《生物多样性公约》研究知识图谱:基于CiteSpace的文献计量分析

《生物多样性公约》(简称《公约》)作为保护地球生物资源的国际性公约,与生态文明建设、构建人类命运共同体息息相关.对《公约》进行不同角度的研究,分析当前生物多样性保护进展中的热点与趋势能为科学制定"2020年后框架"提供参考,也能为推动生态文明建设提供智力支持.本文以CNKI中的论文为研究对象,通过CiteSpace软件...     

基于CiteSpace知识图谱对薰衣草精油研究现状的可视化分析

该研究采用文献计量学方法,基于知识图谱分析薰衣草精油的研究现状和发展趋势,为后续研究提供依据和参考。运用CiteSpace 6.1. R3软件对中国知网（CNKI）与Web of Science(WOS)数据库自2000～2022年收录的薰衣草精油相关中、英文文献,从发文量、作者、机构、国家/地区等方面进行可视化分析。最终共纳入中文文献204篇,英文文献1 851篇。结果显示,2016年开始英文发文量呈迅速上升趋势,发文量最多的国家为伊朗,中心性最大的为美国,新疆大学和阿扎德大学分别为中、英文发文量最多的机构。中文文献体现出以符继红、杨开伦和李光武等为核心的研究团队,英文文献体现出以Schlaefke Sandra、符继红和Mahmoud Soheil S等为核心的研究团队。关键词分析显示,研究方向集中于薰衣草精油的药理作用、芳香疗法、提取工艺、微囊制备等领域。目前,薰衣草精油相关的芳香疗法、嗅觉通路、镇静催眠、抗菌活性、抗真菌活性、抗氧化、降血压、抗焦虑、提取工艺、微囊开发等为研究热点。对薰衣草精油抗焦虑、抗抑郁、抗菌、抗氧化、降血压及增强认知等的作用靶点、信号通路及基因层面的深入研...     

基于CiteSpace分析铜绿假单胞菌耐药性研究热点与趋势

【背景】铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)是临床引发感染的主要病原菌之一,对多种抗菌药物均有耐药性,临床治疗难度大,对该病原菌耐药性的研究一直备受关注。【目的】基于CiteSpace可视化功能,探究铜绿假单胞菌耐药性研究现状、热点与发展趋势。【方法】利用文献计量分析法,以2014–2021年中国知网(CNKI)、万方数据库(Wanfang)、Web of Science (WoS)共8 996篇铜绿假单胞菌耐药性的中英文文献为分析样本,运用Citespace软件对文献发文量、作者合作网络、国家和机构合作网络、文献共被引及期刊分析、关键词聚类、突现等方面进行分析,以探究该研究主题的研究热点及趋势。【结果】英文文献发文量增长速度高于中文文献;我国文献发文量仅次于美国、印度,在该领域科研成果贡献度较高,国际学术影响力较大;中英文文献中均对院内感染疾病和耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌持高关注度。然而,中文文献较关注铜绿假单胞菌耐药性的临床防治问题,英文文献则较关注铜绿假单胞菌耐药性的基础研究。【结论】国内外铜绿假单胞菌耐药性研究对院内感染疾病及新型耐药菌的产生与防治关注度最高,暗示以上研究主题是该领域的研究热点与趋势。     

基于CiteSpace软件的丛枝菌根真菌近30年研究态势分析

丛枝菌根(arbuscular mycorrhizal,AM)真菌为植物专性共生真菌,可与大多数陆生植物共生,在植物养分吸收、抵御不良环境、维持生态平衡和植物多样性等方面具有重要作用。为了解AM真菌研究发展现状,本文运用CiteSpace软件,对1990–2020年Web of Science和CNKI数据库中的关键词、文献所属国家、机构、期刊、核心文献与作者进行可视化分析。结果表明,该领域发文量不断增长,其中美国发文量和中心度最高,中国发文量位居第二。国际研究机构中,西班牙高等学术研究委员会中心度最高,中国科学院发文量最高。通过对核心文献共被引和关键词突现及聚类分析发现,AM真菌研究领域不断拓展,研究深度不断增加。20世纪90年代开始,以新种描述、分类系统不断完善及培养技术改进为主;在各地菌种资源库逐步建立后,接种实验及效果评价相关研究逐渐增加;近年来环境变化的加剧使得重金属、干旱与盐胁迫以及植物修复等成为突现词。AM真菌共生的分子机理及与其他微生物的相互作用机制也成为当前研究热点。     

