适合于苹果的ISSR反应体系的建立

以富士苹果为试材 ,对ISSR反应体系中的诸如模板DNA、Mg2 + 、dNTP和TaqDNA聚合酶的浓度进行了探索 ,确立了适合富士苹果的ISSR反应体系 :在 2 5 μl反应体系中 ,含 1×缓冲液 [10 0mmol·L-1KCl、80mmol·L-1(NH4) 2 SO4、10 0mmol·L-1Tris HCl,pH 9.0 ,NP 4 0 ]、1.5mmol·L-1MgCl2 、0 .2 0mmol·L-1dNTP、0 .4 0 μmol·L-1引物、2 0ngDNA、1UTaqDNA聚合酶     

多用途树种无患子ISSR-PCR体系建立与检测

无患子(Sapindus mukorossi)是我国长江以南地区传统的重要绿化树种,其果皮富含皂苷,种仁富含油脂,为新型木本油料树种之一。为了获得基于KOD FX高保真DNA聚合酶试剂盒的无患子ISSR-PCR的最佳反应体系,该文采用正交优化设计相结合的方法,研究了引物浓度、d NTPs浓度、KOD FX酶、模板DNA浓度和Mg2+浓度对无患子ISSR-PCR反应体系的影响,并在此基础上对退火温度进一步优化,最终确立了适合无患子的ISSR-PCR反应的最佳体系和程序,即20μL PCR反应体系中,引物0.5μmol·L-1、d NTPs 0.05 mmol·L-1、KOD FX酶0.06 U·μL-1、模板DNA浓度1.0 ng·μL-1和Mg2+1.0 mmol·L-1。当以UBC841为引物时,PCR扩增程序为94℃预变性2 min,98℃变性10 s,48.6℃退火30 s,68℃延伸90 s,35个循环,68℃延伸7 min,4℃保存。这一优化的ISSR-PCR反应体系的建立,为无患子种质资源的遗传多样性、亲缘关系及遗传结构研究、种质创新与分子辅助育种等奠定了良好的基础。     

西花蓟马ISSR PCR反应体系的建立与优化

【背景】西花蓟马是近年来在我国局部地区暴发成灾的重要入侵害虫。【方法】本文通过改进的STE法提取西花蓟马的基因组DNA,对西花蓟马ISSR PCR反应体系中的DNA、引物、Taq聚合酶、buffer缓冲液、dNTPs、Mg2＋和去离子甲酰胺等7个影响因素进行了单因素试验,初步筛选出各因素的较优浓度;〖JP2〗然后对影响较大的4个因素进行了正交设计试验L16(44),建立了适合西花蓟马ISSR分子标记的最佳反应体系。【结果】在20 μL的反应体系中包含模板DNA 30 ng、10×Buffer 2.0 μL、引物1.05 μmol·L-1、Taq聚合酶2.0 U、dNTPs 212.5 μmol·L-1及MgSO4 2.25 mmol·L-1。【结论与意义】利用采自云南昆明、玉溪、楚雄、红河、保山、昭通、丽江、大理和普洱9个地方的西花蓟马样本对所建立的反应体系进行检验,结果表明优化后的体系适用于西花蓟马的遗传多样性分析,本研究可为进一步研究西花蓟马的种群结构奠定基础。     

野生濒危植物掌叶木的ISSR-PCR反应体系的建立

以野生濒危植物掌叶木的叶片为材料,通过单因子试验分别研究了模板DNA、退火温度、TaqDNA聚合醇用量、dNTP浓度、Mg2+浓度、引物浓度等对ISSR-PCR反应的影响,找出各自的合适条件,通过各个因子的组合研究建立了适宜于掌叶木ISSR分析的扩增体系,即25μL的反应体系中含模板DNA约30ng,Mg2+2.0 mmool/L,引物0.8μmol/L,dNTP0.20 mmol/L,TaqDNA聚合酶1.5U.该研究为利用ISSR分析掌叶木遗传多样性、进行掌叶木种质资源研究等奠定了良好的基础.     

