SARS-CoV-2 Omicron变异株荧光定量PCR鉴别方法的建立及应用

开发和评价一种用于鉴别Omicron变异株的荧光定量PCR方法。我们针对Omicron变异株S基因的两个特异性突变位点开发了一种基于荧光定量PCR的Omicron变异株分型方法（Omicron RT-qPCR）。通过测试临床样本来评价方法的特异性,通过标准品评价方法的灵敏度。Omicron RT-qPCR分型方法显示能够可靠地区分Omicron变异株和“野生型” SARS-CoV-2及Alpha、Beta、Delta变异株及甲型流感病毒。选取68例新冠疑似样本,全基因组测序（Whole genome sequencing,WGS）结果显示44例为Omicron变异株,Omicron RT-qPCR分型结果均为阳性;11例为Delta变异株,Omicron RT-qPCR分型结果均为阴性;另外,通过WGS分析未能成功分型的7例样本,通过Omicron RT-qPCR分型方法成功鉴定为Omicron BA.1和BA.2变异株。我们开发的Omicron RT-qPCR分型方法可以在普通的PCR检测实验室应用,为我国疾控系统和医疗机构及时监测SARS-CoV-2 Omicron变异株的传播提供...     

新冠病毒变异株“奥密克戎”的研究进展

2021年11月在南非首次发现严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)Omicron变异株（B.1.1.529）,随后世卫组织将该毒株定义为第五种关注变体（VOC）。与其他四种VOC(Alpha、Beta、Gamma和Delta)相比,Omicron是突变最多的毒株,更易传播和发生免疫逃逸。如今Omicron正发展成为全球许多国家的主要毒株,给预防和控制2019年冠状病毒病（COVID-19）带来新的挑战。本文章旨在对Omicron变异株的流行病学、突变及来源、传染性、核酸和抗原检测、临床致病性、疫苗反应性等信息作一简要综述,以期为监测、预防和疫苗研发策略提供科学参考。     

2022年海南省新型冠状病毒奥密克戎（BA.1.1）变异株基因特征分析

为进一步积累和完善海南省新型冠状病毒（Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2）奥密克戎（Omicron）变异株病原学特点的认识,本研究对2022年海南省14例感染奥密克戎（BA.1.1）变异株病例进行新冠病毒基因特征分析。应用Illumina公司MiSeqDX深度测序平台进行全基因组序列测定,Nextclade在线分析平台和DNASTAR 7.0.1生物信息学软件进行多序列比对和基因组特征分析,采用MEGA 10.1.8邻位归并法（Neighbour-joining）绘制系统进化树,结合流行病学调查进行回顾性溯源分析。海南省14例病例感染的奥密克戎（BA.1.1）变异株基因组高度相似,同武汉参考序列（GenBank No.NC＿045512）相比,存在63或64个核苷酸突变位点,39个核苷酸位点缺失,22204位点有9个核苷酸插入,引起43个氨基酸突变和16个氨基酸位点缺失。刺突（Spike, S）蛋白存在32个氨基酸突变位点,S1蛋白RBD区R346K是VOC/Omicron(BA.1.1)变异株特征性突变...     

海南省三亚市15例新冠病毒Omicron变异株BA.5.1.3亚型的基因组特征分析

本文选取15例SARS-CoV-2感染病例的鼻咽拭子样本,采用新冠病毒全基因组三代Nanopore测序技术进行全基因组测序并对病毒的变异位点进行分析;结果显示,15株病毒均为BA.5.1.3变异株（Omicron）,NextStrain进化分析为22B。15株毒株共同发现了71个核苷酸突变位点,氨基酸的变异位点有54个,其中存在相同的16个同义突变。15株毒株具有5个特有的核苷酸变异,4个特有的氨基酸变异位点,个别毒株还具有其他突变位点。这是中国境内首次发现Omicron BA.5.1.3变异株,此变异株存在引发本地的流行和暴发风险,需要严密持续的对境外输入病例进行流行病学调查和病毒基因分子特征分析。本研究构建测序方法和分析结果可用于新冠病毒的变异分析和病例溯源,对新冠疫情防控具有重要意义。     

