序列同源性比较软件Blast的本地化实现及VB接口程序的编制

美国国家生物技术信息中心（ＮａｔｉｏｎａｌＣｅｎｔｅｒｆｏｒＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ,ＮＣＢＩ）的Ｂｌａｓｔ软件是进行核酸序列和蛋白质序列同源性比较的有力工具［１,２］．通过访问ＮＣＢＩ的主页（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）进行Ｂｌａｓｔ同源性比较是常用的分析方法．然而在很多场合需要在脱机状态下使用Ｂｌａｓｔ进行同源性比较,所以,Ｂｌａｓｔ软件的本地化实现有其必要性．本文介绍实现Ｂｌａｓｔ本地化过程的经验,同时用ＶｉｓｕａｌＢａｓｉｃ５．０（以下…     

序列同源性分析软件Blast的WEB界面构建及其应用

基于局域网(Intranet)内的PC/Linux服务器, 构建了序列同源性分析软件Blast的WEB界面. 局域网内的所有计算机均可通过WEB方式访问该服务器进行公共数据库和自建数据库的查询,具有保密、高效、免费的优点,能够满足实验室和研究院所的大规模、快速数据分析任务.     

多序列比对程序及使用技巧

多序列比对能够揭示出一系列DNA或蛋白质序列之间的关系，发现序列间的保守区域主要介绍了几种较为常用的多序列比对程序及其使用技巧．     

一组DNA序列分析的微机程序

本文介绍了作者编制的一组用于分析DNA序列资料的计算机程序。程序用BASIC语言写成,在IBM微型机伤调试运行,包括序列打入、核苷酸频率统计、转译及限制酶切点查找等级部分。     

基于对齐的生物序列相似性分析

生物序列相似性(或差异性)分析是生物信息学研究的一种重要的方法。其中基于对齐的生物序列相似性分析方法,重点介绍基于隐马尔可夫模型的比较方法,并比较基于对齐的各种生物序列分析方法的优缺点。     

鹅副粘病毒SF02 F基因的序列分析及SF02的多重RT—PCR鉴别

对新近分离的鹅副粘病毒SF0 2采用RT PCR方法 ,扩增F基因后测序 ,得到全长的F基因。该基因的ORF总长为 16 6 2nt,编码 5 5 3个氨基酸 ,其裂解位点的序列为112 R R Q K R F117,与新城疫病毒强毒株的特征相符。其核苷酸和氨基酸同源性分析 ,并与国内新城疫病毒标准强毒株F4 8E9相比较 ,表明该毒株在F基因上已发生了较大的变异 ,而与近年来在我国台湾和部分西欧国家流行的禽副粘病毒有很高的亲缘关系。在分析F基因序列的基础上 ,设计 3条引物 ,建立了一种新的多重RT PCR方法 ,能区分鸡新城疫病毒与鹅副粘病毒。     

狭果葶苈高温响应表达序列标签的分离与初步分析

目的:分离与分析白马雪山流石滩地区植物狭果葶苈高温响应基因,研究高山植物高温耐受机制。方法:应用磁珠介导的抑制消减杂交分离差异表达序列标签(EST),通过测序与Blastx比对,用Blast2go程序进行功能注释和代谢路径分析。结果:大部分EST功能与物质能量代谢、生物合成、蛋白和脂肪结合、转移酶活性相关,还有一些胁迫响应的基因。结论:狭果葶苈高温胁迫应答机制是非常复杂的,需要众多基因的参与。     

DNA序列的多重分形Hurst分析

为了深入研究基因组序列的多重分形性质,首先选取12条较长的DNA序列,并根据此12条DNA序列的编码／非编码片段将DNA序列转换成相应的12条时间序列,其次对这12个时间序列进行多重分形Hurst分析,计算它们的Hurst指数,并且利用Hurst指数分析序列的自相似性,进一步将得到的Hurst指数与DNA一维游走模型相比较,发现12条序列均具有长程相关性,这说明DNA序列中确实存在着长程相关现象。     

多序列比对算法的研究进展

多序列比对在阐明一组相关序列的重要生物学模式方面起着十分重要的作用。自从计算机的出现,就有许多研究者致力于多序列比对算法。人类基因组计划和单体型计划使多序列比对研究再次成为研究热点。本文详细归纳了多序列比对的主要算法,总结了国内外近年来多序列比对的研究进展,同时也分析并预测了未来该问题的研究方向。     

FASMA: A Service to Format and Analyze Sequences in Multiple Alignments

Multiple sequence alignments are successfully applied in many studies for under- standing the structural and functional relations among single nucleic acids and pro- tein sequences as well as whole families. Because of the rapid growth of sequence databases, multiple sequence alignments can often be very large and difficult to visualize and analyze. We offer a new service aimed to visualize and analyze the multiple alignments obtained with different external algorithms, with new features useful for the comparison of the aligned sequences as well as for the creation of a final image of the alignment. The service is named FASMA and is available at http: //bioinformatica.isa.cnr.it /FASMA /.     

