“Structure”-function relationships in eukaryotic transcription factors: The role of intrinsically disordered regions in gene regulation

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植物盐胁迫应答转录因子的研究进展

盐胁迫会导致植物受到初级的渗透胁迫和离子毒害以及次级的氧化胁迫和营养胁迫,严重制约了农业生产.植物盐胁迫应答转录因子能够通过调节下游靶基因的表达减轻盐胁迫对植物造成的伤害.文中基于土壤盐渍化及其对植物的危害、转录因子在植物盐胁迫信号转导网络中的中枢调节作用,综述了盐胁迫应答转录因子参与的盐胁迫信号转导途径、通过形成同源...     

转录因子与microRNA在基因表达调控中的功能联系及差异

转录因子和微RNA(microRNA)是最大的两类反式作用因子,它们是基因表达调控的重要调控因子.它们协调发挥调控作用,精细调控基因的表达,在细胞分化和动物生长发育过程中发挥重要的作用.随着对转录因子和microRNA研究的深入,人们发现转录因子和microRNA在基因表达调控网络中关系紧密,它们的分子作用机制有许多相似之处,两者都通过各自的顺式作用元件调控基因表达,且作用的方式类似.但转录因子和microRNA也存在不同之处,转录因子既可以激活基因表达,也可抑制基因表达,而microRNA主要是抑制基因表达.另外,转录因子调控区的复杂性一般高于microRNA的调控区域.本文综述了转录因子和microRNA的异同点,并提出了未来转录因子和microRNA的研究方向.     

microRNAs: a new emerging class of players for disease diagnostics and gene therapy

microRNAs (miRNAs) are a new class of non-protein-coding small RNAs, which regulate the expression of more than 30% protein-coding genes. The unique expression profiles of different miRNAs in different types of cancers and at different stages in one cancer type suggest that miRNAs can function as novel biomarkers for disease diagnostics and may present a new strategy for miRNA gene therapy. Anti-miRNAs and antisense oligonucleotides (ASO) have been employed to inhibit specific miRNA expression in vitro and in vivo for investigational and clinical purposes. Although miRNA-based diagnostics and gene therapy are still in their infancy, their huge potentials will meet our need for future disease diagnostics and gene therapy. High efficient delivery of miRNAs into targeted sites, designing accurate anti-miRNA/ASOs, and related biosafety issues are three major challenges in this field.     

植物基因转录的组合控制

植物基因的转录调控是以组合控制方式进行的。本文以不同类型启动子中顺式元件与反式作用因子为例来说明植物基因转录的组合调控机制。     

基于对数线性模型的酵母基因转录调控模体分析

识别真核基因的转录因子结合位点(或称模体)是后基因组时代的一项主要工作,对共表达或共调控的基因同时进行分析可以提高模体识别的准确性.本文基于2×2列联表的对数线性模型,以模体出现的基因条数计数,对酵母核糖体蛋白(RP)基因普遍使用的转录调控模体进行分析,然后用U-检验进一步筛选出相对于背景序列来说过表达的模体.这些模体为酵母RP基因潜在的转录调控元件,与实验获得的转录因子结合位点的符合率达90%.本方法的优点在于用严格的统计标准在一组基因启动子中搜索普遍使用的模体,克服了以往分析中对模体使用普遍性的模糊判断.本文的方法也可以有效地搜索共表达基因族的组合调控模体对.研究中还发现一个现象:2×2列联表中反映属性相关程度的Pearson相关系数与对数线性模型的交互效应之间存在着明显的相关性.这一结果提示,可以用对数线性模型的交互效应来评价两属性的关联情况.