庆阳市本土新冠病毒Omicron变异株的全基因组特征分析

本文将高通量测序技术应用于新型冠状病毒感染（COVID-19）的疫情防控当中,从基因组水平上了解新型冠状病毒（SARS-CoV-2）的分子学特征及变异情况,从而为疫情的防控提供科学的参考及准确的研判依据。我们选取2022年8月-9月庆阳市报告的新冠疫情本土感染者标本作为研究对象,对标本进行核酸检测和病毒全基因组测序并进行序列比对,使用MEGA分析软件基于邻接法构建病毒进化树,从而了解病毒的分子学特征及相关性。本研究所选取的9例病例均为普通型病例,核酸检测Ct值均较低。Nextclade分型结果显示：9条序列均属于21L型Omicron变异株;Pangolin分型结果显示：9条序列均处于Pangolin谱系中的BA.2.76进化分支上。与武汉参考株Wuhan-Hu-1(NC＿045512.2)相比,9条SARS-CoV-2序列的核苷酸同源性中位数为94.6%,核苷酸突变类型包括76～78个替换突变和3处缺失突变,氨基酸突变位点共涉及10个基因编码框,按氨基酸错义突变总数由多到少依次为：S蛋白区,ORF1ab区,N蛋白区,M蛋白区,E蛋白区和ORF3a、ORF6、ORF8、ORF9b区。进...     

严重急性呼吸综合征冠状病毒2 Omicron变异株研究进展

世界卫生组织(World Health Organization, WHO)于2021年11月26日将首次在南非报告的新型冠状病毒 B．1.1.529 变异株列为受关注变种(variant of concern, VOC),并将其命名为奥密克戎(Omicron)。该变异株存在约50个突变,仅在刺突蛋白区域就有至少30个突变,远远超过其他流行株的突变位点数量。根据对突变位点的分析以及初步实验证实,该毒株可能具有极强的传染性以及免疫逃逸能力。Omicron变异株会怎样影响新冠疫情的走向引起了各国的广泛关注,本文将从Omicron变异株的基本特征、检测、致病性、传染性、免疫逃逸等方面进行综述。     

甘肃口岸输入性新型冠状病毒全基因组测序和基因特征分析

新型冠状病毒（SARS-CoV-2）作为一种单链RNA病毒，可引起人类严重的呼吸道综合征。本研究对2020年3月至2021年1月甘肃口岸入境人员中经RT-PCR检测SARS-CoV-2核酸阳性的8份样本进行全基因组测序，并用MEGA11软件以邻接法构建系统发育树，以揭示甘肃口岸输入性SARS-CoV-2基因组特征和遗传进化关系。全基因组测序获得8条长度为29 252bp～29 833bp的SARS-CoV-2基因组序列，基因组覆盖度97.82%～99.77%。与武汉参考株（GISAID号：EPI＿ISL＿402119）相比，共检测到64个错义突变，31个同义突变，3个移码突变和5个非编码等位基因。按照Pangolin分型法，8株输入性毒株属于B.1和B.4谱系。系统发育树分析显示来自伊朗的2例毒株聚集于同一进化支，其他6例毒株分布于不同的进化支中，与目前全球流行的关注变异株和武汉参考株均位于不同进化分支。值得注意的是，一株2020年10月份从俄罗斯输入的B.1.1.523谱系毒株出现时间早于文献报道的2021年3月份，说明该谱系可能在2020年10月或更早就已在俄罗斯流行。     

SARS-CoV-2突变株Omicron家族的演化传播和流行现状

冠状病毒（CoV）属于套式病毒目冠状病毒科,为有包膜的单股正链RNA病毒,基因组约27～32 kb。近年来,冠状病毒对人类的生命健康造成了巨大的威胁,如2002年出现的严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARSCoV）以及2012年出现的中东呼吸系统综合征冠状病毒（MERS-CoV）,特别是2019年出现并流行至今的严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2),其在全世界范围内暴发,严重危害了人类健康和社会秩序,引发了人们的高度关注。迄今为止,SARS-CoV-2已经演化出了多个变体,且仍处于不断变异中。目前流行株型以Omicron为主,同时伴有其他多个变异型。当前我国新冠疫情防控已进入“乙类乙管”常态化防控阶段,SARS-CoV-2依然是未来一段时间内重要的公共卫生问题之一。本综述总结了SARS-CoV-2 Omicron主要株型的关键突变以及其与病毒传染致病、免疫逃逸等特性的关系,为了解SARS-CoV-2演化传播、流行现状等提供了参考。     

实时荧光定量PCR快速鉴别新型冠状病毒主要变异株北大核心CSCD

为建立一种快速鉴别严重急性呼吸综合征冠状病毒2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)的5种主要变异株的Taq Man探针实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR, RT-qPCR)体系,基于SARS-CoV-2野生型及变异株alpha (N501Y、HV69-70del)、beta (E484K、K417N)、gamma (K417T、V1176F)、delta (L452R、T478K)和omicron (H655Y、N679K、P681H)序列设计特异性引物、探针,建立和优化一种鉴别新型冠状病毒(SARS-CoV-2) 5种主要变异株的Taq Man探针RT-qPCR方法,并进行该方法的特异性、敏感性、鉴别能力评价。该方法可准确区分出SARS-CoV-2野生型和突变型,与其他呼吸道病原体(n=21)无交叉,显示高特异性。该方法最低检测限为2×10;拷贝/mL,操作简单、快速、成本廉价,可用于监测SARS-CoV-2毒株的变异,精准指导疫情识别与防控。     