芒果DNA提取方法比较及ISSR反应体系的优化

为从芒果幼叶中提取高质量的核总DNA,比较了5种DNA提取方法提取芒果叶片核DNA的效果,结果表明:改良CTAB法1提取的DNA A260/A280值最好,ISSR-PCR扩增效果最佳,是有效提取芒果基因组DNA的方法。为得到最佳的芒果ISSR-PCR反应体系,以(ATG)6为引物,采用单因素实验法,优化了ISSR-PCR反应体系:在总体积25μl的反应体系中,含1×反应缓冲液,0.20mmol.L-1dNTPs,0.20μmol.L-1引物,0.60 UTaqDNA聚合酶,30-50 ng DNA模板,不足体积用无菌超纯水补足。     

濒危植物峨眉野连ISSR反应体系的建立与优化

针对峨眉野连ISSR的反应特点,建立稳定可靠的ISSR-PCR分子标记反应体系,为进一步研究峨眉野连的种质资源遗传多样性奠定基础。通过筛选引物并设定影响峨眉野连ISSR-PCR反应诸因子的不同梯度,检测其不同反应体系的扩增效果,分析非特异性条带的产生原因并进行条件优化,建立峨眉野连ISSR-PCR稳定可靠的反应体系。首次建立了可用于峨眉野连ISSR-PCR分析的最适宜的反应体系:25μLPCR反应体系中,内含1×PCRBuffer,1.5mmol/LMg2+,200μmol/LdNTP,0.3μmol/L引物,80ng模板,1.0UTaqDNA聚合酶。扩增程序为94℃预变性5min,然后进行35个循环:94℃变性30s,(据不同引物的退火温度)复性60s,72℃延伸90s,循环结束后72℃延伸7min,4℃保存。所建立的峨眉野连ISSR反应体系具有标记位点清晰、反应系统稳定、检测多态性能力强、重复性好等特点,可以较好地应用于峨眉野连的种质资源多样性及居群鉴别的研究。     

半滑舌鳎基因组的提取及ISSR反应体系的建立

目的:比较CTAB法和STE法提取半滑舌鳎基因组DNA的效果,通过优化半滑舌鳎ISSR-PCR反应体系,将新型分子标记简单重复间序列(Inter-simple sequence repeat,ISSR),引用到半滑舌鳎遗传多样性研究中。方法:以95%酒精固定的半滑舌鳎鳍条为材料,运用CTAB法和STE法提取基因组DNA,同时分析了模板DNA、Mg2 、dNTPs、引物浓度,以及退火温度对ISSR-PCR扩增结果的影响。结果:CTAB法提取的基因组DNA质量好于STE法提取的结果,同时确立了稳定性强、重复性好的半滑舌鳎ISSR-PCR最佳反应体系和扩增参数。在25lμPCR反应体系中包括:1×PCR缓冲液,2mmol/L MgCl2,0.2mmol/L dNTP,0.2μmol/L ISSR引物,20ng模板DNA,1.5U Taq DNA聚合酶。反应程序为:94℃预变性5min,然后进入PCR循环,即94℃变性45s,52℃退火45s,72℃延伸90s,共进行40个循环。最后72℃延伸10min。结论:ISSR-PCR反应体系稳定可靠,该新型分子标记可应用于半滑舌鳎遗传多样性研究中。     

莲SRAP-PCR反应体系的优化与建立

以中国古代莲(Nelumbo nucifera)和美洲黄莲(N.lutea)为材料,利用单因素分析法对影响莲SRAP-PCR扩增效果的模板、Mg2+、dNTP、Taq DNA聚合酶、引物浓度进行了探索和研究.获得了能稳定扩增莲基因组的SRAP-PCR最佳10 μL反应体系:模板DNA浓度为50 ng、1μL10×Buffer、MgCl2浓度为2 mmol/L、dNTPs浓度为0.2 mmol/L、Taq DNA聚合酶浓度为0.75 U、正反向引物浓度均为0.8μmol/L.为检测该优化体系的稳定性,进一步选取16对引物组合对88份花莲核心种质进行PCR扩增,获得了183条清晰的谱带,其中165条具有多态性,比率为90％,说明建立的莲SRAP反应体系是稳定可靠的.莲SRAP-PCR反应体系的优化和建立,为利用SRAP标记技术深入开展莲的遗传多样性评价、遗传连锁图构建和分子辅助育种等研究提供成熟的技术体系支撑.     

紫云英ISSR引物的筛选及PCR反应体系的优化

以紫云英为研究材料,用哥伦比亚大学(UBC)公布的100条ISSR引物和11种株系紫云英品种的DNA为模板进行PCR扩增,筛选出33条扩增条带较好的ISSR引物,对其中的ISSR引物进行梯度PCR,筛选出最佳的退火温度。再采用正交试验和单因素试验相结合的方法对紫云英ISSR-PCR反应体系的5种因素(模板、Mg2+、TaqDNA聚合酶、dNTP及引物)进行优化浓度。确立了适合紫云英的ISSR分析的反应体系。在25μl反应体系中,其反应浓度为:DNA模版50.00ng,Mg2+2.00mol/L,Taq聚合酶1.0 U,dNTP 0.25mmol/L,引物0.20μmol/L,2.5μl 10×buffer。本试验为以后利用ISSR技术进行紫云英遗传多样性分析和物种保护奠定了技术基础。     

