宫颈癌差异表达基因筛选及功能分析

目的:筛选参与宫颈癌发生、发展的关键基因,为临床诊疗提供新的靶点。方法:在NCBI-GEO数据库中筛选多组宫颈癌基因表达检测数据集,利用GEO2R分析工具筛选各组数据集的差异表达基因;应用R分析筛选不同数据集之间共有的差异表达基因;利用DAVID在线分析对差异表达基因进行功能聚类和通路分析;利用STRING分析差异表达基因编码蛋白之间的相互作用关系。结果:共选择6组表达数据集,筛选得到59个差异表达基因(宫颈癌组织vs正常组织),表达差异至少达2倍,其中包含50个表达上调基因及9个表达下调基因。这些差异表达基因参与细胞周期、DNA复制、细胞分裂等生物进程。蛋白互作分析表明,这些差异表达基因多数存在相互作用。结论:利用生物信息学方法对不同来源的基因检测数据进行整合分析,有助于更准确的筛选对宫颈癌发生、发展过程具有重要作用的关键基因,本文筛选的宫颈癌差异基因为进一步研究宫颈癌发生、发展的分子机制及临床诊疗提供思路。     

从microarray时序表达数据识别周期表达基因

根据周期表达基因的周期性和峰值特点,提出了一种将microarray时序表达数据划分为若干个基因表达周期,并对周期内的峰值特点进行评估以识别周期表达基因的方法,能有效减小microarray实验时的噪声干扰。选取了三组广泛使用的时序表达数据和一组可靠的周期表达基因集合对该方法的效果进行了测试,并与三种典型的周期表达基因识别方法的效果进行了比较。该方法能有效地从各种microarray时序表达数据中识别周期表达基因。     

抑制NDRG2基因表达对宫颈癌Hela细胞紫杉醇化疗敏感性的影响

目的:NDRG2是N-Myc downstream regulated gene家族的成员之一,与细胞增殖和分化相关.前期研究发现,抑制NDRG2表达可以提高宫颈癌Hela细胞对于顺铂的化疗敏感性,本研究采用RNA干扰技术抑制人宫颈癌Hela细胞中NDRG2基因的表达研究其对Hela细胞紫杉醇化疗敏感性的影响.方法:利用化学合成的针对NDRG2特异性siRNA瞬时转染Hela细胞株,采用RT-PCR和Western Blot检测NDRG2 mRNA和蛋白表达情况,通过MTT法检测其与对照细胞在顺铂作用下的体外存活率差异.SPSSll.0统计包处理,采用t检验,P＜0.05为差异有统计学意义.结果:在mRNA和蛋白水平,化学合成的NDRG2特异性siRNA oligomer可使Hela细胞的NDRG2表达水平明显降低.在0.1、1、10、100、500、1000 μg/mL紫杉醇浓度组,Negative-control和NDRG2siRNA细胞的相应细胞存活率分别为97.21±2.38、90.09±2.42、83.35±3.86、62.93±3.75、18.22±5.46、1.14± 0.67和99.62±3.15、94.91±3.83、85.71±2.93、58.59± 3.36、17.99±3.40、0.73±0.34,组间比较P值均大于0.05,差异无统计学意义.结论:抑制NDRG2表达不影响宫颈癌Hela细胞在紫杉醇作用下的细胞存活率,不能提高其对紫杉醇的化疗敏感性.进一步拓展了对该基因的功能认知.     

结合基因功能分类体系Gene Ontology筛选聚类特征基因

使用两套基因表达谱数据,按各基因的表达值方差,选择表达变异基因对样本聚类,发现一般使用方差较大的前10％的基因作为特征基因,就可以较好地对疾病样本聚类。对不同的疾病,包含聚类信息的特征基因有不同的分布特点。在此基础上,结合基因功能分类体系(Gene Ontology,GO),进一步筛选聚类的特征基因。通过检验在Gene Ontology中的每个功能类中的表达变异基因是否非随机地聚集,寻找疾病相关功能类,再根据相关功能类中的表达变异基因进行聚类分析。实验结果显示：结合基因功能体系进一步筛选表达变异基因作为聚类特征基因,可以保持或提高聚类准确性,并使得聚类结果具有明确的生物学意义。另外,发现了一些可能和淋巴瘤和白血病相关的基因。     

MMP-7基因真核表达载体的构建及其在HeLa细胞中的表达与鉴定

目的：构建MMP-7基因真核重组质粒,检测并鉴定MMP-7在人宫颈癌HeLa细胞中的表达。方法：提取宫颈癌组织总RNA,通过基因克隆构建MMP-7基因真核表达重组质粒pcDNA3.1（＋）/MMP-7,酶切、PCR及基因测序鉴定,用阳离子脂质体介导采用基因转染技术转染人宫颈癌Hela细胞,RT-PCR检测外源基因的表达、间接免疫荧光法检测对表达产物进行鉴定。结果：成功构建了重组表达质粒pcDNA3.1（＋）/MMP-7并转染了人宫颈癌Hela细胞,通过RT-PCR可以检测到MMP-7 mRNA在Hela细胞中的表达,经间接免疫荧光反应可检测到明显的阳性反应,而转染空载体组表达阴性。结论：构建的重组质粒pcDNA3.1（＋）/MMP-7能在Hela细胞中表达,为该蛋白在人子宫癌后续的功能研究奠定了基础。     

