梭菌属分类研究进展:现状和展望

目前构成梭菌属的微生物在系统发育和表型特征上不一致。多相分类数据表明,梭菌属物种之间差异大。大量基于16S rRNA 基因的系统发育研究表明,梭菌属应被限定为梭菌属类群I,作为狭义梭菌属(Clostridium sensu stricto)。尽管有这方面认识,梭菌属新物种仍持续增加,这些新物种并不能与梭菌属类群I 和标准种丁酸梭菌(C. butryicum)形成一致分支,引发梭菌属分类上的混乱。本文明确了梭菌属物种的范围,即只包括模式种和梭菌属类群I。此外,4 个物种念珠状真杆菌(Eubacterium moniliforme)、旋舞真杆菌(Eubacterium tarantellae)、最大八叠球菌(Sarcina maxima)和胃八叠球菌(Sarcina ventriculi)应被调至梭菌属,分别命名为念珠状梭菌(Clostridium moniliforme)、旋舞梭菌(Clostridium tarantellae)、最大梭菌(Clostridium maximum)和胃梭菌(Clostridium ventriculi)。一个新属哈撒韦氏菌属(Hathewaya)被提议成立,3 个梭菌属物种溶组织梭菌(Clostridium histolyticum)、泥渣梭菌(Clostridium limosum)和解朊梭菌(Clostridiumproteolyticum)重新归为溶组织哈撒韦氏菌(Hathewaya histolytica)、泥渣哈撒韦氏菌(Hathewaya limosa)和解朊哈撒韦氏菌(Hathewaya proteolytica),其中Hathewaya histolytica 为模式种。     

厌氧菌的译名问题

本世纪70年代厌氧细菌学的崛起,是近代微生物学的重要进展。近十年来由于国内有关厌氧菌的工作日益发展壮大,有关厌氧菌书籍也日益增多。但由于未经统一,厌氧菌译名多种多样,同一种细菌可有几种名称,使人莫衷一是,这些问题表现在下列几个方面。 1.一种细菌有许多译名例如Clostridium perfringens,过去译成产气荚膜梭状芽胞杆菌或产气荚膜杆菌,现在译成产气荚膜梭菌,但也有译成突破芽胞梭菌或镶边梭菌。从人名上更有称之为魏氏(威氏、韦氏)梭菌的。Clostridium现在称为梭菌属,但也有称为小梭菌的。除非在每个译名之后都附有原文,否则读者见此如堕五里雾中,无法识别了。 2.菌属名称翻译有错误的如Eubacterium,根据Bergey氏鉴定细菌学手册第8版(1974)和Borgey氏系统细菌学手册第一版第一卷(1984)和第二卷(1986)的记载,Eu是good,well,beneficial(not as opposed to pseudo),应译成良好,有益的,不是假的反面。Eubacterium是beneficial bacterium,即有益的,良好的细菌,并且特别注明不是假的反面,即不是“真”。这个错误名称     

南海硇洲岛潮汐带栉江珧可培养细菌的系统发育多样性

【目的】研究南海硇洲岛潮汐带栉江珧(Atrina pectinata)样品相关可培养细菌的多样性。【方法】采用纯培养法和基于16S r RNA基因序列的系统发育分析,法对样品中可培养细菌(含放线菌)的类群多样性、物种多样性和遗传多样性进行研究。【结果】用补充0–25%(质量体积比)Na Cl的MA、MH和NA培养基从栉江珧样品中分离到125株细菌。在形态观察和部分生理生化实验结果的基础上去冗余,选取90个代表性菌株进行基于16S r RNA基因序列的系统发育多样性分析。结果表明,这90个分离菌株分属于3个大的系统发育类群(Gamma-proteobacteria、Firmicutes、Actinobacteria)、6个科、10个属,可分为33个物种。优势类群为厚壁菌门(Firmicutes)(56株,62.2%)和γ-变形杆菌亚门(Gamma-proteobacteria)(31株,34.5%)。大多数菌株与其系统发育关系最密切的已知物种的典型菌株之间存在一定的遗传差异(16S r RNA基因序列相似性为95.7%–99.9%),其中有5株可能代表新的分类单元(Potential new taxa)。分析表明,菌株JSM 112024可能代表了盐单胞菌科(Halomonadaceae)的一个属一级新分类单元;菌株JSM 112019、JSM 114045、JSM 114058和JSM 114083可能分别代表盐弧菌属(Salinivibrio)、芽孢杆菌属(Bacillus)、盐单胞菌属(Halomonas)和枝芽孢菌属(Virgibacillus)的新物种。【结论】湛江硇洲岛潮汐带栉江珧中存在较为丰富的可培养细菌物种多样性和系统发育多样性,并潜藏着较多的新微生物类群(物种)。     

