PCR-DGGE法分析大环内酯类抗生素对小鼠肠道菌群的影响

目的应用PCR-DGGE方法分析大环内酯类抗生素对BALB/c小鼠肠道菌群的影响。方法选用SPF级BALB/c小鼠24只,随机分为3组,每组8只,分别灌喂红霉素(330 mg/kg)、罗红霉素(50 mg/kg)、阿奇霉素(165 mg/kg)10 d,停药7 d。在实验的0、3、10 d以及停药7 d收集每只小鼠粪便,提取基因组DNA,应用PCR-DGGE技术获得肠道菌群分子指纹图谱,进行相似性、多样性分析及优势条带的序列分析。结果不同给药周期小鼠(BALB/c雌性)各聚成一簇,且灌喂大环内酯类抗生素的小鼠肠道菌群多样性指数减小。结论大环内酯类抗生素对BALB/c小鼠肠道菌群有显著影响。     

不同地理纬度笼养狼肠道菌群多样性比较研究

动物肠道菌群关系其健康状态,而菌群组成受到生活环境等因素的影响,探究其中关系有利于更好地进行物种保护。本研究基于非损伤性取样,利用16S rDNA高通量测序技术,开展不同地理纬度笼养国家二级重点保护野生动物狼（Canis lupus）的肠道菌群结构比较和初步功能预测。针对取自天津市动物园（38°88′N）和南京市红山森林动物园（31°14′N）两地饲养的狼粪便样本（分别简称为天津样本和南京样本）进行高通量测序,利用生物信息学比较分析两组样本的微生物组成和多样性差异。结果表明：Student’s t和Welch’s t检验显示南京样本的α多样性显著高于天津样本。在门水平上,厚壁菌门（Firmicutes）和放线菌门（Actinobacteria）是两组样本中的优势菌门,天津样本中弯曲杆菌门（Campilobacterota）的丰度显著高于南京样本。在属水平上,两组样本的肠道菌群中优势菌属均包括艰难梭菌属（Peptoclostridium）、柯林斯菌属（Collinsella）和狭义梭菌属（Clostridium＿sensu＿stricto＿1）。基于Unweighted UniFrac距...     

PCR-DGGE法评价连续培养模型中肠道菌群的多样性

目的建立人体肠道菌群连续培养模型,验证连续培养模型培养肠道菌群的可行性和稳定性。方法建立连续培养系统,把正常人粪便接种于发酵罐中培养,通过活菌计数和PCR—DGGE法分析连续培养系统中菌群的多样性变化。结果连续培养系统中菌群数量由接种前的10^10～10^11CFU／ml降至10^8-10^9CFU／ml并最终达到稳态;PCR—DGGE法分析结果表明,菌群的多样性指数稳定,各条带均匀度趋于一致。结论连续培养模型能较好模拟人体肠道微生态环境,再现了肠道菌群组成的多样性,可作为肠道菌群培养及菌群相关性研究的离体模型。     

急性心肌梗死患者肠道菌群多样性分析

目的 初步探究急性心肌梗死患者肠道菌群的多样性。方法 选择2015年6月至2016年3月于大连大学附属中山医院住院治疗的急性心肌梗死患者作为观察组,年龄51~70岁。选择同期经冠脉造影排除冠心病的住院患者为对照组,年龄51~70岁。排除近1个月内发生感染、炎性肠病及应用抗生素的患者。所有患者按性别与年龄分为A、B、C、D组。直接从患者粪便标本中提取细菌总DNA,PCR扩增后进行梯度凝胶电泳（DGGE）分析。结果 DGGE分析显示急性心梗患者肠道菌群丰度均较对照组下降。A组中观察组与对照组患者电泳条带数为(33.71±4.39) vs (38.71±2.56),t=－2.058,P=0.040;C组患者为(31.14±2.67) vs (35.29±3.55),t=－2.005,P=0.045;差异均具有统计学意义。B与D组中心梗患者肠道菌群丰度亦有下降趋势,但与对照组比差异无统计学意义。UPGAM法聚类分析显示除D组外,各组中观察组与对照组患者肠道菌群呈现分离现象;急性心梗患者肠道菌群有较高相似性,与非冠心病患者肠道菌群差异明显。结论 急性心梗与非冠心病患者肠道菌群存在差异,急性心梗患者肠道菌群多样性较低。肠道菌群改变可能与急性心肌梗死存在一定相关性。     

