水貂肠炎病毒山东株分离鉴定及生物学特性分析

【目的】本研究旨在研究水貂肠炎病毒(mink enteritis virus,MEV)的基因组遗传进化特征。【方法】对采自山东境内水貂养殖场的109份水貂腹泻样品进行MEV的分离和鉴定,利用血凝和血凝抑制试验、多步生长曲线绘制以及蛋白的三级结构模拟等,对分离毒株生物学特性进行分析,通过重叠PCR对分离株进行全基因扩增,使用MegAlign进行序列同源性比对分析,利用DNAMANV6对基因组5’末端和3’末端回文结构进行预测,应用MEGAV6进行遗传进化分析。【结果】共分离得到5株病毒,经电镜观察和间接免疫荧光试验鉴定为MEV毒株,分别命名为MUTQS-1-5,GenBank登录号分别为OK275645、OK275646、OK275647、OK275648和OK275649;各分离株5’-和3’-UTR分别由长回文序列组成,具有典型的细小病毒基因组末端的茎环样结构,NS1和VP2基因的推导氨基酸序列存在多个非同义突变位点,其中NS1蛋白的E/Q545V位氨基酸突变,以及VP2蛋白的F267Y、Y324I位氨基酸突变为首次在MEV上发现;生物学特性分析表明,上述突变并未明显改变病毒的血凝及...     

急性呼吸道感染儿童中WU多瘤病毒基因组序列特征分析

为了解从北京地区急性呼吸道感染儿童中发现的WU多瘤病毒的基因组编码特征,并对其进行基因序列多样性分析,应用针对基因组5'端非编码区、衣壳蛋白VP1、VP2编码基因以及LTAg编码基因的引物对,从已确证为WU病毒阳性的来自北京地区急性呼吸道感染儿童的编号为BJF5276的临床标本中经聚合酶链反应扩增得到预期的基因片段,直接测序后将序列拼接得到全基因组序列,进而推导其基因组编码特征;随后从其它21例已确证为WU多瘤病毒阳性的急性呼吸道感染儿童标本中扩增得到衣壳蛋白VP2编码区基因,进行基因序列测定以及基因序列多样性分析。得到了WU病毒BJF5276全基因组序列。序列分析结果显示WU病毒BJF5276基因组序列全长为5229bp,共有5个主要的CDS(Coding domain sequences),分别编码衣壳蛋白VP2、VP3、VP1,并以其互补序列为模板,编码STAg和LTAg;所得到的22例VP2蛋白编码区基因序列同源性比较结果显示病毒VP2基因编码区序列与GenBank中已有的64个序列之间同源性很高;Mega4.0NJ进化树(Neighbor-joiningtree)分析显示这22个VP2基因序列分属于不同的基因进化簇,其中20个序列属于进化簇I中的Ia,另外2个序列属于进化簇III,其中的一个序列在IIIb基因进化簇中,另外一个序列独立成簇,不属于现有的IIIa或IIIb,暂时将其命名为IIIc。本研究结果提示北京地区的WU病毒具有多瘤病毒科的基因组编码特性;序列非常保守,有分属于不同基因进化簇的WU病毒在北京地区流行,与文献报道的以Ib流行为主所不同的是北京地区的WU病毒以Ia为主,且有新的基因进化簇出现。     

2株WU多瘤病毒全基因组序列测定和分析

WU多瘤病毒(WUPyV)是多瘤病毒科多瘤病毒属的新成员,近来发现与人呼吸道感染等有关。本研究对2株WUPyV进行全基因组序列测定和拼接,获得这2株病毒全基因组序列,并与已上传到GenBank的国内外几株WUPyV的全基因组序列和氨基酸序列进行比对和系统进化分析。这2株WUPyV是环状、双链DNA病毒,基因组全长5 228bp,比GenBank已知WUPyV全序列少1bp。缺失的一对碱基位于位点4 536处,属于大T抗原的非编码区。病毒全基因组编码5个蛋白,分别是3个衣壳蛋白VP2、VP3、VP1与大T抗原和小T抗原。系统进化分析显示相对中国福建福州的FZ18株,另一株FZTF株与参考株-澳大利亚的B0株关系较近。     