浓香型白酒两个产区窖泥微生物群落结构分析

【目的】探索浓香型白酒两个典型产区窖泥微生物群落结构和多样性,分析窖泥微生物群落地域特征及对白酒风格形成的影响。【方法】分别提取四川和安徽两个产区窖泥样品总DNA,应用PCR-ARDRA和16S rRNA基因克隆测序技术对两个产区窖泥细菌和古菌进行研究。【结果】两个浓香型白酒产区窖泥细菌丰富,包括:厚壁菌门(Firmicute)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、互养菌门(Synergistetes)、Armatimonadetes类群和未分类细菌(Unclassified bacteria)。两个产区窖泥绝对优势种群均为厚壁菌门中梭菌纲(Clostridia)细菌,在四川产区窖泥中检出较多的互营单胞菌属(Synthrophomonas)和紫单胞菌属(Petrimonas)。古菌的群落组成较为简单,主要是甲烷囊菌属(Methanoculleus)、甲烷八叠球菌属(Methanosarcina)、甲烷鬃菌属(Methanosaeta)和甲烷杆菌属(Methanobacterium)4个产甲烷古菌类群,四川产区窖泥优势古菌为甲烷囊菌和甲烷八叠球菌,安徽产区则为甲烷八叠球菌属和甲烷鬃菌。【结论】四川和安徽两个产区窖泥微生物的16S rRNA基因克隆文库系统地反映了两者微生物群落的相似性和差异性,对揭示浓香型白酒两个产区的酒体风格差异形成有一定的参考价值。     

利用宏基因组学方法分析健康人群肠道微生物与其生理指标的关系

目的探究亚洲健康人群的肠道菌群组成特征及其与血压和年龄相关生理指标的关系。方法应用WGCNA分析,对22个健康个体肠道微生物细菌基因组进行解析。结果亚洲健康人肠道微生物相对丰度最高的细菌门水平分别是Firmicutes(厚壁菌门)、 Bacteroidetes(拟杆菌门)以及Proteobacteria(变形菌门),并且在Proteobacteria中显示高差异性。WGCNA分析结果表明两个模块(yellow,green)中微生物物种丰富度分别与收缩压和舒张压以及年龄呈正相关(t=3.098 1,P=0.005 6;t=3.015 9,P=0.006 8;t=2.390 8,P=0.026 7)。其中Ruminococcus sp.(瘤胃球菌)、Oscillospiraceae sp.(颤螺菌)、Clostridium hathewayi(哈氏梭菌)与血压呈现显著正相关;Intestinibacter(肠杆菌)、Clostridium(梭菌)、Blautia(劳特菌)以及Veillonella(韦荣球菌)属下的Aypic、Tobetsuensis rogosae与年龄呈现正相关。抗性基因注释结果表明,年龄和血压相关核心菌群均富集有较多的大环内酯-林可酰胺-链霉素类、杆菌肽类以及四环素类抗生素抗性基因。其中多黏菌素类抗性基因仅存在于年龄相关核心菌群而氯霉素抗性基因仅存在于血压相关核心菌群。结论健康人肠道微生物物种丰度与血压以及年龄相关,肠道菌群可能在心血管疾病以及衰老过程中发挥重要影响。     