大肠手术前肠道准备对肠道菌群的影响

通过对２６例大肠手术术前肠道准备病人的观察,术前肠道准备能明显减少肠道细菌的数量,同时肠道菌群也随之发生不同程度的变化,它提示大肠术前肠道准备可减少大肠手术合并症,同时对肠道菌群造成一定的影响。     

两种饲料对巴马香猪肠道菌群多样性的影响

目的研究正常混合饲料和玉米面对巴马香猪肠道菌群多样性的影响。方法使用PCR-DGGE技术研究其肠道菌群的多样性,16SDNA测序技术研究其差异性。结果食用同种饲料的巴马香猪DGGE谱带相似性较高,同时存在个体差异;2种饲料食养的巴马香猪肠道菌群丰富度和多样性指数差异无显著性,而均匀度差异有极显著性;16SDNA测序显示,混合饲料组和玉米面组的特异性菌种分别为 Coprococcus eutactus.Clostridium bartlettii 和 B ifidobacterium animalis subsp.Streptococcus infantarius subsp 。结论不同饲料可导致巴马香猪肠道菌群产生差异。     

新疆四种荒漠跳鼠肠道菌群多样性与功能的比较

肠道菌群是维持机体健康的重要组成部分,了解动物肠道菌群多样性有助于认识和理解动物的生态学适应。已有报道表明荒漠沙鼠肠道微生物有助于其对荒漠环境的适应,但对于广泛分布于荒漠环境的跳鼠的肠道微生物群落结构、多样性的研究尚不明确。本研究以栖息于新疆荒漠地区的跳鼠科(Dipodidae)为对象,采用16S rRNA高通量测序技术对荒漠跳鼠4个亚科的代表物种三趾跳鼠(Dipus sagitta)、五趾跳鼠(Orientallactage sibirica)、长耳跳鼠(Euchoreutes naso)和三趾心颅跳鼠(Salpingotus kozlovi)的肠道微生物进行分析。共获得1557065条有效序列,发现2708个ASV,归属于20个门、50个纲、71个目、142个科和336个属。Alpha多样性指数中,长耳跳鼠和三趾心颅跳鼠组的ACE指数和Chao1指数显著低于其他两组,而Shannon指数和Simpson指数在4组样品中无显著差异。主坐标分析(PCoA)结果表明,4种跳鼠的肠道菌群结构具有显著差异。LEfSe分析表明,4种跳鼠肠道菌群共有10个显著差异的细菌菌属,其中大部分归属拟杆菌...     

大熊猫肠道正常菌群的研究

对圈养的１３头大熊猫肠道正常菌群进行了定性及定量检测,发现大熊猫肠道正常菌群与其他动物有较显著差异,厌氧菌的检出率及检出量相对较低,其优势菌为肠杆菌科的大肠埃希氏菌,其次为乳杆菌及粪链球菌。同时,本文还着重探讨了上述结果在大熊猫疾病防治及消化生理上的意义。     

几种常用中药对地鼠肠道正常菌群的影响

我们选择了几种药性不同的中药,使用各种选择性培养基,对给药组和正常动物组的地鼠肠菌群进行了研究,结果表明,黄芪组与正常动物组比较需氧菌的量有所增加,统计学差异显著(P<0.001)。而其他几味苦寒药(大黄、黄芩、白芍等)对需氧菌的作用不明显。在各类厌氧菌的分离结果中,各给中药组与正常组比较均有明显差异。给药组之间比较,药性相同的组之间没有显著变化,药性不同的组之间变化显著。通过实验我们发现中药对正常地鼠的肠道菌群是有明显影响的,与正常动物组相比及不同药性组间相比各类菌的增长或减少都具有统计学意义。     

