SARS-CoV-2污染的进口冷链产品导致的一起大连本土新冠疫情

2020年12月15日,大连市报告了4名码头冷链货物搬运工人SARS-CoV-2核酸检测呈阳性,在此之前,大连市已经连续136天没有报告本土病例.在这次大连COVID-19疫情(简称"大连新冠疫情")中,我们收集了2020年12月15日至2021年1月8日期间大连新冠疫情中全部感染者(83)及部分接触的轮船货物样本,其中确诊病例占61.45％(51/83),无症状感染者占38.55％(32/83).通过高通量测序,共获得76条SARS-CoV-2全基因组序列,其中72条(86.75％,72/83)来自临床样本,4条来自R国籍A货船上的冷链食品外包装样本.基因组分析数据显示,与武汉参考株(NC_045512)相比,76条全基因组分别存在12～16个核苷酸突变位点,共享12个核苷酸突变位点,符合B.1.1进化分支突变特征.结合病毒基因组学和现场流行病学调查结果综合分析表明,大连新冠疫情是一起由SARS-CoV-2污染的进口冷链产品感染码头工人导致的本土疫情,在传播过程中至少形成了3个病毒代际和3个相对独立的传播链.     

2019冠状病毒病患者与无症状感染者不同暴露时间咽拭子和粪便标本病毒核酸检测结果分析

2019冠状病毒病(COVID-19)感染暴发流行已成为全球公共卫生事件,准确识别病毒携带者及感染人群,对疫情防控具有重要意义。病毒核酸检测是目前对2019新型冠状病毒感染(SARS-CoV-2)的病原体确诊主要标准之一,咽拭子标本和粪便标本均具有较高的阳性检出率。对COVID-19患者和无症状感染者不同暴露时期的咽拭子和粪便标本病毒核酸检测结果差异尚未见报道。本研究对2020年2月2日至2月17日南阳市确诊为COVID-19的46例患者以及通过流行病学史筛查出的27例无症状感染者不同暴露时间点的咽拭子和粪便标本病毒核酸检测结果进行分析。结果显示,COVID-19患者与无症状感染者暴露第2周咽拭子核酸检测阳性率最高,第3周粪便核酸检测阳性率最高;同时期比较咽拭子标本核酸阳性率明显高于粪便标本(P<0.05),两组第1、3、4周咽拭子核酸阳性率差异有统计学意义(P<0.05),1～4周粪便核酸阳性率均无统计学意义(P>0.05)。粪便核酸检测阳性时间均较咽拭子核酸检测阳性时间滞后(P>0.05),且无症状感染者咽拭子和粪便平均核酸检测阳性时间较COVID-19患者...     

海南省三亚市15例新冠病毒Omicron变异株BA.5.1.3亚型的基因组特征分析

本文选取15例SARS-CoV-2感染病例的鼻咽拭子样本,采用新冠病毒全基因组三代Nanopore测序技术进行全基因组测序并对病毒的变异位点进行分析;结果显示,15株病毒均为BA.5.1.3变异株（Omicron）,NextStrain进化分析为22B。15株毒株共同发现了71个核苷酸突变位点,氨基酸的变异位点有54个,其中存在相同的16个同义突变。15株毒株具有5个特有的核苷酸变异,4个特有的氨基酸变异位点,个别毒株还具有其他突变位点。这是中国境内首次发现Omicron BA.5.1.3变异株,此变异株存在引发本地的流行和暴发风险,需要严密持续的对境外输入病例进行流行病学调查和病毒基因分子特征分析。本研究构建测序方法和分析结果可用于新冠病毒的变异分析和病例溯源,对新冠疫情防控具有重要意义。     

从进化生物学角度谈为何中国目前需要动态清零而非与新冠病毒共存

<正>自从2021年11月在南非发现了新冠病毒奥密克戎(Omicron)变异株以来,该变异株迅速取代德尔塔(Delta)变异株成为全球主要流行的变异株^[1]。2022年3月初开始的上海疫情便是由奥密克戎变异株所引发。从2022年4月9日上海的流行病学调查数据来看,新冠病毒新增患者多为无症状感染者,和确诊病例的比例为24∶1 (https://wsjkw.sh.gov.cn/)。     

