应用贝叶斯理论推断DNA分子标记基因型

引入贝叶斯理论用以从DNA分子标记的表现型（电泳谱带）推断其基因型（DNA来源）。结果表明,根据标记座位独立贫富而确定的遗传信息不完全标记的基因型概率,与根据令近的遗传信息完全标记的基因型和有关重组率算得的相应贝叶斯概率,通常都有很大的差异,所以在进行数量性状基因定位和标记辅助选择等工作之前,应当计算每一个体基因组上所有遗传信息不完全座位的有关基因型的贝叶斯概率。文中列出计算未知基因型的贝叶期概率的详细过程,也讨论了贝叶斯概率的若干推广应用。     

应用贝叶斯理论推断DNA分子标记基因型

引入贝叶斯理论用以从DNA分子标记的表现型（电泳谱带）推断其基因型（DNA来源）。结果表明,根据标记座位独立贫富而确定的遗传信息不完全标记的基因型概率,与根据邻近的遗传信息完全标记的基因型和有关重组率算得的相应贝叶斯概率,通常都有很大的差异,所以在进行数量性状基因定位和标记辅助选择等工作前前,应当计算每一个体基因组上所有遗传信息不完全座位的有关基因型的贝叶斯概率,文中列出计算未知基因型的贝叶斯概率的详细过程,也讨论了贝叶斯概率的若干推广应用。     

遗传病概率推断的四步曲

以美国学者加德纳多智能理论为指导,介绍了遗传病概率推断的一般步骤和方法,将步骤概括为“四步曲”,即此类问题解决的一般图式.计算概率常见方法为列表法,有时也会用到哈迪温伯格定律.     

相关个体基因型联合概率分布及在身份鉴定中的应用

从联合父系基因概率出发,得出处在同一代的多个个体的联合基因型概率,讨论两种符合我国国情的家谱图,得到同一家族内第m代独生子女之间的联合基因型概率,相应的方法可用来求多个家族、多代独生子女之间的联合基因型概率．列举了两个案例来说明相关个体的联合基因型概率在身份鉴定中的应用．     

“人类遗传病”专题复习教学设计

“人类遗传病”在高考中作为遗传学知识考查的良好素材,常以遗传系谱图的形式出现,考查的内容主要有：遗传病类型的判定、基因型和表现型的推断、遗传概率的计算、优生优育的措施等。为此,笔者应用案例教学法设计了一节关于人类遗传病的专题复习课并加以实践,具体过程如下。     

遗传病概率推断问题分析3例

通过对3道典型遗传病概率推断题的分析,归纳了解遗传病概率推断题的一般方法、步骤、技巧及易错之处。     

应用统计学原理对多倍体配子及杂交子代比例问题的研究

应用数学组合运算公式对多倍体产生的配子种类、比例及子代的基因型、表型进行探索和研究。结论:在"二价体"的基础上对多倍体配子的比例进行探究,涉及1种基因座的多倍体配子采用"先写种类后计算概率及比例"的方法,涉及2种及以上染色体的多倍体配子采用"拆分组合再写出配子概率及比例"的方法;基因型计算中可以采用组合运算方法或棋盘法,其中在棋盘法计算的基因型中,子代基因型符合正态分布,左对角线比例最高,为正态分布的顶点,右对角线比例最低,且只占1份,其余基因型比例对称分布。     

生态龛宽度的刀切法研究及其在高原鼠兔生态龛研究中的应用

本文讨论了如何应用刀切法(Jackknife method)研究生态龛宽度及其置信区间。由于刀切法给出了抽样分布的参数估计,从而使得一定概率水准上生态龛宽度差异的统计推断成为可能。作为实例,笔者应用刀切法研究了高寒草甸不同物候期中高原鼠兔的生态龛。     

从分步计数原理的角度看基因的自由组合定律

通过阐述分步计数原理和自由组合定律,说明可以运用分步计数原理,计算自由组合定律中亲本产生的配子种类数和某种配子出现的概率,计算亲本后代可能的基因型种类数和表现型种类数以及某基因型出现的概率和某表现型出现的概率.     

