基于沙眼衣原体ompl基因限制性片段长度多态性和测序法用于女性生殖道感染沙眼衣原体基因分型

沙眼衣原体D-K型见于女性生殖道感染,尤其是宫颈感染的主要病原体,基因分型针对编码主外膜蛋白(MOMP)编码基因(ompl)多态性,CT各型ompl基因长度略有差异,总长度均在1.1 kb左右,使用ompl基因限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)进行分型,但是不同的引物设计和实验条件,结果的判读不同,结合ompl基因测序法,能构建出不同实验条件下PCR-RFLP酶切图谱,便于临床判读,并且通过BLASTA及多序列比对发现ompl基因序列碱基变异。收集2010年1月至2014年5月在柳州市人民医院就诊的宫颈脱落细胞沙眼衣原体阳性女性,结合omp1基因测序法进行分型,建立反应体系,通过ompl基因测序结果比对,确定本实验条件的参考酶切图谱,用于临床标本的CT分型检测。基于ompl基因的PCR-RFLP技术是目前沙眼衣原体基因分型临床可运用的方法。     

沙门氏菌分型研究进展

沙门氏菌是重要的致病菌之一,该菌属型别繁多。沙门氏菌的分型方法可分为以表型特征为依据的表型分型方法和以基因特征为依据的分子分型方法。沙门氏菌的表型分型主要有血清分型和噬菌体分型。分子分型主要有分子血清分型、脉冲场凝胶电泳(Pulsed field gel electrophoresis,PFGE)、多位点序列分析(Multi-locus sequence typing,MLST)、多位点可变重复序列分析(Multi-locus variable numbers tandem repeat analysis,MLVA)以及成簇的规律间隔的短回文重复序列分析(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)等。与表型分型相比,分子分型技术具有快速、准确、重复性好等特点,现已得到广泛应用。其中,分子血清分型是鉴定沙门氏菌血清型的新方法,PFGE被认为是病原微生物分子分型的"金标准",MLST和MLVA以其分辨率高、可重复性好和可比性强等优势满足了全球流行病学发展的要求,能实现序列数据交换和共享,成为新一代的分子分型新工具,而近年发现的CRISPR分型对同源性较高的同种血清型具有较高的分型能力。但每种分型方法也有各自的优缺点和使用条件及适用范围,因此可以根据菌株特性、分型目的和实验室拥有的条件选择最合适的分型方法。     

基于全基因组序列的弯曲菌特征分析

空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni)和结肠弯曲菌(Campylobacter coli)是引起人类腹泻的主要致病菌。传统生化方法在鉴定弯曲菌时存在步骤多、耗时长、通量低等问题。本研究通过利用生物信息学方法对弯曲菌全基因组进行序列、基因注释、耐药基因、多位点序列分型以及CRISPR-Cas系统等分析,挖掘能够有效区分空肠弯曲菌和结肠弯曲菌的高分辨力特征。实验结果表明,空肠弯曲菌和结肠弯曲菌在基因组序列长度、GC含量、基因数量、多位点序列分型以及CRISPR-Cas系统等方面存在显著差异。同时,研究还发现了一段在空肠弯曲菌基因组中广泛存在的高分辨力CRISPR重复序列。这些特征可用于构建能够准确鉴别空肠弯曲菌和结肠弯曲菌的生物信息学方法。     

不同毒力差异基因型的新生隐球菌MLST分型及交配型鉴定研究

目的：了解及比较两组毒力差异明显的新生隐球菌格鲁比变种的多位点序列分型（MLST）的特点并进行交配型鉴定。方法采用多位点序列分型（MLST）的方法,设计7个看家基因（CAP59,GPD1,LAC1,PLB1,SOD1,URA5和IGS1）的引物,扩增并分析来源分别为环境和临床的各10株新生隐球菌格鲁比变种的基因型,并鉴定实验菌株交配型,与多位点微卫星分型（MLMT）结果对比,比较不同基因分型方法在分类中的稳定性和可靠性。结果在微卫星分型中为MLMT-36的10株环境分离株,MLST分型为ST-15,而在微卫星分型中为MLMT-13型的10株临床分离株,MLST分型为ST-32,所有菌株交配型均为MAT-α。结论MLST分型结果与MLMT分型结果高度一致,提示以上两种分子分型技术在真菌分类鉴定研究中可显示对于其分离背景及进化来源的高分辨率及稳定性。     

分子遗传学在衣原体分类和快速检测中的应用

衣原体为严格真核细胞寄生菌,可在动物和人中引起多种疾病。近年来,分子遗传学方法大大促进了衣原体分类和快速检测的发展。根据16s/23s rRNA的同源性将衣原体分为4个科,衣原体科分2个属。同时基因诊断方法的出现促进了衣原体检测的发展,靶序列主要是主要外膜蛋白基因、16s／23s rRNA基因和16s/23s rRNA本身、或者是与靶序列结合的探针。     

双歧杆菌的分子生物学检测和鉴定方法进展

双歧杆菌传统的检测和鉴定需要分离、培养,这些方法常可影响其结果的正确性.目前,分子生物学的广泛应用为双歧杆菌的检测和鉴定提供了新方法.本文对其中主要的依赖rRNA基因的序列分析、脉冲场凝胶电泳、核糖体分型和随机扩增多态DNA等技术作一综述.     