余甘子ISSR反应体系的优化

应用ISSR技术开展余甘子遗传变异分析、辅助育种、品种鉴定、系统进化等研究,以(TC)8C为引物,采用正交设计和单因素试验,研究余甘子基因组DNA的浓度、退火温度、引物浓度、dNTP浓度、Taq DNA聚合酶用量对余甘子ISSK-PCIR反应的影响,建立并优化了适宜于余甘子ISSK分析的扩增体系:20μl的反应体系中采用25ng的模板DNA、0.35μmol/L ISSR引物、1.25U Taq 酶,0.3mmol/L dNTPs,引物(TC)8C的最佳退火温度为51.7℃.     

Pharmacological actions of Thespesia populnea relevant to Alzheimer's disease

Thespesia populnea (Malvaceae) is a large tree found in the tropical regions and coastal forests of India. Various parts of T. populnea are found to possess useful medicinal properties, such as antifertility, antibacterial, anti-inflammatory, antioxidant, purgative and hepatoprotective activity. The present study was undertaken to investigate the effects of T. populnea bark on cognitive functions, total cholesterol levels and cholinesterase activity in mice. A total of 312 mice divided into 52 different groups were employed in the present investigation. The ethanolic extract of T. populnea (TPE) was administered orally in three doses (100, 200 and 400 mg/kg) for 7 successive days to different groups of young and aged mice. The learning and memory parameters were assessed using elevated plus maze and passive avoidance apparatus. TPE (200 and 400 mg/kg, p.o.) showed significant improvement in memory of young and aged mice. TPE also reversed the amnesia induced by scopolamine (0.4 mg/kg, i.p.) and diazepam (1 mg/kg, i.p.). Furthermore, TPE reduced significantly the central (brain) cholinesterase activity in mice. TPE exhibited a remarkable cholesterol lowering property comparable to simvastatin (a standard drug) in the present study. Furthermore, we observed that, T. populnea bark possessed a powerful memory enhancing activity in mice. Since diminished cholinergic transmission and increased cholesterol levels appear to be responsible for development of amyloid plaques and dementia in Alzheimer patients, TPE may prove to be a useful medicine on account of its multifarious beneficial effects, such as memory improving property, cholesterol lowering, anticholinesterase and anti-inflammatory activity. Therefore, T. populnea bark appears to be a promising candidate for improving memory and it would be worthwhile to explore the potential of this plant in the management of Alzheimer patients.     

珍稀濒危植物距瓣尾囊草遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记,对狭域分布在四川省江油涪江上游区段的毛茛科濒危植物距瓣尾囊草(Urophysarockii Ulbrich)现存4个居群的遗传多样性进行了研究。结果显示:(1)14个引物共检测到121条清晰的谱带,其中多样性条带118条;距瓣尾囊草在物种水平上遗传多样性较高,多态位点百分率(PPB)为97.86%,Nei’s基因多样度指数(H)为0.306 9,Shannon’s多样性信息指数(Hsp)为0.466 3;在居群水平上遗传多样性相对偏低,PPB为63.22%,H为0.196 2,Shannon多样性信息指数(Hpop)为0.271 1。(2)3种方法分析显示,居群间遗传分化较低,AMOVA、Gst和(Hsp-Hpop)/Hsp分别为0.341 2、0.295 2和0.42,据此推测距瓣尾囊草繁育系统以异交为主。(3)经Mantel检验,居群间的遗传距离与地理距离之间存在正相关关系(r=0.742 4,P=0.089 0)。研究表明,人类活动的干扰和生境的片断化是导致距瓣尾囊草濒危现状的主要原因,建议对距瓣尾囊草全部居群的全部个体予以及时地就地保护;因遗传变异主要存在于居群内的个体间,故迁地保护时应在各居群内大量采样,以达到最大限度保存距瓣尾囊草遗传多样性的目的。     