发酵车间空气源细菌淀粉酶产生菌筛选及多样性分析

采用平板水解圈法(plate hydrolysis spot method)对分离自酒鬼酒发酵车间空气样品的细菌进行淀粉酶产生菌筛选,运用基于16S rRNA基因序列的分析方法对高酶活菌株进行系统发育多样性分析。结果表明,73个受试菌株中,有23株为淀粉酶产生菌,占受试菌株的31.5%,其中有9株为高酶活菌。23个淀粉酶产生菌类群多样性和物种多样性较高,属于4个大的系统发育类群(Actinobacteria、Deinococcus-Thermus、Firmicutes、Proteobacteria)中的10个科(Bacillaceae、Deinococcaceae、Intrasporangiaceae、Microbacteriaceae、Micrococcaceae、Nocardiaceae、Propionibacteriaceae、Pseudomonadaceae、Rhodobacteraceae、Xanthomonadaceae)的13个属,可分为21个物种。进一步分析表明,9株高酶活菌属于细菌域(Eubacteria)的4个大的系统发育类群(Actinobacteria、Deinococcus Thermus、Firmicutes、Proteobacteria)的7个科(Bacillaceae、Deinococcaceae、Micrococcaceae、Microbacteriaceae、Nocardiaceae、Rhodobacteraceae、Xanthomonadaceae),归属于8个属。研究结果表明,酒鬼酒发酵车间空气源细菌存在较高比例的淀粉酶产生菌,且这些菌株具有较高的类群多样性和物种多样性。     

泸型酒酒醅与窖泥中梭菌群落结构、演替和功能差异

梭菌对泸型酒风味品质的发酵形成具有重要作用,但目前对酒醅和窖泥中梭菌群落的物种组成、发酵演替规律以及代谢功能的差异尚缺少深入认识。采用分子微生态学技术,在种水平上对比了同一窖池的酒醅和窖泥中梭菌纲细菌群落的结构差异和演替规律,并通过纯培养方法分离和评价了梭菌菌株的主要挥发性脂肪酸组成差异。结果表明,窖泥发酵过程中梭菌纲细菌和总细菌的基因拷贝数比值相对稳定(71.5%–91.2%),而酒醅中梭菌的变化则较大(0.9%–36.5%)。酒醅中优势梭菌纲细菌主要是梭菌属(Clostridium,19.9%)、沉积物菌属(Sedimentibacter,8.8%)和氢孢菌属(Hydrogenispora,7.2%),而窖泥中主要为氢孢菌属(57.2%)、沉积物菌属(5.4%)和产己酸菌属(Caproiciproducens,4.9%)。窖泥及酒醅发酵过程中梭菌群落结构差异显著(P=0.001)。分离获得的20株梭菌菌株具有不同的产挥发性脂肪酸能力。结果表明,窖池中梭菌纲细菌群落存在时空异质性,其结构和功能差异对泸型酒风味形成具有影响。     

一平浪盐矿古老岩盐沉积中可培养细菌的系统发育多样性研究

运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对云南省一平浪盐矿古老岩盐沉积中可培养细菌的多样性进行了研究。用补充0.5~3.5mol/L NaCl的MBA和ISP2琼脂培养基从卤水、岩盐和盐土样品中分离到38株细菌,用细菌通用引物进行16S rRNA基因扩增和序列测定,用相关软件进行序列相似性搜索、比对和系统发育分析。结果表明,38个分离菌株可分为31个物种,属于4个大的系统发育类群(Proteobacteria,Bacteroidetes,Firmicutes,Actinobacteria)、17个科、24个属。多数菌株属于Proteobacteria门(18株,47.3%;Gamma-Proteobacteria,31.5%;Alpha-Proteobacteria,15.8%)和Firmicutes门(13株,34.2%)。这些分离菌株中,至少有3个菌株可能代表3个不同属的3个新物种:Y3、Y15和Y25分别代表Idiomarina属、Salinicoccus属和Saccharospirillum属的新物种;而菌株Y21有可能代表Staphylococcaceae科的一个新属。从以上结果可以看出,一平浪盐矿古老岩盐沉积中存在较为丰富的微生物物种多样性和系统发育多样性,并且潜藏着新的微生物资源。     

