基于线粒体基因组序列的鞘翅目肉食亚目水生类群系统发育分析

【目的】明确肉食亚目(Adephaga)水生类群线粒体基因组的基本特征,并基于线粒体基因组序列分析肉食亚目水生类群的系统发育关系。【方法】基于Illumina HiSeq X Ten测序技术测定了圆鞘隐盾豉甲Dineutus mellyi和齿缘龙虱Eretes sticticus的线粒体全基因组序列,对其进行了基因注释,并对其tRNA基因二级结构进行了预测分析。加上已公布的鞘翅目(Coleoptera)肉食亚目水生类群17个种的线粒体基因组序列,对该类群共19个种线粒体的蛋白质编码基因(protein-coding genes, PCGs)开展了比较基因组学分析,包括AT含量、密码子偏好性、选择压力等。基于13个PCGs的氨基酸序列和核苷酸序列,利用最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)分别构建鞘翅目肉食亚目水生类群的系统发育关系,并通过FcLM分析进一步评估伪龙虱科(Noteridae)和瀑甲科(Meruidae)的系统发育位置。【结果】圆鞘隐盾豉甲和齿缘龙虱的线粒体基因组全长分别为16 123 bp(GenBank登录号: MN781126)和16 196 bp(GenBank登录号: MN781132),都包含13个PCGs、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个D-loop区(控制区)。19个肉食亚目水生类群线粒体基因组PCGs的碱基组成都呈现A+T偏好性,在密码子使用上也都偏向于使用富含A+T的密码子;在进化过程中13个PCGs的进化模式相同,都受到纯化选择。基于线粒体基因组13个PCGs的氨基酸序列的肉食亚目水生类群的系统发育关系为(豉甲科Gyrinidae+(沼梭甲科Haliplidae+((壁甲科Aspidytidae+(两栖甲科Amphizoidae+龙虱科Dytiscidae))+(水甲科Hygrobiidae+(瀑甲科Meruidae+伪龙虱科Noteridae)))))。【结论】研究结果表明,豉甲科是肉食亚目水生类群的基部类群,接下来是沼梭甲科和龙虱总科;伪龙虱科和瀑甲科互为姐妹群,并一起作为龙虱总科内部的一个分支;两栖甲科与龙虱科具有更近的亲缘关系。     

基于线粒体基因组序列的鞘翅目肉食亚目水生类群系统发育分析

【目的】明确肉食亚目(Adephaga)水生类群线粒体基因组的基本特征,并基于线粒体基因组序列分析肉食亚目水生类群的系统发育关系。【方法】基于Illumina HiSeq X Ten测序技术测定了圆鞘隐盾豉甲Dineutus mellyi和齿缘龙虱Eretes sticticus的线粒体全基因组序列,对其进行了基因注释,并对其tRNA基因二级结构进行了预测分析。加上已公布的鞘翅目(Coleoptera)肉食亚目水生类群17个种的线粒体基因组序列,对该类群共19个种线粒体的蛋白质编码基因(protein-coding genes, PCGs)开展了比较基因组学分析,包括AT含量、密码子偏好性、选择压力等。基于13个PCGs的氨基酸序列和核苷酸序列,利用最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)分别构建鞘翅目肉食亚目水生类群的系统发育关系,并通过FcLM分析进一步评估伪龙虱科(Noteridae)和瀑甲科(Meruidae)的系统发育位置。【结果】圆鞘隐盾豉甲和齿缘龙虱的线粒体基因组全长分别为16 123 bp(GenBank登录号:MN781126)和16 196 bp(GenBank登录号:...     

蚊科等八个近缘科的系统发育关系初步研究(双翅目:长角亚目)

本文对双翅目长角亚目8个近缘科的10个主要性状特征作了数值分析,按照Farris-Wagner法和系统聚类法画出树状图,对蚊科、摇蚊科等8个近缘科的系统发育关系进行了分析。结果表明摇蚊科是8个科中最原始的祖型代表,而蚊科则是其中分化最早的高级类群。并认为分析祖征与衍征的镶嵌现象是探索系统发育或系谱关系的重要依据。     

旋唇纲系统发育基因组学分析支持瘦尾虫属归于散毛目

根据传统形态学特征的系统分类学研究,将瘦尾虫属(Uroleptus)归入尾柱目(Urostylida).但是,基于单基因和多基因联合的分子系统发育学分析支持瘦尾虫属与散毛目内部类群的亲缘关系更近.为进一步探讨旋唇纲(Spirotrichea)内部类群的系统发育关系以及瘦尾虫属的系统发育地位,我们对四种旋唇纲纤毛虫(澳大...     