宝兴百合与匍茎百合遗传多样性的ISSR分析

利用5条ISSR引物对宝兴百合(Lilium duchartrei)9个居群和匍茎百合(Lilium lankongense)13个居群的遗传多样性进行了初步检测。结果表明:(1)宝兴百合在物种水平上多态位百分率(PPB)为97.26%,Nei’s基因多样度(H)为0.309 8,Shannon’s多样性信息指数(Hsp)为0.469 4;匍茎百合在物种水平上多态位百分率(PPB)为100%,Nei’s基因多样度(H)为0.3390,Shannon’s多样性信息指数(Hsp)为0.503 0,均略高于宝兴百合。(2)宝兴百合与匍茎百合的遗传多样性在居群水平上相对较低;宝兴百合和匍茎百合居群间遗传分化系数(Gst)分别为0.642 5和0.563 7,表明2个物种居群间的遗传分化大于居群内的遗传分化。(3)经Mantel检测,两种居群间的遗传距离与地理距离均不存在显著的相关性(宝兴百合r=0.263 7,P=0.844 0;匍茎百合r=0.104 2,P=0.695 0);宝兴百合与匍茎百合的遗传多样性及遗传分化现状可能是两者的生活史特性、地理隔离等作用的结果。(4)UPGMA聚类结果显示,宝兴百合与匍茎百合在分子水平上出现了明显分化,支持二者是独立的物种。     

蒙古高原黄耆属部分争议种亲缘关系的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对蒙古高原黄耆属属下部分争议类群的亲缘关系进行了研究。用11条ISSR引物对8个种的45份材料进行扩增,共获得条带188条,其中多态性条带178条,多态性条带百分率达94.7%。用NTSYSpc2.10e软件对相关数据进行UPGMA聚类分析,在相似性系数为0.73处,45份材料被划分为7大类群,其中,科布尔黄耆(Astragalus koburensis)与乳白花黄耆(A.galactites)聚为一支,表明前者可能仅是后者的生态型,应当处理为后者的异名;不同产区的糙叶黄耆(A.scaberrimus)和变异黄耆(A.variabilis)分别聚为一支,其各自的形态变异得以区分,但均应属于种内变异的范畴;莲山黄耆(A.leansanicus)与长管萼黄耆(A.limprichtii)分别聚为一支,支持将二者处理为两个相互独立的种。在相似性系数为0.66处,45份材料又被划分为4大类,类群的划分与黄耆属属下"组"的划分接近,但又存有差别。PCoA分析的结果与UPGMA聚类分析基本一致。相关分析结果表明,以组为单位划分黄耆属植物具有合理性,但部分组的设立以及部分种的归属仍需调整,准确地揭示黄耆属植物间的系统进化关系,还需要更多的材料采用多种分子标记方法。     

四川牡丹和圆裂四川牡丹遗传多样性的ISSR分析

利用9条ISSR引物对四川牡丹(Paeonia decomposita)5个居群和圆裂四川牡丹(Paeonia decomposita subsp.rotundiloba)4个居群的遗传多样性进行了初步检测。结果表明:(1)四川牡丹在物种水平上的多态位百分率(PPB)为89.36%,Neis基因多样度(H)为0.291 4,Shannons多样性信息指数(I)为0.441 3;圆裂四川牡丹在物种水平上的多态位百分率(PPB)为81.91%,Neis基因多样度(H)为0.285 7,Shannons多样性信息指数(I)为0.428 5;圆裂四川牡丹的各项多样性参数略低于四川牡丹,而且居群水平上,四川牡丹与圆裂四川牡丹的遗传多样性相对较低。(2)四川牡丹和圆裂四川牡丹居群间遗传分化系数(Gst)分别为0.355 5和0.379 1,2个物种居群内的遗传分化都大于居群间的遗传分化;这2个物种居群间的基因流(Nm)非常有限,其中四川牡丹为0.906 5,圆裂四川牡丹为0.819 0。(3)经Mantel检测,四川牡丹居群间遗传距离与地理距离具有显著正相关关系(r=0.776,P=0.01),而圆裂四川牡丹则不存在显著相关性(r=-0.344,P=0.402)。(4)UPGMA聚类结果显示,四川牡丹与圆裂四川牡丹在分子水平上出现了明显分化,二者为相互独立的物种。研究表明,四川牡丹受到的人为干扰和自然灾害是其濒危的重要原因,与四川牡丹相比,圆裂四川牡丹居群受到的破坏更为严重;建议及时就地保护四川牡丹和圆裂四川牡丹居群的所有个体,而在迁地保护时,因遗传变异主要存在于居群内,应尽可能大量采样,达到最大限度保存其遗传多样性的目的。     

秋海棠属植物种质亲缘关系的ISSR分析

应用ISSR标记方法对秋海棠属(Begonia L.)植物33个种的种质亲缘关系进行分析,从70条引物中筛选出13个多态性引物,并通过POPgen 32软件以UPGMA法分析其亲缘关系。结果表明:33份秋海棠属植物的遗传距离在0.188 9～0.932 8之间,多态性百分率达到97.54%,Shannon信息指数为0.551 9,Nei基因多样性指数为0.376 0。秋海棠属植物具有丰富的遗传变异,UPGMA聚类分析结果与现有属下分类学表现较为一致,且生态地理条件相似的种群优先聚集。     

