九香虫水煎液主要成分分析及对乳腺癌细胞增殖的抑制作用

为检测九香虫水煎液对乳腺癌细胞体外增殖的影响及分析其主要成分,通过制备九香虫水煎液,利用MTT法、形态学观察及细胞划痕实验检测九香虫水煎液对人乳腺癌细胞MDA-MB-453及小鼠乳腺癌细胞4T1增殖和迁移的影响,采用GC-MS技术分析九香虫水煎液的主要化学成分。结果表明,九香虫水煎液对人乳腺癌MDA-MB-453及小鼠乳腺癌4T1细胞的体外增殖具有显著的抑制作用,且呈剂量相关性,IC 50分别为0.034、0.101 g/mL,其对4T1细胞的迁移具有抑制作用。九香虫水煎液对乳腺癌细胞的增殖及迁移抑制作用可能与其中含有具抗肿瘤功效的反丁烯二酸、3,4-二羟基苯甲酸、腺苷、尿苷、棕榈酸等物质相关。     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪抗肝癌的作用机制研究

基于网络药理学及分子对接探讨黄芪抗肝癌的活性成分与分子作用机制.通过TCMSP数据库获取黄芪活性成分,Swiss Target Prediction预测成分靶点,采用Genecards数据库与OMIM数据库搜集肝癌靶点,Venny相映射黄芪抗肝癌的作用靶点,String数据库结合Cytoscape 3.7.2软件绘制肝...     

基于网络药理学的谷糠结合态多酚抗乳腺癌机制研究

本研究旨在探讨谷糠结合态多酚(bound phenol of inner shell,BPIS)发挥抗乳腺癌细胞活性的作用机制。首先采用细胞计数法检测BPIS对乳腺癌细胞以及正常乳腺细胞活性的影响;然后综合运用SEA、SIB以及GeneCards等数据库获得BPIS和乳腺癌的相关靶点,并分析活性成分与作用靶点的互作网络以及通路。本研究筛选得到BPIS抗乳腺癌相关靶点39个,主要涉及糖脂代谢和细胞自噬等生物过程以及MAPK、PI3K/AKT、FoxO等多条信号通,表明BPIS抗乳腺癌是多成分、多靶点、多通路协同作用的过程,而与细胞死亡相关的细胞自噬很可能在BPIS抑制乳腺癌过程中发挥主要作用。     

基于网络药理学的大黄治疗阿尔茨海默病作用机制研究

基于网络药理学探讨大黄治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制.借助TCMSP数据库及Uniprot数据库筛选出大黄有效成分及靶点基因.通过Drugbank、Dis Ge NET和TTD数据库筛选出阿尔茨海默病的靶点基因;成分靶点与疾病靶点映射后使用Cytoscape 3.7.1软件构建药物有效成分-靶点蛋白相互作用网络,使...     

基于网络药理学的四君子汤治疗阿尔茨海默病作用机制研究

基于网络药理学探讨四君子汤治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制.借助TCMSP数据库及Uniprot数据库筛选出四君子汤有效成分及靶点基因.通过Drugbank、Dis Ge NET和TTD数据库筛选出阿尔茨海默病的靶点基因;成分靶点与疾病靶点映射后使用Cytoscape 3.7.1软件构建药物有效成分-靶点蛋白相互作用...     

基于网络药理学探讨丹参-丹皮配伍抗脑缺血损伤的作用机制

本文旨在通过网络药理学和分子对接方法探讨丹参-丹皮活性成分治疗脑卒中的潜在分子机制.首先基于中药系统药理学分析平台筛选丹参、丹皮的活性成分及其作用靶点,利用CTD、TTD和GeneCards数据库收集脑卒中相关靶点.然后将药物和疾病靶点取交集,借助STRING数据库获取靶点间相互作用关系,利用R语言的Cluster-P...     

基于网络药理学分析瑞香素抗多种肿瘤的作用机制及体外实验验证

基于网络药理学预测瑞香素抗恶性胶质瘤、肝癌和三阴性乳腺癌的共同靶点及可能机制,并对其进行体外实验验证。利用Swiss Target Prediction和GeneCards等数据库检索瑞香素与恶性胶质瘤、肝癌和三阴性乳腺癌的共同靶点。使用Cytoscape构建瑞香素-三种肿瘤蛋白质相互作用网络图(PPI)并筛选出核心靶点,并对核心靶点进行GO及KEGG富集分析;通过AutoDock Tools对瑞香素与核心靶点进行分子对接。体外实验验证:采用CCK-8和Western blot法行体外实验验证不同浓度瑞香素对U-251 MG、HepG-2和MDA-MB231细胞系细胞抑制率和P53、RRM2蛋白的表达水平的影响。共筛选出瑞香素抗三种肿瘤核心靶点56个,富集分析显示靶点富集在P53通路和癌症通路,参与细胞周期调节、细胞凋亡、DNA生物合成和修复等生物过程;分子对接结果显示瑞香素与P53、RRM2有较好的结合作用。体外验证实验显示,与对照组比较,瑞香素能显著抑制U-251 MG、HepG-2、MDA-MB231的增殖(P<0.01),并显著上调其P53蛋白及下调RRM2蛋白的表达,且...     