基于CiteSpace的景观与城市微气候研究特征分析

自然河流经过人工水网重塑与城市产生紧密联系,促进了沿岸城市功能区域的生长,形成了以水为中心的具有独特风貌的沿岸景观。以六朝（222—589年）和明代（1368—1644年）的秦淮河水系为研究对象,通过图解分析梳理其沿岸景观的要素构成、分布特征,包括桥梁、里坊、市肆、楼馆、文教建筑等功能建置,皇家园林、私家园林、寺观园林等园林景观和表现公共景观的景观文化3个层面;通过比较分析探究其背后的形成原因,把握水城共生的互动关系,以期对“人与自然和谐共生”的生态文明建设、城市河流景观资源的可持续发展提供借鉴     

森林碳汇研究热点与趋势——基于知识图谱分析

森林在全球碳循环中发挥着重要作用,森林碳汇是陆地碳汇的重要组成部分,其研究的知识领域在国际社会中已较为成熟。以Web of Science中1990-2021年4973篇相关的文献为研究对象,运用文献计量工具CiteSpace绘制文献共被引和关键词共现网络知识图谱,以此清楚分析森林碳汇研究的发展趋势。研究发现：（1）森林碳汇研究的发文量持续增长,文献数量的变化趋势证明森林碳汇仍是国内外的研究热点。（2）森林碳汇研究主线变化从运用大量方法测量森林碳平衡,到对森林碳汇稳定区域估计的理论归纳,再到将理论用于实践并全面实现对全球碳汇规模的监控。阶段的热点问题从森林是否为碳汇到森林碳汇的形成机制,再到实现监控管理下的可持续森林碳汇。（3）国内森林碳汇研究主线变化从研究测量碳储量的方法,到运用大量方法测量中国森林碳平衡,再到中国森林碳汇稳定区域估计的理论归纳。阶段的热点问题从中国森林碳储量的变化,转变为中国森林是否为碳汇,最后聚焦到中国森林碳汇的形成机制。如今国内研究趋势逐渐与国际接轨,中国在国际森林碳汇研究领域中的学术地位日益提升。在未来,中国需要增加对森林生态系统调查和监测强度,构建"天-空-地"一体化的碳汇计算体系,进而实现对碳汇规模的准确监控。并且需要准确且全面评估森林碳汇对我国实现"碳中和"目标的贡献,推动我国"碳中和"目标的实现。     

基于CiteSpace的肠道菌群研究热点和前沿分析CSCD

目的采用文献计量学的方法分析肠道菌群研究领域进程与现状,揭示研究热点及演化过程。方法检索中国知网(CNKI)和Web of Science(WOS)核心数据库中2000至2020年相关文献,通过CiteSpace 5.5软件分析文献作者、机构、关键词、引文情况。结果CNKI检索出3042篇文献,WOS检索出31477篇文献,肠道菌群研究发文量呈指数增长趋势。中文领域主要学者有李宁、张和平、谭周进,研究机构有北京中医药大学、南京中医药大学、成都中医药大学,作者和机构合作比较松散,没有形成团队规模。英文领域主要学者有Rob Knight、Willem M de Vos、Didier Raoult,机构有Univ Copenhagen、Univ Calif San Diego、Chinese Acad Sci等,作者和机构合作密切,形成了多个核心团队。高频关键词有益生菌、微生态、糖尿病、菌群失调、diversity、bacteria、inflammation、disease等,近年频率突变关键词为菌群移植、抗氧化、短链脂肪酸、16S rRNA、dysbiosis、brain、butyrate、oxidative stress等。引文分析高被引文章大都为方法学文献,引文关键词为高血压和帕金森病。结论国内外肠道菌群研究关键词相似,前沿热点稍有不同,总体差别不大,作者机构间应继续加强合作,促进学科学术交流,共同推动肠道菌群研究领域发展。     

