来源于中国南海的微生物新种乙醇速生杆菌(Celeribacter ethanolicus)多相分类研究

【目的】研究来源于南海海水的一株速生杆菌属菌株NH195^T 的多相分类。【方法】采用表型、基因型和化学分类方法,并综合系统发育关系结果,分析菌株NH195^T 的分类学地位。【结果】菌株NH195^T 是一株革兰氏阴性、好氧、杆状、无运动性细菌;能积累Poly-β-hydroxybutyrate (PHB);能在0.5%-10.0% (质量体积比) NaCl 浓度,pH 5.0-9.0 和20-40 ℃ 条件下生长,最适NaCl 生长浓度为1.0%-3.0%;氧化酶、触酶和脲酶反应结果阳性。菌株NH195^T 主要呼吸醌为Q-10,主要脂肪酸为C_18:1ω7c、C_18:1ω6c 和11 methyl C_18:1ω7c,主要极性脂为磷脂酰胆碱、磷脂酰甘油、双磷脂酰甘油、一个未知的氨基脂和两个未知脂。基因组G+C 含量为61.3 mol%。基于16S rRNA 基因的系统发育结果显示,菌株NH195^T 隶属于速生杆菌属;其与速生杆菌属标准菌株的16S rRNA 基因相似性范围为94.4%-97.7%。菌株NH195^T 与速生杆菌属标准菌株C. halophilus ZXM137^T 和C. indicus P73^T 的平均核苷酸一致性(ANI)分别为78.6%和78.0%;基于基因组数据计算所得的DNA 杂交同源率分别为26.1%和23.0%。【结论】基于表型和基因型结果,菌株NH195^T 代表了速生杆菌属一个新物种,命名为Celeribacter ethanolicus,标准菌株为NH195^T (CGMCC 1.15406^T=JCM 31095^T)。     

海滨盐薄片菌——分离自海洋盐田的一个嗜盐古菌新种（英文）

【目的】研究分离自我国华南地区阳江盐田的一株嗜盐古菌菌株YJ-41~T,探究其分类学地位。【方法】运用多相分类学方法即通过表型和遗传型特征鉴定,研究菌株YJ-41T的分类学地位。【结果】菌株YJ-41~T的细胞为杆状、革兰氏染色阴性、菌落呈红色。菌株YJ-41T的生长温度范围20–50°C(最适为37°C)、Na Cl浓度范围2.1–4.8 mol/L(最适为3.1 mol/L)、MgCl_2浓度范围0–1.0 mol/L(最适为0.05 mol/L)、pH范围5.0–9.0(最适为pH 7.0)。细胞在蒸馏水中会裂解,维持细胞形态的最低Na Cl浓度为10%(质量体积比)。菌株YJ-41~T的极性脂为磷脂酸(Phosphatidic acid,PA)、磷脂酰甘油(Phosphatidyl glycerol,PG)、磷脂酰甘油磷酸甲基酯(Phosphatidyl glycerol phosphate methyl ester,PGP-Me)、磷脂酰甘油硫酸酯(Phosphatidyl glycerol sulphate,PGS)和8种糖脂;其中3种糖脂为硫酸甘露糖苷葡萄糖二醚(Sulfated mannosyl glucosyl diether,S-DGD-1)、半乳糖苷甘露糖苷葡萄糖二醚(Galactosyl mannosy glucosyl diether,TGD-1)和甘露糖苷葡萄糖二醚(Mannosyl glucosyl diether,DGD-1),其余为未知糖脂。菌株YJ-41~T的16S rRNA基因和rpo B′基因与盐薄片菌属(Halolamina)的成员相关基因相似性分别为97.5%–98.4%和93.1%–94.4%。菌株YJ-41T的G+C mol%为61.4 mol%。【结论】表型、化学分类和系统发育的特性表明,菌株YJ-41T(=CGMCC 1.12859T=JCM 30237T)代表Halolamina属的一个新种,建议命名为海滨盐薄片菌(Halolamina litorea)。     

