菊科药用植物遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析北大核心CSCD

本研究采用ISSR分子标记对菊科各属种质进行遗传多样性和亲缘关系进行分析,为种质资源的有效保存及分子鉴定奠定基础。采用ISSR-PCR扩增国家中药种质资源库保存的菊科40个属的40份药用植物,琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物,NTSYS-pc2. 1软件对电泳结果进行多态性分析,UPGMA构建遗传树。此次实验筛选出8条引物,40份材料扩增出68个位点,多态性位点为68个,多态性位点百分率为100%,遗传相似性系数范围在0. 71～0. 91。UPGMA聚类分析结果表明在相似性系数为0. 75时可将这40种菊科药用植物分为7类。结果表明目前搜集的40个属材料遗传多样性较为丰富,选择的8个ISSR引物可进一步用于后续种质资源的分子鉴定。     

濒危植物山白树遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记,对我国特有种金缕梅科(Hamamelidaceae)濒危植物山白树(Sinowilsonia fienryi Hemsl)6个野生居群和2个栽培居群75份试验材料的遗传多样性进行研究,以期为该物种种质资源的保护和合理利用提供科学依据。试验结果显示:(1)10条引物共检测到89条清晰的谱带,其中多态性条带85条,多态位点百分率(PPB)为95.5%,说明山白树在物种水平上遗传多样性较高;(2)Nei's基因多样度指数(H)为0.283 3,Shannon's多样性信息指数(I)为0.4034;Nei's遗传分化系数(G_(st))为0.3507,居群间与居群内变异百分率分别是25.49%,74.51%,说明山白树居群内与居群间都存在遗传分化,且主要遗传分化来自居群内部;(3)聚类分析(UPGMA法)得到,在阈值0.87处,山白树8个调查居群分为三类,分类结果与其地域分布存在一定规律。     

秦巴山区石斛属亲缘关系及金钗石斛遗传多样性ISSR分析

为研究秦巴山区石斛属亲缘关系,利用5条ISSR引物对秦巴地区石斛属植物12个居群的遗传多样性进行了初步探讨。结果表明：（1）UPGMA聚类分析结果显示,金钗石斛（Dendrobium nobile Lindl）、曲茎石斛（D.flexicaule Z. H. Tsi）和细叶石斛（D.hancockii Rolfe）分别聚为三支,在分子水平上出现了明显的分化,揭示三者是独立物种。（2）金钗石斛种下6个居群可明显分为2支,LJ、MT、YP和WF遗传一致度较近聚为一支;YJ和PT遗传高度一致,遗传距离最近聚在一起。（3）金钗石斛种下居群间Neis总基因多样性（H_t）为0.388,基因分化系数(G_st)为0.934,显示金钗石斛居群间存在较高的遗传分化。研究结果揭示了秦巴山区石斛属植物的亲缘关系,从分子水平上为其鉴定提供了依据,并为金钗石斛的资源利用和遗传改良奠定理论基础。     

叶子花种质资源遗传多样性及亲缘关系的RAPD和ISSR分析

利用RAPD和ISSR标记对48份叶子花种质进行遗传多样性及亲缘关系分析。结果显示:(1)筛选出具有多态性的RAPD引物7条、ISSR引物11条,RAPD引物共扩增97条多态性条带,ISSR引物共扩增140条多态性带,多态性百分率均达100%。(2)根据两种标记的扩增结果,用UPGMA法对48份叶子花种质的聚类分析显示,48份供试材料间具有较丰富的遗传多样性,其品种间遗传相似系数RAPD为0.318 8～0.955 6,ISSR为0.349 5～0.900 0;两种分子标记均能清楚地将48份种质材料区分开来,对种质类群的划分结果基本一致,仅有些许差异。(3)聚类分析结果显示,48份种质可分为两大种系:1)B.glabra种系,其品种大多以其种内来源为主;2)涵盖了B.spectabilis、B.peruviana、B.×buttiana和B.×spectoglabra等4个种的种系,种质构成较为复杂。(4)两种标记聚类结果呈显著相关关系,相关系数为0.752 3。研究表明,对一些形态上无法细分的叶子花种质(类群),RAPD和ISSR分子标记是可靠的鉴别方法。     