通过荧光标记的凝胶阻滞技术分析Opaque2蛋白与ZmGRAS11启动子的结合位点

凝胶阻滞实验（electrophoretic mobility shift assay，EMSA）是研究蛋白质与核酸结合的一种关键实验技术。EMSA技术兴起以来，使用放射性同位素、生物素标记核酸探针的手段已经非常成熟，但这两种传统的标记技术分别具有放射性探针稳定性差和生物素检测步骤复杂等缺点。近年来，尽管荧光标记探针逐渐被应用于EMSA中，但是对于利用荧光标记探针的EMSA仍缺乏系统的报道。对荧光标记的EMSA技术流程进行了优化和系统总结；利用6-羧基荧光素（6-carboxy-fluoroscine，FAM）标记ZmGRAS11启动子探针，通过EMSA检测其与Opaque2蛋白的结合，明确了蛋白和探针的适宜比例为8∶1。对GCN4 motif序列碱基进行突变并利用EMSA分析Opaque2与ZmGRAS11启动子之间的结合位点，结果表明GCN4 motif的“TGAC”核心基序在ZmGRAS11启动子与Opaque2蛋白的结合中可能起到了关键作用。研究结果为进一步探究Opaque2-ZmGRAS11转录调控模块在玉米籽粒发育中的作用机理提供了数据支撑。     

CpG联合铝佐剂增强RBD-Fc重组蛋白诱导小鼠免疫反应效果的研究

由严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)引起的2019冠状病毒病（Coronavirus disease 2019,COVID-19）大流行对全球健康和经济构成了严重威胁,SARS-CoV-2关切变异株（Variants of concern,VOCs）的出现更增加了疫苗研发的难度,因此,优化设计对突变株具有广谱免疫反应的疫苗显得尤为重要。本研究选取具有大量显性中和表位的受体结合域（Receptor-binding domain,RBD）蛋白作为目标抗原,在SARS-CoV-2经典株RBD序列的基础上引入多个VOCs的关键突变位点,将其与人IgG1 Fc片段融合表达,并结合CpG单佐剂、氢氧化铝单佐剂或CpG与氢氧化铝复合佐剂两剂次免疫小鼠,比较CpG联合铝佐剂相比单独使用铝或CpG佐剂诱导细胞免疫和体液免疫反应的增强作用,同时观察小鼠产生抗不同VOCs活病毒的交叉中和抗体滴度。结果显示,与单佐剂相比,RBD-Fc蛋白结合CpG与氢氧化铝复合佐剂免疫小鼠可产生最高的IgG结...     

深圳市一株境外输入新型冠状病毒C.1.2变异株的分子特征分析

为了了解境外输入的新型冠状病毒（SARS-CoV-2）变异株的分子特征,本研究对2021年6月深圳市一株从南非输入的SARS-CoV-2毒株进行了全基因组测序和序列分析。Illumina测序技术获得的SARS-CoV-2毒株基因组长度为29 567nt。根据"Pango lineages"分型法,本研究测定的毒株属于C.1.2系,该谱系属世界卫生组织定义的监测变异株（Variants Under Monitoring,VUM）成员之一。与参考株Wuhan-Hu-1(NC＿045512.2)比较,本研究C.1.2系毒株共出现了58个核苷酸变异位点,其中56个变异位点位于编码区。氨基酸变异位点共有33个,氨基酸变异位点分布于6个开放阅读框,变异数由多到少依次为：S蛋白区12个,ORFlab蛋白区9个,ORF3a蛋白区2个,M区2个,ORF8区2个,E区1个。本研究测定的SARS-CoV-2毒株属我国大陆首例境外输入的C.1.2变异株。开展境外输入的SARS-CoV-2毒株基于基因组测序的分子监测,对防控由境外输入的SARS-CoV-2变异株引起本地新型冠状病毒肺炎（COVID-19）暴发与...     