硇洲岛潮汐带牡蛎相关可培养细菌多样性

[目的]了解南海硇洲岛潮汐带香港巨牡蛎(Crassostrea hongkongensis)相关可培养细菌的多样性.[方法]应用纯培养法分离样品中的细菌(含放线菌),采用基于16S rRNA基因序列的系统发育分析方法研究这些分离菌株的生物多样性.[结果]用补充0-25％(W/V) NaC1的MA、MH和NA培养基从样品中分离到102株细菌,在形态观察和部分生理生化实验结果的基础上去冗余,选取74个代表性菌株进行基于16S rRNA基因序列的系统发育分析.结果表明,这些菌株归为38个物种,属于4个大的系统发育类群(Gamma-Proteobacteria,Alpha-Proteobacteria,Bacteroidetes,Firmicutes)的16个科、18个属.大多数菌株属于Gamma-Proteobacteria亚门(45株,60.8％),其余依次是Firmicutes门(12株,16.2％)、Bacteroidetes门(11株,14.9％)和Alpha-Proteobacteria亚门(6株,8.1％).大多数菌株与其系统发育关系最密切的有效发表种典型菌株之间(16S rRNA基因序列相似性为94.3％-99.8％)存在一定的遗传差异,其中JSM 111069可能代表Carnobacteriaceae科的潜在新属;菌株JSM 111039和JSM 111085可能分别代表Bacillus属的两个新物种,菌株JSM 111020、JSM 111072和JSM 111090可能分别代表Pseudoalteromonas、Proteus和Idiomarina属的新物种.[结论]南海硇洲岛潮汐带牡蛎中存在较为丰富的原核生物多样性,并潜藏着一定数量的微生物新类群(物种).     

湛江硇洲岛海葵相关可培养细菌系统发育多样性

【目的】了解湛江硇洲岛海葵样品中相关可培养细菌的多样性。【方法】运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对样品中可培养细菌多样性进行研究。【结果】用补充0～2.0 mol/L NaCl 的MA、ISP 2、NA、SWA和HAA培养基从海葵样品中分离到126株细菌,通过形态观察和部分生理生化实验去冗余,选取42株具有代表性的菌株进行基于16S rRNA基因序列的系统发育多样性分析。结果表明,42个分离菌株可分为25个物种,属于3个大的系统发育类群(Firmicutes,Gamma-Proteobacteria,Actinobacteria)、11个科、18个属。多数菌株属于Firmicutes门（17株,40.5％）和Gamma-Proteobacteria亚门（14株,33.3％）。这些分离菌株中,至少有6个菌株可能代表6个不同属的6个新物种：JSM 071004、JSM 071068、JSM 071073、JSM 072002、JSM 073008和JSM073097分别代表Bacillus、Halobacillus、Piscibacillus、Pontibacillus、Alteromonas和Nocardiopsis属的新物种。【结论】从以上结果可以看出,湛江硇洲岛海葵中存在较为丰富的微生物物种多样性和系统发育多样性,并且潜藏着较多的新的微生物类群（物种）。     

柠檬酸废水IC反应器厌氧颗粒污泥真细菌结构分析

目的:分析柠檬酸工业废水IC厌氧反应器处理时产生的厌氧颗粒污泥中真细菌的菌群结构.方法:构建细菌的16S rDNA克隆文库,对文库中的16S rDNA基因序列进行测序,然后Blast比对,并进行分类、建系统发育树.结果:对获得的77个16S rDNA序列进行测序,按序列相似性≥97％的分类标准,这些序列可分为22个OTU,其中4个优势OTU分别与棒杆菌属(Corynebacterium)、梭菌属(Clostridium)、消化球菌属(Peptococcus)、疣微菌属(Verrucomicrobia)最为相近,其余OTU的克隆数较少.颗粒污泥中的真细菌主要为放线菌纲(Actinobacteria)、梭菌纲(Clostridia)、拟杆菌纲(Bacteroidetes)以及δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)的细菌,分别占克隆总数的34/77、31/77、6/77、6/77.结论:该文研究了柠檬酸废水处理过程中产生的厌氧颗粒污泥中细菌的菌群组成和结构,为深入了解柠檬酸废水的厌氧处理过程提供了一定的理论借鉴作用.     

