应用ARDRA技术研究Frankia菌多样性

应用原核生物16SrDNA特异性引物rD1和fD1,对分自4个分类接种群的12株纯培养Frankia菌总DNA进行扩增,得到1条长约1500bp的扩增产物.选用2种内切酶HinfI,MspI对扩增产物进行酶切,得到稳定的酶切图谱.对图谱的分析结果表明,Frankia菌间存在极其丰富的遗传多样性.     

镰刀菌Q7-31T内切葡聚糖酶Egn20的分离纯化鉴定及酶学特性

摘要:【目的】从镰刀菌Q7-31T燕麦秸秆诱导发酵的粗酶液中分离、纯化并鉴定内切葡聚糖酶,研究其酶学特性。为丰富和完善镰刀菌的酶系信息提供理论支持。【方法】以燕麦秸秆为碳源诱导发酵培养菌株,采用Sephacry S-100凝胶柱层析和DEAE琼脂糖弱阴离子交换柱层析对粗酶液进行分离纯化得到内切葡聚糖酶Egn20,随后对其进行了酶学性质分析和串联质谱鉴定。【结果】分离纯化得到内切葡聚糖酶Egn20,其分子量为55.37 kDa,等电点为7.44;酶学特性结果表明:Egn20对羧甲基纤维素的最适反应温度为40 ℃,最适pH为6.0,该酶在45 ℃和弱酸性环境下较稳定,Fe2+对其有激活作用,Na+、Ca2+、Mg2+、Zn2+和K+抑制该酶活性,Hg2+使该酶失活;酶学特性和串联质谱鉴定的结果表明Egn20属于GH7家族。【结论】从镰刀菌Q7-31T粗酶液中分离纯化得到内切葡聚糖酶Egn20,并对其进行了酶学性质的研究和串联质谱鉴定,结果表明Egn20为GH7家族内切葡聚糖酶。本研究为丰富和完善镰刀菌的酶系信息提供了理论和数据支持。     

限制性内切酶NotI提纯的新工艺

目前有关限制性内切酶Not I的性质特征及功能机制等方面的研究日渐增多,但商品化Not Ⅰ及某些限制性内切酶的价格依然居高不下,其主要原因在于表达量低、提纯程序繁琐、得率低等问题的存在.为探索限制性内切酶Not Ⅰ提纯的新工艺,从豚鼠耳炎诺卡菌(Nocardia otitidiscaviarum)中克隆出限制性内切酶Not Ⅰ的基因并使之在大肠杆菌中高效表达.首先将由成团肠杆菌(Enterobacter agglomerans)中克隆所得甲基化酶Eag I M(Eag I methylase gene)基因连接到pBR322载体上,转化大肠杆菌ER2566,将豚鼠耳炎诺卡菌中克隆所得的限制性内切酶Not IR(Not I restriction endonuclease gene)基因连接到表达载体pACYC184-PT7上,将此重组质粒转化到上述已转入甲基化重组质粒pBR322-Eag I M的ER2566中,构建成Not I蛋白表达菌ER2566[pBR322-Eag I M,pACYC184-PT7-Not I R].重组工程菌经IPTG诱导可表达限制性内切酶Not Ⅰ,并对诱导条件进行优化使之以可溶形式高效表达.应用(A)KTA purifier 100蛋白纯化系统,对纯化工艺进行创新,通过DEAE Sephrose FF离子交换层析、phenyl HP疏水层析和Superdex 75 10/300GL分子筛层析对蛋白进行提纯.纯化后Not Ⅰ经酶活力及纯度鉴定,其比活力为1.37 × 10(6)U/mg,提纯35倍,得率为17.8%,产量达9.8×10(6)Units /g wet cell,提纯时间缩减为原来的1/10,在产量和效率上较以前报道均有很大提高.该纯化工艺的新方法,为实验室制备及工业化生产Ⅱ型限制性内切酶提供了进一步的借鉴.且该酶的成功获得为后续研究提供了材料,为更多新发现内切酶的成功克隆提供了参考.     

