竞争RT-PCR法定量检测多药耐药基因的表达

由MDR1过度表达所介导的多药耐药性存在于多种肿瘤组织中,是降低化疗效果的主要原因之一,其耐受化疗药物的程度与MDR1的表达量呈正相关.准确测定MDR1的表达量在临床化疗过程中有重要的指导意义.建立了竞争RT-PCR定量检测MDR1表达的方法.首先构建含MDR1 cDNA片段的质粒,其携带的cDNA和靶cDNA有相同的引物结合区,但和靶cDNA长度上有区别（少58 bp）.把该cDNA在体外转录出的cRNA作为竞争PCR的内参照,该cRNA与靶RNA在同一体系内进行反转录和PCR过程,二者的PCR产物因长度不同可经电泳区分开.分析电泳结果,由已知的cRNA内参的量可计算出靶RNA的量,从而得到MDR1基因的绝对表达量.该方法具有灵敏、可靠、准确等优点.     

P—gp和细胞容积调节

本实验用基因阻抑技术阻抑牛眼睫状体非色素上皮(NPE)细胞MDR1基因表达,在激光共聚焦显微镜下检测细胞MDRI基因产物P-gp免疫荧光,研究MDRI基因及P-gp与细胞容积调节的关系。结果表明:NPE细胞表达MDR1基因,存在P-gp蛋白。人反义MDR1特异性阻抑NPE细胞MDR1基因表达,剂量依赖性抑制P-gp免疫荧光(r=0.95,P<0.01),减少P-gp合成,导致细胞容积调节减弱,鼠反义MDR1对NPE细胞MDR1基因表达及容积调节没有影响。结果提示P-gp在细胞容积调节中起重要作用。     

粘虫β-actin基因cDNA的克隆、序列分析及表达量检测

β-actin基因作为actin家族的一员,在基因定量实验中常用作内参基因。本实验运用RT-PCR和RACE技术,以粘虫Mythimna separata(Walker)cDNA为模板,对β-actin基因进行克隆获得全长cDNA序列,并利用生物信息学方法,对β-actin基因全长cDNA序列及推测得到的β-actin蛋白序列进行分析。结果表明,获得的粘虫核β-actin基因cDNA序列长度为1 472 bp,其中包括68 bp的5′非编码区、273 bp的3′非编码区和1 131 bp的开放阅读框,编码一个376个氨基酸蛋白,具有actin蛋白家族典型特征。推测得到的粘虫β-actin蛋白理论分子量为41.7497 ku,等电点为5.29,富含6种类型的特定功能位点。该蛋白序列与其他动物β-actin蛋白序列具有97.9%～99.7%高度同源性。β-actin表达量检测结果显示β-actin在6种不同组织间表达无显著差异(P>0.05),表明β-actin可作为研究粘虫不同基因表达水平高低的可靠内参基因。该基因的cDNA序列已经递交GenBank并获得登录号为GQ856238。     

急性髓系白血病ERG、MDR1及BAALC基因的表达水平及临床意义

目的:探讨急性髓系白血病(acutemyeloidleukemia,AML)患者骨髓单个核细胞的ETS相关基因(ETS related gene,ERG)、多药耐药基因1(Multidrug resistance gene 1,MDR1)、脑和急性白血病胞质(Brain and acute leukemia cytoplasmic,BAALC)基因的表达水平及临床意义。方法:选取90例成人AML患者为研究对象,均接受蒽环类药物诱导化疗联合阿糖胞苷等进行初步治疗,采用实时荧光定量检测PCR技术检测治疗后的骨髓单个核细胞ERG、MDR1、BAALC基因表达,并分析其与患者临床特征、危险度分层、治疗疗效、生存率的关系。结果:AML患者ERG、MDR1、BAALC基因均有强表达,三因子表达强弱同白细胞、血小板等临床指标无明显相关性(P0.05),不同危险度分层对应的ERG、MDR1、BAALC表达之间有明显差异,中危组、高危组患者表达强度均高于低危组(P0.05)。ERG、MDR1低表达组对应的疗效CR(93.1%%,89.6%)、OS(56.5%, 66.7%)较高表达组CR(61.4%, 81.3%)、OS(56.5%,66.7%)值更高(P0.05),不同BAALC表达者疗效CR及生存率OS比较差异无统计学意义(P0.05)。结论:AML患者单个核细胞的ERG、MDR1基因表达水平与其危险度分层、疗效和生存率呈负相关,以REG和MDR1同AML关系敏感,BAALC敏感度较低,联合检测REG、MDR1、BAALC基因表达可能提高AML患者危险度分层、疗效及预后判读的准确度。     

