微生物小开放阅读框:小蛋白及翻译调控研究进展

小开放阅读框(small open reading frame, sORF)广泛存在于不同生物基因组中,由于其序列短,以及编码的产物小蛋白(smallprotein,或称微蛋白;microprotein或迷你蛋白miniprotein)检测困难等原因,小开放阅读框长期未得到充分注释和研究。近年来,随着高通量测序、翻译组和质谱分析等技术的不断发展,在不同生物中发现大量新的小开放阅读框,其编码的小蛋白及介导的翻译调控已应用于药物开发及植物抗病机理等研究。但是,目前对微生物的小开放阅读框相关研究和应用还相对有限。本文综述了小开放阅读框编码产物小蛋白的发现和鉴定,以及上游开放阅读框(upstream open reading frame, uORF)对mRNA翻译调控等最新研究进展,重点介绍了微生物基因组中小开放阅读框的鉴定和功能研究进展,为深入认识微生物中小开放阅读框的功能和作用机制,以及植物和动物等高等其他生物的小蛋白和翻译调控相关研究提供参考。     

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随着数字技术、信息网络技术的发展及各种数字网络终端的普及,为了让广大读者的阅读更具互动性,便于快速寻找所需内容,阅读、下载或存储,并实现与其他资源的互联互通,本刊已开通HTML格式的全文阅读模式,其中包括各种功能的标签链接,可为读者二次利用文献内容提供便利。本刊网址:http://jmi.fudan.edu.cn,欢迎登录。     

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新阅读时代大学生阅读现状分析与对策

本文通过对数字时代大学生阅读方式的变化进行分析,归纳了大学生在阅读过程中表现出的新特点、新趋势,阐述了高校图书馆指导现代阅读中的作用,以及在新阅读时代高校图书馆阅读推广重要性与阅读推广的策略。     

蛇苔过氧化物酶基因的序列分析与功能预测

过氧化物酶在生物界分布极广,在细胞代谢的氧化还原过程中起重要的作用.为深入研究蛇苔过氧化物酶的理化性质及功能,对其同源性,亚细胞定位,结构和功能等进行了生物信息学预测和分析.结果表明;该序列有1 050 bp长的开放阅读框,编码349个氨基酸,与拟南芥等的POD相似性较高(相似性为71％).预测R68、F71、H72、...     

新课程下英语语法教学研究

语法教学是英语学习中的一个重点内容。在我国的英语教学中,语法教学一直被淡化,但新课程改革下将语法学习促进学生综合语言能力提高的手段,被放到英语教学的重要位置。本文论述了影响初中英语教学的主要因素,并提出了改进英语语法教学的原则和建议,供各位英语老师做参考。     

阅读植物绘本,提升语文学科核心素养

新课改以来,语文教学开始逐渐转向对学生语文学科核心素养的培养,这就需要将阅读与写作联合起来教学,让学生通过阅读来积累词汇和语言知识,并进而应用到写作上。现阶段我国学生在阅读方面通常存在着阅读量不足,阅读时间短和阅读目标单一等问题。造成这种情况的主要原因在于纯文字阅读内容枯燥,无法引起学生的阅读兴趣,时间久了会让学生产生厌倦情绪。色彩鲜艳的绘本可让更多的孩子爱上阅读,并在阅读的过程中逐渐积累词语知识、人文知识,提升学生的想象力和语文学科核心素养。     

单个汉字阅读过程中的双线路机制

因为汉字具有与拼音字母语言不同的方形书写结构以及字型映射规则,已有很多研究关注这两种语言是否存在着不同的阅读机制,但还在争论中.本研究通过功能磁共振技术,采用汉字和英文两种语言的真字(词),假字(词)以及非字(词)作为刺激材料来进一步研究此问题.研究结果显示:在高频字(词)条件下,汉字和英文具有相似的阅读机制,但在阅读假字(词)时,它们的阅读机制差异很大.具体表现为英文假词激活了左脑缘上回,而汉字假词激活了左脑额中回.研究结果说明:1)汉英双语者可能采用了两种不同的双线路机制来读取汉字和英文单词.2)汉英双语者在阅读英文假词时,须借助缘上回脑区进行字型转换.而在阅读汉字假字时,则需通过额中回进行笔画分析.     