一株中度嗜盐芽孢杆菌(Bacillus sp. BZ-SZ-XJ39)的微生物学特性

【目的】了解一株来自新疆盐碱湖的中度嗜盐菌(Bacillus sp.BZ-SZ-XJ39)的微生物学特性,为进一步阐明该菌独特的盐适应机制奠定基础。【方法】通过16S rRNA基因序列分析、G+C mol%含量测定、细胞形态和菌落观察、培养条件确定、营养与生理生化指标测定以及细胞化学组分分析等描述该菌的生物特性。【结果】基于16S rRNA基因序列的同源性和系统发育树分析,菌株BZ-SZ-XJ39与Bacillus saliphilus 6AGT(序列相似性为97.5%),Bacillus daliensis DLS13T(96.5%),Bacillus luteus JC167T(96.2%),Bacillus chagannorensis CG-15T(95.5%)和Bacillus agaradhaerens DSM8721T(95.3%)有密切的亲缘关系。基因组DNA G+C含量为44.4 mol%±1.2 mol%(Tm)。菌株BZ-SZ-XJ39为好氧、短杆状、革兰氏阳性菌。菌落呈黄色、圆形凸起、表面光滑且边缘整齐。菌株生长盐度范围为0.5%–28%(最适8%),pH范围为5.5–9.5(最适pH 8.0),温度范围为4–41oC(最适33oC)。菌株BZ-SZ-XJ39合成的主要脂肪酸包括anteiso-C15:0(50.2%)和anteiso-C17:0(16.3%)。合成极性脂为磷脂(PL)、磷脂酰乙醇胺(PE)、磷脂酰甘油(PG)、二磷脂酰甘油(DPG)和磺酸基异鼠李糖基二脂酰基甘油(SQDG)。呼吸醌类型为甲基萘醌(MK-7)。菌株BZ-SZ-XJ39已经在中国普通微生物菌种保藏管理中心(CGMCC1.12936)和日本微生物菌种保藏中心(JCM30194)冻干保藏,在Gen Bank中的序列注册号为KP456019。【结论】基于BZ-SZ-XJ39菌株的遗传型、表型、生理生化以及化学组成特征,初步确定该菌为Bacillus属中的一个新成员。研究将为探索生命在高盐环境中存在的本质提供新素材,也可为生物技术的潜在应用提供新视角。     

高产吲哚乙酸东乡野生稻内生微杆菌KlspL18分离及鉴定

【目的】对分离自东乡野生稻叶组织的高产吲哚乙酸菌株KlspL18进行分类学鉴定。【方法】采用菌株形态、生理生化指标结合16S rRNA基因序列同源性比对以及全基因组测序等方法,对该菌株进行多相分类鉴定,并采用高效液相(HPLC)法测定其产吲哚乙酸的产量。【结果】菌株KlspL18为革兰氏阳性、不形成孢子的棒杆状,接触酶实验阳性,其温度、NaCl浓度和pH值生长范围分别为15–40℃ (最适为28℃)、1%–10%(最适为1%)及6.0–11.0 (最适为7.0),能利用多种糖和有机酸作为碳源。菌株细胞壁氨基酸主要为鸟氨酸,细胞壁多糖为半乳糖和甘露糖,极性脂类为二磷脂酰甘油、磷脂酰甘油和2种未鉴定的糖脂,细胞脂肪酸主要为anteiso-C15:0 (30.33%)、anteiso-C17:0 (31.53%)和iso-C16:0 (14.32%),萘醌类主要为MK-10和MK-11。16S rRNA基因序列分析表明,该菌株与Microbacterium proteolyticum RZ36T相似度为97.64%;全基因组测序分析显示,其G+C含量70.2%,与近缘标准菌株核苷酸同源性(A...     