基于CiteSpace的国内生态补偿研究

为全面了解我国生态补偿研究的发展脉络及演变趋势,以CSSCI数据库检索到的期刊论文为主要数据源,借助可视化分析工具CiteSpace软件,对国内生态补偿研究的论文分布、研究力量、研究主题、热点演化等方面进行科学文献计量分析,并绘制系列知识图谱。结果显示：①国内生态补偿研究的年度发文数量经历了波动增长（2000-2016）-逐步下降（2016-2019）-缓慢增加（2019-）3个发展阶段;累计发文量表现出持续增加的趋势。②国内生态补偿领域研究文献主要来自少数核心作者群,核心作者的研究奠定了国内生态补偿研究的基础;非核心作者缺乏相互间的合作。③西安交通大学经济与金融学院、中国科学院地理科学与资源研究所、中国农业大学人文与发展学院和山东农业大学经济管理学院为主要研究机构,研究机构之间的合作以地缘联系为主,机构间跨区域的合作力度较弱。④国内生态补偿的研究热点指向流域生态补偿、生态补偿机制、生态文明建设及转移支付等方向;研究前沿指向生态系统服务、受偿意愿、绿色发展及生态产品等领域,是今后需重点关注的方面。     

基于CiteSpace的国外湾区治理研究知识图谱分析

梳理国外湾区治理研究的系列理论及实践探索可为我国粤港澳大湾区的有效治理和高质量可持续发展提供参考。利用文献计量方法和可视化工具CiteSpace,以1986—2019年的国外湾区治理研究文献为数据,进行知识图谱可视化分析,归纳总结国外湾区治理研究的研究主体及合作状态、研究学科及研究领域、理论基础、研究热点以及研究前沿等内容,廓清其知识结构。结果表明:1)欧美等发达国家较早强化湾区治理的研究和实践; 2)环境科学与生态学是早期研究的主导学科,随后逐渐呈现学科多样化趋势,并在海岸海洋资源开发和水产业发展、空间规划与开发利用、社会生态系统、治理体系和方法等领域积累了丰富成果; 3)主要理论基础包括自主治理理论、利益相关者理论、社会生态系统理论与协同治理理论; 4)当前研究热点涉及治理综合途径、治理制度体系、海洋保护区网络建构、基于生态系统的治理、气候变化语境下的适应性治理、沿海社区面临的困境及对策等; 5)研究前沿分布于湾区治理的上述四大研究领域。最后,结合我国粤港澳大湾区的发展战略和治理需求提出研究展望。     

基于知识图谱的肿瘤MDT研究可视化分析

目的 梳理肿瘤多学科诊疗团队研究关键主题,分析研究热点和趋势。方法 应用CiteSpace对肿瘤多学科诊疗团队研究进行可视化分析。结果 相关文献共2 160篇,关键文献10篇,主要主题聚类15个,突现术语29个。结论 肿瘤MDT研究主要集中于多学科诊疗团队的构建及运行、推行情况、效果评价,研究前沿如提高实施效率、成本—效果分析、随机对照研究等,为中国肿瘤多学科诊疗团队研究和发展提供了新视角。     

金花茶茶花的营养成分分析

该研究采用氨基酸自动分析仪、分光光度法等对金花茶花蕾、开放花和初谢花的营养成分进行了比较分析。结果表明:金花茶茶花中主要营养成分是碳水化合物,含有丰富的水溶性糖和粗纤维。茶花中的脂肪、粗纤维和水溶性糖含量随花蕾至开放的形成过程呈增加趋势,谢花后其含量呈下降趋势。开放花中总黄酮、皂甙、儿茶素、VE含量比花蕾和谢花中含量高。金花茶花蕾、开放花和初谢花三个阶段中氨基酸总量分别是7.44、5.14、5.00 g·100 g~(-1)。金花茶茶花含有丰富的氨基酸,花蕾内氨基酸含量尤为丰富。综合表明,金花茶茶花具较高的开发利用价值。该研究结果为了解金花茶花朵不同采收期的营养组成以及金花茶花朵的开发及采收利用提供了科学依据。     