云南和西藏四处热泉中的厚壁菌门多样性

[目的]厚壁菌门(Firmicutes)在热泉这一极端环境中的多样性目前还缺乏深入细致的研究,故选择国内最具代表性的云南和西藏地区的4处热泉,详细研究其中厚壁菌门的物种和遗传多样性。[方法]采用高通量测序技术、生物统计学和系统发育分析的手段。[结果]获得的728条厚壁菌门16S rRNA基因序列,可划分为184个可操作分类单元(OTUs)。梭菌纲(Clostridia)在各热泉中都为最优势类群,占到了群落结构的51%~93%;其次是芽孢杆菌纲(Bacilli),它在除洱源2号泉外的其它样点中均存在,群落比例为4%~21%。57%的OTUs与已知序列的最大相似性小于97%,其可能代表了潜在的新物种,而系统发育分析的结果发现了若干全新的高级分类单元。[结论]热泉中蕴含丰富而新颖的厚壁菌门资源。温度是影响研究样点厚壁菌门群落结构的重要因素,温度越低多样性越丰富。     

盐碱戈壁药用植物骆驼刺内生菌的分离、培养与鉴定

骆驼刺(Alhagi sparsifolia Shap.)是新疆民间常用药用植物。为了解骆驼刺内生菌的多样性,获得骆驼刺的内生菌资源,本实验在新疆维吾尔克拉玛依盐碱戈壁(北纬45°16’,东经85°2’)采集骆驼刺。利用常规平板分离方法进行植物内生菌菌株的分离、培养,测定菌株16S r DNA基因序列,并结合系统发育分析进行鉴定。从骆驼刺中共分离到可培养内生菌50株,分属于葡萄球菌属(Staphylococcus)、芽胞杆菌属(Bacillus)、芽胞八叠球菌属(Sporosarcina)、微杆菌属(Exiguobacterium)、气球菌属(Aerococcus)、巨型球菌属(Macrococcus)、多米杆菌(Domibacillus)、巴尔加瓦菌属(Bhargavaea)、微球菌属(Micrococcus)、棒杆菌属(Corynebacterium)、考克菌属(Kocuria)、细杆菌属(Microbacterium)、副球菌属(Paracoccus)、马西利亚菌属(Massilia)和耐辐射球菌属(Deinococcus)15个菌属。其中葡萄球菌属占绝对优势,其次为芽胞杆菌属,为环境和植物当中广泛存在的菌属,分离获得的其他细菌与骆驼刺生长环境(盐渍化严重,高辐射)有关,内生菌多样性与骆驼刺在新疆干旱、寒冷、盐碱土壤环境中的适应性机制具有密切的联系。     

基于叶绿体基因组数据的芸香科属间系统发育初步分析

为探究花椒属种水平系统进化关系以及为新品种培育研究奠定理论基础，该研究以芸香科物种的叶片为材料，采用改良CTAB法提取叶绿体DNA,利用BGISEQ-500平台进行叶绿体基因组测序，并对叶绿体基因组进行组装、注释，联合NCBI数据库数据，共获得芸香科19属49个物种的全叶绿体基因组序列。构建了芸香科属间系统进化关系。结果表明，(1)基于叶绿体基因组序列矩阵(总长196 641 bp),ML和BI 2种方法得到的系统发育树的拓扑结够基本一致，系统发育树各分支具有较强的支持率，叶绿体基因组数据可以解决芸香科属间的系统发育关系。(2)芸香科为单系类群，并进一步形成两大分支，其中柑橘亚科为单系，与芸香亚科内的芸香属聚为分支I,分支Ⅱ由芸香亚科和飞龙掌血亚科组成，两亚科均不是单系，其中飞龙掌血亚科的香肉果属，茵芋属与芸香亚科的白鲜属，臭常山属是最早分化出来的类群，其次是蜜茱萸属和山油柑属；黄檗属和吴茱萸属与花椒属类群形成姊妹群，飞龙掌血属的物种飞龙掌血嵌套于花椒属分支中，支持飞龙掌血物种并入花椒属的处理。     