肺炎衣原体研究进展

肺炎衣原体为１９８９年命名的衣原体属内的一个新种。近年来,有关肺炎衣原体的分子生物学研究取得了许多进展,特别是它的脂多糖（ＬＰＳ）和外膜蛋白、热休克蛋白的组成及其抗原性,基因的克隆与表达及其序列分析等研究已逐步深入;多聚酶链反应（ＰＣＲ）技术的应用也为肺炎衣原体实验室诊断开辟了快速而准确的途径。     

白念珠菌基因分型的相关研究

白色念珠菌定植于大多数人群的口腔中,在一定条件下可成为优势菌种而导致感染。基因分型是近年来白念分子生物学研究中的一个热点,随着医学科学技术的发展,由于深部真菌感染比例不断增加,分子生物学方法已经越来越广泛的应用于临床真菌病的研究中,从而为控制白念感染及为早期诊断、治疗提供基础。本文综述了限制性片段长度多态性、随机扩增多态性DNA分析、ITS区域序列分析等分子生物学技术在白念珠菌基因分型方面的相关研究,比较了它们的优缺点,并且讨论了将基因分型研究应用于临床诊断、治疗及开发新型抗真菌药物的发展趋势和广阔前景。认为目前更倾向于多种分型方法联合应用,并借助计算机软件进行分析,但是仍需进一步探索。     

海南岛光滑假丝酵母菌多位点序列分型研究

目的:对海南省光滑假丝酵母菌临床分离株进行基因分型研究,了解菌株的遗传特征及遗传进化关系.方法:采用多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)技术,对临床分离的25株光滑假丝酵母菌6个管家基因序列进行测定;并将各个基因的序列与MLST数据库中储存的序列比对,确定其等位基因谱型及菌株序列型(STs).结果:25株临床分离的光滑假丝酵母菌通过MLST产生ST7、ST19、ST15、ST26、ST45共5个不同的序列型,其中ST7为主要序列型.结论:海南省光滑假丝酵母菌感染型别丰富,具有多样性;MLST分型具有较高的分辨力,可用于流行病学和菌群多态性的研究.     

衣原体主要外膜蛋白的研究进展

衣原体感染与多种慢性疾病密切相关,其主要外膜蛋白(MOMP)是一种多功能蛋白,分别与外膜结构的稳定性、生长代谢调节、抗原性和毒力密切相关。随着沙眼衣原体和肺炎衣原体基因组测序的完成,人们得以揭示其重要的生物合成、代谢途径,确定调控机制及其与致病的相关性。利用分子生物学技术在分子水平分析衣原体主要外膜蛋白的结构、抗原表位,对于免疫防御、免疫病理和免疫诊断均有重要意义。本文综述了衣原体主要外膜蛋白的分子结构、基因特性、抗原表位与应用前景。     

肠道病原菌的分子分型研究方法进展

目前,肠道病原菌分子分型技术主要包括脉冲场凝胶电泳、多位点基因序列分析、多位点可变数量串联重复序列、扩增片段长度多态性分析、随机扩增多态性分析、基因芯片等,在肠道致病菌的鉴定溯源、流行病学调查、监测及疫情的预防控制等方面发挥了重要作用。本文着重对肠道病原菌分子分型研究方法的近况及其在流行病学中的应用进行了综述。     

病原微生物基因多位点序列分型的研究进展

多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)是近年来发展很快的分子生物学分析方法,具有很高的分辨能力,既适于分子流行病学研究,也可用于分子进化学的研究。通过分析多个管家基因(Housekeeping gene)450bp左右的核心片段的核酸序列,从而对菌株的等位基因进行多样性的比较,不同的菌株对应不同的序列型(Se-quence type)。所以MLST越来越多的被作为能进行国际间菌株比较的常用工具,建立一种更为准确的分型系统方法。并且应用于研究出现的不同的抗生素抵抗株,毒力或抗原的相关特殊基因型,及新的变异株引起的疾病流行等流行病学分析,进行生物进化和种群结构的研究。     

HLA分型方法进展

传统的HLA分型方法主要是血清学和细胞学方法,分型准确性较差,且不能进行亚型分析。随着PCR技术及基因芯片技术等分子生物学技术的出现、发展,HLA基因分型得到了迅速的发展,各具特点的HLA分型技术不断出现,使HLA的分型更加准确、精细、简便、实用,为临床推广应用打下了基础。     

