremus属组成类群1,矶鲈属和胡椒鲷属组成类群2,髭鲷属组成类群3;在亲缘关系上类群1和类群2较近,它们与类群3相对较远;在遗传差异上,髭鲷属与其它6个属的遗传差异接近甚至超过其与外类群笛鲷科、鲷科和隆头鱼科种类的遗传差异.在NJ和MP系统发育树中,髭鲷属与外类群笛鲷科、鲷科和隆头鱼科种类聚集在一起,石鲈科鱼类未能构成单一分支类群;同时,横带髭鲷为代表的髭鲷属鱼类16S rRNA基因长度74bp的基因片段的RNA二级结构与其余石鲈科种类存在明显的结构差异.因此,研究结果支持将髭鲷属从石鲈科中独立出来形成髭鲷科Haplogeniidae的观点.     

季节变化对沙漠生态系统土壤中自由生活线虫和原生动物间营养关系的影响

选择沙漠常绿灌木丛枝霸王(Zygophyllum dumosum)群落及群落间的开阔地带采样,研究土壤线虫和原生动物的种群大小、物种组成及营养结构.本研究共获线虫29属,裸变形虫33属90种;在所获各类原生动物中,鞭毛虫和纤毛虫均为食细菌类群,而鞭毛虫个体数量最多;在沙漠生态系统中,土壤湿度被认为是影响生物活性的最重要因素之一.然而,本研究显示:土壤湿度对线虫和原生动物是否重要取决于这些动物对土壤湿度的生理生态适应能力;土壤线虫和原生动物的体型大小、生活史策略和活动能力与土壤湿度的有效性相关不显著,但它们对微生物和微小土壤动物区系间的相互作用有重要影响,在干旱生态系统中,这种影响能够显著改变土壤生态系统短期的养分循环.本研究还表明,土壤线虫和原生动物种群间的关系主要取决于两者营养类群组成的变化.     

穿孔线虫属分类研究进展(综述)

穿孔线虫属Radopholus是一类多寄主寄生的危险性植物线虫,其中以世界性危害的相似穿孔线虫R. similis为典型代表。但穿孔线虫属的分类学研究迄今仍不完善,形态描述粗糙,分子序列匮乏。本文列出穿孔线虫属的最新种类名录,归纳了27种穿孔线虫（双卵巢类型）的主要形态分类特征,并综述该属分子亲缘进化关系研究进展,为穿孔线虫属的分类和相似穿孔线虫的准确鉴定提供形态学基础和技术支持,同时也为该属线虫分类学的研究方向提出建议。