应用SSP-PCR/SSO方法进行中国辽宁汉族人HLA-DRB1基因的遗传多态性研究

对１５９名中国辽宁汉族个体的基因组ＤＮＡ进行分析,共检出４２种等位基因,其中以ＤＲＢ１０９０１２（１２．８％）、０７０１（１０．７％）、１５０１（１０．４％）最为常见,其次为ＤＲＢ１１２０１（７９％）、１２０２（７５％）、１１０１（６６％）、０３０１（５．０％）。并发现辽宁汉族人ＤＲＢ１等位基因频率与白种人间存在明显差异,揭示不同人种有其自己的主要等位基因。同时对本技术在ＨＬＡ－ＤＲＢ１分型应用中的优点进行了讨论     

应用PCR-SSOP技术研究中国汉族、维吾尔族HLA-A基因座基因多态性

人类白细胞抗原（Human Leukocyte Antigen,HLA)基因复合物位于6p21.3,有220多个不同的功能基因,是人类基因组最复杂的遗传多态系统。HLA等位基因的变异在医学、法医学、人类学等领域具有重要的意义。自从1964年以来,HLA分型一直采用经典的微量淋巴细胞毒实验,但该方法是血清学水平的分,不能识别很多特异性的等位基因,而且高质量的抗体也不易获得。从20世纪90年代起,在国家自然科学基金的资助下,首先开展HLAⅡ类位点基因分研究及大规模群体多态性调查,所获得的中国主要民族基因数据已应用于多个领域。相比之下,HLAⅠ类基因数量更丰富,包含了A、B、C、E、F、G和假基因H、J、K、L等10个位点;基因分子结构更复杂,更具多态性。因此,HLAⅠ类DNA分型比HLAⅡ类分型及行多困难。直至目前中国人群HLA－A基因座基因多态性和分布频率的研究尚未充分进行。而任何DNA标记用于遗传分析、法医鉴定等领域之前,必须先进行群体调查,建立不同民族基因数据库,这是不可逾越的基础工作。鉴于此,采用灵敏而非同位素污染的PCR－SSOP基因分型技术,对165个汉族和162个维吾尔族个体的HLA－A基因座多态性进行调查。结果在汉族群体中发现22种等位基因,频率最高的是HLA－A＊1101（19．7％）,其次是＊201（12．72％）;在维族群体中发现22种等位基因,频率最高的是＊2407（17．90％）,等位基因＊0101、＊0201和＊3301的频率均大于10％;HLA－A＊0203、＊0205、＊0302、＊2403和＊3302仅在汉族群体中检出;HLA－A＊0205、＊0211、＊2301、＊2502、＊68012和＊6802仅在维族群体中检出。按照Hardy-Weinberg平衡定律检验,两个民族各等位基因型频率的预期值与实际观察值相吻合（P＞0．05）,证明了所获得汉族、维吾尔族HLA－A位点基因频率具有可靠性;同时也表明各等位基因的遗传特征符合符合孟德尔规律。经计算机统计分析,汉族群体HLA－A基因座杂合度（Heterozygosity,H)、个体识别率（Discrimination Power,DP)和非父排排率（Proba-bility of Paternity Exclusion,EPP)分别为0．9029、0．9776和0．8592;维族群体H、DP和EEP分别为0．9063、0．9379和0．7885。和其他遗传标记（如VNTR、STR、SNP）的单一位点相比,HLA－A具有高度的杂合率、个体识别率和非父排除率。因此,HLA－A等位基因在法医个体识别、亲权鉴定、基因诊断、人类学等领域具有重要的应用价值。     