重组GluV8的克隆表达、纯化及酶学性质研究

谷氨酰内切酶在生物制药及检测中应用较多,但来源受限,将全基因合成的金黄色葡萄球菌来源的谷氨酰内切酶功能区部分对应的基因进行改造后,克隆入表达载体pGEX-4T-2,导入E.coli BL21（DE3）,重组蛋白以可溶性形式表达。采用亲和层析等纯化步骤对重组蛋白进行纯化,用底物Z-Phe-Leu-Glu-pNA（L-2135）对重组蛋白的酶学性质进行了研究,用HPLC、LC-MS/MS检测方法对酶切融合蛋白的位点特异性进行了鉴定。结果表明该酶的相对活性为1568U/mg,最适作用温度为42℃、最适作用pH为8.0,在pH 9.0,50℃时仍有较高的酶活,将该酶与胰酶酶切融合蛋白所得肽段结合能够提升质谱检测结果的精确度。以上结果表明该重组酶具有良好的应用前景。     

慢生根瘤菌16S—23S rDNA IGS的RFLP分析

本文对慢生根瘤菌属（Bracyrhizobium）3个已知种及从10种豆科植物中分离的32株慢生根瘤菌进行了16S—23SrDNAIGS的RFLP分析。IGS的PCR产物电泳只出现一条rDNA片段,但表现在长度上菌株间有一定差异,大小在930～1050bp之间,可大致划分为IGSa、IGSb和IGSc3种。用4种四碱基识别序列的限制性内切酶AluI、HaeIII、HinfI和MspI酶解IGSrDNA,综合得到26种IGS－RFLP类型．每一种酶可产生6—12种不同的酶切图谱．结果表明这一方法能很好区分、鉴别慢生根瘤菌,也支持该技术是一种快速、简单、准确及重复性好的微生物鉴定手段．     

PCR-RFLP和PCR-SSCP方法对弱精子症精子mtATPase6基因突变的检测

为了检测弱精子症精子mtATPase6基因突变,采用PCR方法扩增了17例弱精子症mtDNA8602～9416区域815bp目的片段,用MspI和HaeⅢ限制性内切酶酶切,分别用琼脂糖凝胶电泳、聚丙烯酰胺凝胶电泳和单链构像多态性(SSCP)筛查突变。筛选出3例突变标本,经测序确认突变位点和突变性质。结果显示17例标本全部扩增出mtDNA8602～9416的815bp目的片段,PCR产物经MspI限制性内切酶酶切后电泳结果与剑桥序列预期酶切图谱相一致。PCR产物经HaeⅢ酶切,聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱上出现泳动带的异常,在17例弱精子症中共筛选出2例酶切片段异常标本。PCR-HaeⅢ酶切产物的SSCP电泳图谱分析结果显示,在PCR-RFLP(HaeⅢ)电泳图谱正常的15例弱精子症标本中筛选出1例异常。两种方法在弱精子症精子标本中筛选出mtATPase6基因突变3例(3/17,17.7%)。3例测序结果发现A8701G、C8943T、C8964T、T8966C、G9053A、C9060A、C9075T、A9120G、C9296T共9个点突变,其中A8701G、T8966C、G9053A三个突变为错义突变,其余均为同义突变。上述结果提示,弱精子症精子mtATPase6基因存在较高突变率;PCR-RFLP和PCR-SSCP能简单、快速、灵敏地筛选mtATPase6基因突变。     

源于纤维单胞菌的聚阿拉伯糖内切酶的分离纯化

目的:分离纯化一种由纤维单胞菌属(Cellulomonose sp.)的细菌发酵产生的具有聚阿拉伯糖内切酶的性质的蛋白酶。方法:用薄板层析法(TLC)分离酶促反应的产物-寡糖,以Quanti-Scan软件计算薄板上条带的面积灰度值,以此定量,计算酶活力。用Bradford法测定蛋白含量。通过DEAE-Sepharose离子交换层析,SephacrylS-300分子筛和Blue-Dye活性染料亲和层析三种手段串联,对粗酶进行分离纯化,用SDS-PAGE测定纯度,SDS-PAGE和凝胶层析测定相对分子质量。结果:分离得到了电泳纯的阿拉伯糖内切酶,该酶的相对分子质量为45kD,蛋白酶比活性为15.42×10(3U/ug),纯化倍数为77.1。结论:该酶是一种阿拉伯糖内切酶,可以作为一种新型的工具酶,应用于结核分枝杆菌细胞壁的结构分析及寻找抗结核药物作用的靶点。     

CTAB结合DNA凝胶回收试剂盒提取食用菌DNA

目的:为探索从食用菌子实体中快速分离和纯化DNA的方法.方法:以三种栽培的食用菌为材料,采用CTAB结合DNA凝胶回收试剂盒进行基因组DNA的分离和纯化.结果:与对照相比,结合法提取DNA样品的电泳条带更规则、清晰,并且DNA的酶切效率显著高于对照.结论:该结合法是一种快捷、高效提取纯化食用菌子实体DNA的方法.     

