小熊猫种群遗传结构和地理分化

本文采用分子系统地理学的研究方法 ,对我国小熊猫 (Ailurusfulgens)地理分布格局的形成原因进行了探讨。我们从四个地理单元的 32号样品中成功地扩增出了 371bp的线粒体DNA控制区片段 ,在所有可比较的 35 7bp的序列中 ,发现 2 9个变异位点 ,其中转换和颠换分别为 2 1和 8,没有插入 /缺失。在四个地理单元中 ,共有 16种线粒体DNA单倍型 ,且在各地理单元中都具有较高的单倍型的多态性。进一步分析表明 ,各单倍型之间的遗传距离平均为 1 6 0 % ,76 5 9%的遗传差异发生在地理单元间 ,仅 2 3 4 1%发生在单元内。分子变异分析和系统重建结果也表明 ,各地理单元之间不存在共享的单倍型 ,YN (云南地理单元 )与XL (相岭地理单元 )和QL (邛崃地理单元 )之间存在着显著的遗传分化 ,FST分别为 0 336和 0 35 1(P <0 0 0 1) ,其余地理种群之间分化不明显 (P >0 0 5 ) ,单倍型缺乏比较明显的地理分布格局 ,各地理单元中的单倍型相互散布在不同的分布群中。经Fs检验 (Fs=- 10 12 1) ,并结合化石资料 ,我们认为由于受第四纪气候和环境变化的影响 ,小熊猫种群在进化过程中曾经历种群暴发而不断扩散 ,从而形成今天的分布格局。     

中国大陆黑斑侧褶蛙基于mtDNA控制区序列的种群遗传结构

用分子遗传数据研究了黑斑侧褶蛙 (Pelophylaxnigromaculata)种群的遗传结构和分化。标本采自中国大陆的 12个地点 ,每个种群测定 10只或少于 10只蛙的mtDNA控制区 5′端 6 85bp的序列。 112只蛙的序列经比对后 ,共发现 111个变异位点 ,定义了 6 7种单元型 ,其中 7种单元型为地方种群间共享单元型 ,多数单元型为地方种群内特有。 12个地方种群合并成一个大种群分析时表明 ,中国大陆黑斑侧褶蛙的线粒体单元型多样性相当高 (h=0 98± 0 0 0 5 ) ,总体核苷酸多样性也较高 (π =0 0 30 3± 0 0 0 2 9)。这样高的单元型多样性和核苷酸多样性与黑斑侧褶蛙作为古北界和东洋界的广布种、种群大是相应的。基于最大简约法的单元型系统发生树和基于邻接法的地方种群系统发生分析中 ,吉林通化和辽宁辽阳种群与中国大陆其他地方种群构成姐妹群。分子变异分析表明 ,吉林和辽宁种群代表的吉辽组和其余 10个地方种群代表的综合组间出现了显著的种群分化 (Φ CT=0 80 9,P <0 0 0 1) ,各地方种群间成对的FST及种群间的核苷酸歧异度也均表明两者之间出现了显著的遗传分化。吉辽组与综合组间的遗传分化最可能的原因就是受第四纪冰川的影响     

陇东黄土高原石鸡的遗传多样性与保护

石鸡 (Alectorischukar)是我国北方重要的猎鸟 ,由于栖息地片断化和人类狩猎 ,陇东黄土高原上的石鸡数量正日益减少。本文用PCR直接测序的方法 ,测定了陇东黄土高原 8个石鸡种群mtDNA控制区I区和部分II区的4 91个碱基 ,探讨其遗传多样性。 78个样本共发现 2 4个变异位点 (占所测序列的 4 .89% )和 2 5种单倍型 (占所测样本的 32 .0 5 % )。 8个种群中 ,铜川种群的序列变异率、单倍型多样性和核苷酸多样性都最高 ,分别是 0 .4 7、0 .82和 0 .0 0 2 9;而红回种群的最低 ,仅分别为 0 .10、0 .2 8和 0 .0 0 0 8,这与红回种群受奠基者效应、遗传隔离和自然选择的作用有关。 8个种群共享 1种单倍型C1,说明它们来自共同祖先 ,是 1个单系群 ,属于 1个进化显著单元 ,但它们聚成两个集群。两集群间单倍型相似性指数仅 0 .15 ,遗传距离达 0 .4 3% ,单因素方差分析显示遗传变异差异显著 (F =5 .0 2 >F0 .0 5(14 ,1) =4 .0 6 ) ,分别有 13种和 10种单倍型为两个集群所特有。基于遗传差异性 ,陇东黄土高原的石鸡应分为两个管理单元进行保护 ,尤其对遗传变异和遗传多样性最高的铜川种群应进行重点保护。     