念珠藻属植物nifH基因的适应性进化分析

念珠藻(Nostoc)固氮过程关键在于固氮酶的催化,而固氮酶复合物中的铁蛋白(NifH)是由高度保守的nifH基因编码的,该基因是进化史上现存最古老的功能基因之一。该研究选取念珠藻属及近缘类群的nifH基因序列共40条,采用最大似然法构建系统发育树;运行PAML4.9软件,对nifH基因编码蛋白进行生物信息学分析,并使用分支模型、位点模型和分支-位点模型检测该基因的选择位点,探讨nifH基因的适应性进化特征。结果表明:(1)最大似然树显示内类群中该研究物种共分为6个分支(A、B、C、D、E和F),其中D和E是2个大的分支,每个大分支中又各包含2个特殊的小分支A、F和B、C,其中F分支包含新疆古尔班通古特沙漠采集到的9株念珠藻,A分支包含F分支及该研究测定序列的4株葛仙米,B分支包含本研究测定序列的4株地皮菜和3株未定种的念珠藻,C分支包含NCBI数据库中下载的5株念珠藻、鱼腥藻序列和本研究测定序列的1株念珠藻。(2)在所分析的3种进化模型中,仅通过分支-位点模型检测出14个统计学上显著的正选择位点,即1F、2S、3S、4T、5A、6F、7F、8I、9S、10C、17I、27Y、29D和31R位点,表明念珠藻属植物的nifH基因发生了适应性变化,分支-位点模型是研究藻类基因适应性进化较好的模型。     

软粪液和小肠液对寒地獭兔肠道菌群定植的影响

目的研究口服软粪液和小肠液的寒地獭兔肠道内拟杆菌、梭菌属、韦荣球菌和大肠埃希菌数量的变化,揭示软粪液和小肠液对肠道菌群定植的影响。方法 90只仔兔分为I、II和III组,分别口服1mL的软粪液、小肠液和纯净水。无菌刮取32和46日龄仔兔的十二指肠、空肠、回肠和盲肠肠壁内容物,提取内容物细菌基因组DNA。根据拟杆菌、梭菌属、韦荣球菌和大肠埃希菌的16SrDNA V3可变区基因序列设计特异性引物,进行实时荧光定量PCR反应,定量不同细菌。结果口服软粪液(I组)的32和46日龄仔兔其空肠中的拟杆菌浓度显著高于对照组(5.77E-93.58E-10、1.10E-93.39E-10)(t值为8.20、2.16,P0.05),回肠中的梭菌属和韦荣球菌的浓度极显著高于对照组(5.27E-63.58E-7、7.41E-61.43E-6、1.57E-51.33E-6、7.99E-61.80E-6)(t值为3.07、4.24、5.87、6.28,P0.01)。口服小肠液(II组)的32日龄仔兔其十二指肠和回肠中的梭菌属浓度极显著高于对照组(3.71E-74.87E-8、6.88E-63.58E-7)(t值为3.42、2.95,P0.01);46日龄仔兔其回肠中的韦荣球菌浓度显著高于对照组(4.13E-61.80E-6)(t值为2.03,P0.05)。结论软粪液和小肠液对拟杆菌、梭菌属、韦荣球菌的定植有促进作用,对大肠埃希菌的定植影响较小。     