拉米夫定联合阿德福韦酯治疗前后乙型肝炎病毒的全基因组序列分析

目的探究拉米夫定治疗反弹后联合阿德福韦酯治疗前后乙型肝炎全基因组序列变化。方法分别提取服用拉米夫定治疗24周反弹后和阿德福韦酯辅助治疗24周后的患者2份血清病毒核酸,用聚合酶链反应扩增核酸后进行全基因组测序分析。结果测序结果显示,共计有29个氨基酸发生了突变,其中,S区突变点有5个（17．2％）,C区突变点有12个（41．3％）,P区突变点有6个（20．6％）,X区突变点有6个（20．6％）,其中P区与拉米夫定的相关位点173和204位点发生了突变翻转,但服用阿德福韦后出现了与之相关的突变位点（181、214、236和237位点）。结论核苷酸药物的使用和HBV基因耐药突变密切相关,定期检测HBV基因突变对于合理使用核苷酸药物具有重要意义。     

新型冠状病毒假病毒的制备及血浆中和抗体检测

新型冠状病毒（SARS-CoV-2）引发新型冠状病毒肺炎（COVID-19）全球大流行。由于SARS-CoV-2生物安全管理的要求,高效制备获得高滴度的新型冠状病毒假病毒对基于S蛋白研发疫苗、中和抗体、病毒入侵抑制剂药物以及人群血清学调查等十分重要。本研究基于慢病毒系统,对制备新型冠状病毒假病毒过程中的重要参数进行优化,用Western Blot检测假病毒S蛋白和p24蛋白的表达及假病毒包装情况,用荧光素酶报告系统检测假病毒感染入侵效率。利用制备好的假病毒对恢复期血浆的中和抗体水平进行检测。结果显示骨架质粒与野生型Spike质粒为2∶1比例,在转染后48h收集上清为SARS-CoV-2野生型假病毒包装的最佳条件。与野生型相比,恢复期血浆对四种突变株的中和抗体滴度均降低,对B.1.351株中和能力最弱,B.1.617.2株其次,重型患者恢复期血浆对野生型和突变株的中和抗体滴度高于轻型与普通型患者。本研究优化了新型冠状病毒假病毒包装的实验室条件,评估了COVID-19患者恢复期血浆对野生型及四种突变株的中和抗体水平,提示未来对突变株的免疫逃逸进一步加强监测的重要性。     

反向斑点杂交法检测HBV基本核心启动子区A1762T／G1764A突变的实验研究

目的建立一种基于尼龙膜的反向斑点杂交法,用于检测乙型肝炎病毒（HBV）基本核心启动子区（BCP）A1762T／G1764A突变。方法根据我国HBV主要流行的基因型为B和C,从GenBank上查出4种HBVBCP序列。利用在线工具ClustalW进行比对,针对该突变位点设计引物和检测探针。探针经合成和修饰后点在带正电的尼龙膜上。将反向斑点杂交法结合地高辛检测试剂盒用于检测A1762T／G1764A突变,以测序法确定该区域序列的标本为检测对象。结果反向斑点杂交法分别检测5例A1762／G1764病毒株、2例T1762／G1764病毒株、5例A1762／A1764病毒株和4例T1762／A1764病毒株,结果与测序完全相同。结论应用本方法可以快速、准确地HBV相关的热点突变。     

应用LNA-PCR法检测乙型肝炎病毒阿德福韦酯耐药位点基因突变

目的:建立简便、快速、灵敏的锁核酸(locked nucleic acid,LNA)探针实时荧光聚合酶链反应(PCR)检测方法,检测乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)阿德福韦酯(Adefovir dipivoxil,ADV)耐药相关位点(rtA181V、rtN236T)突变。方法:通过基因测序筛选阳性样本,进而构建ADV rt181和rt236位点野生株和突变株重组质粒,设计包含扩增阿德福韦酯rtA181V和rtN236T耐药位点在内的特异性引物和LNA荧光探针,以构建的重组质粒为标准品建立实时荧光PCR反应体系,并通过与基因测序平行检测血清样本以判断检测方法的可行性与准确性。结果:所建立的LNA-PCR法能够检测102copies/ml的HBV中ADV基因突变,同时具备较高的特异性。通过对89例ADV治疗一年后HBV阳性临床样本进行检测,有8例(8.98%)rtA181V突变、5例(5.61%)rtN236T突变、2例(2.24%)rtA181V和rtN236T混合突变,检测结果与测序结果一致。结论:所建立的LNA-PCR法是一种简便、快速、灵敏的基因突变检测方法,能有效的区分单碱基突变,对慢性乙型肝炎患者德福韦治疗过程中耐药突变的监控和抗病毒药物的调整具有指导意义。     