基于网络药理学的柿果药理功能定位及作用机制

基于网络药理学,通过国内外文献检索获取柿果中的化合物,采用Swiss target prediction数据库对化合物进行潜在靶点垂钓以探讨柿果的药理功能定位及作用机制。以Cytoscape软件构建化合物-靶点网络,靶点-疾病名称-疾病分类网络,同时对靶点进行蛋白相互作用(PPI)网络构建,采用DAVID数据库对靶点进行通路富集分析。本研究共收集到柿果中16个化合物,可作用于68个靶点,这些靶点主要作用于心血管疾病、神经精神性疾病等。PPI网络图包含84个节点,226条边,其中degree值排前10的关键蛋白分别为ERS1、PGS2、MMP2、TIMP1、MMP9、MMP1、AR、SLC6A3、PRKCB、CYP19A1。上述靶点可调节氮素代谢、血清素能突触以及TRP通道炎症介质的调节等信号通路。本研究为阐明柿果的药理功能定位及其作用机制研究提供了可靠的依据。     

基于网络药理学的益母草治疗产后腹痛的潜在分子机制研究

本文通过网络药理学方法探讨益母草治疗产后腹痛的潜在分子机制。首先根据TCMSP数据库和文献挖掘益母草的活性成分,在TCMSP、Swiss Target Prediction、Similarity ensemble approach平台上检索活性成分靶点,在OMIM、GeneCards上检索产后腹痛靶点,得到益母草-产后腹痛交集靶点。利用STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络,接着利用Cytoscape软件对PPI网络进行拓扑分析,并对拓扑分析筛选出的核心靶点进行基因本体论(Gene Ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析。最后利用免疫组化实验验证益母草对流产大鼠模型子宫组织中PGF2αR、MMP9、TIMP1、VEGFA、VEGFR2蛋白表达水平的影响。最终得到益母草活性成分10种,与产后腹痛相关靶点144个;通过PPI网络分析筛选出118个靶点,进一步拓扑分析后得到98个节点;然后对这98个节点进行GO和KEGG注释。GO分析得到1151个生物过程(BP)条目,97个细胞组成(CC)条目,122个分子功能(MF)条目;KEGG分析得到41条通路,主要涉及雌激素、PI3K-Akt、MAPK、HIF-1信号通路等。最后免疫组化实验证明益母草可显著抑制流产模型大鼠子宫组织中PGF2αR、MMP9蛋白上调和TIMP1、VEGFR2蛋白下调。本研究通过网络药理学和免疫组化实验验证,显示益母草治疗产后腹痛是多成分、多靶点、多途径相互作用的结果,为益母草的临床应用提供了一定的理论依据。     

基于网络药理学探讨野生砂生槐生物活性机制

目的:基于成分-靶点-通路的网络药理学探讨野生植物砂生槐的生物活性机制,为野生砂生槐资源充分的开发和合理利用奠定基础.方法:PubChem、PharmMapper数据库筛选砂生槐化学成分药效团潜在靶点,Uniprot数据库对获得靶点进行UniProt ID校正和转化,STRING数据库构建蛋白互作网络,Cytoscap...     

甘草抗动脉粥样硬化机制的网络药理学研究

利用网络药理学方法探讨甘草在抗动脉粥样硬化中的分子机制。本研究利用中医药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)分析甘草中的有效活性成分,并获得有效成分的作用靶点。通过Cytoscape软件构建可视化靶点互相作用网络,对网络中的关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和KEGG通路富集分析。结果显示甘草中40种有效活性成分的预测靶点共97个,47个靶点与动脉粥样硬化(AS)相关,其中18个是血管保护药物和脂质修饰药物的作用靶点,表明甘草可作为调控AS发展的药物。基于97个预测靶点的GO富集分析,发现甘草可参与多种生物学过程,尤其是应对外源性刺激,以及参与细胞凋亡等过程。通过构建甘草靶点与AS疾病靶点相互作用网络(PPI),确定了AKT1、MAPK3、MAPK1、JUN和CASP3等关键靶点,并对关键靶点进行KEGG富集分析,结果表明甘草主要影响调控细胞增殖、生存以及凋亡的细胞信号转导相关通路,并激活先天免疫相关信号通路,调节炎性细胞因子释放,从而发挥抗动脉粥样硬化作用。甘草具有多成分、多靶点、多途径的作用特点,主要通过PI3K-AKT信号途径、MAPK信号途径、NOD样受体信号通路调控细胞增殖和凋亡,同时发挥免疫调控作用,从而影响动脉粥样硬化的发展,由此可见,甘草可作为动脉粥样硬化疾病治疗的候选中草药。     