中国广东汉族人群核苷酸修复基因hMTH1 遗传多态性研究

为研究中国南方汉族人群核苷酸修复基因hMTH1遗传多态性,应用聚合酶链反应-单链构象多态性技术检测172名健康人外周血白细胞hMTH1基因启动子及全部5个外显子多态性,并进行DNA测序。结果发现hMTH1基因启动子及外显子1序列保守,未见突变;外显子2第73位碱基存在T→C杂合型突变,基因型TT和TC频率分别为93.02%、6.98%,等位基因T和C频率分别为96.51%、3.49％;外显子3第45位遗传密码存在T→C杂合型突变,基因型TT和TC频率分别为95.35%、4.65%,等位基因T和C频率分别为97.67%、2.33%,该多态性为首次发现;外显子4第83位遗传密码存在G→A杂合型突变,基因型GG和GA频率分别为89.53%、10.47%,等位基因G和A频率分别为94.77%、5.23％;外显子5第119位氨基酸遗传密码存在C→T杂合型突变,基因型CC和CT频率分别为95.93%、4.07%,等位基因C和T频率分别为97.97%、2.03％。Abstract: In order to study the genetic polymorphisms of nucleotide repair gene hMTH1 in southern Chinese Han population, the polymorphisms of the gene’s promoter and its five exons among peripheral blood lymphocytes of 172 Chinese Han people were analyzed with polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) and DNA sequencing. The sequences of the promoter and exon 1 of hMTH1 gene were conserved. A T to C polymorphism was detected at the 73th base in exon2. The genotype frequencies of TT and TC were 93.02% and 6.98%, respectively. The allelic frequencies of T and C were 96.51% and 3.49％, respectively. A T to C polymorphism was detected at codon 45 in exon3, which was first reported. The genotype frequencies of TT and TC were 95.35% and 4.65%, respectively. The allelic frequencies of T and C were 97.67% and 2.33%, respectively. A G to A polymorphism was detected at codon 83 in exon4. The genotype frequencies of GG and GA were 89.53% and 10.47%, respectively. The allelic frequencies of G and A were 94.77% and 5.23％, respectively. A C to T polymorphism was detected at codon 119 in exon5. The genotype frequencies of CC and CT were 95.93% and 4.07%, respectively. The allelic frequencies of C and T were 97.97% and 2.03％, respectively.     

中国汉族人群原纤维蛋白-1基因(FBN1)第27内含子G/A多态性

采用PCR-ASO方法, 对日本筑波大学101名中国汉族留学人员的DNA样品进行了原纤维蛋白-1基因(FBN1)第27内含子G/A多态性测定。结果发现,A等位基因频率为0.5396,G等位基因频率为0.4604。与Tynan等人报道的数据(A和G等位基因的频率分别为0.1675和0.8325)相比,有非常显著差异(P<0 .01),提示两样本间有不同的遗传背景。 Abstract:The G/A polymorphisms in intron 27 of fibrillin-1 gene in 101 Chinese Hans who were studying and working in University of Tsukuba,Japan were analyzed with PCR-ASO method.The frequencies of A and G alleles,were 0.5396 and 0.4604 respectively.In a population sample reported by Tynan the frequency of A allele was 0.1675 that of G allele was 0.8325.The distribution of G/A polymorphism was significantly different between the two population sample(P<0.01),suggesting different genetic backgrounds.     

野生稻NBS类抗病基因同源序列的分离与序列分析

为了挖掘野生稻中的抗病资源,根据已克隆的植物抗病基因核苷酸结合位点序列中的保守结构域设计3对简并引物,从疣粒、药用、高秆、宽叶和斑点野生稻基因组DNA中分离出13条NBS类抗病基因类似物,其中11条具有连续的ORF,具有NBS类R基因的保守基元P-loop、kinas-2、kinas-3a和GLPL。在NCBI上进行同源性搜索发现,其中12条RGAs的核苷酸序列与水稻已知的NBS类R基因具有66%～94%的同源性,与其他植物已知R基因具有67%～84%的同源性;其对应的氨基酸序列与水稻已知的NBS类R基因具有43%～93%的同源性,与其他植物已知R基因具有37%～79%的同源性。另外1条的核苷酸序列与水稻假定的NBS类R基因具有76%的同源性,其氨基酸序列与水稻假定的NBS类R基因具有74%的同源性。根据序列分析结果设计6对不同基因特异性引物,并利用RT-PCR技术进行表达分析,结果表明,RN1BD5、RN1BD10、RN1GG2和RN1YY6均能表达,说明这些片段可能是功能性抗病基因的部分序列;而RN1KY9和RN1GG5没有表达,可能是假基因。     

乙型流感病毒河北株的HA1基因序列及种系发生的分析

对１９８９年春在河北保定分离的两株乙型流感病毒进行了抗原性、ＨＡ＿１基因序列和种系发生分析,与不同期的国内外代表株比较结果表明,自１９８８年以来乙型流感病毒变异较快,Ｂ／河北／５３／８９株的ＨＡ＿１基因序列与Ｂ／挪威／１／８５株相比,其氨基酸的同源性为９４．５２％,与同期的Ｂ／香港／２０／８９株同源性为９７．１２％。种系发生分析结果,从１９８８至１９８９年乙型流感病毒出现了５个支系,同期在保定分离的两株病毒,在同源替代中分别属于两个支系。日本国基本每隔两年出现一次乙型流感的流行优势型,其发生频度与甲型流感相似。国内少见乙型的流行优势型,可能和使用的分离病毒材料有关,日本用ＭＤＣＫ细胞比国内用鸡胚对乙型流感病毒的分离阳性率高。     