四川邛崃山系小熊猫分布

2000-2002年,对四川邛崃山系11个县(市)的小熊猫分布状况进行了调查.共完成调杏样线2332条,发现有小熊猫痕迹样线130条,分布在9个县,样线平均遇见率为5.57%,样线遇见率最高的是汶川县和崇州市;估算整个山系有小熊猫栖息地面积5107.82km2,以宝兴、汶川和天全3县的面积最大,分别占总面积的34.08%、30.65%和16.61%,这3个县占总面积的81.34%;小熊猫分布密度等级最高的区域是崇州市的四川鞍子河自然保护区.在山系内7个自然保护区中有小熊猫栖息地面积2166.84km2,占栖息地总面积的42.4%.小熊猫空间分布格局极不连续,存在许多空白区域,栖息地存在破碎化趋势,应进一步加强对邛崃山世界遗产地内小熊猫种群的保护.     

中国湛江市和哈尔滨市褐家鼠种群遗传结构及其年度变化特征

为探索褐家鼠Rattus norvegicus地理种群的遗传结构及其年度变化特点,本研究以广东省湛江市的褐家鼠指名亚种和黑龙江省哈尔滨市的褐家鼠东北亚种为主要研究对象,结合我国及世界其他褐家鼠种群的D-loop序列分析这2个褐家鼠地理种群间D-loop序列的遗传分化情况及系统进化关系,重点分析2008—2015年褐家鼠湛江种群和哈尔滨种群D-loop单倍型的年度频率变化特点。结果表明,褐家鼠湛江种群和哈尔滨种群共有32种不同的单倍型,其中有11种单倍型是2个种群共有的,有4种单倍型仅在湛江种群中出现,有17种单倍型仅在哈尔滨种群中出现。褐家鼠湛江种群D-loop区的核苷酸多态性为0.005,有27个变异位点,单倍型多态性为0.695,褐家鼠哈尔滨种群D-loop区的核苷酸多态性比湛江种群略高,为0.008,有35个变异位点,单倍型多态性为 0.793。褐家鼠湛江种群和哈尔滨种群没有经历过暴发性的扩增。褐家鼠湛江、哈尔滨和湖北3个地理种群的D-loop序列之间发生了明显的遗传分化,其中湛江种群和哈尔滨种群之间的分化程度最高,遗传分化系数F_st为0.245。褐家鼠湛江种群和哈尔滨种群的单倍型数目和主单倍型频率都发生明显波动,推测主要原因可能是由于灭鼠剂的大量使用或其他灭鼠活动导致种群出现瓶颈或更替的现象。     

中国中西部五大山系间社鼠头骨形态的地理分化

种群分化是物种形成过程中的关键一步,通过形态特征进行种内变异的探讨对揭示微进化过程具有积极
意义。本文以社鼠头骨为材料,通过SPSS 统计分析软件对采集自我国中西部5 大山系的250 号标本头骨形态变
量进行了判别函数分析,结果表明秦岭与四川各山系之间社鼠头骨已发生完全分化,而在四川各山系之间,除
邛崃和相岭山系外,其余各山系社鼠头骨形态已分化明显。腭长、上颌齿隙长等变量是各山系社鼠头骨样本发
生分化的主要变量,暗示上述山系之间社鼠头骨形态的分化可能主要来自于局部种群在食物资源及觅食习性等
方面的差异。除此之外,本文研究结果尚揭示了在对具有广泛分布的小型兽类进行种下阶元(如亚种) 的划分
时,需充分考虑形态特征可能存在的地理差异。     