新疆不同栖息地赤麻鸭肠道菌群多样性研究

【目的】探讨天山北麓赤麻鸭肠道细菌多样性及其与栖息地环境之间的关系。【方法】于2017年秋季在天山北麓5个栖息地随机采取新鲜的赤麻鸭粪便,用细菌16S rDNA通用引物扩增V3–V4区并进行高通量测序,使用BLAST、USEARCH和QIIME等软件和在线工具分析各栖息地样品菌群组成与差异。【结果】从赤麻鸭粪便样本中共获得16S rDNA有效序列408 036条,聚类产生1 014个操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)。样品中的细菌分属25个门和397个属。在门分类阶元上,变形菌门和厚壁菌门在所有样品中均为优势菌,相对丰度较高的还包括拟杆菌门、梭杆菌门、放线菌门、蓝藻细菌、螺旋体门、Saccharibacteria和迷踪菌门,但以上细菌在各栖息地样品中的相对丰度存在差异。在属分类阶元上,各栖息地样品的菌群组成差异显著,艾比湖、安集海水库、奎屯水库、蘑菇湖水库和八一水库样品的优势菌分别为鲸杆菌属、巨单胞菌属、假单胞菌属、乳酸菌属和链球菌属。对不同样品菌群组成和差异分析表明,赤麻鸭胃肠道菌群组成受环境和食源的影响较大。【结论】新疆5个栖息地赤麻鸭肠道...     

内蒙古典型草原细菌群落结构的PCR-DGGE检测

用液氮冻融法和蛋白珠法对内蒙古典型草原土壤基因组DNA进行提取,用PCR—DGGE对细菌群落结构进行分析,并对主要的条带进行测序。发现蛋白珠法比液氮冻融法更能反应出实际的微生物群落结构和组成。内蒙古典型草原土壤细菌主要有5个分支：放线菌门（Actinobacteria）,变形菌门（Proteobacteria）的α、β及γ类群,拟杆纲门（Bacteriodetes）,芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）和酸杆菌门（Acidobacteria）。与基因库中进行比较后发现有4个序列和已知的细菌种类相似达到了99％以上。     

基于PCR-DGGE和高通量测序分析白云边酒窖泥细菌群落结构与多样性

【目的】探索白云边酒不同窖龄窖泥细菌群落结构及其多样性,分析窖泥细菌群落特征对兼香型白酒风格形成的影响。【方法】分别提取2年和23年窖泥样品总DNA,采用PCR-DGGE、基因克隆以及高通量测序技术,研究窖泥细菌的分布情况。【结果】白云边窖泥细菌归属于变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)4个菌门。2、23年窖泥共同的优势菌属(≥1.0%)包括棒状杆菌属(Corynebacterium)、香味菌属(Myroides)、鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium)、乳杆菌属(Lactobacillus)、梭菌属(Clostridium)、醋杆菌属(Acetobacter)、产碱杆菌属(Alcaligenes)、肠杆菌属(Enterobacter)和不动杆菌属(Acinetobacter)。2年窖泥特有优势菌属为Dysgonomonas、Fluviicola、变形杆菌属(Proteus)和Wohlfahrtiimonas,而23年窖泥特有优势菌属为葡萄球菌属(Staphylococcus)、Hazenella、魏斯氏菌属(Weissella)、葡糖醋杆菌属(Gluconacetobacter)和摩根氏菌属(Morganella)。【结论】2年窖泥细菌群落多样性高于23年窖泥。比较了白云边两种窖龄窖泥主要细菌组成情况,为研究微生物对白云边酒浓酱兼香型独特风味形成的影响提供依据。     

不同土壤深度对宁夏石嘴山盐碱地细菌菌群多样性的影响

宁夏自治区是我国受到土壤次生盐渍化危害的重点区域,然而对该地区盐碱化形成机制及影响因素的研究资料较少。在宁夏石嘴山地区采集土壤样本,采用基于16S rRNA的PCR-DGGE技术对不同深度土壤的细菌群落多样性和优势种群进行分析,以期从土壤生态角度探索该地盐渍化成因及改良措施。带谱相似性和UPGMA聚类结果表明,表层(D20 cm)土壤和底层(D80 cm)土壤样本中细菌菌群相似程度较高;而中间层(20 cmD80 cm)土壤样本中细菌菌群相似程度很低。多样性指数分析显示,随着地层深度的增加,菌落的丰富度和多样性均趋于下降;而均匀程度变化幅度不大。对其中5个优势条带进行测序比对的结果表明,该地区土壤可识别优势细菌菌群为变形细菌门Proteobacteria和拟杆菌门Bacteroidetes,但大部分条带未可识别。结果表明该地区盐碱土壤中的细菌菌群多样性程度较高,且优势菌群不尽相同;土壤深度与细菌菌落多样性在一定程度上存在线性关系。为深入研究次生盐渍化土壤的形成机制以及影响因素提供理论参考。     

