草鱼RAGs的克隆及不同发育阶段的表达分析

草鱼(Ctenopharyngodon idellus)在1、2龄阶段的抗病能力很差,但到3龄阶段后义具有了很强的抗病能力,提示草鱼的免疫系统可能要到3龄发育阶段才会完善.重组激活基因(Recombination activating genes,RAGs)编码的蛋白质专一性介导淋巴细胞抗原识别受体基因的V(D)J重组,在脊椎动物淋巴细胞正常发育成熟过程中起关键作用.为了进一步研究草鱼免疫系统建立和完善的发育遗传学因素,通过PCR方法克隆了草鱼重组激活基因rag1和rag2,分析了它们在不同发育阶段的表达.草鱼rag1基因从起始密码到终止密码总长4188 bp,由三个外显子和两个内含子组成,其开放阅读框长3192 bp,编码1063个氨基酸.草鱼rag2基因从起始密码到终止密码总长1593bp,没有内含子,编码530个氨基酸.氨基酸序列比对分析表明,预测的草鱼RAG1和RAG2蛋白的功能区域与其他脊椎动物的相应功能区具有很高的同源性.从受精后第4天开始,RT-PCR即可检测到rag1基因的表达,在随后的幼鱼阶段rag1基因维持了高水平的表达.在1龄草鱼的头肾中仍可以检测到rag1基因的表达,但在3龄草鱼头肾中没有检测到rag1基因的表达.这些结果表明草鱼从胚胎的孵化期开始到1龄幼鱼阶段是免疫球蛋白(Ig)和T细胞受体(TCR)V(D)J重组的活跃时期,在3龄发育阶段其淋巴细胞系中V(D)J重组活动已经很少,免疫系统中Ig和TCR库的多样化过程趋于完成,其免疫系统已经比较完善.     

不同分化程度的鼻咽癌细胞系质膜差异蛋白质组分析

本研究以CNE1和CNE2为材料,采用亚细胞蛋白质组研究方法研究不同分化程度鼻咽癌细胞系的差异蛋白质．首先用Percoll密度梯度离心法获得高纯度质膜,通过双向凝胶电泳分离、PDQuest软件分析后找出在肿瘤细胞中表达变化的蛋白质点,再用基质辅助激光解析电离飞行时间串联质谱（MALDI-TOF/TOF-MS）进行鉴定,共鉴定到9个具有2倍或2倍以上差异的蛋白质.这些表达差异的蛋白质参与了细胞分化、代谢及细胞信号传导过程．我们对其中5个蛋白质进行了实时定量PCR分析,对其中4个蛋白质的表达进行了免疫印迹验证．本试验为研究不同分化程度的鼻咽癌提供了一种蛋白质组研究方法,并且找到了galectin-1、annexin Ⅱ等一些可能与分化相关的蛋白质.这些数据对于研究鼻咽癌的生物学特性具有非常重要的意义．     

种子蛋白质与蛋白质组的研究

综述了种子蛋白质与蛋白质组的研究, 主要介绍了种子发育与形成、种子休眠与萌发、种子保存与活力以及种子与环境相互作用的蛋白质与蛋白质组的研究。同时阐述了当今蛋白质组学在种子研究中的应用以及所取得的成果, 并展望了种子蛋白质组学的发展方向, 种子生物学的研究将从基因水平走向整体水平, 因此环境因子与种子蛋白质的相互作用是研究的重点。运用蛋白质组学将能揭示蛋白质的功能并明晰种子的生命机制。     

种子蛋白质与蛋白质组的研究

综述了种子蛋白质与蛋白质组的研究,主要介绍了种子发育与形成、种子休眠与萌发、种子保存与活力以及种子与环境相互作用的蛋白质与蛋白质组的研究.同时阐述了当今蛋白质组学在种子研究中的应用以及所取得的成果,并展望了种子蛋白质组学的发展方向,种子生物学的研究将从基因水平走向整体水平,因此环境因子与种子蛋白质的相互作用是研究的重点.运用蛋白质组学将能揭示蛋白质的功能并明晰种子的生命机制.     