海滨盐薄片菌——分离自海洋盐田的一个嗜盐古菌新种

【目的】研究分离自我国华南地区阳江盐田的一株嗜盐古菌菌株YJ-41^T,探究其分类学地位。【方法】运用多相分类学方法即通过表型和遗传型特征鉴定,研究菌株YJ-41^T 的分类学地位。【结果】菌株YJ-41^T 的细胞为杆状、革兰氏染色阴性、菌落呈红色。菌株YJ-41^T 的生长温度范围20–50 ℃ (最适为37 ℃)、NaCl 浓度范围2.1–4.8 mol/L (最适为3.1 mol/L)、MgCl₂浓度范围0–1.0 mol/L (最适为0.05 mol/L)、pH 范围5.0–9.0 (最适为pH 7.0)。细胞在蒸馏水中会裂解,维持细胞形态的最低NaCl 浓度为10% (质量体积比)。菌株YJ-41^T 的极性脂为磷脂酸(Phosphatidic acid,PA)、磷脂酰甘油(Phosphatidyl glycerol,PG)、磷脂酰甘油磷酸甲基酯(Phosphatidyl glycerol phosphate methyl ester,PGP-Me)、磷脂酰甘油硫酸酯(Phosphatidylglycerol sulphate,PGS)和8 种糖脂;其中3 种糖脂为硫酸甘露糖苷葡萄糖二醚(Sulfated mannosylglucosyl diether,S-DGD-1)、半乳糖苷甘露糖苷葡萄糖二醚(Galactosyl mannosy glucosyl diether,TGD-1)和甘露糖苷葡萄糖二醚(Mannosyl glucosyl diether,DGD-1),其余为未知糖脂。菌株YJ-41^T 的16S rRNA 基因和rpoB''基因与盐薄片菌属(Halolamina)的成员相关基因相似性分别为97.5%–98.4%和93.1%–94.4%。菌株YJ-41^T 的G+C mol%为61.4 mol%。【结论】表型、化学分类和系统发育的特性表明,菌株YJ-41^T (=CGMCC 1.12859^T=JCM 30237^T)代表Halolamina 属的一个新种,建议命名为海滨盐薄片菌(Halolamina litorea)。     

一株石油烃降解菌新种Marinobacter sp. PY97S的鉴定

【目的】为了对1株从黄海沉积物中分离到的石油烃降解菌新种PY97S进行分类学鉴定。【方法】采用16S rRNA基因序列同源性分析、生理生化指标测定、抗生素抗性实验、DNA G+C含量测定、全细胞脂肪酸组成测定、碳源利用实验、呼吸醌测定以及DNA杂交实验等多种方法对该菌株进行鉴定,并通过降解实验测定其对烷烃的利用情况。【结果】菌株PY97S为海杆菌(Marinobacter),革兰氏阴性,接触酶阳性,氧化酶阳性,主要呼吸醌为Q-9。在GenBank中与其16S rRNA基因序列相似度最高的模式株为Marinobacter koreensisDD-M3T(96.93%),两者DNA-DNA同源性仅为46.7%。菌株PY97S的温度生长范围为15℃-35℃(最适为30℃),NaCl浓度生长范围是0%-10%(最适为0%),初始pH生长范围为pH 6.0-9.0(最适为初始pH7.0)。该菌株可以利用多种糖类和有机酸类的碳源,并对氨苄青霉素、氧哌嗪青霉素等多种抗生素敏感。其DNA G+C含量为48.2 mol%。其主要脂肪酸组成为2-methyl C15∶0(29.97%)、C16∶1ω7c(27.22%)、C12∶0(22.22%)和C16∶1ω9c(5.73%)。【结论】菌株PY97S是1株能够降解多种多环芳烃和烷烃的海洋石油烃降解菌新种,具有应用到溢油污染海洋环境生物修复的潜力。     