用PCR方法定量检测多药抗性基因的表达

肿瘤细胞对化疗药物的抗性是癌症有效化疗的主要障碍。人类细胞中多药抗性基因(MDR1)编码一种p-糖蛋白,后者功能是能量依赖的跨膜药物外输泵,可降低细胞毒药物在胞内的积累。定量分析MDR1表达水平可说明病人抗药能力的高低。本文应用PCR技术建立了灵敏度高、专一性好、可定量检测临床标本中MDR1表达水平的方法。对周血标本的初步检测表明:白血病化疗效果与MDR1表达水平的高低有关。     

应用cDNA微阵列技术研究EB病毒LMP1介导的鼻咽癌中转移相关基因的表达

探讨EB病毒基因组编码的癌蛋白LMP1对鼻咽癌细胞中转移相关基因表达的影响.采用蛋白质印迹法检测在强力霉素(Dox)诱导下,鼻咽癌细胞系pTet-on-LMP1 HNE2(L7细胞)中LMP1表达的时效和量效关系.应用cDNA微阵列技术建立诱导性LMP1介导鼻咽癌细胞中转移相关基因差异表达谱;运用RT-PCR验证cDNA微阵列筛选差异基因表达的可靠性.与LMP1不表达的L7细胞比较,LMP1高表达的L7细胞中7个基因的表达显著上调,12个基因的表达显著下调.随机选择其中4个基因进行RT-PCR,结果显示,这些基因表达阳性,且与微阵列中的变化趋势一致.LMP1可能通过激活和/或抑制一些转移相关基因的表达而参与鼻咽癌转移过程.     

柠条锦鸡儿肌动蛋白基因的克隆和表达稳定性分析

以几种豆科植物中肌动蛋白的氨基酸保守序列设计简并引物,采用RT—PCR结合RACE扩增技术,从柠条锦鸡儿叶片中克隆到一个编码肌动蛋白的基因,命名为CkACT。该基因cDNA全长为1655bp,开放阅读框1134bp,编码377个氨基酸。氨基酸比对分析表明,该基因编码的氨基酸与其他植物肌动蛋白基因具有较高的同源性。不同组织中的表达基本上一致,不同发育时期的基因表达相似,低温、NaCl、干旱和ABA处理后的表达强度没有明显差异,说明CkACT基因表达稳定。     

沉默MR-1对血管紧张素Ⅱ诱导小鼠心肌肥厚基因表达谱的影响

肌纤基因调节因子(myofibrillogenesis regulator1,MR1)是首次从人体骨骼肌cDNA文库中分离得到的基因.以前的研究证明MR1能够介导血管紧张素Ⅱ(AngⅡ)诱导的体内外心肌肥厚效应,但相关分子机制有待进一步阐明.利用腺病毒载体在小鼠中沉默MR1表达,利用基因芯片对比检查了小鼠心肌基因表达谱的变化.结果发现,在AngⅡ诱导心肌肥厚的小鼠,沉默MR1前后出现明显的信号通路方面的变化和基因表达差异,其中沉默MR1后表达降低90%以上的基因有39个,而表达升高10倍以上的基因有5个.在这些基因中,对与心肌肥厚密切相关的基因进行了定量RT-PCR检测,以进一步验证基因芯片的结果,发现沉默MR1后HSP72和硫氧还蛋白1(Trx1)均表达升高,而钙调神经磷酸酶β(CnAβ)和β肌球蛋白(β-myosin)的基因表达则受抑制.这些信号通路和基因均与AngⅡ诱导的心肌肥厚有一定的关系,为揭示MR1在AngⅡ所致心肌肥厚中的作用和分子机制提供了新的证据.     