新疆喀什维吾尔族结核病患者结核分枝杆菌5个VNTRs基因分型研究

目的:应用多位点数目可变串联重复序列分析(multiple loci VNTR analysis,MLVA)技术,对新疆喀什地区维吾尔族结核病患者结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型,探讨5个数目可变串联重复序列(VNTR)基因型种类及其分布。方法:收集结核分枝杆菌,采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术,结合BioNumerics5.0软件,对其5个VNTR位点进行结果分析。结果:分离出58株结核分枝杆菌,分为4个基因群21个基因型,分别为Ⅰ群占19.1%,含7个基因型;Ⅱ群占3.4%,含2个基因型;Ⅲ群占67.2%,含9个基因型;Ⅳ群占10.3%,含5个基因型。结论:新疆喀什地区维吾尔族结核病患者的结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,且存在主要流行菌群。     

高分辨率熔解曲线法的非标记探针基因分型技术

PCR反应中利用荧光检测技术对已知位点进行基因分型时常采用荧光标记的寡核苷酸做探针。近年来新兴起的高分辨率熔解曲线技术可以采用非标记的探针对已知位点的SNP(single nucleotide polymorphism)或突变进行基因分型研究。采用非标记探针法对已知位点的基因分型研究具有廉价、快速、简便等特点,因此被大量应用在和疾病、形状等相关的一些多肽位点的研究中。本文较详细地介绍该技术的基本原理和实验中的注意事项。     

生物芯片技术及其应用

生物芯片是指包被在固相载体上的高密度ＤＮＡ、抗原、抗体、细胞或组织的微点阵,它是微电子学和分子生物学结合产生的新技术。该技术被评为１９９８年度世界十大科技进展之一。本文讨论了生物芯片技术的发展、技术参数、相关仪器的发展和在ＤＮＡ序列测定、基因表达分析、基因分型、基因多态性分析、疾病的诊断、突变分析、药物筛选和微生物的鉴定等方面的应用。     

DNA序列分析用于常见致病真菌鉴定和分型

随着真菌感染的增多,仅用表型方法鉴定环境中或临床上的致病真菌不足以快速准确地诊断真菌感染疾病,近年来,分子生物学方法因快速、准确而逐步得到应用,其中DNA序列分析已成为鉴定致病真菌到种水平的重要方法。现就DNA序列分析在常见致病真菌分类鉴定及基因分型的应用加以综述。     

鹦鹉热嗜衣原体分型的研究进展

鹦鹉热嗜衣原体广泛分布于世界各地,能感染禽鸟、哺乳动物及人类,严重威胁人类健康,并对世界各国的禽类养殖业造成巨大影响。传统的血清学分型法由于其特异性低、敏感性差等缺点几乎已被淘汰,随着分子生物学技术的发展,基因分型法凭借其高特异性、高敏感性、高分辨率等优点,有效地弥补了血清学分型的不足。本文就Cps分型方法的研究进展进行了综述。     

分子分型技术用于流脑疫情的同源性分析

目的应用多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)技术和脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)技术对大连市2014年4月同一工地两起流脑疫情得到的脑膜炎奈瑟氏菌株进行分子分型图谱分析,了解各菌株之间的亲缘关系。方法对病例的脑脊液标本进行脑膜炎奈瑟菌PCR分群,对另一病例和所有密切接触者分离菌株进行多位点序列分型(MLST)试验和脉冲场凝胶电泳(PFGE)鉴定实验。结果疑似病例标本PCR结果为脑膜炎奈瑟氏菌A群阳性,另一病例和所有密切接触者分离到的菌株PFGE图谱基本相同,表明来自同一克隆系。多位点序列分析结果为ST7。结论两起疫情分离到的菌株型别之间具有高度的同源性,该病原菌类型为ST7的A群脑膜炎奈瑟氏菌。     

多杀性巴氏杆菌分子分型方法简述

多杀性巴氏杆菌是一种能感染多种动物甚至是人的重要革兰氏阴性病原菌。目前临床上用于多杀性巴氏杆菌诊断的分型方法主要包括血清学分型方法和分子分型方法。其中血清学分型方法主要基于免疫学实验技术建立,操作过程繁琐,技术要求高,工作量大,不适用于临床上大规模快速开展多杀性巴氏杆菌流行病学调查的需要;而基于分子生物学手段建立的分子分型方法相对于传统的血清学分型方法而言具有快速、简单、灵敏、灵活等特点,特别是某些分子分型方法与传统的分型方法形成了较为精确的对应关系,因而在临床上得到了广泛的应用。目前适用于临床上开展多杀性巴氏杆菌分离鉴定的分子分型方法主要包括多重PCR方法及多位点序列分型法(MLST),其中多重PCR方法又包括基于荚膜编码区及脂多糖外核编码簇建立的PCR方法。本文将重点就这3种常用的多杀性巴氏杆菌分子分型方法进行综述,介绍其建立原理、实现手段以及各自的优缺点,为临床上开展多杀性巴氏杆菌的流行病学调查特别是分子流行病学调查提供参考。