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人类蛋白质组表达谱蛋白质鉴定的分步搜索策略 总被引:3,自引:0,他引:3
大规模蛋白质组表达谱研究的蛋白质鉴定一般采取基于数据库搜索的策略,因此数据库的选择及搜索策略在蛋白质鉴定中非常重要。现有的人类蛋白质数据库远不够完善,而从其他物种的蛋白质数据库中所能得到的补充非常有限,但人类基因组数据库中却可能含有很大的补充空间。在对国际人类蛋白质数据库充分调研、比较的基础上,提出了一种分步搜索的策略。这种策略首先利用一个质量较高、覆盖率相对较大的非冗余数据库进行基本鉴定,随后利用其他蛋白和核酸数据库进行补充鉴定和新蛋白挖掘。该策略能有效地鉴定尽可能多的高可靠蛋白,并能进一步充分利用质谱数据进行补充鉴定和新蛋白挖掘,对大规模蛋白质组表达谱研究具有重要的意义。 相似文献
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蛋白质组研究技术及其进展 总被引:33,自引:0,他引:33
“蛋白质组”(proteome)由澳大利亚学者Wilkins和Wiliams等于1994年提出,指的是由基因组编码的全部蛋白质[1]。今后生命科学的重点将是在蛋白质组水平上揭示生命现象的本质及活动规律。尽管蛋白质组概念的提出至今只不过四年时间,但它的... 相似文献
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分泌蛋白质中包含细胞因子、生长因子和激素等具有重要功能的生物活性分子,广泛参与细胞信号传导,细胞增殖、分化和凋亡的调控等多项重要生命过程。因此,从分泌体系中发掘生物标志物和治疗靶标,是癌症蛋白质组研究的一个重要方向。传统的分泌蛋白质体系主要包括血浆、尿液、脑脊液和组织间隙液等,这些系统的一个主要特点是其所包含的蛋白质浓度范围跨度很大,对蛋白质组分离和鉴定提出巨大挑战。而收集肿瘤细胞在无血清体系中培养时所分泌的蛋白质,开展蛋白质组研究,则可以避开常规分泌系统中大量高丰度蛋白质的干扰,获得肿瘤特异性的细胞分泌蛋白谱。近年来,随着蛋白质组学技术的发展和质谱仪的进步,癌细胞分泌蛋白质组学的研究进展很快。我们系统回顾了癌细胞分泌蛋白质组富集方法和鉴定策略的发展,概括了癌细胞分泌蛋白质组研究现状和规模,为该领域的进一步研究奠定基础。 相似文献
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蛋白质组与蛋白质组学 总被引:4,自引:0,他引:4
王大东 《国外医学:分子生物学分册》2000,22(3):129-133
1994年澳大利有针对后基因组时代研究趋势,提出了蛋白质组和蛋白质组学的新概念。即把基因组所编码的所有蛋白为研究对象,直接探讨基因、蛋白的功能。其核心技术包括双向电泳、质谱分析、生物信息学等。该技术在探索疾病发生,寻找新药等方面取得越来越广泛的应用。 相似文献
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恶性肿瘤的发生是一个涉及多因素、多基因的多阶段病理过程. 以往的研究主要集中在基因组和转录组分析. 随着人类基因组计划的完成, 肿瘤研究开始进入“后基因组时代”, 肿瘤蛋白质组学应运而生. 蛋白质作为基因功能的主要执行者, 一方面在肿瘤发生发展过程中扮演重要角色, 另一方面在很大程度上决定正常细胞和肿瘤细胞之间的差异(如异型性、恶性特征等). 本文提出, 肿瘤是一种蛋白质组病, 并根据肿瘤比较蛋白质组、表达蛋白质组、功能蛋白质组和结构蛋白质组研究进展, 从肿瘤发生发展过程中蛋白质(组)表达水平及状态、蛋白质翻译后修饰、蛋白质相互作用及网络调控等三个方面进行阐述. 该观点的提出, 将为肿瘤发病机制的研究开辟新的领域, 为肿瘤的诊断(如生物标志物筛选)和筛选(如药物新靶标)提供新的思路, 具有重要的科学意义和临床应用价值. 相似文献
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蛋白质组就是展示一个细胞或组织或机体的全部蛋白质。目前双向凝胶电泳特别是固相pH梯度等电聚焦的双向聚丙烯酰胺凝胶电泳,是分离阵列蛋白质组成分的核心技术,但仍存在诸多不足,通过改善蛋白溶解、阵列策略和蛋白斑点的探测技术,使蛋白质组阵列技术取得了进展。 相似文献
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本文概括性地叙述蛋白质组相关的基本概念,主要蛋白质组技术,微生物学蛋白质、比较蛋白质组、功能蛋白质组研究进展和蛋白质组技术在细胞微生物学研究中的应用。 相似文献