丽水市早期新冠肺炎无症状感染者SARS-CoV-2全基因组序列分析

对1例新型冠状病毒肺炎疫情流行早期的无症状感染者临床标本进行SARS-CoV-2实验室鉴定和全基因组测定,在分子水平了解新型病毒的基因特点和变异情况,追溯病毒潜在来源.实时荧光定量PCR扩增丽水市庆元县首例确诊患者密切接触者的痰液标本SARS-CoV-2核酸,阳性RNA逆转录为cDNA构建文库后进行基于NGS的宏基因组深度测序,生物学软件分析处理数据.该密接无任何症状及体征,痰液标本SARS-CoV-2核酸阳性.测序数据包含有足够的病毒序列,组装成功后hCoV-19/Lishui/LS556/2020长29 887bp,G+C含量37.99％,在ORF1ab和N区域发现4个SNP,对应1个错义突变和3个同义突变.LS556与SARS-CoV-2参考序列核苷酸/氨基酸同源性在99.2％/97.4％以上,不同序列之间存在4～17个核苷酸差异,与蝙蝠病毒RaTG13核苷酸差异仅3.7％,存在1141个SNP,与穿山甲病毒Guangdong/1相似性90.9％.LS556属于β冠状病毒Lineage B谱系,与LS003和ZJU-06共享完全相同的病毒,与蝙蝠/穿山甲冠状病毒进化上最相关.结合流行病学、核酸诊断、病毒溯源判定其为无症状感染者.LS556组成和结构符合SARS-CoV-2典型的基因特征,为高覆盖率序列,在流行早期与其他SARS-CoV-2基因组具有高度的同一性,突变率保持在较低水平,多数导致氨基酸位点保守置换.     

新型冠状病毒抗原快速检测研发现状及展望*

新型冠状病毒肺炎疫情的全球大流行,对全球公共健康、社会和经济运转造成了重大影响。在药物研发迟滞及疫苗有效性未得到充分验证的情况下,对人群进行大规模的快速筛查,寻找潜在的感染者(尤其是轻症和无症状患者),并进行集中隔离,切断传播途径和保护易感人群是首要的任务。因此对于SARS-CoV-2感染,早期诊断尤为重要。总结现有市场上的新冠病毒抗原快速检测产品,对全球抗原快速检测市场进行分析,概述其研发的动向并展望了我国在新冠抗原检测新方法、新技术方面的自主创新能力。     

输入病毒导致的十起本土疫情首例病例新冠病毒基因特征分析

2020年4月中国阻断湖北省武汉市新冠肺炎疫情传播后,中国国内报道了多起由境外输入导致的本土聚集性新冠肺炎疫情。为分析引起聚集性疫情的输入性新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的基因组特征,本研究对2020年4-11月份十起输入相关本土疫情首例病例的SARS-CoV-2全基因组基因特征进行分析,系统阐述了相关SARS-CoV-2的全基因组和氨基酸变异特征。结果显示,与武汉参考株相比,十起本土聚集性疫情首例病例的SARS-CoV-2核苷酸突变中位数为10个(8个-26个),氨基酸突变的中位数为6个(4个-16个),且刺突(spike,S)蛋白只有D614G一个氨基酸发生突变。除分支位点外,10条SARS-CoV-2全基因组序列的65个核苷酸突变位点以及35个氨基酸突变仅出现1-2次,呈现随机性。全基因组分析表明,这十起本土疫情的首例病例基因组按照中国分型法可划分为4个型,按照Pangolin分型法可划分为7个型,与我国2020年1-3月份武汉流行的毒株属于不同基因型,不是本土SARS-CoV-2的持续传播。与2020年9-12月英国和南非变异株属于不同基因型,无相关性。本文系统分析了2020年由输入病毒导致的十起本土疫情首例病例的SARS-CoV-2核苷酸与氨基酸变异特征,为我国新冠防控策略的制定以及后续新冠疫情的溯源提供了参考依据。     

新型冠状病毒肺炎长期健康损害的研究进展

新型冠状病毒感染者在康复后可能会出现长期且持续的症状，受累器官系统广泛，给感染者造成健康损害。新型冠状病毒仍可能在全球范围内持续流行且免疫逃逸突变株不断出现，新冠肺炎后综合征已成为人类与新冠病毒抗衡道路上的又一重要挑战。本文对新冠肺炎长期健康损害的发生风险、临床表现及影响因素进行综述，以期为新冠肺炎后综合征的管理及疫情防控策略制定提供参考。     

庆阳市本土新冠病毒Omicron变异株的全基因组特征分析

本文将高通量测序技术应用于新型冠状病毒感染（COVID-19）的疫情防控当中,从基因组水平上了解新型冠状病毒（SARS-CoV-2）的分子学特征及变异情况,从而为疫情的防控提供科学的参考及准确的研判依据。我们选取2022年8月-9月庆阳市报告的新冠疫情本土感染者标本作为研究对象,对标本进行核酸检测和病毒全基因组测序并进行序列比对,使用MEGA分析软件基于邻接法构建病毒进化树,从而了解病毒的分子学特征及相关性。本研究所选取的9例病例均为普通型病例,核酸检测Ct值均较低。Nextclade分型结果显示：9条序列均属于21L型Omicron变异株;Pangolin分型结果显示：9条序列均处于Pangolin谱系中的BA.2.76进化分支上。与武汉参考株Wuhan-Hu-1(NC＿045512.2)相比,9条SARS-CoV-2序列的核苷酸同源性中位数为94.6%,核苷酸突变类型包括76～78个替换突变和3处缺失突变,氨基酸突变位点共涉及10个基因编码框,按氨基酸错义突变总数由多到少依次为：S蛋白区,ORF1ab区,N蛋白区,M蛋白区,E蛋白区和ORF3a、ORF6、ORF8、ORF9b区。进...     