小麦内切多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白的分离纯化研究

小麦内切多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白的分离纯化研究郑远旗,杨宗剑,李建吾,周立,吴文莲（四川大学生物系,成都６１００６４）余露（中国科学院成都生物研究所,成都６１００４１）关键词内切多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白;内切多聚半乳糖醛酸酶;纯化;小麦内切多聚半乳糖...     

红麻野败型CMS胞质SNP分子标签的发掘

利用同源克隆的方法,克隆了红麻野败型CMS胞质SRAP标记位点Me14上游的侧翼序列,并采用RT-PCR方法研究该位点的表达。结果表明:(1)红麻不育系P3A和保持系P3B的mtDNA在Me14结合位点处存在1个G/A SNP位点;HpaⅡ内切酶可特异性酶切以保持系P3B扩增获得的E1纯化片段,而不育系P3A的E1纯化片段不能被酶切。(2)对红麻的9对不育系/保持系、5个恢复系和F1杂交种在该SNP位点的分析发现,以保持系和恢复系总DNA为模板扩增获得的E1纯化片段均可为HpaⅡ内切酶特异性酶切,而不育系和F1杂交种的E1纯化片段不能被酶切。(3)RT-PCR结果表明,E1片段对应基因在不育系P3A和保持系P3B中的时空表达模式无差异,在GenBank中也没有与E1相匹配的蛋白序列。研究表明,该研究发掘的红麻CMS胞质SNP标记位点处,不育系的mtDNA存在点突变,该标签并非具有嵌合阅读框的不育基因。     

新型小片段基因表达载体构建方法

介绍一种新型快速构建小片段基因表达载体的方法。该方法省去了目的基因酶切和酶切后纯化步骤,并省去了载体酶切后胶回收纯化步骤,具有简单快速,节省试剂费用,连接效率高等特点。应用该方法已经完成了4个小片段基因(67bp)表达载体的构建。     

限制性内切酶BamHI、EcoRI、PstI的分离纯化

限制性内切酶是核酸研究工作的重要工具酶,它的纯度直接影响基因分离,基因克隆以及序列分析等实验结果。为了获得品种繁多、纯度达到要求的酶,人们在分离纯化技术上作了不少努力。目前在分离限制性内切酶方法上以     

限制性内切酶NotⅠ提纯的新工艺

目前有关限制性内切酶NotⅠ的性质特征及功能机制等方面的研究日渐增多,但商品化NotⅠ及某些限制性内切酶的价格依然居高不下,其主要原因在于表达量低、提纯程序繁琐、得率低等问题的存在。为探索限制性内切酶NotⅠ提纯的新工艺,从豚鼠耳炎诺卡菌(Nocardia otitidis-caviarum)中克隆出限制性内切酶NotⅠ的基因并使之在大肠杆菌中高效表达。首先将由成团肠杆菌(Enterobacter agglomerans)中克隆所得甲基化酶EagⅠM(EagⅠ methylase gene)基因连接到pBR322载体上,转化大肠杆菌ER2566,将豚鼠耳炎诺卡菌中克隆所得的限制性内切酶NotⅠR(NotⅠrestriction endonuclease gene)基因连接到表达载体pACYC184-PT₇上,将此重组质粒转化到上述已转入甲基化重组质粒pBR322-EagⅠM的ER2566中,构建成NotⅠ蛋白表达菌ER2566 。重组工程菌经IPTG诱导可表达限制性内切酶NotⅠ,并对诱导条件进行优化使之以可溶形式高效表达。应用KTA purifier 100蛋白纯化系统,对纯化工艺进行创新,通过DEAE Sephrose FF离子交换层析、phenyl HP疏水层析和Superdex 75 10/300 GL分子筛层析对蛋白进行提纯。纯化后NotⅠ经酶活力及纯度鉴定,其比活力为1.37×10⁶U/mg,提纯35倍,得率为17.8％,产量达9.8×10⁶ Units /g wet cell,提纯时间缩减为原来的1/10,在产量和效率上较以前报道均有很大提高。该纯化工艺的新方法,为实验室制备及工业化生产Ⅱ型限制性内切酶提供了进一步的借鉴。且该酶的成功获得为后续研究提供了材料,为更多新发现内切酶的成功克隆提供了参考。     