基于16S rRNA基因和细菌基因组间重复序列的DNA指纹图谱技术对肝硬化大鼠肝移植后肠道菌群多样性的研究

目的应用PCR-DGGE和rep-PCR技术对肝硬化大鼠肝移植后肠道菌群多样性进行研究,探讨肠道菌群多样性的变化,并比较这两种方法在菌群分析中的作用。方法首先建立CCL4诱导肝硬化大鼠的肝移植模型,收取对照组、肝硬化成模时、肝移植后7 d和肝移植后30 d的大鼠粪便,提取细菌基因组DNA,采用PCR-DGGE和rep-PCR[BOX-PCR,ERIC-PCR,ERIC2-PCR,(GTG)5-PCR,REP-PCR]进行DNA指纹图谱分析。结果PCR-DGGE可明确将正常大鼠、肝硬化大鼠、肝移植大鼠分为3个簇,并显示出肝硬化、肝移植大鼠肠道菌群多样性明显增多。rep-PCR技术也可将各组分开,其中ERIC-PCR、ERIC2-PCR及REP-PCR三者扩增条带各组差异有显著性,鉴别效果更好。结论应用基于16S rRNA基因和细菌基因组间重复序列的指纹图谱技术对肝硬化大鼠肝移植后肠道微生态的研究具有重要价值,可对临床肝硬化、肝移植患者肠道微生态制剂的使用起到指导作用。     

七味白术散对菌群失调腹泻小鼠肠道细菌多样性的影响

【背景】肠道微生物与人体多项生理功能密切相关,我们课题组前期研究表明七味白术散对菌群失调腹泻有较好的疗效。【目的】探讨与七味白术散疗效相关肠道微生物,比较传统中药饮片与超微中药饮片的疗效,进一步明确七味白术散治疗菌群失调腹泻的机理,为临床应用提供科学依据。【方法】应用抗生素建立菌群失调小鼠腹泻模型,分别灌胃给药七味白术散传统汤剂和超微50%量七味白术散汤剂。治疗结束后,提取肠道内容物微生物宏基因组DNA,建立16S rRNA基因文库进行测序。【结果】肠道微生物中的群落由乳酸菌(Lactobacillus spp.)、屎肠球菌(Enterococcus feacium)、梭状芽孢杆菌(Clostridium spp.)、黏液真杆菌(Blautia producta)、毛螺旋菌(Anaerostipes spp.)、腐生性葡萄球菌(Staphylococcus saprophyticus)和不能培养的细菌组成,其中乳酸菌为优势菌,占全部细菌DNA克隆数的61.90%。经抗生素造模后Lactobacillus spp.数量明显减少,Enterococcus feacium成为优势菌种,Clostridium spp.、Blautia product、Anaerostipes spp.和Staphylococcus saprophyticus等在数量上开始有增长的趋势,而治疗结束后,传统七味白术散治疗组和超微50%量七味白术散治疗组的Lactobacillus spp.比例均有所恢复,且超微50%量七味白术散治疗组的乳酸菌比例与正常组最接近;通过建立聚类树和计算各组中各菌群的多样性(H)、丰富度(S)、均匀度(E)及优势度指数(D)可知,超微50%量七味白术散治疗组可与正常组聚为一类,且超微50%量七味白术散治疗组各项指数与正常组最为接近,说明超微50%量七味白术散治疗组肠道微生物的基因文库及多样性与正常组最接近,超微50%量七味白术散汤剂的治疗效果优于七味白术散传统汤剂。【结论】应用16S rRNA基因克隆文库技术进一步明确了正常小鼠肠道中细菌群落的组成,以及七味白术散对菌群失调腹泻小鼠肠道细菌群落的恢复效果,超微50%量七味白术散汤剂的治疗效果优于七味白术散传统汤剂。     

Characterization of bacterial diversity in two aerated lagoons of a wastewater treatment plant using PCR-DGGE analysis