新疆额尔齐斯河流域冷水鱼肠道耐低温乳酸菌的分离筛选及其遗传差异

[目的]从新疆阿勒泰地区额尔齐斯河流域冷水鱼肠道中分离耐低温的乳酸菌,挖掘乳酸菌的物种和遗传多样性,为低温乳酸菌生物技术研发提供优良菌种.[方法]利用MRS、Elliker两种不同培养基从9种冷水鱼肠道中,分离筛选出耐低温菌,测定细菌最适生长温度并进行常规生理生化实验.根据16S rRNA基因序列初步确定耐低温菌的系统进化地位,并采用BOX、(GTG)5、ERIC三种不同的引物进行rep-PCR,对16S rRNA基因高度同源性的菌株进一步区分.[结果]分离得到78株耐冷菌,最终确定有24株为耐低温乳酸菌,菌株的最适生长温度在15-24℃之间.系统发育分析结果表明:24株耐低温乳酸菌隶属于6个属,其中肉杆菌属(Carnobacterium)3株,乳球菌属(Lactococcus)9株,肠球菌属(Enterococcus)7株,环丝菌属(Brochothrix)1株,魏斯氏菌属(Weissella)2株,链球菌属(Streptococcus)2株.指纹图谱聚类分析树状图显示乳球菌属(Lactococcus)和肠球菌属(Enterococcus)存在种及菌株水平上的遗传差异,前者包括4个种,后者2个种.[结论]新疆额尔齐斯河流域冷水鱼肠道中分离的耐低温乳酸菌以球菌为主,没分离到常见的乳杆菌,需进一步完善分离培养的方法,深入挖掘和研究其物种多样性和遗传多样性.     

高效厌氧纤维素降解细菌的分离及酶特性研究

采用透明圈初筛和滤纸降解率复筛的方法从内蒙古绵羊瘤胃内容物中分离到高效厌氧纤维素降解细菌4株.通过形态学、生理生化反应、生态特性和遗传型的鉴定,所分离的4株菌WHQ、LYQ、LBG-1和NDF-3分别归为溶纤维丁酸弧菌(Butyrivibrio fibrisollvens)、黄色瘤胃球菌(Ruminococcus flavefaciens)、产琥珀酸丝状杆菌(Fibrobacter succinogenes)和解多糖梭菌(Clostridium polysaccharolyticum).测定了4株菌对滤纸的降解率,WHQ、LYQ、LBG-1和NDF-3的2周滤纸降解率分别为25.1%、14.3%、21.0%和20.6%.本研究同时对4株菌的滤纸酶活力、羧甲基纤维素酶活力和β-葡萄糖苷酶活力进行了测定.     

规模化牛场犊牛直肠细菌多样性分析

【目的】研究腹泻犊牛直肠细菌多样性,以及与健康犊牛直肠细菌多样性的差异。【方法】通过建立直肠菌群16S rRNA基因克隆文库,分别用限制性内切酶MspⅠ和HhaⅠ对阳性克隆的PCR产物进行限制性酶切片段长度多态性(RFLP)分析,通过测定16S rRNA基因序列,绘制系统发育树,确定犊牛直肠菌群的组成。【结果】腹泻组克隆阳性率达98.75%(474/480),优势菌群以乳杆菌属(14%)、肠球菌属(10%)和埃希菌属(8%)等需氧和兼性厌氧菌为主,健康组克隆阳性率达96.45%(488/506),优势菌群以梭菌属(13%)、双歧杆菌属(8%)和巨型球菌属(5%)等专性厌氧菌为主。【结论】2周龄犊牛直肠菌群复杂多样,并且具有自己的独特性菌群,且腹泻时乳杆菌属、肠球菌属、埃希氏菌属等显著增加。     

玉米小曲酒糟发酵饲料对育肥猪肠道菌群的影响北大核心CSCD

旨在研究玉米小曲酒糟全价发酵饲料对育肥猪肠道菌群的影响。以常规饲料为对照,比较发酵饲料对育肥猪增重,以及肠道菌群多样性、种属构成及功能的影响。饲喂47 d后,发酵饲料对育肥猪增重及猪肉水分含量、肌内脂肪、pH无显著影响(P >0.05)。从育肥猪肠道菌群看,小肠中的伯克氏菌属(Burkholderia)在群体中的丰度从2.6%增加至50.0%,罗尔斯通氏菌属(Ralstonia)、草螺菌属(Herbaspirillum)、乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)的丰度等也有明显增加,而布劳特氏菌属(Blautia)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、芽殖菌属(Gemmiger)、梭菌属(Clostridium)、巨型球菌属(Macrococcus)丰度明显下降。KEGG分析发现,发酵饲料对育肥猪肠道菌群生态系统功能的影响主要在于物质代谢的相对增强及细菌增殖的相对减少,促进小肠内物质转化。本研究为玉米小曲酒糟全价发酵饲料的在生猪养殖中的推广应用提供了科学依据。