中国假百合属亲缘关系及假百合遗传多样性的ISSR分析

利用7条ISSR引物对中国假百合属植物24个居群255个个体的遗传多样性进行了初步探讨。结果表明:(1)UPGMA聚类结果显示,假百合(Notholirion bulbuliferum)、钟花假百合(N.campanulatum)与大叶假百合(N.macrophyllum)分别聚为三支,在分子水平上出现了明显的分化,揭示三者是独立物种。(2)N.bulbuliferum×N.campanulatum与钟花假百合聚为一支,这可能与其母系遗传和极强的无性繁殖体系有关,但两者间基因流(N_m=0.216 0)很低,假百合与N.bulbuliferum×N.campanulatum的基因流(N_m=0.144 9)也极低,说明N.bulbuliferum×N.campanulatum正在分化。(3)假百合种下各居群间按照地理结构可明显分为4支,经Mantel检测表明存在显著的谱系地理结构(r=0.410,P=0.01)。(4)AMOVA分析显示,假百合居群间遗传变异为77.12%(P<0.01),而居群内为22.88%(P<0.01),同样表明居群间遗传分化大于居群内。研究结果揭示了横断山区假百合属植物的亲缘关系,从分子水平上为其鉴定提供了依据;并从遗传结构上为药用植物假百合的可持续利用和开发奠定了理论基础。     

新疆产药用植物黑果枸杞遗传多样性的ISSR分析

黑果枸杞（Lycium ruthenicum）隶属于茄科枸杞属,为重要的药用植物,主要分布于中国的西北部。目前该种野生”资源逐渐减少,开展对其居群遗传学研究有利于黑果枸杞野生种质资源的保护和可持续利用。采用ISSR分子标记对新疆南部黑果枸杞6个自然居群及甘肃2个自然居群共115个样品进行了DNA多态性分析。从60个随机引物中筛选出7个有效引物,共产生64条DNA片段,其中50条为多态性条带,多态位点百分率（PPL）为78．1％。相比较而言,黑果枸杞在物种水平上具有较高的遗传多样性,Nei基因多样性（H）和Shannon多样性指数（Ⅰ）分别为0．29和0．43。对黑果枸杞8个居群的AMOVA分析结果表明,其遗传变异主要存在于居群内（77．0％）,而居群间的遗传分化较小（23％,Fsr=0．23）。黑果枸杞各居群间的遗传距离在0．0570—0．1913之间变化。居群间的聚类及Mantel检验（r=0．3602,P=0．910）均表明新疆黑果枸杞居群地理距离与遗传距离之间的相关性不明显;黑果枸杞个体间UPGMA聚类结果表明,同一居群的个体不能完全聚在一起,来自新疆和甘肃两区域的黑果枸杞材料也不能完全分开。探讨了可能造成上述居群遗传结构模式的主要因素,同时提出了今后对新疆南部黑果枸杞保护工作中需进一步解决的问题。     

利用ISSR和SRAP标记分析细辛资源遗传多样性与亲缘关系

采用ISSR、SRAP分子标记对61份细辛资源进行遗传多样性与亲缘关系进行分析,结果表明:(1)ISSR标记平均每条引物可获得8.35个DNA片段,多态性比率为86.3%,SRAP标记平均每对引物可获得7.85个DNA片段,多态性比率为86.0%。(2)利用相同数量的引物,ISSR标记揭示的多态性略高于SRAP标记。(3)按照种质间相似系数得出聚类图,可将所有细辛资源分开,在依据ISSR标记聚类分析中,生物学上北细辛和汉城细辛的划分,其作用不如地域来源的效应。SRAP分子标记中,大部分资源的聚类与地域性有关,但有4份汉城细辛优先聚类,SRAP分子标记在揭示基因组差异方面有一定的优势。(4)2种分子标记的聚类图中,来自同一产地的北细辛和汉城细辛优先聚类,其亲缘关系更近。聚类图中未出现北细辛与汉城细辛分别聚类。分子标记分类与传统植物学分类不一致。     

金花茶遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记对金花茶的4个自然分布居群的126份样品的遗传多样性水平进行了研究。用12条引物,共检测到105个清晰的扩增位点,其中多态性位点79个,多态位点百分率(PPB)为75．24％。采用POPGENE软件进行分析,结果表明：居群总的Nei’s基因多样性指数为0．2302,Shannon信息多态性指数为0．3502,金花茶总的遗传多样性水平较高。但金花茶居群内的遗传多样性相对较低。基因分化系数为0．5752,遗传变异主要存在于居群间。用NTSYS软件对样品进行UPGMA聚类分析,结果4个居群的样品各自聚在一起,而金花茶两间断分布区区内的居群又各自聚在一起。金花茶4个居群间的遗传距离与地理距离呈显著的正相关(r=0．68261,P=1．0000)。     