金花茶类黄酮糖基转移酶基因的克隆和功能初步研究

类黄酮糖基转移酶(UDP flavonoid glycosyltransferase, UFGT)催化黄酮醇、花青素等形成稳定的糖苷,是黄酮醇苷、花青素苷合成的最后一步反应的关键。该研究以金花茶的花瓣为材料,采用PCR扩增的方法,获得了2个金花茶转录组中筛选到的类黄酮糖基转移酶基因。结果显示：(1)CnUFGT14基因(登录号为MT370521)全长1 562 bp,开放阅读框1 380 bp,编码459个氨基酸;CnUFGT15基因(登录号为MT370520)全长1 546 bp,开放阅读框1 368 bp,编码455个氨基酸;两个蛋白序列均具有UFGT蛋白特有的 PSPG 保守区域。(2)系统进化树分析发现,CnUFGT14和CnUFGT15分别与茶树UFGT78A14和UFGT78A15亲缘关系最近。(3) 荧光定量PCR分析发现,CnUFGT14基因的表达量与多种多酚组分的含量呈正相关,CnUFGT15基因的表达量与花瓣黄酮醇、多酚等的含量相关性不显著。(4)亚细胞定位研究发现,CnUFGT14、CnUFGT15蛋白在细胞核膜、细胞质、细胞膜部位均呈现明显的定位。(5)叶盘法转化烟草发现,CnUFGT14基因表达量较高的转基因株系中总多酚含量及多种多酚组分含量升高,而CnUFGT15基因的转基因株系中黄酮、多酚组分变化不显著。研究表明,CnUFGT14基因具有促进多酚合成的作用,而CnUFGT15基因对类黄酮通路不具有明显作用。     

基于GIS与Maxent模型的金花茶潜在适生区与保护研究

为明确珍稀植物金花茶(Camellia nitidissima)的潜在分布,利用最大熵模型(Maxent)模拟金花茶在中国的潜在适生区,运用受试者工作特征(ROC)曲线分析法进行验证。结果表明,金花茶的适生区域主要集中在我国西南片区,与已知原生地重合但不局限于已有报道的地点。ROC曲线分析法的面积AUC值为0.992,表明预测结果可靠。Jackknife检验表明,影响金花茶分布的最主要环境因子(阈值)是:年均温(24.3℃)、积温(7 515.84℃)、最干季湿度(14.5%)和最湿季均温(26.2℃)。缓冲区分析定量评价了人类活动对金花茶适生生境的干扰。这些有助于制定金花茶的保护规划。     

茶树TIFY基因家族鉴定及非生物胁迫下表达分析

TIFY基因家族在茶树激素信号转导及其逆境胁迫具有十分重要的作用。该文利用生物信息学方法对茶树基因组中的TIFY家族进行了鉴定,分析其理化性质、系统进化、基因结构、染色体定位、启动子区顺式作用元件、组织表达模式,并通过RT-qPCR对部分TIFY家族成员进行了非生物胁迫。结果表明:(1)茶树TIFY基因家族成员19个(CsTIFY1～CsTIFY19),分属于4个蛋白亚家族TIFY、JAZ、ZML 和 PPD,且不均匀地分布在8 条染色体上,按照进化关系及结构特点可分为 7 组,每组内具有相似的基因结构与保守基序组成。(2)CsTIFYs基因的启动子区具有多种包含激素和非生物胁迫响应的顺式作用元件,通过实时荧光定量(RT-qPCR)分析其家族成员对在茉莉酸甲酯、盐(20%氯化钠)、冷(4 ℃)以及干旱(20% PEG-6000)处理下反应强烈,部分基因在根与顶芽中有较高的表达量。由此推测,TIFY基因家族可能在茶树激素信号调控、胁迫响应、生长和发育等多方面发挥功能作用。     

基于转录组测序对油茶角鲨烯合酶基因的克隆及分析

油茶是中国重要的木本油料树种,而角鲨烯在茶籽油中含量多少是茶油品质的重要指标,为提高油茶角鲨烯含量,以油茶种子转录组测序为基础,根据Unigene设计SQS基因RACE引物,克隆出基因全长共1 490 bp,开放阅读框1 266 bp,编码422个氨基酸,将氨基酸序列与其他植物SQS进行比对,构建进化树,分析物种间进化关系,进行蛋白质的生物信息学分析,包括蛋白质结构特点、理化性质、氨基酸组成及稳定性分析; 跨膜区域分析; 信号肽识别位点; 磷酸化位点; 二级结构及功能; 结构域分析。通过转录组测序和荧光实时定量分析了SQS基因在油茶种子发育各时期表达量变化规律,并提取各时期油脂,测定角鲨烯含量,发现两种基因表达量分析方法的结果有一致的变化趋势,且与各月份间角鲨烯含量有相同的变化规律。证明了转录组测序的有效性,并推测油茶角鲨烯合酶基因的表达量变化与角鲨烯含量的多少有直接关系,为后续从分子手段提高茶籽油中角鲨烯含量提供了理论基础。     