基于ISSR技术研究诺丽种质资源的亲缘关系

为探讨我国诺丽(Morinda citrifolia)种质资源的亲缘关系,采用ISSR技术对诺丽种质资源的遗传关系进行分析。结果表明,10条ISSR引物对13份诺丽种质资源共扩增出183条带,其中多态性条带有159条,占86.9%。13份诺丽种质的遗传相似系数为0.464~0.784。聚类分析将13份诺丽种质资源聚为两类,其中诺丽小黑种单独聚为一类,与其他12份诺丽种质资源的亲缘关系较远。虽然按照外部形态特征不能将所有诺丽种质完全区分,但具有相同特征的多数种质还是聚在同一类或亚类中。     

云杉矮槲寄生遗传多样性的ISSR分析

为探究云杉矮槲寄生(Arceuthobium sichuanense)的遗传多样性及其与不同寄主选择压力和地理分布的关系,采用ISSR分子标记方法,对青海、甘肃、四川等地区5种寄主上的100份云杉矮槲寄生样本进行遗传多样性和遗传结构分析。结果表明:(1)10条引物共扩增出130个条带,其中多态性条带129条,多态位点百分率(PPB)为99.23%。(2)物种水平上的Nei’s遗传多样性指数(He)和Shannon信息指数(I)分别为0.313 9和0.476 5,表明云杉矮槲寄生物种水平的遗传多样性较高,但群体间的基因流(Nm=0.528 7)较弱,可能会加速群体间的遗传分化(Gst=0.486)。(3)UPGMA聚类结果显示,来自甘肃、青海的样本聚为一组,表现出较高的相似性,而四川的样本独立聚类;不同寄主来源的聚类结果显示,寄生于鳞皮云杉(Picea asperata)与川西云杉(P.likiangensis var.balfouriana)的样本聚为一类,而寄生于青海云杉(P.crassifolia)、青杄(P.wilsonii)和紫果云杉(P.purpurea)的样本聚为一类,表明地理隔离和寄主选择压力对云杉矮槲寄生的遗传分化起到了重要作用。     

云南泸定百合遗传多样性的表型与ISSR分析

用表型变异分析并结合ISSR分子标记对云南境内10个泸定百合(Lilium sargenttiae)居群进行遗传多样性分析。结果显示:(1)云南10个泸定百合居群的7个表型性状的居群间F值在3.26～19.1之间,表型的居群间差异均达到显著或极显著水平;平均表型分化系数为71.22%,居群间变异(59.92%)大于居群内变异(23.42%),说明居群间表型变异是泸定百合居群变异的主要来源。(2)13个ISSR引物共检测到248个多态位点,物种水平上多态位点率98.80%,Nei’s多样性指数和Shannon多样性指数分别为0.265 5和0.413 1;居群内基因多样度(Hs)为0.175 7,居群间基因分化系数(Gst)0.336 7,Mantel检验显示泸定百合居群在地理距离和遗传距离间具有显著相关性(r=0.804 4,P=0.009 9)。研究表明,云南泸定百合的居群间表型和分子水平均具有较高的遗传多样性,居群间的遗传分化较大,并且分化趋势具有明显的地域性。因此,可选择迁地种植对泸定百合进行有效保护。     

直立百部遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记,对直立百部4个居群的84个样本进行遗传多样性研究,探讨山东百部种的地位。结果表明:(1)15个引物共检测到184条清晰的谱带,其中多样性条带153条;直立百部的遗传多样性水平较高,其物种水平多样性条带百分率(PPF)为83.15%,有效等位基因数(Ae)为1.425,Shannon多样性指数(I)为0.388,Nei’s多样性指数(Hpop)为0.254。(2)居群平均水平上多样性条带百分率为63.04%,有效等位基因数为1.351,Shannon多样性指数为0.310,Nei’s多样性指数为0.206。(3)AMOVA分析显示直立百部居群间遗传分化水平(ΦST)为0.126 3,POPGENE分析显示居群间的遗传分化系数(GST)为0.191 1,二者均表明居群内变异大于居群间变异;直立百部居群间的基因流(Nm)为2.116 6,说明居群间的基因交流较频繁。(4)聚类及主成分分析显示,直立百部4个居群聚为两支,其中泰山居群与其他居群关系较远,以蔓生百部和大百部为外类群分析的结果支持将山东百部作为直立百部的异名,Mental检测显示居群间遗传距离与地理距离间没有显著相关性。