常用核基因序列在双翅目昆虫系统学中的研究进展

双翅目昆虫分为长角亚目和短角亚目,前者主要类群包括蚊、蠓、蛉和蚋,后者主要类群为虻类和蝇类。国内外学者对双翅目昆虫形态分类和分子系统发育关系研究均较多。本文整理总结了几种主要核基因在双翅目昆虫进化和系统发育关系的研究资料,结果显示:双翅目的单系性得到了众多形态学、生物学和分子数据的支持,多数系统发育研究认为传统的长角亚目为并系,短角亚目是一个单系,其主要类群舞虻下目、环裂类、有缝组和有瓣蝇类均为单系,但非环裂类、无缝组为并系,无瓣类可能为并系;基本搞清了有重要医学意义和与环境关系密切的类群,特别是有瓣蝇类各科类群分类系统的进化关系;双翅目昆虫发生辐射进化的三个分支节点时间即:低等双翅目(蚊类)2.2亿年、低等短角亚目(虻类)1.8亿年、有缝组(蝇类)6500万年;大量双翅目昆虫自然生命史历经吸血性、植食性和寄生性,有2.6亿年以上的演化历程。从相关核基因研究中总结出:18SrRNA、28SrRNA和CAD基因能很好的解决高级阶元从目到属的系统发育问题;EF-1ɑ基因和White基因更适合从科到属水平的分类阶元;ITS基因一般应用在从属到种水平的低级分类阶元,并被广泛应用到双翅目昆虫分子系统学研究中。     

鼬科动物线粒体DNA控制区结构分析

利用PCR技术获得紫貂(Martes zibellina)和黄喉貂(Martes flavigula)线粒体DNA控制区全序列,并结合从GenBank中下载的9种鼬科动物相应序列,用ClustalX排序后对控制区结构进行分析,识别出延长终止序列区、中央区和保守序列区3个区域,指出了一个终止相关序列ETAS1及8个保守序列(CSB-F、E、D、C、B、1、2和3),并给出了序列通式,在CSB1和CSB2之间发现不同形式的短重复序列.此外,以狼为外类群,应用邻接法构建鼬科线粒体控制区全序列的系统进化树,结果表明:臭鼬亚科最先从鼬科中分化出来,随后剩余类群分为两大支系,即貂属种类与貂熊聚为一支,并与獾亚科的狗獾形成姐妹群;另一支为水獭亚科的物种与鼬属的林鼬形成姐妹群,再与虎鼬聚在一起,狗獾与貂属的紫貂亲缘关系最近,水獭亚科与鼬属亲缘关系最近.     

介形纲(甲壳亚门)系统分类中核基因18S rDNA的应用研究

本研究采用贝叶斯法(Bayesian-inference,BI)、最大似然法(Maximum-likelihood,ML)和最大简约法(Maximumparsimony,MP),基于18SrDNA序列对介形纲4目12超科间以及其它相关泛甲壳动物(Pancrusacea)间的系统分类关系进行了分析,其目的是探讨单独的核基因18SrDNA序列研究介形纲各阶元分类时的稳定性,及分析介形纲两大主要类群内的系统分类关系。结果发现,应用单独的核基因18SrDNA序列对介形类进行研究时,所获的三种系统树的拓扑结构在介形纲的目、亚目和超科阶元均表现稳定,表明单独的核基因18SrDNA序列在该3个阶元的分类研究中可发挥重要作用。基于此,进一步对介形类内两主要类群的系统分类研究,结果支持Martin和Davis(2001)对介形纲中壮肢亚纲(又称丽足亚纲,Myodocopa)在目、亚目和超科阶元上的分类;但尾肢亚纲(又称速足亚纲,Podocopa)中各主要类群间的系统发育关系却与Martin和Davis(2001)的分类略有不同,其中Punciidae游离于尾肢亚纲主要类群尾肢目(又称速足目,Podocopida)之外,而该结果却与Liebau(2005)对Punciidae归类一致;此外尾肢目中5个主要类群的分类关系呈现[浪花介亚目Cytherocopina+[金星介亚目Cypridocopina+简肢亚目Platycopina(小花介科Cytherellidae)+[达尔文介亚目Darwinulocopina+巴氏介亚目Bairdiocopina]]]。     

绣球属(Hydrangea L.)植物分子系统学及系统发育分析

该研究基于对绣球属(Hydrangea L.)的大尺度取样,选取国内外61种绣球属和近缘属植物,分别基于核基因片段(ITS)和叶绿体基因片段(rbcL,trnL-F,atpB)重建了绣球属及其近缘种属的系统发育关系。结果表明:(1)核基因与叶绿体基因树之间在树形上没有明显的冲突,进而基于核基因和叶绿体基因联合数据重建了绣球属及其近缘种属的系统发育关系。(2)基于联合数据构建的系统树确认了2个大分支,并得到了果实顶端截平与否这一形态学证据的强力支持;每个大分枝又分为4个类群,共确定了8个类群。部分类群也得到了广义宏观形态性状的支持,如第1类群得到了叶形、花粉以及种子形态的支持。因此,该系统发育关系的重建对于全面理解绣球属及其近缘种属的演化关系具有重要的启发。     