绿色木霉MJ1产内切β-葡聚糖苷酶的分离纯化及酶学性质

利用KTAUPC-900快速蛋白液相色谱系统(FPLC)从绿色木霉MJ1固体发酵产物中分离纯化出内切β-葡聚糖苷酶。分离纯化后酶的比活力提高了28·6倍,回收率为19·7%。SDS-PAGE后经BIO-RAD凝胶成像系统分析该内切酶的分子量为64·7kD。酶学试验研究表明:该酶的最适反应温度53℃,最适pH为4·2,Lineweaver-Burk法求得动力学参数,Km和Vmax分别为1·230×10-2g/mL、2·396×10-2mg/(mL·min)。并确定了FPLC层析缓冲液的离子强度为2·2mmol/L时分离效果达到最佳。     

绿色木霉MJ1产内切β-葡聚糖苷酶的分离纯化及酶学性质

利用KTAUPC-900快速蛋白液相色谱系统(FPLC)从绿色木霉MJ1固体发酵产物中分离纯化出内切β-葡聚糖苷酶。分离纯化后酶的比活力提高了28.6倍,回收率为19.7%。SDS-PAGE后经BIO-RAD凝胶成像系统分析该内切酶的分子量为64.7kD。酶学试验研究表明:该酶的最适反应温度53℃,最适pH为4.2,Lineweaver-Burk法求得动力学参数,K_m和V_max分别为1.230×10^{-2相似文献}   

书刊评介

L. Crossman和K. Moldave编著,Academic press,INC.,1980年出版。全书共分九个部分:1.二类限制性内切酶的测定;2.末端标记技术;3.限制酶的纯化;4.作用在不同碱基位点上的几种核酸酶的纯化和特性;5.内切酶切割图谱技术;6.DNA片断大小的测定;7.片断顺序的测定;8.核苷酸序列     

金黄色葡萄球菌稳定L型DNA的提取及酶切

本文从一例恶性淋巴瘤合并金黄色葡萄球菌Ｌ型败血症患者的骨髓内分离得到金黄色葡萄球菌稳定Ｌ型,用玻璃微珠机械研磨方法提取ＤＮＡ,纯化后被ＥＣＯＲＩ酶切,酶切ＤＮＡ片段可用于核酸杂交等分子物生学研究。     

氧化硅包裹的磁性纳米粒子纯化质粒DNA

质粒的分离纯化在分子生物学实际工作中占有重要地位.本文采用氧化硅包裹的磁性纳米粒子,平均粒径为20 nm左右,在外加磁场的作用下,从细胞粗提掖中快速分离质粒DNA.用这种方法成功地从大肠杆菌DH5α浓缩和纯化得到了pUC19质粒,该质粒具有生物活性,可直接用于限制性酶切和细胞转化等分子生物学下游操作.     

寻找克隆基因的探针

基因表达和DNA复制应用到基因克隆的具体方法和技术及其概念在不断发展变化。首先DNA是应用纯化了的限制性内切酶在核酸序列上的特异部位切割下来的DNA片段,许多DNA片段用DNA连接酶把它们拼接成克隆工具。限制性内切酶和DNA连接酶在进行筛选时已加以纯化了,这两种酶在商业上是有价值的。     

T-RFLP技术检测结直肠癌患者肠道黏膜相关菌群改变

目的研究结直肠癌患者肠道黏膜相关菌群组成差异,探索肠道菌群在结直肠癌发生发展中的作用。方法用末端限制片段长度多态性(Terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)技术分析50例结直肠癌患者癌组织、癌旁正常黏膜与健康对照组肠道黏膜相关细菌组成差异。结果与健康对照组相比,结直肠癌患者肠道黏膜相关细菌丰度显著增加(P0.05),多样性显著降低(P0.05)。结直肠癌患者癌组织与癌旁正常黏膜的黏膜相关细菌组成相近,但与健康对照组存在显著差异。MspI酶切的160bp、560bp的T-RF片段在结直肠癌患者癌组织及癌旁正常黏膜中为优势片段,而在健康对照组中缺失。相反,MspI酶切的66bp、74bp、141bp的T-RF片段在健康对照组为优势片段,但在结直肠癌癌组织及癌旁正常黏膜中缺失。结论肠道菌群失调与结直肠癌的发生发展密切相关。MspI酶切的66bp、74bp、141bp、160bp、560bp的T-RF片段所代表的细菌可能在结直肠癌的发生发展中起重要作用。