贵州三叶木通遗传多样性及亲缘关系分析

为科学保存和利用贵州三叶木通资源,采用AFLP和ISSR分子标记技术对贵州省部分县(市)的31份三叶木通资源进行遗传多样性及亲缘关系分析。结果显示:(1)两种标记方法分别通过8对引物扩增出9 252条、11 643条DNA谱带,多态性条带分别为8 818、11 643,扩增多态率分别为95.31%和100%,说明供试种质资源遗传多样性较丰富。(2)AFLP和ISSR方法所得遗传相似系数区间分别为0.762 3~0.893 5和0.828 9~0.917 1,说明不同种质间存在一定的遗传差异。(3)聚类分析表明,在遗传相似系数0.85处,31份三叶木通种质资源分别被聚为5组(AFLP)和3组(ISSR),其中26号(7-4-中1)、27号(8-1-1)、28号(8-3-中)和30号(9-3-中1)4个资源及31号(9-4-1)和29号(9-2-S1)2个资源在两组分析方法中分别处于同一亚组内,说明其为亲缘关系较近的样本,且样本4号(2-2-N1)、8号(3-1-S1)和样本26号(7-4-中1)、27号(8-1-1)两两相似系数最大,可能是同一来源的种质。     

扎龙芦苇遗传多样性ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对扎龙湿地的5个野生芦苇居群进行了遗传多样性研究.从75条ISSR引物中筛选出10个特异性强、稳定性好的引物进行ISSR分析.共获得96个位点,其中多态位点94个,多态位点百分率为97.92％.PopGene分析结果表明:居群的平均多态位点百分率为56.46％,Shannon's多样性指数(J)...     

7种川产淫羊藿属植物遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记对7种12居群的川产淫羊藿属植物进行遗传多样性及亲缘关系分析。结果发现23个ISSR随机引物共扩增194条清晰条带,其中169条具多态性,平均多态性位点比率为87.11%,有效等位基因数Ne=1.534 2,Nei基因多样性指数H=0.314 4,Shannon多样性指数I=0.469 7,表明物种间遗传多样性丰富。7种川产淫羊藿属植物间的遗传相似系数为0.653 2～0.748 9,聚类分析和主成分分析直观的显示出12份供试材料间的亲缘关系,并将其分为两类。表明ISSR分子标记技术可以用于川产淫羊藿属植物的遗传多样性和亲缘关系分析。     

西藏牦牛遗传多样性的ISSR分析

选用10对ISSR引物对西藏地区17个牦牛类群(或品种)共850头牦牛进行了PCR扩增,利用Popgen 32软件对数据进行统计分析。结果表明:10对ISSR引物共扩增出134条条带,其中多态性条带132条,多态性比率为95%,扩增片段的大小范围在200~2000bp。17个牦牛类群的平均有效等位基因数为1.498,Nei遗传多样性指数平均值为0.294,平均Shannon多样性指数为0.449,各位点遗传多样性存在一定差别,说明17个西藏牦牛类群具有丰富的遗传多样性。聚类结果表明,西藏牦牛大致分为3类:错那牦牛、江达牦牛、工布江达牦牛、康布牦牛、巴青牦牛、类乌齐牦牛、桑桑牦牛、嘉离牦牛、斯布牦牛和隆子牦牛聚为1类;丁青牦牛、聂荣牦牛、帕里牦牛、日多牦牛、桑日牦牛和申扎牦牛聚为1类;仲巴牦牛单独聚为1类。聚类分析结果与牦牛的地理分布大体一致。     

节瓜自交系遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对36份节瓜自交系进行遗传多样性分析。从100条ISSR引物中筛选出14条多态性明显、条带清晰、反应稳定的引物,对36份节瓜材料基因组DNA进行扩增,共扩增出76条清晰稳定的条带,其中多态性条带45条,多态性比例为59.21%。36份材料间遗传相似系数在0.57~0.96之间,表明材料间遗传多样性较为狭窄。聚类分析结果显示,以遗传相似系数0.76为阈值时,可将36份节瓜自交系材料聚为3类,分类结果与供试材料的地理来源较为吻合。基于聚类分析结果,可为今后节瓜的新品种选育、遗传改良以及分子遗传连锁图谱构建的杂交亲本选择提供科学依据。     

河南大豆遗传多样性的ISSR分析

用ISSR标记技术对10个大豆品种进行遗传多样性分析.从44条随机引物中筛选出8个多态性引物,共扩增出89条带,其中有55条为多态性条带,多态性比率为61.8%,条带大小为220~1 500 bp,平均每个引物可扩增出11条带.Shannon多样性指数评价结果表明,平均多样性指数为0.286 5,观察等位基因数和有效等位基因数分别为1.618和1.300 8;统计分析结果表明,10个品种间的相似系数为0.60~0.75,平均相似系数为0.69;聚类分析结果表明,10个大豆品种可聚成2组:第一组包括豫豆15、豫豆11、豫豆24、周豆12和周豆11;第二组包括豫豆22、周豆13、豫豆6、中作98-3和豫豆26;主成分分析结果支持聚类分析结果.本研究为大豆品种鉴定和种质资源利用奠定了基础.     