对于未知来源个体进行族群推断的自动分析系统

建立一种基于概率算法、聚类分析和主成分分析的DNA族群推断系统(DNA Ancestry Analyzer Version1.0,简称DAA v1.0),用于对未知来源个体进行族群推断。DAA v1.0基础部分用Python语言、R语言、C语言编写;前端部分用node.js语言、HTML语言、css语言编写。DAA v1.0可对未知来源个体的族群进行推断,与已有分析方法相比,结果的一致性为100%,运算效率提升了600%。该系统可界面化、自动化地计算DNA来源人的群体匹配概率和似然比值、群体成分,绘制群体归类图,在人类遗传学、法医遗传学等领域有重要的应用价值。     

解遗传定律题的另类隐性突破法

高中生物新课标要求中,能力的培养是一大要求。遗传定律题求解,是高中生物教学的一大难题。每次测验,学生在此失分总是较多。特别是基因型推断、遗传几率的计算,学生屡屡失手。在多年的教学探究中,对一些特殊遗传题,我试用另类隐性突破法以提高学生的解题能力,教学效果不错。     

小议遗传概率的计算

所谓概率,就是在一定条件下某一独立事件或相关事件所能产生的理论上的比率,通称几率,即机会。概率可能发生,也可能不发生。因此,概率是随机的,而不是固定的。概率只能大于或等于0,或者是小于或等于1。即概率只能在0与1之间。近几年,我在高中生物教学和复习过程中,根据概率的概念与基本定律,对常见的三种类型遗传几率的计算题的解题的思路、分析和方法步骤,给学生进行了讲述,收到较好的效果。一、单一的基本事件的概率的计算,即亲本只存在一种基因型时子代发生某一基因     

兔GHR基因单核苷酸多态性及其与屠宰性状的相关性

摘要: 采用PCR-SSCP技术和DNA测序的方法, 对比利时兔、天府黑兔、齐卡巨型兔、哈尔滨白兔以及加利福尼亚兔5个肉兔品种的生长激素受体(Growth hormone receptor, GHR)基因进行单核苷酸多态性分析。结果发现了2个单核苷酸多态位点, 分别位于外显子10的705(T→C)和810 (C→T)。通过最小二乘分析SNPs及其与屠宰性状的关系发现, 基因型AA和MM所对应的活重、全净膛、屠宰率最小二乘均值都显著低于基因型BB和NN(P<0.05)。但各基因型饲料转化率最小二乘均值差异不显著(P>0.05)。由此可以初步推断, GHR基因是影响兔体重和屠宰率等屠宰性状的主要候选基因。     

解偶联蛋白基因(UCP)作为影响鸡脂肪性状候选基因的研究

解偶联蛋白基因是新近发现的能够增加能量的消耗,与脂肪代谢和能量调控有密切关系的一个基因,可以将其作为研究肉鸡体脂代谢的候选基因。以肉鸡和3个地方品种（北京油鸡,石岐杂,白耳鸡）以及海兰褐蛋鸡为实验材料,用2对引物对解偶联蛋白基因（UCP）的3‘非翻译区进行SNPs检测,探讨UCP基因作为影响鸡脂肪性状候原可能性。利用单链构像多态（SSCP）的方法进行SNPs的检测和基因型的判别。x^2检测表明,2对引物的突变产生的基因型和基因频率在各品种间差异极显著（P＜0．01）,但在肉鸡与北京油鸡之间,白耳鸡与海兰褐蛋鸡之间的差异不显著,初步推断是因为北京油鸡属于肉用性状较突出的地方品种,推断它与现代肉鸡的遗传基础类似,而白耳鸡是偏向于蛋用的地方品种,和蛋鸡的遗传基础类似。引的2的1197处突变产生的3种基因型与肉鸡屠体性状的最小二乘分析结果显示：BB基因型个体的腹脂重和腹脂率显著低于AB,AA基因型的个体。初步推断UCP基因为影响鸡脂肪性状的主效基因或与主效基因连锁。     

寡核苷酸芯片法、实时PCR 和测序法进行乙肝病毒 基因分型的比较

目的:比较寡核苷酸芯片法、实时荧光PCR和测序法在对慢性乙肝患者病毒基因分型的比较和方法学评价。方法:对126例不同基因型的慢性乙肝患者的血清样本分别用寡核苷酸芯片法、实时荧光PCR法和测序法进行基因分型,并评价各种方法的临床表现、所需时间和检测成本。结果:寡核苷酸芯片法、实时荧光PCR分别能检测到1%和0.1%比例的基因型。在126例慢性乙肝患者的临床样本中,寡核苷酸芯片法、实时荧光PCR和测序法分别检测出41(33%)、41(33%)和45(36%)例为B型,76(60%)、76(60%)、81(64%)例为C型。寡核苷酸芯片法、实时荧光PCR均检出9例B、C混合基因型。在三种检测方法中实时荧光PCR是最快速和廉价的。结论:寡核苷酸芯片法、实时荧光PCR能检出B、C混合基因型,而测序法只能检测出样本的主导基因型。     

