长链非编码RNAs与脑卒中

脑卒中严重影响着患者的生存质量,然而其病理生理机制尚不清晰.研究发现,长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)参与了机体多种生理或病理生理过程.在脑卒中患者或缺血性动物模型中,亦发现数百种异常表达的lncRNAs.因此,本综述主要讲述研究比较清晰并与脑卒中相关的lncRNAs的研究...     

长非编码RNAs与癌症通路

LncRNAs涉及多种生物调节过程,包括转录调节、转录后调节、蛋白定位以及蛋白降解等。尽管大多数lncRNAs的功能还没有研究清楚,但是越来越多的证据表明lncRNAs与癌症发生相关,可以作为癌症通路中新的调控因子发挥功能。本文将对目前报道的与癌症相关的lncRNAs的鉴定、机制、功能及临床应用进行综述。     

长链非编码RNAs与妇科肿瘤

长链非编码RNAs(long non-codiong RNAs,lncRNAs)是具有原始或是剪切转录本功能的RNA,并不符合小分子RNAs和结构RNAs的已知定义。它们分别在宫颈癌、卵巢癌、子宫内膜癌、乳腺癌等妇科肿瘤中出现异常表达的现象,使其有希望成为未来妇科肿瘤的新型标志物和治疗靶点,但其作用机制有待于进一步探索。     

长非编码RNAs在表观遗传上的作用

长非编码RNAs(long noncoding RNAs,lncRNAs)是一类长度超过200 nt的功能性RNA分子。随着测序技术的发展,越来越多的lncRNAs在哺乳动物中被发现。近年来对部分lncRNAs的功能研究显示,lncRNAs通过多种机制调节蛋白编码基因的表达水平,其中,lncRNAs对蛋白编码基因的表观遗传调节作用尤为重要,如lncRNAs可以调控靶基因的DNA甲基化和组蛋白修饰,同时,lncRNAs自身又受到表观遗传修饰的影响。文章就lncRNAs在表观遗传上的作用做一综述。     

植物长链非编码RNA的生物信息学预测与分析研究进展

长链非编码RNA(Long non-coding RNAs,lncRNAs)是一类广泛存在于真核生物中,长度大于200个核苷酸、无蛋白编码功能,具有调控基因转录后表达的RNA转录本。新近研究表明,lncRNA在多种生物途径中起着重要调节作用。生物信息学由生物、数学、计算机科学,统计学等多学科交叉产生,能从全局和系统水平对大数据信息进行深入挖掘与分析。采用生物信息学方法预测与分析lncRNA是当前发现和鉴定植物lncRNA的重要策略之一。本文梳理和总结了近年来采用生物信息学预测植物lncRNA及其靶基因的方法策略,以期为今后深入认知植物lncRNA在植物的生长发育过程、抗逆境胁迫及系统进化等过程中的作用研究提供一定参考。     

长链非编码RNAs:病理性疼痛中的新参与者

病理性疼痛对常规的镇痛药物治疗反应不理想,同时目前的药物治疗有较大的副作用和禁忌症,严重制约了临床应用。因此,需要深入理解和研究病理性疼痛的神经生物学机制,寻找新的更有效和更特异的治疗手段。最近研究报道显示,长链非编码RNAs(lnc RNA)在神经系统发育和功能调节方面具有重要作用,并提示lnc RNA和病理性疼痛之间可能存在密切的关系。但目前lnc RNA在病理性疼痛中的研究仍处于探索阶段。现就lnc RNA在病理性疼痛的研究现状作一综述,以期为病理性疼痛的研究和治疗提供新的思路。     

生物信息学在长非编码RNA研究中的应用

长非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度大于200个核苷酸的非编码RNA分子,它们在细胞生命活动中的许多关键过程中起到重要调控作用。近年来关于lncRNA的研究发展迅速,涌现出一批用于lncRNA的鉴定、定量、结构分析以及功能预测的生物信息学工具和数据库,本文将对这些lncRNA研究的资源进行综述。     