干酪乳杆菌的近缘种及亚种部分看家基因的系统发育分析

【背景】16S rRNA基因序列分析已广泛应用于细菌的分类鉴定,但是存在一定局限性,而使用看家基因作为分子标记在近缘种及亚种间的系统发育分析中具有其独特的优势。【目的】研究16S rRNA、uvr C (核酸外切酶ABC,C亚基)和mur E (UDP-N-乙酰胞壁酰三肽合酶)基因序列对干酪乳杆菌的近缘种及亚种的区分能力。【方法】采用分离自传统发酵乳中的6株干酪乳杆菌为研究对象,选取uvr C和mur E基因片段,通过PCR扩增、测序,结合已公布的干酪乳杆菌的近缘种或亚种的相应序列计算遗传距离、构建系统发育树,并与16S rRNA基因序列分析技术进行比较。【结果】研究发现Lactobacilluscasei及相近种间的uvr C、mur E和联合基因(uvr C-mur E)构建的系统发育树拓扑结构与16S rRNA基因结果基本一致,区别在于相似性的不同,其分别为79.00%-99.16%、89.08%-99.20%、76.56%-99.69%和99.58%-100%。基于16S rRNA基因不能区分干酪乳杆菌的近缘种及亚种,而看家基因uvr C和mur E基因序列能够很好地区分干酪乳杆菌的近缘种及亚种,并且将uvr C和mur E基因串联使用后,试验菌株与参考菌株的分类关系更加清晰。【结论】联合基因(uvr C-mur E)可作为16SrRNA基因的辅助工具用于干酪乳杆菌的近缘种及亚种的快速准确鉴定。     

川中丘陵地区大豆根瘤菌遗传多样性与系统发育关系

【目的】研究分离自川中丘陵地区大豆根瘤菌的遗传多样性和系统发育。【方法】采用16S rDNA PCR-RFLP和16S rRNA基因、glnII、共生基因(nodC)系统发育分析的方法进行研究。【结果】供试未知菌的16S rDNA用4种限制性内切酶(HaeⅢ、HinfⅠ、MspⅠ及TaqⅠ)酶切后获得5种16S遗传图谱类型。16S rDNA PCR-RFLP结果表明,所有供试菌株在83%水平分为慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)和中华根瘤菌属(Sinonrhizobium)两大类群,而75%的菌株为中华根瘤菌。6个代表菌株的16S rDNA、glnII和nodC三个位点基因的系统发育结果基本一致,4株与S.fredii USDA205T相似度最高;有2株分别与B.yuanmingense CCBAU10071T、B.diazoefficiens USDA110T相似度最高。4个Sinonrhizobium代表菌株16S rDNA、glnII序列相似度分别为98.3%-99.9%、98.2%-100%,但它们的nodC基因序列完全相同。【结论】川中丘陵地区大豆根瘤菌具有较丰富的遗传多样性,S.fredii为优势种。     

一株新的耐辐射菌Deinococcus guangxiensis sp.nov.的分离鉴定及耐辐射特性分析

摘要：【目的】从广西大学辐射中心辐射源附近被常年辐射的水样中分离并鉴定出新的耐辐射菌株,并对其耐辐射特性进行研究。【方法】通过GBM培养基分离培养得到一株新的耐辐射菌株,命名为WGR700T。应用生理生化试验,脂肪酸含量,(G+C) mol％含量测定以及16S rRNA序列同源性分析等方法对菌株进行鉴定,同时对WGR700T的耐辐射特性进行分析。【结果】菌株WGR700T为革兰氏阴性,杆状,没有鞭毛,不能运动,厌氧并能产生红色素。最佳生长温度和PH分别为37℃和pH7.0,主要的呼吸醌是MK-8,细胞壁内还有鸟氨酸,主要脂肪酸为16:1ω7c, 16:0, 15:1ω6c, iso-15:0和 iso-17:0。G+C含量为64.7mol%。菌株WGR700T具有很强的UV(>728 J/m2)和电离辐射抗性(D10 = 9.8 kGy)。菌株WGR700T和奇异球菌属（Deinococcus）内其它菌种16S rRNA有很高的相似性（87.1-95.6%）。【结论】根据16S rRNA及生理生化特征区别,菌株WGR700T应是奇异球菌属的一个新种,命名为Deinococcus guangxiensis sp. nov. 模式菌株为WGR700T(= CGMCC1.7045T =CICC 10360T = JCM 15082T)。     