禁食对草鱼不同组织、器官蛋白质代谢的影响

采用肌肉注射、以3H标记的亮氨酸作为示踪氨基酸的大剂量方法、茚三酮测定氨基酸总量的方法,测定了摄食和禁食45 d的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)各组织、器官游离氨基酸量、吸收积累的试验氨基酸量、非蛋白质水溶液和蛋白质结合的放射性强度(dpm值)。结果表明,肌肉是草鱼蛋白质代谢最为活跃的组织,禁食使其蛋白质合成量下降了38%左右;脑保持着较高的、稳定的蛋白质代谢活动,其新的蛋白质合成量没有受到禁食的影响;肾脏积累了较多的游离形式的试验氨基酸,禁食并没有使其蛋白质合成量下降,反而有少量增加;肠道是蛋白质代谢活跃的内脏器官,禁食使其蛋白质合成量显著减少,仅为摄食组的30%左右;脾脏进行着较为活跃的蛋白质代谢,禁食45 d后脾脏非蛋白质水溶液和蛋白质结合的dpm值均较摄食组增加了161%,其新合成的蛋白质量为摄食条件下的2.6倍;禁食并没有使肝胰脏蛋白质合成量受到影响;心脏也进行着较为活跃的蛋白质代谢,禁食使其新的蛋白质合成量降低了一半左右。通过氨氮排泄率和排泄氨氮占体蛋白质氮百分比的分析结果,草鱼在禁食过程中整体蛋白质代谢活动在5 d以前快速下降,氨氮排泄率从第3 d的404.44μmol(N)/kg.h下降到第5 d的325.68μmol(N)/kg.h,5 d以后氨氮排泄率趋于稳定(水温在21.5℃),此时草鱼的氨氮排泄率为4.56 mg/kg.h、氨氮排泄的氮占鱼体蛋白质的百分比为0.37%,可以作为草鱼内源性氨氮的排泄参考值。     

意大利蜜蜂刚出房与性成熟雄蜂的蛋白质组差异分析

【目的】对意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica刚出房雄蜂与性成熟雄蜂的蛋白质组进行比较,探讨雄蜂在性成熟过程中蛋白质表达变化,为进一步研究雄蜂发育生物学获得差异表达蛋白质方面的依据。【方法】采用双向电泳法建立意大利蜜蜂雄蜂发育过程中刚出房时与性成熟期的蛋白质表达谱,通过质谱分析与数据库检索,鉴定部分差异蛋白。【结果】在意大利蜜蜂刚出房雄蜂和性成熟雄蜂中分别检测到2 490和2 317个蛋白点,其中差异表达蛋白点有157个。在刚出房雄蜂中高度表达的蛋白点有102个;在性成熟雄蜂中高度表达的蛋白点有55个。对部分差异蛋白进行质谱分析,共鉴定了18个蛋白点,其中在刚出房雄蜂中上调表达的蛋白有肌钙蛋白、SEC13蛋白、DJ蛋白等,在性成熟雄蜂中上调表达的蛋白有副肌球蛋白、精氨酸激酶、肌动蛋白解聚因子等。【结论】意大利蜜蜂雄蜂在性成熟发育过程中,其体内大量蛋白表达发生了变化,其差异表达的蛋白质可能与骨骼、飞行肌以及精子发育等机能有关。     