尿素解离法降低新型冠状病毒IgM和IgG检测结果假阳性的效果评价

探讨引起新型冠状病毒(SARS-CoV-2)免疫球蛋白M(IgM)和免疫球蛋白G(IgG)抗体检测结果假阳性的干扰因素,改良检测方法,完善实验室检测方案。本研究收集2020年1月2日至2020年3月5日就诊于川北医学院附属医院及南充市中心医院的门诊及住院患者血清样本共74份,其中19例为SARS-CoV-2核酸检测确诊阳性,10例为其他呼吸道病毒IgM抗体阳性,10例肝炎病毒抗体IgM阳性,20例类风湿因子IgM阳性,15例抗核抗体阳性。采用胶体金免疫层析法(试剂A、试剂B)分别对研究对象血清进行SARS-CoV-2 IgM和IgG抗体检测,并对结果为SARS-CoV-2 IgM或SARS-CoV-2 IgG阳性的病例进行分析,发现造成检测结果假阳性的可能因素。再采用合适浓度的尿素对检测为阳性结果的血清及3例SARS-CoV-2 IgM阳性的COVID-19早期患者血清进行解离,解离后分别重新测定SARS-CoV-2 IgM、IgG抗体。采用SPSS19.0统计软件对数据进行统计学分析。结果显示,19例COVID-19确诊患者血清中,试剂A检出SARS-CoV-2 IgM、IgG抗体阳性数为15例及18例,试剂B检出SARS-CoV-2 IgM、IgG抗体阳性数均为12例;20例类风湿因子IgM阳性患者血清中,试剂A检出SARS-CoV-2 IgM、IgG抗体阳性数为16例及14例;15例高滴度ANA阳性患者血清中,试剂B检出4例SARS-CoV-2 IgG抗体阳性。尿素解离浓度为2 mol/L时,试剂A检出的RF-IgM阳性血清中的16例SARS-CoV-2 IgM抗体有14例转阴,14例SARS-CoV-2 IgG抗体有13例转阴,而试剂A在COVID-19确诊患者血清中检出的SARS-CoV-2 IgM、IgG抗体均未出现阴转;尿素解离浓度为4 mol/L时,试剂B检出的ANA阳性血清中的4例SARS-CoV-2 IgG抗体全部转阴,而在COVID-19确诊患者血清中检出的的SARS-CoV-2 IgM、IgG抗体均未出现阴转。另外,经过尿素解离后,试剂A和试剂B在3例COVID-19早期患者血清中检出的SARS-CoV-2 IgM抗体也都未出现阴转。本研究提示,IgM型类风湿因子易造成试剂A检测血清SARS-CoV-2 IgM、IgG结果的假阳性;高滴度的ANA抗体也会引起试剂B检测血清SARS-CoV-2 IgG结果的假阳性。对检测结果假阳性的样本,采取尿素解离方案,能有效降低检测过程中假阳性发生的概率;尿素解离法对COVID-19患者发病早期标本检测灵敏度的影响尚待进一步深入研究。     

新冠病毒变异株的流行现状及其生物学特征

新型冠状病毒（SARS-CoV-2）疫情在全球持续传播,至今已经演化出多种新冠病毒变异株。关切变异株（Variants of Concern,VOCs）和关注变异株（Variants of Interest,VOIs）具有不同的生物学特性、传播力和致病力,现有疫苗对不同变异株的保护作用以及检测试剂的效能成为公共卫生的关注点。应该建立全球的监测体系,不断跟进变异株对检测效力、疫苗效能及药物作用的影响,及时对防控策略进行调整。     

新型冠状病毒假病毒制备方法的优化及应用

该文旨在建立一种稳定高效的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)假病毒构建方法,并将所制备的假病毒用于评估抗体中和水平。通过比较不同穿梭质粒、质粒配比以及转染试剂对假病毒滴度的影响,优化制备高滴度假病毒的条件;通过制备不同的SARS-CoV-2突变株假病毒,测试该方法的稳定性;利用所制备的假病毒对SARS-CoV-2抗体的中和能力进行评价,测试该方法的可靠性。优化结果表明,当使用Lipofectamine^TM3000作为转染试剂时,pCDH-CMV-MCS-EF1-copGFP?psPAX2?pcDNA3.1-S以0.300μg?0.225μg?0.240μg的质量比转染获得的假病毒滴度最高。进一步,发现利用该方法包装的三种突变株的假病毒均可达到较高滴度。利用该方法制备的假病毒可以用于SARS-Co V-2抗体的中和活性检测,测得IC₅₀值为0.126μg/m L。该研究成功建立了一种简单高效的制备新型冠状病毒(SARS-CoV-2)假病毒的方法,其可用于体外评估SARS-CoV-2抗体中和活性,为研发SARS-CoV-2相关疫苗和药物的体外评...