嗜盐嗜碱杆菌属的一个新种

从内蒙古自治区哈马台碱湖分离到一株多形态嗜盐嗜碱菌(编号HAM—2),其生长的NaCI浓度范围为12％～30％,最适17.5％;生长的pH范围为7.8～10.4,最适pH9.0～9.5。革兰氏染色阴性。细胞为不规则杆状、椭圆形、三角形等多形态,细胞大小为1.0～2.0×2.0～5.Oμm。该菌株主要极性脂是磷脂酰甘油磷酯(PGP)和磷脂酰甘油(PG),还含有一种未知的次要磷脂成分(PL4)。DNA中G+C含量为59.5mol％。根据这些特征,菌株可归入嗜盐嗜碱杆菌属,又根据细胞形态和极性脂组份不同于该属正式承认的三个种,因此,鉴定此菌株为嗜盐嗜碱杆菌属(Natronobacterium)的—个新种,定名为内蒙古嗜盐嗜碱菌(Natronobacterium innermongoliae Sp.nov.)。     

高效薄层色谱测定湛江等鞭金藻培养过程脂质变化

【目的】研究湛江等鞭金藻(Isochrysis zhangjiangensis)由氮元素丰富至限制培养过程中脂质成分的变化。【方法】利用高效薄层色谱(HPTLC)分离分析微藻中脂质。【结果】随着培养基中营养物质的消耗,细胞逐渐处于胁迫状态,在这种状态下,细胞大量积累贮存脂质—甘油三脂(TAG),组成生物膜系统的单半乳糖甘油二脂(MGDG)、硫代异鼠李糖甘油二脂(SQDG)、磷脂酰甘油(PG)和磷脂酰胆碱(PC)含量降低,而游离脂肪酸(FFA)、甘油二脂(DAG)、双半乳糖甘油二脂(DGDG)、磷脂酰肌醇(PI)和磷脂酰乙醇胺(PE)则相对稳定。【结论】HPTLC可作为一种简便、可靠的微藻中脂质分离分析方法,为研究微藻油脂代谢途径以及甘油三脂(TAG)的调控积累提供有效手段。     

小溪自然保护区非盐环境土壤中嗜盐和耐盐菌多样性

【目的】研究湖南小溪国家级自然保护区普通非盐环境(ordinary non-saline environment)土壤样品中可培养嗜盐及耐盐细菌(含放线菌)多样性。【方法】采用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对样品中嗜盐及耐盐细菌多样性进行研究。【结果】用补充5%-20%(w/v)NaCl的MA、ISP2、ISP5、NA和HAA培养基从土壤样品中分离到114株细菌,其中8株为中度嗜盐菌,19株为轻度嗜盐菌,87株为耐盐菌。根据形态观察和部分生理生化实验结果去冗余,选取61个代表性菌株进行基于16S rRNA基因序列的系统发育多样性分析。结果表明,这些菌株属于细菌域(Bacteria)的3个大的系统发育类群(门;phylum)(Actinobacteria,Firmicutes,Proteobacteria)的16个科、18个属,代表了41个物种。多数菌株属于Firmicutes门(38株,62.3%)和Actinobacteria门(18株,29.5%)。大多数菌株与其系统发育关系最密切的已知物种的典型菌株之间存在一定的遗传差异(16S rRNA基因序列相似性为96.9%-99.8%),其中有7个菌株(JSM070026,JSM081004,JSM081006,JSM081008,JSM083058,JSM083085,JSM084035)代表7个潜在新种(potential novel species)。【结论】研究结果表明,湖南小溪国家级自然保护区普通非盐环境土壤中存在较为丰富的可培养嗜盐及耐盐细菌多样性,并且潜藏着较多新的微生物类群(物种)。     

1株喜盐Actinopolyspora菌属新种的系统分类

1株嗜盐、产丝放线菌新种TRM4064分离自四川大英盐湖。它的分类地位通过多相分类技术被证明。16S rRNA基因序列系统发育分析表明:菌株TRM4064在多孢放线菌属中形成一个独立的分支单元,同近缘物种Actinopolyspora mortivallis的同源性为98.8%,与它的DNA-DNA杂交值为23.2%,同Actinopolyspora菌属另外有效命名物种的相似性小于97%。菌株TRM4064的最适生长温度是37℃,最适生长pH为7.0,最适生长盐浓度为13%;细胞水解糖为木糖、葡萄糖、核糖和阿拉伯糖,主要的醌型是MK-10(H4)(38.2%)、MK-9(H4)(25.1%)、MK-9(H2)(28.6%)和MK-8(H4)(7.3%),主要的脂肪酸是anteiso-C17:0(36.9%)和iso-C17:0(19.3%),细胞磷脂是心磷脂、磷脂酰甘油、卵磷脂、磷脂酰肌醇和2个未知的磷脂类型。综合其表型、化学型及其分子遗传学等指标表明菌株TRM4064为多孢放线菌属的一个新成员。     