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蛋白质的鉴定是蛋白质组学研究中必不可少的一步。用串联质谱(tandem mass spectrometry,MS/MS)可以进行多肽的从头测序(de novo sequencing),并搜索数据库以鉴定蛋白质。用图论以及真实谱-理论谱联配(alingment)的方法对串联质谱得到的多肽图谱进行从头解析,得到了可靠的多肽序列,并应用到数据库搜索中鉴定了相应的蛋白质。同时,还用统计的方法对SwissP 相似文献
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蛋白质间相互作用技术的研究近况 总被引:7,自引:0,他引:7
蛋白质间相互作用技术的研究近况黄翠芬叶棋浓(军事医学科学院生物工程研究所,北京100850关键词:蛋白质,相互作用,技术RecentAdvancesintheTechniquesofProtein┐ProteinInteractionsHuangCu... 相似文献
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本文以ECO2DBASE(Edition6)为研究材料,探讨了利用蛋白质组表达图谱提供的生命动态活动信息提高基因组功能提示效果的可行性,在设计出一套较为完整的细胞功能簇(CRC)聚类方案的基础上,经考察,79个蛋白质聚成4个不同的CRC。结果显示出功能相关的蛋白质趋向于聚集在相同的CRC中,如9种氨酰,tRNA合成酶和4种热休克蛋白分别准确地聚合到CRC2和CRC3中,这些结果提示,在蛋白质组研究 相似文献
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蛋白质组研究的技术体系及其进展 总被引:38,自引:0,他引:38
随着后基因组时代的到来,蛋白质组研究越来越受到国内外科学工作者的密切关注, 我国国家自然科学基金委员会已把蛋白质组研究列为重大科研项目.概述了蛋白质组研究中的基本技术,包括双向凝胶电泳的样品制备和分离、蛋白质的检测、凝胶图像分析、蛋白质的鉴定以及蛋白质数据库构建等,并就蛋白质鉴定的常用方法如氨基酸组成分析方法、蛋白质末端序列分析、肽质量指纹谱作了详细阐述.直观地列出了蛋白质组研究的技术体系流程图,着重介绍了蛋白质组研究的最新技术及其进展. 相似文献
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蛋白质组研究的现状与展望 总被引:11,自引:1,他引:11
蛋白质组是后基因组时代出现的一个新兴研究领域。蛋白质组的研究主要是先通过双向凝胶电泳等方法分离蛋白质,然后用质谱等技术进行鉴定。它是后基因组重要的研究方向之一,具有巨大的商业应用前景,将会推动整个生命科学的发展。蛋白质组研究取得了很大进展,已经成为生物技术中的一个重要领域。 相似文献
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蛋白质组学一经出现 ,人们便开始尝试将其用于疾病特定分子标志物的研究当中 ,比如通过比较疾病与正常生理状况下蛋白质表达谱的差异来寻找与疾病密切相关的蛋白质 .但采用该方法有一明显的缺点 ,即需要分析大量同一肿瘤组织的二维凝胶电泳 (two dimensionalgelelectrophoresis ,2 DE)图谱 ,否则难以得到有统计学意义的差异蛋白质 .另外 ,由于细胞内的蛋白质表达是不均匀的 ,这就导致了高表达和易溶解的蛋白质远较其他低表达、难溶解的蛋白质容易出现在2 DE图谱中 ,因而明显地降低了计算机匹配分析发现有生物学意义的差异蛋白质的灵敏性… 相似文献
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干细胞研究和蛋白质组研究同属于21世纪生命科学的热点领域。将蛋白质组学技术应用于干细胞的研究,能够为了解干细胞提供蛋白质水平的信息,揭示干细胞的增殖、定向分化和迁移的机制,为人们更好地将干细胞技术应用于组织工程、基因治疗及药物开发等领域奠定基础。 相似文献
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蛋白质组中蛋白质磷酸化研究进展 总被引:2,自引:0,他引:2
随着后基因组时代的到来 ,对生命体器官、组织或细胞的全部蛋白质的表达、修饰及相互作用的研究已成为蛋白质组学的重要任务。蛋白质磷酸化是细胞内信号转导和酶调控最常见的机制之一 ,人类基因组约 2 %的基因编码 5 0 0种激酶和 10 0种磷酸酶。蛋白质磷酸化和去磷酸化作为原核和真核细胞表达调控的关键环节 ,了解其对功能的影响可以深入理解生命系统在分子水平的调控状况。目前蛋白质组磷酸化研究仍是功能基因组面临的重大课题 ,本文对此作一综述 相似文献