转录活化基因的DNase—1超敏感特性

真核生物细胞基因的活化有复杂的调控机制，包括顺式作用序列和反式作用因子的相互作用。这种相互作用使ＤＮＡ在染色质水平对ＤＮａｓｅ－１消化起敏感。本阐述基因活化与ＤＮａｓｅ－１超敏感特性之间的关系，指出ＤＮａｓｅ－１超敏感位点分析有助于发现潜在的控制基因活化的位点。     

甲胎蛋白基因的DNase Ⅰ敏感性和超敏感区与基因表达的关系

我们用大鼠AFP基因cDNA pRAF 87和5'端基因克隆片段为探针,分别探测了AFP基因活跃表达的胚肝组织、具表达潜能的成年肝组织以及不表达的肾组织AFP基因转录区和调控区的DNase Ⅰ敏感性和超敏感区。结果表明;胚肝组织和成年肝组织AFP基因在转录区和5'端调控区都显示出较高的DNase Ⅰ敏感性,而肾组织则不敏感。胚肝组织AFP基因存在三个DNase Ⅰ超敏感区:基因转录起始区,离转录起始区上游约-3 kb左右区域,另一超敏感区位于基因内部4.1 kb EcoR Ⅰ片段内。成年肝组织在转录起始区也存在一超敏感区,在基因内部4.1 kb EcoR Ⅰ片段显示较高的DNase Ⅰ敏感性。推测AFP基因上游-3 kb区域(1.5 kb HindⅢ片段区)DNase Ⅰ超敏感区可能与增强基因转录活性相关,而转录起始区超敏感区可能是维持细胞组织专一性表达所必需,基因转录区域内部DNase Ⅰ超敏感区可能与AFP基因维持具活跃表达或潜能表达的染色质空间结构相关。     

人Ha-ras基因中蛋白质特异结合DNA位点的鉴定

利用迁移率改变法和DNaseⅠ足纹法观察了Ha-ras癌基因5’端上游序列与特异结合蛋白的相互作用。用限制性内切酶XmaⅠ消化6.6kb Ha-ras基因得到约10个片段,进行3’-末端标记,与T24细胞核提取液反应,经低离子强度聚丙烯酰胺凝胶电泳,发现与蛋白质特异结合的416bp片段,位于Ha-ras基因5’-端上游1230—1646区域内,靠近转录起始点1660bp处(CAP位置)。另一个与蛋白质特异结合的389bp片段,位于转录起始点上游162—551处。     

癌基因Ha-ras在转化和未转化细胞中表达和调控的差异

以前的工作曾用人胃癌基因Ha-ras转化了大鼠全胚细胞系Ratl细胞,得到转化细胞Rat3-3。克隆了Ha-ras癌基因6.6kb及其上游区2.5kb DNA片段,并发现2.5kb有Alu重复顺序,说明这个片段是来源于人胃癌细胞,虽族观察到p21蛋白编码12位点突变,我们又发现转化的Rat3-3细胞的Ha-ras mRNA水平比未转化的Rat1高大约五倍;通过DNase I超敏感实验证明只有转化细胞核中的Ha-ras基因对DNaseI敏感,1μg/mL的DNaseI就有明显的降解,而未转化细胞Rat1细胞核的Ha-ras基因在15μg/mL的DNaseI中也未发现有任何降解;另外还发现转化细胞核有一种能为Ha-ras基因上游区2.5kb特异结合的核蛋白,分子量大约35kD,此核蛋白不能与6.6kb Ha-ras基因本身结合,在未转化细胞中未发现此蛋白。从这些结果推测,癌基因Ha-ras的活化,除了点突变外,还可能存在另一条活化途径,即它的上游区可能有类似增强子的调控区。     

鼻咽癌细胞中ezrin基因增强子区的定位分析

本研究采用嵌套缺失和荧光素酶检测技术对鼻咽癌CNE2细胞ezrin基因增强子区进行定位分析。实验结果显示,CNE2细胞中,ezrin基因-1541/-706具有转录激活和转录增强作用,存在转录正调控区和负调控区。对5个潜在转录调控区的进一步研究发现,ezrin基因-1297/-1186对ezrin启动子和SV40启动子具有显著的转录增强作用;其它4个区域对启动子不表现转录调控作用,或表现弱的转录增强作用。结果表明,ezrin基因-1297/-1186是具有增强子作用的关键转录调控区,它有可能与其它潜在转录调控区以共同或协同的方式调控ezrin基因转录。     