苜蓿根瘤菌17560细胞膜膜脂组成分析及DGTS合成基因克隆与表达

【目的】分析一株分离自黑龙江省的苜蓿根瘤菌在低磷胁迫及正常磷含量条件下细胞膜脂的组成,并从该菌中克隆和鉴定细胞膜无磷脂二酰基甘油三甲基高丝氨酸(DGTS)合成基因。【方法】分别在不同磷含量的Sherwood基本培养基中进行根瘤菌培养,采用Bligh-Dyer方法提取细胞膜脂,以文献报道Sinorhizobium meliloti(苜蓿中华根瘤菌)菌株1021的脂类图谱和磷脂PE、PG、PC标准品作为参照,利用薄层层析方法分析不同磷含量条件下培养菌株的细胞膜脂组成。根据GenBank中已发表的DGTS合成基因btaA和btaB序列设计引物,以产DGTS菌株基因组DNA为模板,扩增btaA和btaB同源基因,并在E.coil BL21(DE3)表达。同时检测表达菌株是否合成细胞膜无磷脂DGTS以验证基因功能。对菌株17560进行16S rRNA基因序列分析。【结果】分离自黑龙江省的苜蓿根瘤菌17560与Sinorhizobium meliloti的16S rRNA基因序列相似性高达99.8%,但其细胞膜脂组成明显不同于参比菌株Sinorhizobium meliloti 1021的膜脂组成。在低磷胁迫条件下,该菌株的细胞膜脂主要由OL和DGTS等无磷脂组成,但OL的组成明显不同,该菌株含有3种不同类型的鸟氨酸脂(OLs),而参比菌株Sinorhizobium meliloti 1021只含有一种类型的鸟氨酸脂(OL)。在正常磷含量条件下,该菌株的细胞膜脂主要由PE和一种未知的含氨基磷脂组成,PG与PC的含量均较少,而参比菌株Sinorhizobium meliloti 1021的细胞膜脂主要由PE、PG与PC组成。通过PCR扩增从产DGTS菌株17560中获得1 913 bpDNA片段,经序列分析发现其中有两个ORF与菌株Sinorhizobium meliloti 1021的btaA和btaB基因序列相似性均为99%。将该DNA片段克隆于pET-30a(+)得到重组质粒pLH01,转化宿主菌获得表达菌株E.coli BL21(DE3).pLH01,经IPTG诱导后产生相对分子量约为45 kD和25 kD的蛋白。薄层层析验证重组菌细胞膜脂组成,结果表明,表达菌株E.coliBL21(DE3).pLH01可以在IPTG诱导后合成无磷脂DGTS,而转入空载体pET-30a(+)的阴性对照菌株E.coli BL21(DE3).pET-30a(+)则不能合成。【结论】系统发育地位相同的苜蓿根瘤菌株的细胞膜脂组成明显不同;苜蓿根瘤菌的细胞膜组成随培养基中的磷含量不同而变化,低磷胁迫条件下其细胞膜脂主要由OL和DGTS等无磷脂组成;在Sinorhizobium膜脂中首次发现一种未知的氨基磷脂及3种不同类型的鸟氨酸脂(OLs);从菌株17560中克隆获得2个DGTS合成基因btaA和btaB,在大肠杆菌中成功表达,并证实了所表达基因的功能。     