编码日本血吸虫抱雌沟蛋白及肌动蛋白的基因性别间的表达差异性

研究了所克隆的日本血吸虫两个基因的性别间的表达差异性。分别将所克隆到的编码日本血吸虫抱雌沟蛋白的cDNA(SjGCP1)和肌动蛋白的cDNA(SjAct)制成DNA探针,利用Southern blotting,Northern blotting和斑点印迹法对其相应基因性别间的表达差异性进行了研究。结果显示,日本血吸虫抱雌沟蛋白的基因在雄虫中转录而雌虫中不转录,血吸虫肌动蛋白基因在雄虫中转录量高于雌虫,表现出转录量的差异。证明这两个基因转录具有性别间的表达差异性。     

应用基因芯片技术检测肝组织的基因表达

为检测正常肝组织中的基因表达状况,采用cDNA microarray技术对正常肝组织中表达的1500个基因进行定量。结果为97 个基因较高表达,1010个基因中度表达,380个基因低表达。结果是cDNA microarray技术是大规模检测基因表达的有效方法。     

虾夷扇贝β-actin基因的克隆和序列分析

为进一步研究虾夷扇贝功能基因的表达调控。利用SMART cDNA文库构建试剂盒成功构建了健康虾夷扇贝外套膜和肾脏两种组织的cDNA文库。对随机选取的4009个克隆进行5′端测序,比对,筛选出1条β肌动蛋白同源序列,对此EST序列两端进行扩增、测序,得到肌动蛋白基因cDNA全长序列。肌动蛋白基因cDNA全长1536bp(不包括polyA),5′端非编码区84bp,3′端非翻译区321bp,阅读框1131bp,编码377个氨基酸。在基因组DNA中,该基因被一个内含子分为两段,内含子位于第41和第42个氨基酸之间,长度为1498bp。系统发育分析显示该肌动蛋白属于β类型。本研究得到的虾夷扇贝β-肌动蛋白基因可以被用于作为定量某种虾夷扇贝mRNA的标准,这为继续研究虾夷扇贝其它功能基因,及其分子生物的进一步研究、促进其他相关分子发育和系统进化研究奠定了基础。     

应用基因芯片技术检测肝组织的基因表达

为检测正常肝组织中的基因表达状况,采用cDNA microarray技术对正常肝组织中表达的1500个基因进行定量,结果为97个基因较高表达,1010个基因中度表达,380个基因低表达,结果是cDNA microarray技术是大规模检测基因表达的有效方法。     

cDNA阵列筛选结直肠癌化疗敏感性相关基因的初步研究

目的:筛选与结直肠癌中与化疗敏感性相关的基因,为结直肠癌化疗的个体化方案制定提供分子遗传学方面的依据.方法:收集结直肠癌新鲜组织标本,部分用于提取组织RNA和组织蛋白质,部分用于肿瘤药物敏感实验(MTT法).病理学诊断为中分化腺癌,根据药物敏感实验结果分为化疗高敏感组和化疗低敏感组,进行cDNA阵列实验比较筛选差异表达基因,Western Blot检测部分差异表达基因的表达情况.结果:通过肿瘤药物敏感实验结果得到对5-Fu+CF+L-OHP(氟脲嘧啶,亚叶酸钙,奥沙利铂)联合作用敏感的5例(高敏感组),不敏感的5例(低敏感组),cDNA阵列结果显示化疗高敏感组和低敏感组的差异表达基因其中有34个基因,其中差异表达显著的基因9个;叶酸多聚谷氨酸(FPGS)的表达在高敏感组中均高于低敏感组,HSP27在化疗低敏感组中的表达均高于高敏感组,与基因芯片中cDNA表达变化一致.结论:在结直肠腺癌化疗敏感性不同的病例中存在差异表达基因,这些基因可能成为结直肠癌化疗敏感性预测的生物标志物.     