人NPCEDRG基因启动子的克隆及CCAAT/NFY结合位点初步分析

NPCEDRG基因是采用基因定位候选克隆策略获得的一个鼻咽癌候选抑瘤基因.NPCEDRG在鼻咽癌细胞和组织中表达下调,重新恢复NPCEDRG基因在CNE2细胞系的表达,可部分逆转CNE2的恶性表型.为揭示NPCEDRG基因在鼻咽癌细胞和组织中表达下调的分子机制,联合应用生物信息学和报告基因载体系统分析方法对NPCEDRG基因启动子区进行克隆及功能分析,系统发育进化足迹分析结果表明,NPCEDRG基因5′端调控区-180～+235 bp区间在脊椎动物中高度保守,该保守区域中存在包括CCAAT/NFY、STAT1和SP1等转录因子结合位点.构建Luc和/或EGFP报告基因表达载体并检测其启动子活性,-146～-8 bp区域有较强的启动子活性,电泳迁移阻滞分析实验(EMSA)提示,CCAAT/NFY转录因子结合位点是NPCEDRG基因的转录调控元件.因此,研究确定-146～-8 bp区域是NPCEDRG基因核心启动子区域且启动子核心元件CCAAT/NFY可能参与NPCEDRG基因的转录调控.     

LPLUNC1基因对鼻咽癌细胞HNE1生长增殖的抑制作用研究

LPLUNC1在正常的鼻咽组织及人胚鼻咽组织中高表达,而在71%的鼻咽癌中表达下调或缺失,是与鼻咽癌的发生发展密切相关的新基因.通过研究LPLUNC1基因对鼻咽癌细胞系HNE1的影响,进一步确定其与鼻咽癌发生发展的关系.将LPLUNC1基因全长cDNA克隆入pcDNA3.1( )真核表达载体中,通过脂质体介导稳定转染入LPLUNC1低表达鼻咽癌细胞系HNE1中,通过RT-PCR及RNA印迹筛选LPLUNC1高表达的细胞株,并利用细胞生长曲线、MTT、BrdU掺入、流式细胞仪检测、软琼脂集落形成实验及裸鼠成瘤等实验,研究了LPLUNC1对鼻咽癌细胞系HNE1细胞生长、增殖的影响.结果发现,稳定转染LPLUNC1的HNE1细胞的生长速度明显减慢,在MTT与BrdU掺入实验发现LPLUNC1可明显地抑制鼻咽癌细胞的增殖,并且通过流式细胞仪检测也发现,LPLUNC1基因可明显延缓HNE1细胞的细胞周期进程,使G0/G1期细胞增多而S期细胞相对减少.进一步通过软琼脂集落形成及裸鼠成瘤实验发现,LPLUNC1稳定转染后的HNE1细胞集落形成率与集落的大小均小于空白载体细胞,同时能明显地抑制HNE1细胞的体外成瘤.结果表明,LPLUNC1基因能明显抑制鼻咽癌细胞HNE1的生长增殖,是鼻咽癌发生发展中的重要候选抑瘤基因之一.     

LTF基因在鼻咽癌细胞系中生物学功能的初步研究

目的:初步探讨野生型LTF基因在鼻咽癌细胞系中的生物学功能。方法:野生型LTF导入鼻咽癌细胞系,G418筛选,RT-PCR和Western-blotting分别在mRNA和蛋白质水平进行验证,得到稳定表达LTF基因的鼻咽癌细胞系。流式细胞术、平板克隆形成实验和MTT法分别检测细胞周期、细胞的克隆形成能力和细胞生长曲线。结果:成功导入LTF并稳定表达的鼻咽癌细胞系,G0-G1期细胞百分比例明显增加(72.01%vs 62.31%),G2-M期细胞百分比例减少(6.26%vs 10.81%);克隆形成能力降低(39.5%vs 59.7%),体外瘤细胞增殖能力降低(P0.05)。结论:LTF基因可阻滞细胞周期、抑制鼻咽癌细胞系的增殖能力和克隆形成率,同时为进一步的体内试验研究奠定基础。     