甘肃省冬虫夏草遗传多样性的ISSR分析

对采自甘肃省3个冬虫夏草主产区域6个具有代表性地方的18个样本进行ISSR分析。15条ISSR引物共扩增得到条带清晰并呈多态性的95条谱带,每一引物扩增获得的ISSR条带数在3－9条之间,扩增片段集中在300－3,000bp。基于遗传相似性系数（GS）、不加权成对群算术平均法（UPGMA）构建的系统树分析,可以看出：分离自同一株虫草上不同部位的样本无显著遗传差异;同一地点样本间的遗传分化较小;不同地域的样本间存在着较大的遗传分化,遗传多样性较丰富。同时6个地方的冬虫夏草明显地分为3个区域,而在同一区域不同     

南方红豆杉的ISSR遗传多样性分析

采用ISSR标记技术对南方红豆杉迁地保护小种群及其衍生自然种群5个小斑块(小居群)的遗传多样性进行了分析.从90条引物中共筛选出10个多态性引物,获得ISSR谱带102条,其中多态性谱带74条,占72.54%.结果显示,南方红豆杉迁地保护小种群和迁地保护衍生自然种群的Nei's基因多样性指数(H)分别为0.220 9和0.254 8,Shannon信息指数(I)分别为0.322 4和0.376 2.5个小斑块居群的H分别为0.190 7、0.210 4、0.194 4、0.160 5和0.187 3,I分别为0.281 0、0.309 8、0.288 0、0.235 5和0.273 5.迁地保护衍生自然种群的遗传多样性高于迁地保护小种群,但各小生境下的的小斑块居群遗传多样性低于迁地保护小种群.聚类分析结果表明:南方红豆杉迁地保护各自然小居群间的遗传距离与这些居群的地理生境有关,而与地理距离并没有显著相关性.     

广东省五节芒遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术,对广东省内分布的能源植物五节芒(Miscanthus floridulus)13个野生居群共215个个体的遗传多样性进行了研究.9个ISSR引物共扩增到了81个位点,其中76个是多态性位点.结果表明,广东五节芒的遗传多样性水平很高,物种水平上,多态位点百分率(PPB)为93.83％,Nei's...     

栽培罗汉果遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR分子标记对62份雌株和13份雄株栽培罗汉果样品进行了遗传多样性分析,用13条ISSR引物进行扩增,共得到88条扩增带,其中64条是多态性的。计算了样品间的相似性系数,分别对雌雄株做了主成分分析,并用UPGMA法进行聚类分析。结果表明主要的栽培品种青皮果、红毛果和爆棚籽的遗传多样性很低,它们的品种内样品间相似性系数平均值分别为0.958、0.952和0.988,但有少数形态差异较大的样品具有较大的遗传差异;而茶山果和冬瓜汉具有较高的遗传多样性,品种内样品间的相似系数平均值分别为0.879和0.829;雄株也具有较高的遗传多样性。     

紫斑牡丹遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR标记对一个居群内的16个紫斑牡丹品种材料进行基因组多态性分析,从100条引物中筛选出15条用于紫斑牡丹的ISSR扩增。共扩增出134条带,其中多态性条带96条,多态性百分率为71.6%。根据ISSR扩增结果,利用NTSYSpc 2.10e软件进行Jaccard相似性系数分析,16个紫斑牡丹品种的遗传相似系数为0.45～0.93。UPGMA聚类分析结果显示,在遗传相似系数0.534处,16个紫斑牡丹品种材料可分为4类。第Ⅰ类中的6个紫斑牡丹品种材料中有5个为皇冠型品种,1个单瓣型,其他类中也有皇冠花型品种但未聚在Ⅰ类中;第Ⅱ类仅有1个‘粉盘托桂’,它是所选材料中唯一的托桂型品种,单独聚为一类;第Ⅲ类由不同花色、花型品种聚为一类,可见亲缘关系较近的紫斑牡丹品种性状变异性也很大;第Ⅳ类中A组品种材料均为白色,花型有单瓣型、荷花型和绣球型;B组仅有一个‘银线女’,它是所选材料中唯一的红色绣球型材料。研究表明,不同相似系数的遗传聚类划分与花色、花型之间并非完全具有相关性。     

内蒙古小花棘豆遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR分子标记对内蒙古西部地区小花棘豆（Oxytropis glabra DC.）6个地理种群进行了遗传多样性研究.结果表明：小花棘豆具有较高的遗传多样性;14个引物共扩增出327个位点,物种水平上Nei＇s基因多样性指数为0.1972,Shannon多样性指数为0.3287;种内总基因多样性为0.1976,种群内基因多样性为0.1653,83.67%的遗传变异存在于种群内,16.33%的遗传变异存在于种群间,种群间的遗传分化系数为0.1633,基因流为2.5613,6个种群间有一定遗传分化,但遗传漂变不会引起遗传分化.UPGMA遗传距离聚类结果表明,生态地理条件相似的种群优先聚集.