基于网络药理学探讨皂角刺治疗乳痈的作用机制

摘要 目的：基于网络药理学探讨皂角刺治疗乳痈的作用机制。方法：通过建立皂角刺药物靶点数据集、乳痈相关疾病靶点数据集，构建皂角刺治疗急性乳腺炎的蛋白互作（PPI）网络，构建并分析"皂角刺活性成分-潜在靶点-急性乳腺炎"网络。开展基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，探讨皂角刺治疗乳痈的可能机制。结果：共得到皂角刺活性成分11个，筛选出活性成分所对应的不重复靶点共97个，其中1个活性成分无对应靶点。通过搜集GeneCards 和OMIM数据库，共得到292个急性乳腺炎的相关靶点基因。将疾病靶点基因与药物活性成分所对应的靶点进行比对后，得到10个交集靶点，即皂角刺治疗急性乳腺炎的潜在靶点。皂角刺活性成分按degree值排前3名的依次为槲皮素（quercetin）、漆黄素（fisetin）、山奈酚（kaempferol），其中皂角刺治疗乳痈的靶点包括白细胞介素-6（IL-6）、表皮生长因子受体（EGFR）、酪氨酸激酶受体2（ERBB2）、细胞间黏附分子-1（ICAM1）、雌激素受体1（ESR1）等5个关键靶点，主要涉及乳腺癌疾病通路、TNF信号通路和雌激素信号通路等3条信号通路。结论：皂角刺治疗乳痈的作用机制可能与机体的炎症反应以及雌激素水平变化等密切相关。     

基于网络药理学和分子对接探讨金钱草治疗痛风的作用机制

本研究采用网络药理学和分子对接方法探讨金钱草治疗痛风的作用机制.通过检索TCMSP、TCMID、ETCM、Sym-Map、BATMAN-TCM数据库,并在PubMed、中国知网、万方数据库进行文献挖掘,获取金钱草活性成分;通过GeneCards、TTD、OMIM和DisGeNET数据库收集痛风靶点,并将活性成分靶点与疾...     

基于网络药理学的大枣补血机制初探

目的：应用网络药理学研究策略对大枣补血机制进行分析、探讨。方法：通过文献和TCMSP平台获取大枣的成分,根据成分的含量、口服生物利用度（Oral Bioavailability, OB）、类药性（Drug Likeness, DL）综合筛选出大枣潜在有效成分,通过DisGeNET和BATMAN-TCM平台获取大枣补血的潜在靶点并进行富集分析,应用Cytoscape 3.7.1软件构建“大枣-有效成分—补血靶点—核心通路”网络。结果：以可视化图表的形式较直观的展现及分析了大枣的荷叶碱、原卟啉、环磷酸腺苷等15个有效成分通过影响IL6、TNF、IGF1等52个补血靶点进而调控造血细胞系通路、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路的潜在核心补血机制。结论：本研究成功的通过网络药理学预测及分析了大枣多成分、多靶点、多通路调控的补血机制,为进一步系统的开展大枣补血机制研究及大枣相关药物、保健食品的研发提供科学依据。     

基于网络药理学的枇杷叶抗肺纤维化机制研究

目的:基于网络药理学和分子对接方法,分析枇杷叶治疗肺纤维化机理和分子靶点.方法:本研究通过对TCMSP数据库、Uniprot数据库、Stitch数据库以及GeneGards等多个数据库的数据挖掘,筛选枇杷叶主要活性成分及其靶点并获得肺纤维化相关交集靶标基因,利用Cytoscape 3.7.2软件构建靶蛋白互作网络图和药...     