美国《科学探索者——从细菌到植物》教材阅读技能栏目的特点及启示

美国《科学探索者——从细菌到植物》教材的阅读技能栏目给学生提供多种阅读技能训练,并用课后评估检测阅读效果,培养学生利用文本探究和阅读能力,对我国初中生物学教材编写具有一定的借鉴意义。     

植物小开放阅读框编码肽的研究进展

小开放阅读框（small open reading frame,sORF）一般指基因组中能够编码长度在100个氨基酸左右或以内短肽的开放阅读框。它们广泛存在于植物基因组,却因编码短肽而常被基因组注释忽视。随着翻译组学和蛋白质组学测序技术的发展,具有翻译活性的sORF被证实广泛存在于植物基因组,且参与植物生长发育等重要过程的调控。该文归纳了近些年来植物领域sORF的一些研究进展,主要包括sORF的来源与分类、信息学预测方法和生物学功能等,并基于此对植物sORF未来的研究方向进行了展望。     

无眼动条件下中文阅读的研究

设计了计算机控制的中文阅读材料的不同显示方式,并对各种阅读过程中的徙动波形进行记录和分析。实验结果表明,无眼动的阅读速度较正常有眼动高,分别为853字/分和640字/分。通过固定窗口显示方式和知动窗口显示方式条件下中文阅读的比较,排除了强迫阅读的因素,说明有无眼动是产生阅读速度差异的主要原因;根据以上实验结果,可得出结论,在有眼动的情况下,除了saccade抑制影响阅读和识别外,主要的因素在于高级中枢对位置信号的处理,眼动的驱动控制及运动过程影响了高级中枢对阅读内容和识别内容的解码速率。无眼动阅读的速度主要受到高级中枢解码速率和记忆的影响,而不是周边视觉系统的限制。实验结果还表明,在无眼动的情况下,周边信息对阅读不仅不起帮助作用,反而起到干扰作用。     

石制品技术分析的盲测实验

石制品技术研究作为一项拥有60多年历史的研究手段,已经形成了完善的理论体系和操作程式,可以反映古人类的行为特征、认知能力等多方面的信息。技术阅读是石制品技术分析过程中最重要的研究手段之一。其中,对石核剥片过程的复原是技术阅读的核心,也是分析整个石器生产过程的基础,提高石制品技术阅读的准确性是研究人员需要不断追求的目标。本文以采集自宁夏水洞沟遗址附近的白云岩、石英岩等为原料,参照微痕分析的盲测手段,通过石制品打制实验、初步技术阅读（“盲测”）、拼合分析校正、重复交叉技术阅读等方式,揭示影响技术阅读准确性的相关因素,提出提高技术阅读准确性的方法,并对“盲测”实验在石制品技术阅读中的重要性进行简要探讨。     

对虾白斑综合征病毒的细胞因子受体基因的分析与表达

在对虾白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)的基因组中发现一个具有细胞因子受体特征的开放阅读框,该阅读框全长2022个核苷酸,编码674个氨基酸,蛋白质理论分子量为76kDa.该基因含有真核生物细胞因子gpl30受体特征序列.为了研究该基因的功能,采用PCR方法从病毒基因组中扩增出基因片段,克隆到pGEM-T Easy载体中,经BamH I和Sal I双酶切后插入pET28b表达载体中.重组质粒转化到大肠杆菌BL21中,IPTG诱导后,经SDS-PAGE电泳表明在76kDa处有目的蛋白表达.用冰浴超声波对诱导后的菌液进行处理以获得初步纯化的蛋白,作为抗原人工免疫实验兔子以获得含特异性抗体的抗血清.该基因的表达成功,为其功能的进一步深入研究奠定了基础.     

人腺病毒E4转录区ORF4蛋白与细胞凋亡

人腺病毒基因早期转录区4的第4开放阅读框架编码的E4ORF4蛋白是一种多功能病毒调节蛋白,能够特异地引起转化细胞的凋亡,而对正常细胞没有影响,并且这种凋亡机制不依赖于经典的p53途径,E4ORF4蛋白功能的发挥需要与细胞内蛋白磷酸酶2A的相互作用,而且它还能改变Src激酶的活性,E4ORF4蛋白的多种功能协调合作,最终导致了转化细胞的凋亡。