基于高通量转录组测序的草鱼雌雄性腺差异表达基因分析

草鱼雌性个体生长优势明显高于雄性,挖掘精巢和卵巢差异表达的功能基因对草鱼生殖调控具有重要的价值及应用前景。采用Illumina HiSep 2500转录组测序技术分别对12月龄的3尾雌性草鱼和3尾雄性草鱼的性腺组织的mRNA进行测序分析,精巢和卵巢共得到8 363个差异表达基因。与卵巢相比,精巢上调基因6 446个(77%),下调基因1 917个(23%),差异明显。将上述差异基因在Nr、GO和KEGG数据库进行比对,获得48种Go功能注释分类和313条KEGG代谢通路。分析发现,Go功能分类中"绑定"功能富集差异基因的数量最多,占总数的15.8%;KEGG代谢通路中"信号转导"通路富集差异基因的数量最多,占总数的10.2%。结合转录本数据,挑选与草鱼性腺发育相关的关键差异基因Dmrt1、amh、foxl2、cyp19a1a进行分析,研究显示,与卵巢相比,Dmrt1和amh基因在草鱼精巢中极显著高表达(p0.01);与精巢相比,cyp19a1a和foxl2基因在草鱼卵巢中显著高表达(p0.05),与转录组数据分析结论一致,说明Dmrt1和amh基因与早期草鱼精巢发育调控相关,cyp19a1a和foxl2基因与早期草鱼卵巢发育调控相关。本实验为进一步了解草鱼性别基因的调控机理提供数据依据。     

冰鲜贮存条件下三文鱼蛋白质组变化差异的分析

为探究三文鱼肌肉蛋白与新鲜度之间的联系,提供更多与新鲜度相关的检测指标,采用非标记定量(label free guantitation)技术对冰鲜4℃条件下不同贮存时间的三文鱼肌肉蛋白的变化情况进行评价。以冰鲜三文鱼到达实验室当日样品为对照组(贮存0 d),分别与贮存1、3、5、7、9和15 d的三文鱼进行比较,对差异蛋白进行生物信息学分析后,发现变化浮动较大的蛋白质主要集中在糖酵解/糖异生、碳代谢以及氨基酸的生物合成代谢途径。对不同时间比较组的差异蛋白进行综合分析,筛选出24个可能与三文鱼贮藏期间新鲜度品质变化相关的蛋白质,显著变化的蛋白质与糖代谢、肌肉收缩、蛋白骨架和能量代谢过程密切相关。通过生物胺指数(biogenic amine index, BAI)来对比腐败程度,发现其中6个蛋白质在贮存期间发生上调,18个蛋白发生下调,其中变化幅度较大的7个主要蛋白可作为新鲜度评价指标蛋白,分别为L-乳酸脱氢酶、肌钙蛋白T型、LDB3蛋白X-2亚型、LDB3蛋白、LDB3蛋白X-1亚型、肌联蛋白亚型和肌原调节蛋白。结果表明,这些差异蛋白可能与三文鱼新鲜度变化存在潜在联系,未来可以通过建立差...     

蛋白质组研究进展

蛋白质组研究技术是后基因组时代的重要研究手段.综述了流感嗜血杆菌、细菌、酵母、线虫、果蝇蛋白质组的研究进展以及蛋白质组研究技术在人类疾病研究中的应用.     

草鱼肾脏和脾脏血细胞发育过程的观察

鱼类肾脏、脾脏是机体造血的主要器官。印迹涂片显示:草鱼肾脏和脾脏内血细胞的发育过程大致经历了三个阶段,即原始阶段、幼稚阶段、成熟阶段。本文着重描述了各阶段细胞的形态特征井对草鱼血细胞的发育及命名等问题作了初步的探讨。       