一起无菌性脑膜炎疫情中埃可病毒30型的全基因组分析

对引起一起无菌性脑膜炎的埃可病毒30型（（Echovirus 30,E30）毒株进行全基因组测序,并分析其遗传变异和分子进化特征。提取病毒RNA,荧光RT-PCR确定为肠道病毒,再扩增其VP1区,测序确定为E30,设计针对E30全基因组的引物,RT-PCR扩增和序列测定获得全基因序列。利用DNAMAN 9.0、MEGA X、RDP 5和SimPlot 3.5.1软件分析全基因序列。E30无锡株基因组全长7 425 bp个核苷酸（nt）,5′端和3′端分别为743 nt和97 nt的UTR,二个UTR之间为一个6 585 nt长的开放阅读框,编码一个含2 195个氨基酸（aa）的多聚蛋白。与GenBank中基因组序列比对,最同源的是毒株USA/2017/CA-RGDS-1048 （基因登录号：MN153801）,核苷酸同源性为97.5%,氨基酸同源性为99.1%。VP1基因进化树分析显示,E30无锡株属于h型,并可归类于h型下分的基因簇GroupⅣ。种系进化分析和同源性分析提示E30无锡株可上溯到中国江苏毒株FDJS03毒株。分析还发现E30无锡株在非结构区存在重组,重组序列可能来自E3...     

家蚕传染性软化病病毒（桐乡株）VP1基因片段的克隆及序列分析

以首株在中国分离到的家蚕传染性软化病病毒（Bombyx mori infectious flacherie virus,BmIFV）BmIFV-CHN001基因组为模板,扩增了编码主要结构蛋白的VP1基因。克隆测序后得到VP1基因片段906 bp。该序列与已发表的日本毒株相比,核苷酸序列的相似性为99.3%,编码氨基酸的相似性为100%,证明该毒株与家蚕传染性软化病病毒日本株的同源性较高。把BmIFV-CHN001的VP1序列与同属的另外6个昆虫小RNA病毒的结构蛋白进行序列比对,构建系统发育树,对其进化关系进行了初步分析,结果显示这7种病毒具有相近的亲缘关系,而BmIFV-CHN001与蜜蜂囊雏病毒的亲缘关系最近。     

三株牛源亚洲1型口蹄疫病毒聊基因的克隆与序列分析

以3株国内分离的亚洲1型口蹄疫病毒（分别命名为F1、F2、F3）为研究目标,根据GenBank中注册的FMDV VP1基因的序列设计1对引物,采用RT-PCR方法成功地扩增出含有VP1全基因的片段,并测定了3个毒株VP1基因的序列。结果表明,3株亚洲1型FMDV毒株VP1基因长度均为633bp,编码211个氨基酸。3株毒株彼此之间的核苷酸序列同源性在82．8％～99．1％之间,雅导氨基酸序列同源性在89．1％～99．1％之间。从系统发生树看,F1株与我国香港2005年牛毒株序列同源性99．5％,属同一遗传谱系,F2株、F3株与2005年引起河北省万全县、北京市延庆县、甘肃静宁县疫情的毒株分属同一个基因群。     

1株梅花鹿源狂犬病街毒株全基因组测序与分析

对1株梅花鹿源性狂犬病街毒株(DRV)进行全基因组克隆,对全长cDNA进行测序分析.RT-PCR扩增克隆覆盖全基因组9个重叠基因片段,基因组3'和5'末端采取3,-RACE和5'-RACE方法,9个重叠基因片段序列拼接得到DRV全基因组cDNA序列,共11 863个核苷酸.DRV毒株全基因组构成与其他狂犬病毒基因组构成相似,由5个编码区组成,基因起始位点和终止位点高度保守,在核蛋白和糖蛋白的重要抗原位点有个别氨基酸发生变异,对已完成全基因组测序的几个基因1型毒株分别进行了N、P、M、G、L基因核苷酸及氨基酸的同源性比较.与其他具有代表性的毒株进行N基因序列比较建立的系统进化树表明,DRV毒株属于基因1型,与中国人用疫苗株3aG同源性最高为94%,与分类位置未确定的北高加索毒株(WCBV)的同源性最低为71%.本研究结果可为狂犬病毒各项分子生物学研究提供理论参考.     