一株高效降解木糖的耐酸、嗜热厌氧杆菌的生理特性及产物分析

【目的】分离高效降解木糖的嗜热厌氧杆菌菌株,用于发酵生产生物燃料乙醇,为后继的构建基因工程菌株及联合生物工艺提供材料。【方法】运用亨盖特厌氧操作技术从胜利油田油层采出液两年的富集样中分离到一株嗜热厌氧杆菌xyl-d。采用形态学观察、生理生化指标鉴定及基于16S rRNA的系统发育学分析确定其分类地位。【结果】菌株xyl-d为革兰氏阴性厌氧杆菌,菌体大小为(1.35-5.08)μm×(0.27-0.40)μm,单生、成对或成簇生长,芽胞圆形,端生。温度生长范围30-85℃(最适温度65℃);pH范围3.0-10.0(最适pH 7.5);NaCl浓度范围0%-4%(最适NaCl浓度2.0%)。发酵D-木糖的产物是乙醇、乙酸、CO2及少量的异丁醇、丙酸。菌株xyl-d的(G+C)mol%含量为45.6%,与热厌氧杆菌属模式菌株威吉利热厌氧杆菌(Thermoanaerobacter wiegelii)DSM10319T及嗜热乙醇杆菌(Thermoanaerobacter ethanolicus)DSM2246T的16S rRNA序列相似性均为99.3%。菌株利用D-木糖产乙醇的最佳初始pH为8.5;少量酵母粉能刺激生长并显著提高发酵D-木糖的产醇率,使乙醇成为主要的发酵产物;培养基中乙醇浓度达到7%(V/V)时菌体生长受到抑制,最佳生长条件下D-木糖的降解率可达91.37%,最佳产醇条件下发酵1摩尔D-木糖可产生1.29摩尔的乙醇。【结论】菌株xyl-d是从特殊生境(油藏)中分离到的一株高效降解D-木糖的耐酸、嗜热的厌氧杆菌,其为半纤维素降解产乙醇的联合生物工艺提供了菌源。     

一株分离自胡杨的赖氨酸芽孢杆菌(Lysinibacillus)ML-64的微生物学特性

摘要:【目的】从胡杨茎秆液中分离得到的一株菌株ML-64,对其进行微生物学特性的分析。【方法】通过细菌培养和染色的方法进行了形态和培养特征的检测,使用多相分类学方法测定菌株的各项生理生化指标,脂肪酸组分、醌组分、极性脂类型、16S rRNA基因系统发育分析、(G+C)mol%含量的测定和DNA-DNA杂交分析。【结果】菌株ML-64为革兰氏阳性菌,杆状,产生芽孢。菌落为圆形,淡黄色,表面光滑。菌株生长温度范围为10－45℃(最适37℃),pH范围为7.0－9.0(最适pH7.0),NaCl浓度范围为0－6%(W/V) (最适0－2%)。菌株ML-64 的类脂酯酶,精氨酸双水解酶,脲酶活性和VP-实验为阳性。在API 50CH酶活性检测实验中菌株不能发酵任何糖类。可利用的碳源有: L-丝氨酸,丙酮酸甲酯,α-酮-丁酸,乙酰乙酸。对多粘菌素B(30 μg)、新生霉素(30 μg)、青霉素G(10 U)不敏感。16S rRNA基因序列分析结果表明,菌株ML-64T与ysinibacillus chungkukjangi 2RL3-2T,Lysinibacillus sinduriensis BLB-1T有密切亲缘关系。相似率分别为100%和99.1%。菌株ML-64与Lysinibacillus chungkukjangi 2RL3-2T和Lysinibacillus massiliensis CIP108446T之间的杂交率分别为82%和50.9%。基因组DNA(G+C)mol%含量为36.8%。菌株ML-64优势脂肪酸类型为iso-C15:0(55.05%)和anteiso-C15:0(20.70%),醌组分类型是MK-7。【结论】基于表型特征、遗传型特征和系统发育分析,将菌株定为Lysinibacillus chungkukjangi的新变种,获得序列注册号为KC609752。胡杨内生菌ML-64的基因组结构已与最近源菌株L．chungkukjangi产生了较大的分化,选择性地适应了胡杨内生环境。     