槐米中天然产物槲皮素抗人鼻咽癌CNE1细胞活性研究

本研究以槐米为原材料提纯天然产物槲皮素,以人鼻咽癌细胞系CNE1为试验对象,探索天然产物槲皮素对人鼻咽癌细胞的增殖抑制效应及凋亡诱导效应。研究方法采用超声醇提法从槐米中提取芸香苷,再经酸水解和重结晶制备槲皮素精制品;采用槲皮素标准曲线比色法检测槲皮素精制品中槲皮素的纯度;采用MTT比色法进行细胞毒性试验,检测槲皮素精制品对人鼻咽癌细胞CNE1增殖的抑制效应及半数抑制浓度(IC50);采用流式细胞术结合AnnexinV、PI双染色法进行细胞凋亡试验,检测槲皮素精制品对CNE1细胞凋亡的诱导效应。结果表明,从槐米中提纯的天然产物槲皮素精制品,能呈剂量依赖性地抑制人鼻咽癌细胞CNE1增殖并诱导其凋亡。综上所述,应用超声醇提法,从槐米中制备的天然产物槲皮素精制品,不仅纯度高,且有着较优的抗癌活性,进一步明确了槐米等中药材开发天然产物有效成分,服务于人类健康的潜在应用价值和社会与经济效益。     

鼻咽癌中EB病毒LMP1激活TRAFs的初步研究

在EB病毒潜伏膜蛋白LMP1介导的信号传导通路中,TRAFs作为LMP1活化的第一位信号分子,可能扮演着重要的分子开关角色。令人关注的是,在上皮性肿瘤NPC的发生中,EB病毒LMP1能否激活重要的TRAFs信号分子?究竟激活何种TRAFs信号分子,激活的机制何在?将LMP1cDNA导入LMP1表达阴性的HNE2中,建立稳定表达LMP1的鼻咽癌细胞系HNE2-LMP1。以此为材料,应用差异RT-PCR和Western blotting法证实,无论在RNA水平,还是蛋白水平上,TRAF1在HNE2-LMP1中表达较HNE2强,而TRAF2及TRAF3在HNE2-LMP1与HNE2细胞中表达无明显差异;进一步用免疫共沉淀-Western blotting证实LMP1可使TRAF1、TRAF2、TRAF3磷酸化而被活化。这些结果提示在鼻咽癌中,LMP1可能诱导TRAF1表达,而对TRAF2及TRAF3并不影响,但LMP1可磷酸化TRAF1、TRAF2、TRAF3而使其功能性活化。q     

抑瘤基因NGX6对鼻咽癌细胞株HNE1细胞生长的影响(英文)

鼻咽癌是我国南方多发恶性肿瘤 ,它的发生发展与遗传因素密切相关 .采用定位候选克隆策略在 9p上克隆出一个候选抑瘤基因 ,命名为NGX6 .为了进一步研究它的功能 ,将NGX6基因的全长cDNA片段亚克隆至pcDNA3.1(+ )的表达载体中 ,通过脂质体转染入鼻咽癌细胞系HNE1中 ,Northern杂交方法筛选高效表达NGX6的细胞株 ,并借助细胞生长曲线、软琼脂糖集落形成实验、裸鼠体内接种实验和流式细胞仪对转染细胞的生物学行为进行了检测 .结果显示 ,转染了NGX6基因的HNE1细胞的生长速度明显减慢 ,在软琼脂中集落形成率较对照组显著下降 (P〈0 0 5 ) ,裸鼠体内成瘤的时间较对照组明显延长 ,瘤体的大小和重量较对照组明显减少 ,流式细胞仪检测发现细胞的凋亡率无明显变化 .为了明确NGX6蛋白在细胞中发挥作用的部位 ,进一步将NGX6的开放阅读框架完整正确地克隆到pEGFPC1的荧光载体中 ,转染到COS7细胞中 ,用荧光显微镜观察细胞中荧光的分布 ,发现荧光主要分布在细胞浆中 ,说明NGX6蛋白可能是一种胞浆蛋白 .该研究表明 ,NGX6在NPC的发生发展中起重要作用 ,为全面阐述NGX6的功能提供重要的信息 ,为进一步的功能研究打下基础     