中国大鲵四种群的遗传结构和地理分化

为了确定栖息地的破碎化和片断化引起中国大鲵的地理分化和遗传结构变异,本文测定了来自广西、河南、陕西和湖南4个地理种群的28条大鲵的mtDNAD loop基因全序列。根据这4个地理种群的地理分布,分成珠江单元(广西种群)、黄河单元(河南种群)和长江单元(湖南和陕西种群)。通过ClustalX、MEGA2.0、DnaSP4.0、Arlequin1.1分析发现,全序列长度为771bp,其中64个多态性核苷酸变异位点,占全部碱基数的8.26%。转换和颠换分别为6和2个,插入/缺失11个。27个单倍型间的序列差异平均为1.32%。3个单元的单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数值都偏低,而且珠江单元的这两个指数值都低于长江和黄河两个单元。珠江单元和黄河、长江单元之间分化程度显著(P<0.001),而长江和黄河单元之间差异不显著(P>0.05)。地理单元内分化程度占99.31%,而单元间只有0.69%,表明遗传差异主要发生在单元内,而且各地理单元之间的基因流较频繁。构建的NJ树和MP树显示,27个单倍型呈现一种混杂的分布格局,并未分成代表3个地理单元的聚合群。     

黄山短尾猴mtDNA控制区序列变异及种群的遗传多样性

短尾猴属灵长目(Primates)猴科(Cercopithecidae)猕猴属(Macaca),是我国特有的国家二级保护动物。为了更有效地保护其野生种群,本文研究了黄山短尾猴种群内的遗传多样性,并对黄山短尾猴与四川短尾猴种群间的遗传差异进行了分析。共测定了黄山短尾猴7个群体中的30个样本的mtDNA控制区5′端493bp的序列,只发现了7个变异位点,定义了3种单倍型,单倍型序列之间缺乏变异,种群中的核苷酸多样性很低(0.006);3种单倍型相应地将黄山种群分为了3个亚群,不同亚群之间呈现出一定的片断化分布,从分子水平上初步揭示了短尾猴黄山种群的遗传多样性。与四川短尾猴的相应序列比较,黄山短尾猴控制区序列存在很大差异,共有59个变异位点,而且存在大片段的碱基插入/缺失,有78%的遗传变异发生在两个种群之间,两个种群间的核苷酸歧异度已达8.21%。进一步分析表明,黄山短尾猴与四川短尾猴之间存在着极显著的遗传分化(FST=0.399,P<0.001),基于最大似然法和邻接法构建的系统发生树均将两者聚为不同的类群,支持将它们归入各自的管理单元。     

基于线粒体细胞色素b基因序列的版纳鱼螈四个种群遗传多样性与遗传结构研究

版纳鱼螈Ichthyophis bannanicus 是蚓螈类在我国分布的唯一物种,目前已知分布在云南、广西和广东的部分地区.本研究获得4个版纳鱼螈种群的87个个体的线粒体DNA细胞色素6基因1 000 bp序列,对序列变异、遗传多样性、种群结构和种群动态进行了分析.经比对后87个序列发现39个(3.9%)多态性位点,共定义了22个单倍型.序列分析结果显示版纳鱼螈种群单倍型多样性和核苷酸多样性与其它两栖动物接近,说明版纳鱼螈各种群仍保持一定的遗传多样性水平.单倍型网络关系图和系统发生分析均显示来自云南和两广地区的版纳鱼螈分歧明显,已形成了不同的进化谱系.种群遗传结构分析也显示来自云南的勐腊种群与两广各种群之间显著的遗传差异,这提示分布在云南与两广地区的版纳鱼螈应作为不同的管理单元(MU)进行保护.综合两种中性检验(Fu's Fs=9.44,P=0;Tajima's D=1.88,P=0.013)和种群增长指数(g=5415.03±297.55)分析的结果表明,两广地区的版纳鱼螈可能经历近期的种群扩张事件.     

中国大陆梅花鹿mtDNA控制区序列变异及种群遗传结构分析

测定了37只中国大陆梅花鹿(Cervus nippon)不同种群mtDNA控制区5′端351 bp的序列，共发现23个变异位点，定义了5种单元型。分子变异分析表明，中国大陆梅花鹿出现了显著的种群分化(Φm＝0．45，Fst＝0．60，P＜0．001)，支持把分布于东北、华南和四川的梅花鹿种群归入各自独立的管理单元。中国大陆、日本南部和日本北部之间无共享单元型，且有25个鉴别位点。最小跨度网络图(Minimum spannlng network，MSN)和基于最大似然法和邻接法的系统发生分析均把单元型聚类为对应于中国大陆、日本南部和日本北部的三个单系，其中中国大陆和日本南部梅花鹿有相对较近的亲缘关系，支持日本梅花鹿的祖先通过至少两个大陆桥从亚洲迁移到日本的观点。     