马尾松毛虫CPV基因组S7的序列分析及部分序列的原核表达

马尾松毛虫质多角体病毒(湖南株)基因组S7节段(AY180908)cDNA克隆及序列分析结果表明：S7由1501个碱基组成,编码由448个氨基酸组成的分子量为49．8kDa的多肽P50。5’末端和3’末端具有5’-AGTAA-3’和5’-GTTAGCC-3’末端保守序列。该基因组与舞毒蛾质多角体病毒1型和家蚕质多角体病毒1型s7节段有很高的同源性,核苷酸序列同源性分别为97．2％和87．0％,氨基酸序列同源性分别为98．7％和92．8％。P50多肽与人型支原体的DnaK样蛋白在C-末端有相似性。本文报道了编码P50 C259的cDNA序列的克隆并作了原核表达,当用1．0mmol／L IPTG诱导2h,分子量约为37.3kDa的融合蛋白在大肠杆菌BL21中得到大量表达。     

轮状病毒的LLR疫苗株全基因组克隆及结构蛋白VP6基因遗传特征

目的了解轮状病毒(RV)的LLR疫苗株全基因组基因和蛋白特征、完善关键基因遗传稳定性研究,为疫苗的质量控制和研发提供依据。方法将LLR株毒种第38代在原代牛肾细胞上连续传至49代,提取第38、43、44、49代病毒RNA。通过RT-PCR方法扩增LLR株(38代)全基因组11个dsRNA片段和传代病毒VP6基因,分别将其克隆到p GEM-T载体中,进行序列测定与分析。结果 LLR株全基因组11条RNA,由18 498个核苷酸组成,共编码5 796个氨基酸;全基因组研究表明,所克隆的LLR株属于G10P[15]/NSP4[A]/SGⅠ基因型。LLR株VP6基因全长1 356 bp,含编码397个氨基酸的单一的开放读码框架(ORF)。各代次病毒的VP6基因核苷酸与推导的氨基酸变化完全一致,与Gen Bank中LLR参考株(L11595)同源性分别为99.9%和99.7%。与16株SGⅠ亚群RV代表株之间,核苷酸与推导的氨基酸序列同源性分别为84.0%~99.7%和97.0%~99.2%;与不同亚群RV代表株之间,VP6基因核苷酸与推导的氨基酸同源性分别为77.7%~82.2%和92.2%~93.5%;LLR株各代病毒VP6基因核苷酸、氨基酸序列高度保守,各关键功能区未发生变异。结论 LLR疫苗株关键基因遗传特性稳定,为在分子水平保证LLR株毒种及其生产疫苗的安全性提供了依据;其全基因组克隆,为进一步研究RV生物学、免疫学和确定该病毒的分类学地位提供了科学依据。     

2010年云南省1株ECHO-9病毒全基因序列的遗传特性分析

为了解云南省手足口病患者标本中分离到的一株ECHO-9病毒基因组特征,对2010年云南省ECHO-9病毒分离株MSH-KM812-2010全基因组序列测序,并与GenBank中其它ECHO-9病毒株基因组序列比对和分析。MSH-KM812-2010基因组长为7 424bp,编码2 203个氨基酸,其结构基因区与其它ECHO-9病毒核苷酸和氨基酸的同源性高于其它型别肠道病毒;而在非结构区,与其它肠道病毒血清型的同源性高于ECHO-9病毒株。VP1系统进化分析显示ECHO-9病毒株可形成A、B和C三个进化分支,MSH-KM812-2010株以及其它中国分离株属于C簇。三个分支之间核苷酸序列的差异大于15.0%可将ECHO-9病毒分为三个基因型。通过重组检测软件3(RDP3)和基本局部比对搜索工具(BLAST)比对分析,发现在非结构区可能存在重组。本文首次对我国分离的ECHO-9病毒全基因组序列的测定和分析,对了解ECHO-9病毒遗传特性具有重要意义。