血清反应因子结合位点在小鼠及人基因组中保守性、多样性及进化的研究

目的：CArG元件因其为血清反应因子识别的结合位点近年来备受关注。然而迄今为止尚未见到有关CArG元件的序列特征及进化模式的研究。方法：本研究应用生物信息学方法结合遗传学方法对小鼠及人基因组中CArG元件的位置分布序列类型、多样性及保守性进行深入研究。结果：多样性研究结果显示,CArG元件的序列在小鼠及人类基因组存在大量的不同类型。但是,小鼠和人基因组中CArG元件的主要类型又存在明显差异。同源性分析结果表明人类和小鼠中的CArG元件存在两种进化历程,一部分CArG元件拥有共同的祖先,一部分是在物种分化以后突变产生的。结论：上述研究结果将为更为深入阐述SRF的调控模式奠定理论基础,同时为更清楚的阐释CArG元件序列变化对下游基因的表达影响提供理论支持。     

人PRL-3基因启动子的克隆及转录因子Snail结合位点的初步鉴定

促肝细胞再生磷酸酶-3(PRL-3)是重要的肿瘤转移相关基因,其转录调控机制一直未被阐明.应用TRED在线分析系统共获得3种可能的人PRL-3基因启动子区域.通过与人基因组序列进行比对,发现其中3号启动子序列距离人PRL-3基因距离最近,位于该基因上游约1 kb的DNA区域,与5′端非翻译区域邻接.在线Consite分析系统发现,-500 bp至-451bp之间存在Snail结合的核心寡核苷酸序列CACCTG.运用分子克隆的方法获得PRL-3基因启动子2段区域-699 bp至299bp及-642 bp至-383 bp区域,后者具有Snail结合位点核心寡核苷酸序列CACCTG.构建具有荧光素酶报告基因的pGL3载体并检测其启动子活性.-699～299 bp区域与-642～-383 bp区域的DNA片段在SW480、SW620、CNE2、293A细胞中均具有启动子活性,其中含有Snail结合位点核心寡核苷酸序列CACCTG的短片段活性强于较完整的序列.染色质免疫沉淀结合PCR扩增技术及凝胶迁移阻滞实验确定PRL-3基因启动子区域具有Snail结合位点.研究确定,PRL-3基因的启动子位于转录起始位点上游700 bp与下游300 bp的DNA区域,PRL-3基因启动子存在转录因子Snail结合元件.     

血清反应因子结合位点在小鼠及人基因组中保守性、 多样性及进化的研究

目的:CArG元件因其为血清反应因子识别的结合位点近年来备受关注。然而迄今为止尚未见到有关CArG元件的序列特征及进化模式的研究。方法:本研究应用生物信息学方法结合遗传学方法对小鼠及人基因组中CArG元件的位置分布序列类型、多样性及保守性进行深入研究。结果:多样性研究结果显示,CArG元件的序列在小鼠及人类基因组存在大量的不同类型。但是,小鼠和人基因组中CArG元件的主要类型又存在明显差异。同源性分析结果表明人类和小鼠中的CArG元件存在两种进化历程,一部分CArG元件拥有共同的祖先,一部分是在物种分化以后突变产生的。结论:上述研究结果将为更为深入阐述SRF的调控模式奠定理论基础,同时为更清楚的阐释CArG元件序列变化对下游基因的表达影响提供理论支持。     