九香虫防御分泌物的作用网络分析

【目的】释放防御分泌物在生物的进化、天敌防御、信息传递及生长发育和繁殖过程中具有重要作用。本文旨在探究网络药理学方法用于生物防御分泌物研究的可行性。【方法】以九香虫Aspongopus chinensisDalls为例,在已知其防御分泌物成分的基础上,运用网络药理学和生物信息学方法分析生物分泌物的作用。【结果】九香虫防御分泌物成分复杂,且5/12的成分未在数据库中预测到靶点,相关研究缺乏;生物信息分析结果表明,防御分泌物的作用靶点分布广泛,在代谢、信息传递等生物进程及酶、受体功能活性等分子功能上扮演了重要角色,且可能与化学致癌、信息传递及生殖细胞成熟等多种通路密切相关。【结论】九香虫防御分泌物成分复杂,且具有信息传递和机体代谢等功能活性。     

基于数据挖掘及网络药理学探讨乳香-没药治疗乳腺癌的作用机制

本文基于数据挖掘、网络药理学及分子对接方法,探讨乳香-没药药对治疗乳腺癌的分子机制.采用Apriori关联规则算法挖掘出乳香-没药药对并建立决策树模型,使用Cytoscape软件构建化合物-靶点可视化网络及蛋白互作网络,再运用David数据库进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,并对有效成分-靶点拓扑分析所得...     

基于网络药理学和分子对接探究薰衣草治疗睡眠障碍的作用机制

目的：利用网络药理学和分子对接预测薰衣草治疗睡眠障碍（SD）的主要活性成分、作用靶点及潜在作用机制。方法：检索中国知网（CNKI）、Web of Science(WOS)数据库中关于薰衣草的相关文献,结合TCMSP数据库筛选主要活性成分,利用SwissTargetPrediction和PharmMapper 2个数据库获取活性成分的靶点,再利用GeneCards、OMIM、TTD和DrugBank 4个数据库检索疾病基因,并经Venn工具得到两者交集的潜在作用靶点。利用Cytoscape 3.9.1软件构建“药物-成分-靶点”相互作用网络,利用STRING 11.5数据库筛选置信度≥0.9的靶点,构建PPI网络。利用Enrichr数据库对交集基因进行GO富集分析及KEGG通路分析。利用AutoDockTools 1.5.7软件对活性成分与核心靶点进行分子对接,利用PyMOL 3.8软件进行可视化分析。结果：共获得13个活性成分和192个潜在作用靶点,活性成分为亚油酸乙酯、木犀草素、乙酸芳樟酯、熊果酸及芳樟醇,hub基因为STAT3、MMP9、PTPN11、MAPK1及IL2;作用机制主...     

基于网络药理学的玫瑰花潜在药理及保健作用机制

基于网络药理学探讨药食同源玫瑰花的有效化合物及其潜在药理及保健作用机制。利用中药系统药理学技术平台(TCMSP)和蛋白质相应作用平台(STRING),过滤玫瑰花的有效化合物及对应作用靶点;运用Cytoscape 3.7.0软件建立并分析玫瑰花有效化合物-作用靶点网络;利用STRING数据库平台和Cytoscape 3.7.0软件建立并分析玫瑰花有效化合物作用靶点PPI网络;利用Bioconductor对作用靶点进行生物功能注释(GO)和KEGG通路富集分析。结果显示:玫瑰花中的番茄红素、Rubixanthin、Rugosin A、β-谷甾醇、豆甾醇、Cyanine、维生素E、去甲氧基茵陈色原酮、β-胡萝卜素和槲皮素10个有效化合物可能通过AGE-RAGE、TNF、IL-17和HIF-1等161条信号通路作用于PTGS2、NCOA2、PTGS1、BCL2、CASP9、JUN、CASP3和CASP8等154个作用靶点,发挥抗氧化、抗肿瘤、抗炎、抗病毒、免疫调节和保肝等药理作用以及降糖、降脂、抗衰老及改善皮肤等保健功能。玫瑰花发挥药理及保健作用具有多成分、多靶点和多途径的特点,研究结果可为玫...     

基于网络药理学和分子对接探析槲皮素对抑郁的作用机制

应用网络药理学及分子对接技术探究槲皮素治疗抑郁的潜在机制。从SwissTargetPrediction、Superpred数据库中筛选出“槲皮素”相关靶点;从OMIM、Genecards数据库中筛选出“抑郁”的相关靶点。通过Jvenn获得二者的共同蛋白质靶点信息后,使用Cytoscape软件构建蛋白质互作网络,并对hub基因进行筛选。使用David平台对相同靶点进行GO、KEGG等富集分析。最后采用分子对接技术进行准确性检验。PPI网络中共有103个节点,536条边,其中SRC、MTOR、EGFR、AKT1、PTK2等靶点度值排名较高。GO、KEGG富集分析结果表明,槲皮素对抑郁的作用主要涉及凋亡过程的负向调节、信号转导、蛋白磷酸化反应等生物学过程。信号通路主要包括HIF-1、ErbB、磷脂酶D信号传导、神经营养素信号传导等。分子对接结果显示SRC、MTOR、AKT1等靶点与槲皮素结合程度较好,且在KEGG通路中富集。揭示了槲皮素作用于抑郁的潜在靶点及机制,以期望研制出治疗抑郁症新药物。