采用基于Gene Ontology的聚类方法研究白血病的遗传异质性

采用基因表达谱可以研究基因功能模块与疾病异质性之间的关系.根据两套白血病基因表达谱数据,将富集高变异基因的Gene Ontology基因功能模块作为特征功能模块,将疾病样本聚为两类.通过对比原始多类标签,采用聚类评估指标来分析两类化聚类结果的效果,并探讨特征功能模块与疾病异质性之间的关系.实验结果显示:在两套不同的白血病基因表达谱数据中得到的特征功能模块类似,它们对白血病亚型有较强的分型能力.     

FBXO31基因对宫颈癌细胞增殖的影响

为了探讨FBXO31在宫颈癌中的表达情况及其对宫颈癌细胞增殖的影响及其可能机制,本研究采用实时定量PCR法检测FBXO31在宫颈癌组织中的表达水平;MTT法检测Hela细胞增殖能力;流式细胞术检测Hela细胞周期分布;Western blotting检测Hela细胞FBXO31、β-catenin、CyclinD1和c-Myc蛋白的表达水平。研究结果表明,FBXO31在宫颈癌组织中表达明显下调(p0.05)。FBXO31过表达能够明显抑制宫颈癌Hela细胞增殖能力。与空载质粒组比较,过表达FBXO31组的G1期细胞数显著增加,S期细胞数明显降低(p0.05)。本研究还发现FBXO31过表达能明显下调β-catenin蛋白、cyclin D1和c-Myc蛋白水平(p0.05)。本研究结论表明,FBXO31基因在宫颈癌中低表达;过表达FBXO31基因可通过抑制Wnt/β-catenin通路从而抑制宫颈癌细胞增殖。     

利用序列保守模体和局部构象信息预测转录因子结合位点

转录因子结合位点的计算预测是研究基因转录调控的重要环节,但常用的位置特异得分矩阵方法预测特异性偏低.通过深入分析结合位点的生物特征,提出了一种综合利用序列保守模体和局部构象信息的结合位点预测方法,以极大相关得分矩阵作为保守模体的描述模型,并根据二苷参数模型计算位点序列的局部构象,将两类信息得分组合为多维特征向量,在二次判别分析的框架下进行训练和滑动预测.预测过程中还引入了位置信息量以优化似然得分和过滤备选结果.针对大肠杆菌CRP和Fis结合位点数据的留一法测试结果表明,描述模型的改进和多种信息的融合能有效地改善预测方法的性能,大幅度提高特异性.     

SIRT1在宫颈癌细胞耐药中的作用及其机制研究

摘要目的：探讨沉默交配型信息调节因子2同源蛋白1（silentmatingtypeinformationregulation2homologyl,SIRTl）在宫颈癌化疗耐药中的作用及其机制。方法：体外培养人宫颈癌Hela细胞系和宫颈癌Hela／MMC耐药细胞亚系,westernblotting检测MMC对Hela和Hela／MMC细胞内SIRTl蛋白表达的影响;MTT法检测MMC及Nicotinamide对Hela和Hela／MMC细胞增殖的影响;AnnexinV-PI试验检测Hela／MMC细胞凋亡的亡的情况;RT—PCR方法检测耐药相关蛋白P—gP的mRNA表达情况。结果：正常情况下,Hela／MMC细胞中SIRTl的表达显著高于Hela细胞（P〈0．05）,MMC处理的Hela／MMC细胞中SIRTl的表达显著高于未经MMC处理（P〈0．05）。Nicotinamide对Hela和Hela／MMC细胞具有相似的生长抑制作用,Nicotinamide可使MMC诱导的Hela／MMC细胞凋亡增加,同时降低细胞内P-gP的mRNA表达（P〈0．05）。结论：SIRTl表达下调能显著减轻Hela／MMC细胞对MMC的耐药性,其作用可能与P—gp有关。     

夜香树提取物体外抗肿瘤作用的实验研究

为探讨夜香树(CN)不同提取物体对体外培养的肿瘤细胞的作用,采用系统溶剂法提取CN皂苷和多糖,采用MTT法、细胞集落形成法、生长曲线法观察CN皂苷和多糖对宫颈癌细胞株Hela、人胃癌细胞株SGC7901、人肝癌细胞株Bele7404的生长抑制情况,结果发现CN皂苷和多糖对人胃癌细胞株SGC7901、宫颈癌细胞株Hela、肝癌细胞株Bele7404、等3种肿瘤细胞均有明显的抑制作用:在终浓度为62.5 μg/mL范围,CN皂苷和多糖对上述3种肿瘤细胞的抑制率均大于80%,细胞抑制率均有明显的剂量依赖性,IC50均小于20 μg/mL.CN皂苷和多糖对宫顶癌细胞株Hela、人胃癌细胞株SGC7901、人肝癌细胞株Bele7404细胞有显著的抗增殖作用,其抗增殖作用呈明显的剂量依赖关系.