人淋巴毒素基因5′端上游NF－KB类因子特异性结合位点的研究

淋巴毒素（Ｌｙｍｐｈｏｔｏｘｉｎ,ＬＴ）是由活化的Ｔ淋巴细胞分泌的一种糖蛋白。ＬＴ基因的表达调控主要是在转录水平上。ＰＨＡ＋ＰＭＡ诱导的Ｊｕｒｋａｔ细胞总ＲＮＡ点渍杂交发现,Ｊｕｒｋａｔ细胞的内源性ＬＴｍＲＮＡ的数量随诱导时间的延长而增加。凝胶迟滞电泳分析发现,ＰＨＡ＋ＰＭＡ诱导４小时的Ｊｕｒｋａｔ细胞核抽提物形成多种复合物,且在诱导不同时间后有明显变化。系列缺失片段的竞争反应表明,这些复合物的形成与ＬＴ基因５＇端上游──１２８ｂｐ──９３ｂｐ左右的序列相关。ＤＮａｓｅｌ足迹法及其竞争实验发现,ＬＴ基因５＇端上游─—１０４ｂｐ──８３ｂｐ（共２２ｂｐ）序列具有明显的蛋白质保护足迹。同源性分析发现此２２ｂｐ的序列中存在一个ＫＢ样结合位点：─１００ｂｐ──９０ｂｐ（５’－ＧＧＧＧＧＣＴＴＣＣＣ－３’）。ＮＰ－ＫＢ类蛋白质因子参与了此序列的ＤＮＡ－蛋白质的特异性结合,可能存在多种类型的ＮＰ－ＫＢ类蛋白因子参与了ＬＴ基因的表达调控。     

中国人ε珠蛋白基因5′侧序列中多态性Hinc Ⅱ位点的进一步研究

本文进一步研究了我国不同民族的正常个体以及β地中海贫血患者θ珠蛋白基因5′侧序列中的多态性HincⅡ位点及其遗传性质。在广西壮族正常个体和β地中海贫血纯合子中,该多态性位点的发生频率均为75％,与正常汉族人测得值相近。家系分析资料表明,该多态性位点完全按照孟德尔规律进行遗传。     

人乳头瘤病毒16型长控制区上YY1结合位点的破坏可增强病毒诱导细胞永生化能力

细胞转录调节因子 Ｙ Ｙ１ 可抑制人乳头瘤病毒１６ 型（ Ｈ Ｐ Ｖ １６） 癌基因启动子 Ｐ９７ 的活性, Ｙ Ｙ１ 位点的突变和缺失不仅可诱导 Ｐ９７ 活性增强而且可在全基因组内增强 Ｅ６ 癌基因转录,同时使病毒对啮齿类动物纤维细胞的转化能力增强。为了观测人乳头瘤病毒１６ 型长控制区（ Ｈ Ｐ Ｖ１６ Ｌ Ｃ Ｒ） 序列上 Ｙ Ｙ１ 蛋白特异性结合位点破坏在完整基因组范围内对人原代包皮角源细胞永生化能力的影响,将 Ｈ Ｐ Ｖ １６ Ｙ Ｙ１ 位点突变株和野毒株转染至人原代包皮角源细胞。筛选结果表明,突变株可诱导形成永生化细胞,永生化能力明显高于野毒株。对４ 株永生化细胞系 Ｄ Ｎ Ａ检测发现,均含有呈整合状态的 Ｈ Ｐ Ｖ １６ Ｄ Ｎ Ａ,其中３ 株的 Ｅ１／ Ｅ２ 区域有缺失。 Ｒ Ｎ Ａ 检测显示,４株细胞内均有 Ｅ６／ Ｅ７ ｍ Ｒ Ｎ Ａ 的转录。这表明, Ｈ Ｐ Ｖ １６ Ｌ Ｃ Ｒ 上 Ｙ Ｙ１ 蛋白特异性结合位点的破坏,可在完整基因组范围内增强病毒使人原代包皮角源细胞永生化的能力。     

应用cDNA微阵列技术研究EB病毒LMP1介导的鼻咽癌中转移相关基因的表达

探讨EB病毒基因组编码的癌蛋白LMP1对鼻咽癌细胞中转移相关基因表达的影响.采用蛋白质印迹法检测在强力霉素(Dox)诱导下,鼻咽癌细胞系pTet-on-LMP1 HNE2(L7细胞)中LMP1表达的时效和量效关系.应用cDNA微阵列技术建立诱导性LMP1介导鼻咽癌细胞中转移相关基因差异表达谱;运用RT-PCR验证cDNA微阵列筛选差异基因表达的可靠性.与LMP1不表达的L7细胞比较,LMP1高表达的L7细胞中7个基因的表达显著上调,12个基因的表达显著下调.随机选择其中4个基因进行RT-PCR,结果显示,这些基因表达阳性,且与微阵列中的变化趋势一致.LMP1可能通过激活和/或抑制一些转移相关基因的表达而参与鼻咽癌转移过程.