卵巢癌相关长链非编码RNA的生物信息学挖掘

探讨卵巢癌中差异表达的长链非编码RNA,从NCBI基因芯片数据库GEO下载卵巢癌基因芯片数据GSE14407,用SAM软件输出差异表达的基因,对其进行重注释并筛选出其中的长链非编码RNA,用Gene Cluster和Tree View软件验证SAM软件分析结果。针对该芯片数据,筛出133个在卵巢癌中表达有差异的长链非编码RNA,其中112个上调,21个下调,且这些长链非编码RNA的表达倍数均2或0.5,差异有统计学意义(q值0.05)。用生物信息学方法挖掘普通基因芯片中卵巢癌相关长链非编码RNA是十分有效的方法,可为卵巢癌相关长链非编码RNA的探索提供新途径。     

基于RNA-Seq的长非编码RNA预测

随着新一代生物技术和生物信息学的发展,研究发现,在真核生物转录组中存在大量长非编码RNA(long non-codingRNA,lncRNA),而这些lncRNA可能在基因表达调控过程中起到关键性的功能作用.当前lncRNA研究主要采用高通量RNA-Seq测序技术,并通过生物信息学方法对测序数据进行处理和分析,以挖掘其中lncRNA的序列、结构、表达及功能等信息.本文将对基于RNA-Seq的lncRNA预测流程进行介绍,对其中涉及的生物信息学方法进行较为全面的综述,就相关问题和挑战展开讨论,并对研究进行展望.     

非编码RNA的生物信息学研究方法:RNA结构预测及其应用

近10多年来的研究逐步揭示了RNA的各种生物学功能。RNA不仅是信息从DNA传递到蛋白质的中间体,还直接参与基因沉默、表观遗传学修饰等生物学过程。单链的RNA在体内通过碱基配对折叠成一定的二级结构。介绍了现在预测RNA二级结构的主要算法及其应用,其中包括基于热力学、同源比对和统计学习的各种算法,以及如何引入实验数据辅助预测。二级结构预测算法被广泛用于寻找RNA功能单元和预测新非编码RNA等各种问题。如何利用高通量实验数据帮助结构预测,探索长非编码RNA功能,研究RNA与蛋白质相互作用,是RNA二级结构预测算法和应用的一些前沿方向。     

人类长链非编码RNA相关SNP鉴定与功能预测的研究进展

长链非编码RNA(lnc RNA)是一类长度大于200个核苷酸,且不表现出任何蛋白质编码潜能的RNA。最新研究表明,lnc RNA广泛地参与动植物的生长发育及疾病的发生发展等各种生物学过程,具有类型多、数量大且作用范围广等特点。目前对于lnc RNA的发现、预测方法、功能及与疾病的关系已有了一系列报道。主要对lnc RNA相关SNP文献进行综述,并对lnc RNA相关SNP的鉴定与功能预测方法进行介绍。对其中涉及的生物信息学方法及相应的数据库进行全面综述,旨在为lnc RNA研究提供新的思路,对复杂疾病的预测、诊断和治疗提供新的依据。     

国家自然科学基金资助非编码RNAs与肿瘤研究

现总结2010—2017年国家自然科学基金委员会医学科学部肿瘤学代码下非编码RNAs(non-coding RNAs,ncRNAs)相关研究的申请、资助情况;展示自然科学基金资助下,中国在ncRNAs与肿瘤研究领域的现状和发展趋势;分析ncRNAs在肿瘤领域的前沿科学方向以及存在的问题。     

长链非编码RNAs(LncRNAs)在人类乳腺癌中的研究现状

长链非编码RNA(long non-coding RNAs,Lnc RNAs)的发现改变了我们对转录和转录后调控的认识。随着高通量测序等新技术的发展,Lnc RNAs已成为癌症研究的焦点,Lnc RNAs的生物学功能逐渐得到了解,多项研究表明,Lnc RNAs可直接或间接地调节基因表达以及细胞生物学功能。Lnc RNAs的组织特异性表达特征可用于区分正常组织与乳腺癌组织以及肿瘤发展的不同阶段,提示Lnc RNAs有望为乳腺癌的早期诊断、疗效预测以及治疗提供新的分子靶标。因此,该文就Lnc RNAs的功能以及在乳腺癌中的研究现状进行综述。     