一个新的多序列比对算法

多序列比对是生物信息学中基础而又重要的序列分析方法.本文提出一种新的多序列比对算法,该算法综合了渐进比对方法和迭代策略,采用加权函数以调整序列的有偏分布,用neighbor-joining方法构建指导树以确定渐进比对的顺序.通过对BAlibASE中142组蛋白质序列比对的测试,验证了本算法的有效性.与Multalin算法比较的结果表明,本算法能有效地提高分歧较大序列的比对准确率.     

Initial Analysis of Complete Genome Sequences of SARS Coronavirus

TheoutbreakoftheSevereAcuteRespiratorySyndrome (SARS)startingfromsouthernChinaearlythisyearhasasignificantinfluenceonpublichealth .TheidentificationofSARS CoVasthemajorcausativefactoroftheSARSdiseaseandthegenomicse quencingofthevirusmakesitpossibleforbioinformaticsstudy .Atotalof16SARS CoVgenomesequencesareavailablefromthenucleicaciddatabaseGenBank EMBL DDBJby 2 0May 2 0 0 3.SARS CoVZJ0 1(AY2 970 2 8 1)wasshowninGenBankaftertheanalysiswasperformed .12completegenomeswereretri…     

HAlign 3: Fast Multiple Alignment of Ultra-Large Numbers of Similar DNA/RNA Sequences

HAlign is a cross-platform program that performs multiple sequence alignments based on the center star strategy. Here we present two major updates of HAlign 3, which helped improve the time efficiency and the alignment quality, and made HAlign 3 a specialized program to process ultra-large numbers of similar DNA/RNA sequences, such as closely related viral or prokaryotic genomes. HAlign 3 can be easily installed via the Anaconda and Java release package on macOS, Linux, Windows subsystem for Linux, and Windows systems, and the source code is available on GitHub (https://github.com/malabz/HAlign-3).     

多序列渐进式比对算法研究与比较

多序列比对是一种重要的生物信息学工具,在生物的进化分析以及蛋白质的结构预测方面有着重要的应用。以ClustalW为代表的渐进式多序列比对算法在这个领域取得了很大的成功,成为应用最为广泛的多序列比对程序。但其固有的缺陷阻碍了比对精度的进一步提高,近年来出现了许多渐进式比对算法的改进算法,并取得良好的效果。本文选取了其中比较有代表性的几种算法对其基本比对思想予以描述,并且利用多序列比对程序平台BAliBASE和仿真程序ROSE对它们的精度和速度分别进行了比较和评价。     

Fast,scalable generation of high‐quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega

Multiple sequence alignments are fundamental to many sequence analysis methods. Most alignments are computed using the progressive alignment heuristic. These methods are starting to become a bottleneck in some analysis pipelines when faced with data sets of the size of many thousands of sequences. Some methods allow computation of larger data sets while sacrificing quality, and others produce high‐quality alignments, but scale badly with the number of sequences. In this paper, we describe a new program called Clustal Omega, which can align virtually any number of protein sequences quickly and that delivers accurate alignments. The accuracy of the package on smaller test cases is similar to that of the high‐quality aligners. On larger data sets, Clustal Omega outperforms other packages in terms of execution time and quality. Clustal Omega also has powerful features for adding sequences to and exploiting information in existing alignments, making use of the vast amount of precomputed information in public databases like Pfam.     

基于图形硬件加速的生物序列比对算法研究

生物序列比对是生物信息学的基础,是当今功能基因组学研究中最常用、最重要的研究方法之一。本文对各类序列比对算法优缺点进行分析,对图形硬件的优势进行挖掘。在此基础上,将各类序列比对算法中准确性最高的动态规划算法予以实现,并将其映射到图形硬件上,以实现算法加速。通过实例进行性能评测,结果表明该加速算法在保证比对准确性的同时,能较大地提高比对速度。     

FASMA: a service to format and analyze sequences in multiple alignments

Multiple sequence alignments are successfully applied in many studies for under- standing the structural and functional relations among single nucleic acids and protein sequences as well as whole families. Because of the rapid growth of sequence databases, multiple sequence alignments can often be very large and difficult to visualize and analyze. We offer a new service aimed to visualize and analyze the multiple alignments obtained with different external algorithms, with new features useful for the comparison of the aligned sequences as well as for the creation of a final image of the alignment. The service is named FASMA and is available at http://bioinformatica.isa.cnr.it/FASMA/.     

基于Progressive多序列比对方法的求解多序列比对的启发式算法

在生物信息学研究中,生物序列比对问题占有重要的地位。多序列比对问题是一个NPC问题,由于时间和空间的限制不能够求出精确解。文中简要介绍了Feng和Doolittle提出的多序列比对算法的基本思想,并改进了该算法使之具有更好的比对精度。实验结果表明,新算法对解决一般的progressive多序列比对方法中遇到的局部最优问题有较好的效果。