硇洲岛海胆可培养细菌的多样性

摘要：【目的】研究南海硇洲岛马粪海胆（Hemicentrotus pulcherrimus）可培养细菌多样性。【方法】采用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对样品中细菌（含放线菌）多样性进行研究。【结果】用补充0～2.0 mol/L NaCl的MA、ISP 2、NA、SWA和HAA培养基从海胆样品中分离到106株细菌菌株,根据形态观察和部分生理生化实验结果去冗余,选取34个代表性菌株进行基于16S rRNA基因序列的系统发育多样性分析。结果表明,这些分离菌株代表21个物种,属于3个大的系     

大连渤海老虎滩海域沉积物可培养放线菌的多样性

【目的】研究大连渤海老虎滩海域可培养放线菌的多样性。【方法】利用5种不同的培养基分离、培养海洋沉积物中的放线菌,并用16S rRNA基因序列对部分放线菌株进行系统发育分析。【结果】根据菌落表型共分离到1215株放线菌。选择271株具有代表性的菌株进行16S rRNA分析,结果表明,251株(92.26%)属于放线菌门,覆盖11个科,15个属;其余20株属于厚壁门和变形菌门;有7株为潜在的新种。【结论】大连渤海老虎滩海域的沉积物中存在较为丰富的放线菌和新种资源,这些菌株为将来开发新的微生物代谢产物奠定了基础。     

一株深海热液环境来源的PAHs降解菌TVG9-Ⅶ的系统发育与降解基因

【目的】对一株深海热液环境来源的多环芳烃(PAHs)降解菌进行系统发育分析并对其降解特性和降解机制进行研究。【方法】对16S rRNA基因进行扩增和测序,进行基于16S rRNA基因序列的系统发育分析;利用GC-MS测定其对PAHs的降解率;通过构建基因组Fosmid文库,克隆PAHs降解基因簇;并利用RT-PCR和qPCR研究关键降解酶基因在不同PAHs诱导下的表达情况。【结果】从西南太平洋劳盆地热液沉积物中分离到一株PAHs降解菌株TVG9-Ⅶ,系统发育分析结果表明,该菌株属于新鞘氨醇杆菌属(Novosphingobium),与该属的Novosphingobium indicum H25T系统发育关系最为密切,它们的16S rRNA基因序列相似性高达99.7%。该菌株在21 d内对菲、荧蒽和芘的降解率分别为95.2%,57.3%和69.6%。从Fosmid文库中筛选得到一个负责PAHs降解的上游基因簇,包含了PAHs起始降解双加氧酶大小亚基(pheA1a/b)基因和一个脱氢酶基因;RT-PCR和qPCR实验表明,双加氧酶大亚基基因pheA1a在菲的诱导下上调表达4.2倍,而在萘及高环荧蒽和芘的诱导下无上调。【结论】菌株TVG9-Ⅶ是Novosphingobium属深海热液来源的PAHs降解菌,具有良好的降解特性,特别是对高环PAHs的降解效果较好。     

河南省白龟山水库下游水体氨化细菌分离鉴定及其降解有机氮条件

【目的】从河南省白龟山水库下游水体中分离筛选氨化细菌,并研究其降解有机氮的条件。【方法】利用选择性培养基从微污染水源水中筛选氨化细菌,进一步比较了不同氨化细菌降解有机氮的效果;采用单因子法研究菌株N24降解有机氮的条件;通过形态、生理生化特征及16S rRNA基因序列分析对菌株N24进行鉴定。【结果】从微污染水源水中分离筛选到4株氨化细菌,其中菌株N24培养48 h后氨氮浓度较高,达到138.926 mg/L。菌株N24降解有机氮最适温度为30-35°C,最适初始pH值为6.0,500 mL摇瓶最适装液量75 mL。菌株N24被鉴定为弯曲芽孢杆菌(Bacillus flexus,GenBank登录号:JX291240.1),其16S rRNA基因序列与基因库中芽孢杆菌属菌株的16S rRNA基因序列有99%-100%的相似性,与弯曲芽孢杆菌(Bacillus flexus IFO15717T,GenBank登录号:NR024691.1)的遗传距离最近。【结论】菌株N24是一株高效降解有机氮的弯曲芽孢杆菌;本研究丰富了降解有机氮菌种资源,可为该菌在环境工程领域的实际应用提供理论基础。