长非编码RNA

人类基因组序列的约5%～10%被稳定转录,蛋白质编码基因仅约占1%,其余4%～9%的序列虽能转录,但转录物功能尚不明确。尽管如此,已确证在非蛋白质编码转录物中,含有具备调节功能的非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)。与具有调节功能的短链非编码RNA[如微RNA(microRNA)、小干扰RNA(siRNA),、Piwi-RNA]相比,长非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)在数量上占大多数。lncRNA通过多种方式产生,以多种途径调节靶基因表达,参与调控生物体生长、发育、衰老、死亡等过程;lncRNA功能异常往往导致疾病发生。本文综述了lncRNA的起源、分类、作用分子机制及lncRNA异常与疾病的相关性等内容,旨在充分了解这一重要新型调控分子。     

长链非编码RNA的生物学功能和研究方法

长链非编码RNA(long-noncoding RNA,lncRNA)是一类长度大于200nt的非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA),不具有编码蛋白质的功能,直接以RNA的形式发挥作用,以诱饵分子、信号分子、引导分子和支架分子的方式在转录水平和转录后水平调节蛋白质编码基因的表达,参与细胞分化和个体发育等生命过程。lncRNA存在普遍的转录现象,但与蛋白质编码基因相比表达水平较低。基因组测序结果显示生物体内仅有少量的编码基因,绝大部分基因以非编码的形式存在于动物和植物体内起调控作用。近年来以miRNA和siRNA为代表的ncRNA的研究已经取得了丰硕的成果,而lncRNA的研究才刚刚开始,但是已经有研究表明lncRNA有广泛的生物学功能,如染色体修饰、X染色体沉默、干扰或激活转录和核内运输等。以转录组测序、微阵列和荧光原位杂交为代表的研究方法也在发展完善。     

长链非编码RNA的常用研究技术和方法

长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)在胚胎发育、谱系分化、基因印迹、疾病发生等过程中都发挥着非常重要的调控作用,是转录调控的重要分支及热点。随着转录组学高通量测序技术的日臻完善,越来越多的lncRNA被发现。为了全面解析lncRNA的作用及调控机制,该综述从lncRNA的发现、表达、细胞定位、结构、功能、机制研究等不同方面总结了当前常用的研究技术、方法及它们的最新进展,为其深入研究提供了基础和线索。     

小麦长链非编码RNA的预测及功能分析

生物体有部分基因被转录成RNA,但是不编码相应蛋白质,称为长链非编码RNA(lncRNA)。它们参与基因的表观调控,这一过程对动物、植物的生长发育都有重要作用,但是,目前植物中发现和研究的lncRNA较少。为了研究lncRNA在植物中的功能,本研究建立了基于小麦全长cDNA的lncRNA识别程序。从6162条小麦全长cDNA中发现了231条lncRNAs,并从中鉴定出两个新miRNAs,这表明lncRNAs可以通过形成miRNAs前体基因形成其功能。此外,通过序列富集分析,我们从小麦lncRNAs中鉴定出三个保守的调控元件,结果显示小麦lncRNAs可能通过和其它蛋白质或DNA等分子作用,进而参与小麦生长、发育等过程的调控,这些结果对进一步研究植物体内的lncRNA的功能和作用机制具有重要意义。     

新型隐球酵母非编码小RNAs的研究进展

新型隐球酵母是一种担子菌病原真菌,主要感染免疫功能缺陷的人群,例如HIV-1感染病人,最终会引起致命隐球菌性脑膜炎。非编码小RNAs一般指长度为20-30nt的小RNAs,具有调节功能。新型隐球酵母能够产生大量的小RNAs,但是其生成（biogenesis）过程以及生物学功能尚未完全阐述。本文就新型隐球酵母中小RNAs的特征和产生、以及在新型隐球酵母中的生物学作用和机制进行综述。