石松类和蕨类植物研究进展: 兼论国产类群的科级分类系统

综述了石松类和蕨类植物系统发育的最新研究成果。目前研究表明传统的蕨类植物概念(包括石松类和蕨类)需要修订, 一个关于蕨类植物的分类系统也已经发表。中国的植物多样性很丰富, 包括了世界上石松类和蕨类植物主要类群的代表。我们利用rbcL基因序列(包括国产蕨类63科中的62科179属184种)构建了系统发育树。基于rbcL序列分析所获得的石松类和蕨类各主要类群间的系统演化关系同以往对各个特定类群开展的较为密集的类群取样和多性状分析(形态学＋分子序列证据)的结果基本一致。在参考Smith等人系统的基础上, 我们尝试性地对中国石松类和蕨类植物进行了科级水平上的系统发育重排。     

内蒙古中新世通古尔组 Tungurictis(Carnivora:Hyaenidae)的新材料

斯氏通古尔鼬 (Tungurictisspocki)是 1 939年Colbert描述的一个采自内蒙古中中新世通古尔组的小型食肉类的新属、新种。他最初认为通古尔鼬属于灵猫科 ,但最近Hunt( 1 989)及Hunt和Solounias( 1 991 )提出通古尔鼬具有一些鬣狗科耳区的特征 (如水平方向的听泡隔板等 )但缺少典型鬣狗科强壮的用来咬碎骨骼的前臼齿。Werdelin和Solounias( 1 991 )对鬣狗科分支系统的研究也进一步证实通古尔鼬实际上是一种鬣狗科较为原始的成员。因此通古尔鼬成为研究鬣狗科初期演化关系的重要一环。Tungurictisspocki的正型标本 (AMNH 2 660 0 )是一件相当完整的头骨 ,但这是美国自然历史博物馆第三次中亚考查团在狼营地点 (WolfCamp)获得的惟一标本。缺少下颌骨和非常关键的下裂齿对于研究鬣狗科关系总是一件憾事。因此在通古尔台地南缘首次发现的出自同一个体的斯氏通古尔鼬上、下颌骨 ,对加深该种形态特征的认识和对鬣狗科系统关系的研究都具有一定意义。新发现的材料 (IVPPV 1 3784)包括很可能属同一个体头骨的前半部分以及下颌骨 ,并保存了P3～M2及m1～m2。V 1 3784采自内蒙古苏尼特左旗IVPP 346地点西 1 .5km(美国自然历史博物馆中亚考查团推饶木诺尔地点TairumNorlocality ,又称南营地SouthCamp) ,属通古尔组下部     

Reflections on the Surgeon General's Report on Mental Health,Culture, Race,and Ethnicity

The main goal of this paper is to evaluate the Supplement to the Surgeon General's Report on Mental Health, with an eye toward informing future efforts to prevent and treat mental illness among racial and ethnic minorities. I first briefly discuss the historical background of the Supplement. I then present its strengths, which include the authority and visibility of the Office of the Surgeon General, the organization of the report by racial/ethnic group, the examination of the social and historical context of each of the racial/ethnic groups, and the emphasis on science. Last, I identify three major tensions within the Supplement, focusing on groups versus cultural processes, situating culture within individuals or social worlds, and examining differences between minority groups and whites versus examining conceptually informed processes. The Supplement makes a significant contribution to advancing our understanding of the mental health of racial and ethnic minority groups. The actions that follow (or don't follow), however, will determine the import of this document.     

Bacterial yields on methanol,methylamine, formaldehyde,and formate

Several bacteria utilizing C₁-compounds as sole carbon sources were grown on these substrates in continuous culture. The molar yield values (g of cell dry wt/mol of substrate utilized) of bacteria which utilize C₁-compounds via the ribulose monophosphate pathway were between 15.7 to 17.3 when grown on methanol; while the molar yield values of bacteria which use the serine pathway for the assimilation of C₁-compounds varied between 9.8 and 13.1. The molar yield values of different bacteria which use the serine pathway decreased as the oxidation levels of the C₁-growth substrates increased. On formaldehyde the values were between 7.2 to 9.6, whereas on formate the values varied from 3.3 to 6.9. It appears that bacteria utilize C_l-compounds more efficiently via the ribulose monophosphate pathway than via the serine pathway. The oxidation step from methanol to formaldehyde (and from methylamine to formaldehyde) in the bacteria studied may be energy yielding. A comparison has been made between the experimental yield values obtained and theoretical values.     

Fifth International Conference on Mycorrhiza, 2006, Granada, Spain

Announcement

Fifth International Conference on Mycorrhiza, 2006, Granada, Spain