2021年东兴市冷藏食品、外包装新冠肺炎病毒检测结果分析

对东兴市冷藏食品及其外包装被新冠病毒污染的情况进行分析。东兴市2021年新冠检测冷藏食品3 852份、食品外包装3 476份，共7 328份标本。在3 852份食品中检出新冠病毒核酸阳性2例、在3 476份食品外包装中检出新冠病毒核酸阳性12例。冷藏食品及其外包装中均可能存在新冠病毒，应加强进口冷藏食品的闭环管理，加强对新冠病毒的核酸检测和工作人员的安全培训，提高工作人员的防护意识；还要打击边境走私活动，严防新冠病毒“偷渡”。     

Recent advances in the study of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus replication and pathogenesis

It has now been over twenty years since a novel herpesviral genome was identified in Kaposi's sarcoma biopsies. Since then, the cumulative research effort by molecular biologists, virologists, clinicians, and epidemiologists alike has led to the extensive characterization of this tumor virus, Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus(KSHV; also known as human herpesvirus 8(HHV-8)), and its associated diseases. Here we review the current knowledge of KSHV biology and pathogenesis, with a particular emphasis on new and exciting advances in the field of epigenetics. We also discuss the development and practicality of various cell culture and animal model systems to study KSHV replication and pathogenesis.     

The structure, reproduction and taxonomy of Vidalia and Osmundaria (Rhodophyta, Rhodomelaceae)

Comprises species occurring mostly in subtidal habitats in tropical, subtropical and warm-temperate areas of the world. An analysis of the type species, V. spiralis (Sonder) Lamouroux ex J. Agardh, a species from Australia, establishes basic characters for distinguishing species in the genus. These characters are (1) branching patterns of thalli, (2) flat blades that may be spiralled on their axis, (3) width of the blade, (4) primary or secondary derivation of sterile and fertile branchlets and (5) position of sterile and fertile branchlets on the thalli. Application of the latter two characters provides an important basic method for separation of species into three major groups. Osmundaria , a genus known only in southern Australia, was studied in relation to Vidalia , and its separation from the Vidalia assemblage is not accepted. Species of Vidalia therefore are transferred to the older genus name, Osmundaria. Two new species, Osmundaria papenfussii and Osmundaria oliveae are described from Natal. Confusion in the usage of the epithet, Vidalia fimbriala Brown ex Turner has been clarified, and Vidalia gregaria Falkenberg, described as an epiphyte on Osmundaria pro/ifera Lamouroux, is revealed to be young branches of the host, Osmundaria prolifera.     

New or rare chromosome counts in Artemisia L. (Asteraceae, Anthemideae) and related genera from Kazakhstan

Fifteen chromosome counts of six Artemisia taxa and one species of each of the genera Brachanthemum, Hippolytia, Kaschgaria, Lepidolopsis and Turaniphytum are reported from Kazakhstan. Three of them are new reports, two are not consistent with previous counts and the remainder are confirmations of very scarce (one to four) earlier records. All the populations studied have the same basic chromosome number, x = 9, with ploidy levels ranging from 2x to 6x. Some correlations between ploidy level, morphological characters and distribution are noted.     

肝癌中HBV和HCV基因和抗原的分布及意义

采用原位分子杂交方法检测HCV RNA及HBV X基因;采用免疫组织化学方法研究HCV核心抗原,非结构区C33c抗原及HBxAg在肝细胞肝癌中的定位及分布.结果表明(1)HCV RNA、HBV X基因在肝细胞肝癌组织检出率分别为40%(55/136)和82%(112/136).HCV RNA定位于癌细胞的胞浆内,阳性细胞呈散在、灶状及弥漫分布三种形式;HBV X基因在肝癌细胞中的分布呈胞浆型、核型及核浆型,阳性细胞也呈上述三种分布形式;(2)HCV C33c抗原、核心抗原在肝细胞肝癌中的阳性率为81%(133/164)及86%(141/164).C33c抗原定位于癌细胞及肝细胞的胞浆内;核心抗原既定位于癌细胞核中,又可定位于胞浆中.C33c抗原阳性细胞以灶状分布为主;而核心抗原阳性细     

Selection with two alleles and complete dominance

For a plant selection model with frequency-independent viabilities, fertilities and selfing rates, it is shown that apart from global fixation, for certain parameter combinations a protected polymorphism and facultative fixation (either allele may become fixed according to initial frequencies) may both occur. Facultative fixation requires different selling rates for the dominant and recessive type. Protection of the polymorphism requires resource allocation for male and female function. In this connection the problem of purely genetically caused population extinction is discussed.
For general frequency dependence and regular segregation, the chances for establishment of a completely recessive gene are compared to those of a completely dominant gene. It is proven that the process of establishment of the recessive gene, despite a fitness advantage, may be considerably endangered by drift effects if random mating prevails. The recessive gene may reach the same effectivity in establishment as a dominant gene, only if the recessive homozygote mates exclusively with its own type during the period of establishment.