凡纳滨对虾β-actin基因的克隆与表达

目的:克隆凡纳滨对虾肌动蛋白基因并在原核表达系统中表达.方法:根据GenBank上凡纳滨对虾β-actin基因序列设计引物,采用RT-PCR方法,从凡纳滨对虾肌肉组织中克隆出β-肌动蛋白基因cDNA部分序列,克隆序列连接到pBAD/gⅢA质粒,转化人大肠杆菌TOP10,筛选阳性克隆,进行温度诱导表达重组蛋白.结果:克隆序列长度为1300bp,测序结果与Gene-Bank序列同源性达99.91%;获得重组体诱导表达产物经SDS-PAGE分析,在约48kD处有表达的蛋白带,表达产物经Western Blotting鉴定为阳性.结论:获得β-actin基因在大肠杆菌中稳定表达产物.     

逆转病毒介导的突变型p53基因增加人肺癌细胞耐药性研究

应用PCR等方法从含有p53基因突变的人肺癌细胞系GL总RNA中扩增并克隆了人突变型p53基因(mt)cDNA.序列分析证实该cDNA含有人p53基因全部编码序列,在codon245出现了G→T突变,导致由甘氨酸变为半胱氨酸.构建了其逆转病毒表达载体(pD53M),并将该载体导入没有p53突变的药物敏感癌细胞系GAO.免疫组织化学证实pD53M转染的GAO细胞有突变型p53蛋白表达,说明重组逆转病毒表达载体pD53M在GAO细胞中可以稳定表达.体内和体外实验表明pD53M转染的GAO细胞对几种抗癌药的耐药性有不同程度的增加,最高增加了4倍.用定量PCR和FCM分析发现转染细胞MDR1基因表达没有增高,Pgp功能没有加强,MRP基因表达轻度增高,Mrp功能稍微加强,这提示突变型p53导致的耐药性可能与MDR1/Pgp无关,而与MRP/Mrp可能有一定关系.     

4个棉花ADF基因的分子鉴定及其差异表达

肌动蛋白解聚合因子(actin-depolymerizing factor, ADF)是一种在真核生物中广泛存在的低分子量的肌动蛋白结合蛋白,它在调控细胞内肌动蛋白纤丝的解聚合和再聚合中起着关键作用。我们在棉纤维cDNA文库中分离克隆了4个ADF基因(cDNAs),分别命名为GhADF2,GhADF3,GhADF4,GhADF5。GhADF2 cDNA 长度为705 bp,编码139个氨基酸;GhADF3 cDNA长度为819 bp,编码139个氨基酸;GhADF4 cDNA长度为804 bp,编码143个氨基酸;GhADF5 cDNA长度为644 bp,编码141个氨基酸。分析表明,GhADF2与GhADF3的氨基酸序列同源性为99%。而且,GhADF2/3与矮牵牛PeADF2之间的氨基酸序列同源性也高达89%。GhADF4与拟南芥AtADF6的亲缘关系较近,二者的氨基酸序列同源性为78%。GhADF5与拟南芥AtADF5的亲缘关系较近,氨基酸序列的同源性为83%。上述结果表明植物ADF基因在进化中具有高度保守性。RT-PCR分析表明,GhADF2在纤维中优势表达,而GhADF5基因则在子叶中表达量最高。另一方面,GhADF3和GhADF4似乎不具有组织特异性或偏爱性表达。同一组织中不同GhADF基因表达量有较大的差异,表明它们可能涉及棉花不同组织生长发育过程的调节。而且,在进化过程中,各ADF同分异构体之间可能发展形成某种功能上的差异性。     

高原鼠兔ob基因的组织表达特征

ob基因编码的leptin蛋白在调节生物体能量平衡中起到重要作用。本研究应用Taqman探针real time PCR技术对高原鼠兔ob基因的组织分布进行检测。通过提取不同组织总RNA,经DNase I消化后,用随机引物进行反转录合成cDNA,采用特异性Taqman探针和引物分别对ob基因及β-actin基因进行实时定量PCR扩增,对不同组织中ob基因和β-actin基因的初始拷贝数之比进行比较。结果表明ob基因在脑、心脏、肺、肝脏、脾脏、肾脏、骨骼肌、脂肪组织中均有表达,其中以白色脂肪组织中ob基因表达量最高,其次为心脏和肺,表达量最低的是肝脏和肾脏。     