苋菜IRT1基因克隆、序列及表达分析

通过对镉超积累苋菜品种天星米铁转运蛋白基因( IRT1)的克隆、序列及表达分析,旨在为植物修复镉污染土壤奠定基础.依据同源克隆原理,通过RACE技术克隆苋菜IRT1基因及生物信息学方法分析基因序列结构和功能,Northern杂交研究基因表达.苋菜IRT1基因cDNA全长1135 bp,包含完整的阅读框,编码322个氨基酸.苋菜IRT1蛋白与已知铁转运蛋白相似性在53.70％-63.04％,具有铁转运蛋白典型的功能结构特征,即N端含有1个信号肽、氨基酸序列上具有完整的ZIP家族功能结构域( Pfam:Zip)和7个跨膜结构域(TMs).苋菜IRT1蛋白还具有1个COG0428超级家族(转运二价金属离子功能)、2个蛋白激酶C磷酸化位点和2个酪蛋白Ⅱ磷酸化位点.低铁胁迫时苋菜根中IRT1基因表达量增加,加镉处理没有改变IRT1基因表达量.因此,推断苋菜IRT1基因是ZIP家族的一员,具有转运二价金属离子功能,将基因在GenBank中注册,序列号为:GU363501,命名为AmIRT1.     

农杆菌转化获得转B．t．基因水稻及其生物学鉴定

以水稻主栽品种"秀水11"和"春江11"预培养4d未成熟胚为转化受体,经农杆茵LBA4404／pGBI4A2B(含B．t．基因)感染后,筛选出抗性愈伤组织并获得转化植株。其中抗性愈伤组织产生频率达44％～70％,转化植株产生频率达27％～64％。转基因植物总DNA经PCR和Southernblot分子杂交试验表明,T-DNA上的外源基因已整合到水稻的基因组里。对转B．t．基因水稻植株进行了两种水稻主要害虫纵卷叶螟和二化螟的饲虫试验。与对照相比,7d后纵卷叶螟幼虫死亡率达31％～49％,同时纵卷叶螟对转基因水稻叶片的危害程度大大减轻。二化螟在咬食转B．t．基因水稻植株7d后的校正死亡率达15％～71％,30d后多数转基因水稻仍能正常抽穗,表明转基因水稻对上述害虫具有一定抗性。     

Multiple Tissue Transformation in Adult Zebrafish by Gene Gun Bombardment and Muscular Injection of Naked DNA

The efficiency of two direct gene transfer methods, gene gun (or particle bombardment) and intramuscular injection, in transforming adult zebrafish tissues in vivo was examined by a noninvasive approach using green fluorescent protein (GFP) reporter gene driven by the ubiquitously expressed human cytomegalovirus promoter. Particle bombardment of adult zebrafish caused internalization and expression of the plasmid only in the superficial layer such as epithelial cells, pigment cells, endothelial cells, and neurons, whereas direct injection primarily transformed muscle fibers of several bundles near or around the injection site. Expression was also evident in several nonmuscle tissues, such as skin epithelia, pigment cells, blood vessel cells, and neuron-like cells. GFP expression persisted for more than 50 days with both methods. These observations indicate the potential of these methods for functional analysis of tissue-specific promoters, delivery of DNA vaccine, and muscular expression of other useful genes. Received June 12, 2000; accepted September 12, 2000     

湖南汉族人群IL-1O启动子和IL-1ra基因多态性与SLE相关性研究

目的:研究湖南汉族人群IL-10启动子和IL-1受体拮抗剂(IL-1ra)的基因多态性,探讨IL-10启动子和IL-1ra基因多态性与SLE疾病的关系。方法:PCR和限制性内切酶酶切分析SLE患者(n=83)和正常对照人群(n=125)IL-10启动子和IL-1ra基因多态性,对基因频率进行分析。结果:湖南汉族人群IL-1ra及IL-10启动子基因具有多态性;SLE患者IL-1RN*1等位基因的频率显著高于正常对照组(P<0.05,RR=5);SLE患者IL-10启动子区-597位*A、-824位*T和ACC亚型的基因频率高于正常对照组(P<0.001)。结论:SLE患者IL-1RN*1的基因频率、IL-10启动子区-597位和-824位的基因多态性与正常人比较有显著差异,提示以上基因可能与SLE的发病有一定相关性。