小黄花茶内生真菌的多样性分析及抑菌活性初筛

为探究小黄花茶内生真菌种类和种群分布规律以及对植物病原真菌的抑制作用,该研究采用组织分离法对小黄花茶内生真菌进行分离纯化,基于形态学和分子生物学进行鉴定并结合统计学分析评价其多样性,再通过平板对峙法筛选出具有抑菌活性的菌株。结果表明：(1)从小黄花茶324份组织块中分离得到内生真菌261株,隶属1门5纲9目22属,其中优势属包括炭疽菌属(Colletotrichum)、间座壳属(Diaporthe)、拟盘多毛孢属(Pestalotiopsis),分离频率分别为21.84%、16.86%、10.34%。(2)研究发现小黄花茶内生真菌在不同季节分布不同,冬季分离出的菌株数量最多,为72株(占27.59%,隶属16个属),春季62株(隶属13个属),夏季59株(隶属15个属),秋季68株(隶属13个属),冬季的香农-维纳指数(H′)、辛普森指数(D)、Pielou’s均匀度指数(E)和Margalef’s丰富度指数(M)最高,春季与冬季内生真菌种类相似性较高,夏季与秋季内生真菌种类相似性较高。(3)小黄花茶内生真菌不同部位分布不同,茎中内生真菌的分布最多,有102株(占39.08%,隶属15...     

基于文献计量学的国家湿地公园研究

分析国家湿地公园研究的主要内容、现状特征和发展趋势,可以为我国保护与合理利用湿地、建设国家湿地公园提供理论依据。作者采用文献计量学方法和CiteSpace软件对从中国国家知识基础设施数据库检索到的发表于2004-2022年的1285篇国家湿地公园研究中文文献进行了关键词共现关系、关键词聚类、关键词时间线图、关键词突现分析,以及作者合作网络、研究机构合作网络定量分析。分析结果表明：国家湿地公园研究的主要内容包括国家湿地公园规划设计、湿地植被、水生植物和植物区系、植物和鸟类物种多样性、湿地生态系统服务价值估算、景观格局分析与评价、可持续发展模式、国家湿地公园生态旅游、湿地保护的现状特征及存在的问题、人类活动对湿地生物多样性保护的影响、湿地保护的生态措施和工程措施,促进国家湿地公园湿地保护与合理利用的科普宣教、自然教育措施等。湿地生物多样性、湿地景观格局分析、景观规划与管理优化、植物区系、鸟类多样性及动态变化等当前研究的热点问题。     

茶树CsCIGR基因克隆及表达特性分析

该研究以茶树基因组数据库为基础,采用RT-PCR技术,从茶树‘龙井43’中克隆得到基因CsCIGR。序列分析显示,CsCIGR基因开放阅读框长度为1 677 bp,编码588个氨基酸。进化分析表明,CsCIGR属于GRAS家族的PAT1亚家族。多序列比对显示,茶树CsCIGR蛋白与其他植物的GRAS蛋白氨基酸序列具有很高的相似性。氨基酸理化性质分析显示,CsCIGR转录因子属于亲水性蛋白。亚细胞定位预测显示,CsCIGR可能位于细胞核中。启动子预测分析发现,CsCIGR启动子区域包含胁迫响应元件(STRE)、干旱应答元件(MYC)、厌氧诱导元件(ARE)等多种与逆境响应相关的顺式作用元件。荧光定量PCR分析结果显示,CsCIGR基因在低温(4℃)、高温(38℃)、干旱(200 g·L~(-1) PEG)、高盐(200 mmol·L~(-1) NaCl)胁迫下均能诱导表达,且对高盐,低温和高温胁迫响应更为明显,推测CsCIGR基因在茶树响应逆境胁迫中发挥重要作用。该研究为茶树抗性育种筛选基因提供了重要理论依据。