人多肽N-乙酰氨基半乳糖转移酶2基因反义RNA表达质粒的构建及其功能的初步研究

反义封闭人多肽N-乙酰氨基半乳糖转移酶2 (pp-GalNAc-T2)的基因表达, 对胃癌细胞SGC7901中转化生长因子-β1(TGF-β1)与基质金属蛋白酶2 (MMP2)基因表达及细胞增殖有影响.在对几株肿瘤细胞的pp-GalNAc-T2基因表达水平进行分析后, 以高表达pp-GalNAc-T2的人胃癌细胞株SGC7901的总RNA为模板, 利用RT-PCR方法扩增两段不同长度pp-GalNAc-T2基因片段, 构建反义表达载体转染胃癌细胞SGC7901, 通过Ｇ418筛选, 建立一系列旨在封闭胃癌细胞SGC7901 ppGalNAc-T2基因表达的亚细胞克隆.通过流式细胞术、荧光显微镜、RT-PCR及Western印迹检测反义封闭pp-GalNAc-T2基因RNA表达后胃癌细胞SGC7901增殖以及TGF-β1、MMP2表达水平的变化. 反义封闭pp-GalNAc-T2基因表达后, 胃癌细胞SGC7901 pp-GalNAc-T2的表达水平明显降低, 细胞分裂增殖减慢, 表明反义封闭pp-GalNAc-T2基因表达对胃癌细胞SGC7901的生长增殖有影响.结果还显示, 反义封闭pp-GalNAc-T2基因表达可使TGF-β1、MMP2基因在mRNA与蛋白质表达水平均增加, 提示pp-GalNAc-T2基因表达可能对胃癌细胞SGC7901浸润转移产生影响.以上结果表明, pp-GalNAc-T2基因在肿瘤细胞中广泛表达, 并可能与肿瘤的增殖及浸润转移相关.     

RNA质量对内参基因选择和qRT-PCR结果评价的影响

目的:研究RNA质量对内参基因选择和实时定量PCR(qRT-PCR)分析肿瘤坏死因子α(TNFα)诱导基因表达结果评价的影响。方法:用TNFα刺激体外培养的小鼠血管内皮细胞,采用qRT-PCR技术,以2种常用的管家基因β-actin和GAPDH为内参,检测细胞间黏附分子1(ICAM-1)基因的表达,探讨RNA纯度对TNFα下游基因表达检测结果的影响。结果:当提取的总RNA纯度很高(D260nm/D230nm2.0)时,以β-actin和GAPDH为内参基因检测ICAM-1基因表达的结果相近;当总RNA可能被盐及小分子污染(D260nm/D230nm2.0)时,以β-actin为内参基因检测的ICAM-1基因相对表达量显著高于以GAPDH为内参所得结果。结论:RNA质量显著影响荧光定量PCR对基因表达的检测结果,因此在RNA质量较低时应选择2个或以上内参基因进行校正,以减少实验结果误差,得到准确结果。     

犬β防御素-1真核表达载体的构建及其在HEK293T细胞中的表达

哺乳动物的β-防御素是一类具有广谱抗微生物活性的阳离子小肽.为了克隆和分析犬β防御素-1基因,并建立一套在HEK293T细胞中高效表达犬β防御素-1的方法,本研究采用RT-PCR方法从犬睾丸组织中扩增出犬β防御素-1(cBD-1)的cDNA基因,并将其克隆到pcDNA3.1A载体中,构建了犬β防御素-1基因的真核表达载体pcDNA3.1A-cBD-1,经磷酸钙介导转染HEK293T细胞进行表达.结果表明:克隆的犬β防御素-1基因序列与已发表序列(GenBank 编号:NM-001024641)的同源性为99.7%.表达犬β防御素-1经Western-blot检测,证明构建的犬β防御素-1基因表达载体能够在真核细胞中表达,表达产物能够分泌到细胞外.为进一步研究犬β防御素的功能奠定了基础.