Recent advances in the study of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus replication and pathogenesis

It has now been over twenty years since a novel herpesviral genome was identified in Kaposi's sarcoma biopsies. Since then, the cumulative research effort by molecular biologists, virologists, clinicians, and epidemiologists alike has led to the extensive characterization of this tumor virus, Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus(KSHV; also known as human herpesvirus 8(HHV-8)), and its associated diseases. Here we review the current knowledge of KSHV biology and pathogenesis, with a particular emphasis on new and exciting advances in the field of epigenetics. We also discuss the development and practicality of various cell culture and animal model systems to study KSHV replication and pathogenesis.     

The structure, reproduction and taxonomy of Vidalia and Osmundaria (Rhodophyta, Rhodomelaceae)

Comprises species occurring mostly in subtidal habitats in tropical, subtropical and warm-temperate areas of the world. An analysis of the type species, V. spiralis (Sonder) Lamouroux ex J. Agardh, a species from Australia, establishes basic characters for distinguishing species in the genus. These characters are (1) branching patterns of thalli, (2) flat blades that may be spiralled on their axis, (3) width of the blade, (4) primary or secondary derivation of sterile and fertile branchlets and (5) position of sterile and fertile branchlets on the thalli. Application of the latter two characters provides an important basic method for separation of species into three major groups. Osmundaria , a genus known only in southern Australia, was studied in relation to Vidalia , and its separation from the Vidalia assemblage is not accepted. Species of Vidalia therefore are transferred to the older genus name, Osmundaria. Two new species, Osmundaria papenfussii and Osmundaria oliveae are described from Natal. Confusion in the usage of the epithet, Vidalia fimbriala Brown ex Turner has been clarified, and Vidalia gregaria Falkenberg, described as an epiphyte on Osmundaria pro/ifera Lamouroux, is revealed to be young branches of the host, Osmundaria prolifera.     

New or rare chromosome counts in Artemisia L. (Asteraceae, Anthemideae) and related genera from Kazakhstan

Fifteen chromosome counts of six Artemisia taxa and one species of each of the genera Brachanthemum, Hippolytia, Kaschgaria, Lepidolopsis and Turaniphytum are reported from Kazakhstan. Three of them are new reports, two are not consistent with previous counts and the remainder are confirmations of very scarce (one to four) earlier records. All the populations studied have the same basic chromosome number, x = 9, with ploidy levels ranging from 2x to 6x. Some correlations between ploidy level, morphological characters and distribution are noted.     

肝癌中HBV和HCV基因和抗原的分布及意义

采用原位分子杂交方法检测HCV RNA及HBV X基因;采用免疫组织化学方法研究HCV核心抗原,非结构区C33c抗原及HBxAg在肝细胞肝癌中的定位及分布.结果表明(1)HCV RNA、HBV X基因在肝细胞肝癌组织检出率分别为40%(55/136)和82%(112/136).HCV RNA定位于癌细胞的胞浆内,阳性细胞呈散在、灶状及弥漫分布三种形式;HBV X基因在肝癌细胞中的分布呈胞浆型、核型及核浆型,阳性细胞也呈上述三种分布形式;(2)HCV C33c抗原、核心抗原在肝细胞肝癌中的阳性率为81%(133/164)及86%(141/164).C33c抗原定位于癌细胞及肝细胞的胞浆内;核心抗原既定位于癌细胞核中,又可定位于胞浆中.C33c抗原阳性细胞以灶状分布为主;而核心抗原阳性细     

Selection with two alleles and complete dominance

For a plant selection model with frequency-independent viabilities, fertilities and selfing rates, it is shown that apart from global fixation, for certain parameter combinations a protected polymorphism and facultative fixation (either allele may become fixed according to initial frequencies) may both occur. Facultative fixation requires different selling rates for the dominant and recessive type. Protection of the polymorphism requires resource allocation for male and female function. In this connection the problem of purely genetically caused population extinction is discussed.
For general frequency dependence and regular segregation, the chances for establishment of a completely recessive gene are compared to those of a completely dominant gene. It is proven that the process of establishment of the recessive gene, despite a fitness advantage, may be considerably endangered by drift effects if random mating prevails. The recessive gene may reach the same effectivity in establishment as a dominant gene, only if the recessive homozygote mates exclusively with its own type during the period of establishment.