Aerated lagoons are commonly used for domestic and industrial wastewater treatment due to their low cost and minimal need of operational requirements. However, little information is known regarding microbial communities that inhabit these ecosystems. In this study, a 16S-DGGE approach was used to estimate bacterial diversity and to monitor community changes in two aerated lagoons from a wastewater treatment plant receiving urban and industrial effluents. Pronounced shifts between bacterial communities collected in winter–spring and summer–autumn months were detected. Temperature, dissolved oxygen (DO) and pH were the variables that most influenced the bacterial communities. Phylogenetic affiliation of predominant members was assessed by the determination of the 16S rDNA sequence of correspondent bands. Affiliations to Cytophaga–Flexibacter–Bacteroides (CFB) group, Firmicutes, and β- and ε-proteobacteria were found.     

外阴阴道假丝酵母菌病患者阴道菌群多样性研究

目的探讨外阴阴道假丝酵母菌病患者阴道菌群多样性的变化。方法采集育龄期女性健康受试者(control,CN,n=50)、细菌性阴道病患者(Bacterial vaginosis,BV,n=50)、外阴阴道假丝酵母菌病患者(Vulvovaginal candidiasis,VVC,n=48)、细菌性阴道病合并外阴阴道假丝酵母菌病患者(Bacterial vaginosis in combination of vulvovaginal candidiasis,BVC,n=32)的阴道拭子,提取细菌基因组DNA,而后应用25%~55%变性梯度的PCR-DGGE进行指纹图谱分析。结果阴道菌群指纹图谱结果显示,VVC组中阴道优势菌群与CN组基本一致,但与BV组和BVC组比较差异均有统计学意义。结论外阴阴道假丝酵母菌病阴道菌群多样性无明显变化。     

Bacterial diversity of water and sediment in the Changjiang estuary and coastal area of the East China Sea

The Changjiang estuary and the coastal area of the East China Sea (ECS) represent important interfaces of terrestrial and marine environments. This study included analyses of water and sediments collected during different seasons in these regions to determine the composition of microbial assemblages by means of 16S rRNA gene clone libraries. We retrieved 1946 sequences and 779 distinct operational taxonomic units from 36 clone libraries. Shannon–Weaver diversity index values and rarefaction analysis indicated that bacterial diversity in the sediment samples was much higher than in the water samples. Proteobacteria (72.9%) was the most abundant phylum, followed by Firmicutes (6.4%), Bacteroidetes (4.6%) and Actinobacteria (4.1%). In the water, clone sequences related to Alphaproteobacteria were the most abundant, whereas in the sediment samples, sequences affiliated with Gammaproteobacteria were predominant. Principal coordinate analysis showed that water samples collected from the Changjiang estuary and the ECS clustered separately. However, this spatial pattern could not be observed in sediment samples, which were mainly distinguished from one another by the season. Bacterial diversity in the Changjiang estuary was higher than that in the ECS, which may be the result of the mixing of bacterial communities from the Changjiang River, the estuary and the coastal ocean.     

舌苔细菌PCR-DGGE分析条件的建立与优化

目的 针对口腔舌苔细菌16S rDNA序列进行变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE）适用序列的筛选及电泳条件的优化。方法 以DGGE图谱的高分辨率为指标,选择舌苔细菌DGGE分离最适的16S rDNA高变区、电泳电压和电泳时间,并采用优化的条件分析健康青年人舌苔细菌群落的分布。结果 舌苔细菌16S rDNA V3高变区引物序列能获得更加丰富清晰的DGGE条带;基于该区,当变性剂浓度为30%~60%、电泳温度60 ℃、电压60 V和电泳时间14 h时能得到分辨率最佳的DGGE图谱。运用此优化条件对12个样本舌苔细菌群落的分析表明,舌苔微生物主要由厚壁菌门、梭杆菌门、拟杆菌门和变形菌门等组成。优化后的DGGE技术对舌苔细菌多样性的分析具有准确性、灵敏性和可重复性。结论 DGGE图谱显示,不同分析条件对图谱类型和细菌多样性指数均有所差异。利用优化的DGGE条件能有效分离舌苔细菌16S rDNA V3区序列,为口腔微生物群落结构分析提供可靠的技术支持,也为其他不同生态细菌的多样性分析提供参考。