兔成纤维细胞生长因子5(FGF5)基因SNP及其与产毛量的相关分析

通过PCR产物直接测序的方法, 对荥经长毛兔、天府黑兔以及加利福尼亚兔的FGF5基因外显子1和外显子3进行单核苷酸多态性分析。在外显子1的217位(位点A)检测到由TCT三碱基插入引起的移码突变, 在外显子3的59位(位点B)和3位(位点C)分别发生了错义突变由T→C和同义突变由T→C。通过计算发现各位点不同的基因型和等位基因频率在3个兔品种中存在较大的差异, 位点A、B在长毛兔和肉兔中均有各自的优势基因型和等位基因。各位点基因型与产毛量的最小二乘分析表明, 位点A各基因型的个体在产毛量上差异不显著(P＞0.05), 位点B各基因型个体产毛量的差异极显著(P＜0.01), 位点C各基因型个体产毛量的差异显著(P＜0.05)。初步推断FGF5基因可能是影响长毛兔产毛量潜在的主效基因或者与主效基因连锁, 可作为长毛兔产毛性状连锁分析的候选遗传标记。     

黄颡鱼MSTN基因多态性及其与生长性状的相关性分析

肌肉生长抑制素基因(Myostatin,MSTN)属于转化生长因子β家族,其主要功能是负向调控肌肉的生长发育。采用PCR-SSCP技术对黄颡鱼MSTN基因进行单核苷酸多态性检测和分型,并与其生长性状进行关联分析。结果表明,在第一内含子部分检测到1个缺失位点和2个突变位点(T1003del、G1022A和T1063G),基因型分别为:AA、AB、CC、CD和DD;在第三外显子部分检测到1个突变位点(T132C),基因型分别为:EE和EF。关联性分析表明,AA基因型个体的全长、体长、体高、体厚、头长和体重显著大于CD和DD基因型(P<0.05),AA基因型雌性个体的全长、体长、体高、体厚、头长、尾柄高、尾柄厚和体重也显著大于DD基因型(P<0.05)。由此推断,AA基因型是影响雌性黄颡鱼生长性状的有利基因型,DD基因型是影响雌性黄颡鱼生长性状的不利基因型,可以尝试利用这两个位点对雌性黄颡鱼进行标记辅助选育。     

植物克隆多样性与生态系统功能

克隆繁殖产生基因型相同的个体。通常情况下,局域克隆多样性取决于Eriksson种苗补充机制,即已有基因型丧失和新基因型补充之间的平衡。但是,环境因素对克隆多样性也有着重要的作用,如干扰会通过提供种苗更新机会或影响幼苗生长来改变克隆多样性。以前的研究表明遗传变异程度确定进化潜力,最近的研究揭示出基因型多样性也有着即时效应。较高的基因型多样性可能会因含有抗性基因型概率较高的抽样效应和/或保险机制而提高稳定性。一些研究发现克隆多样性的提高可增加初级生产力、维持动物丰富度和多度,并影响生物地球化学过程。该文也讨论了克隆多样性与生态系统功能关系的机制。     

贵州紫云刺葡萄自然发酵中野生酿酒酵母基因型多样性分析

[目的] 研究贵州紫云县刺葡萄自然发酵过程中野生酿酒酵母的基因型多样性,分析不同基因型酵母在不同发酵时期的动态变化,为优良酿酒酵母资源的开发利用提供理论依据。[方法] 采用Interdelta指纹图谱分析方法和微卫星分子标记法,研究贵州紫云县刺葡萄自然发酵中野生酿酒酵母的基因型多样性,并通过DPS软件分析不同基因型之间的遗传关系。[结果] 贵州紫云县刺葡萄自然发酵中共分离野生酿酒酵母75株,经Interdelta指纹图谱分析方法和微卫星分子标记法鉴定为10个基因型,其中基因型6、9、10、11、14、15、16为野生酿酒酵母独有的7个基因型,7、17和18为野生与商业酿酒酵母共有的3个基因型,此外,本研究所用其他商业酿酒酵母另有独有的9个基因型（1、2、3、4、5、8、12、13和19）。75株野生酿酒酵母中基因型17的占比最高为36%,其次为基因型10占比为13.3%。在自然发酵过程中不同基因型呈现此消彼长的变化,每一种基因型的菌株细胞密度在10⁴-10⁷ CFU/mL之间。[结论] 贵州紫云县刺葡萄自然发酵样品展现了丰富的酿酒酵母菌株基因型多样性,其中基因型10和17为主导基因型,该研究为贵州刺葡萄优良野生酿酒酵母资源的开发奠定了基础。     

再议ABO血型与亲子鉴定

90年第2期生物学通报的“ABO血型与亲子鉴定”一文(以下简称“鉴定”)提出了在ABO血型系统下,根据双亲的血型计算其子女的可能血型出现的概率。例如表1列出了血型分别为A、B的双亲其子女的可能血型及其概率,但是在人群中,具A血型的人有两种基因型,即Ⅰ~AⅠ~A和Ⅰ~Aⅰ,按“鉴定”一文的分析,作者实际上假定了这两种基因型的人数是相等的,因而认定