草鱼线粒体型超氧化物歧化酶的生化遗传特性

超氧化物歧化酶 (SOD)是一种对生物细胞保护至关重要、在进化上比较保守的酶。因此 ,超氧化物歧化酶作为分子钟或分子标记已被广泛应用于生物进化研究、群体遗传结构分析以及品系鉴定。但鱼类SOD的生物化学和遗传学特性都尚未进行过系统和深入的研究。为使这一重要的分子标记能更好地应用于鱼类遗传育种、种质资源保护以及进化研究 ,本实验采用聚丙烯酰胺梯度凝胶垂直电泳法 ,研究了草鱼线粒体型超氧化物歧化酶 (fm SOD)的同功酶形式 ,生化遗传表型、亚基组成以及金属类型。实验结果表明 ,草鱼fm SOD有三种不同的同功酶形式 ;按从正极到负极的排列分别命名为fm SOD 1 ,fm SOD 2 ,fm SOD 3。这三种不同的fm SOD在草鱼群体中可构成 3种不同的生化遗传学表型 :表型 1个体只含有迁移率最快的fm SOD 1同功酶 ;表型3个体只含有迁移率最慢的fm SOD 3同功酶 ;而表型 2个体中含有所有三种不同形式的同功酶。在野生草鱼群体中 ,存在所有三种表现型 ;而在基因纯合型的雌核发育草鱼群体中只检测到表型 1和表型 3。野生草鱼群体中三种表现型的个体数之比符合一对等位基因分离的 1∶2∶1孟德尔遗传分离比例。由这些实验结果得出以下结论 :(1 )草鱼fm SOD是由细胞核DNA上的基因所编码而不是由线粒体DNA上的基因所编码的     

草鱼仔鱼耳石的自然标记和生长轮的清晰度

将野生和人工繁殖的草鱼仔鱼的耳石取出并置于显微镜下观察微结构特征。结果表明 :草鱼耳石一般有一个圆形或卵圆形的原基和中心核 ,但有 0 4 1%～ 4 6 7%的样本具有双原基或双中心核。343尾野生仔鱼中 ,6 71%的个体在矢耳石和微耳石上具有营养转换标记 ,而 187尾人工繁殖的仔鱼中 ,在矢耳石和微耳石上出现营养转换标记的比例分别是 6 4 17%和 5 0 80 % ;在营养转换标记处 ,矢耳石和微耳石的直径分别为 5 4 12±9 4 9μm和 4 0 4 8± 7 0 2 μm (n =5 0 ) ;133尾野生仔鱼在转入实验室饲养的过程中 ,86 4 7%的个体在耳石上形成了转移标记 ;野生仔鱼生长轮纹清晰的矢耳石 (n =5 2 1)和微耳石 (n =5 2 1)样本的比例分别低于 10 %和2 5 % ,但在人工饲养仔鱼中 ,95 0 0 %个体的矢耳石 (n =186 )和 88 0 0 %个体的微耳石 (n =184 )具有清晰的生长轮纹 ;野生仔鱼经人工饲养后 ,其耳石上在饲养期间沉积的生长轮的清晰度亦明显比在野外生存期间沉积的高 ;对比实验显示饥饿对仔鱼耳石生长轮的清晰度没有明显的影响.     

饥饿胁迫对草鱼鱼种非特异免疫力的影响

研究长期饥饿对草鱼(Ctenopharyngodon idellus)鱼种非特异性免疫力的影响。实验选取平均体质量(31.86?1.47g)的草鱼,随机分为2个实验组(对照组和饥饿组),每组三个平行,饥饿处理15、30、45和60d,测定饥饿对头肾和脾脏中自然杀伤(NK)细胞的杀伤活性、血清和肝胰脏中溶菌酶活性、血清中碱性磷酸酶活性的影响。结果表明：受饥饿胁迫的影响,草鱼鱼种自然杀伤性细胞在脾脏和头肾中的杀伤活性显著低于对照组(P<0.05)且不随着饥饿时间的延长发生显著性变化;随着饥饿时间的延长,血清和肝胰脏中溶菌酶呈现先升高后降低的趋势,血清碱性磷酸酶在饥饿15d、45d、60d时显著低于对照组;,饥饿组的碱性磷酸酶活性在饥饿30d以后,维持恒定。由此可见,长时间的饥饿胁迫降低了草鱼鱼种的免疫力。相比较而言,自然杀伤细胞的杀伤活性在评价鱼类的免疫状况时比溶菌酶和碱性磷酸酶更为灵敏。     

半胱胺对草鱼下丘脑-脑垂体组织共孵育中生长激素分泌的影响

采用静态孵育和放射免疫测定技术,研究了生长抑素抑制剂半胱胺盐酸盐对草鱼脑垂体组织单独孵育或下丘脑脑垂体组织共孵育中生长激素分泌的影响。结果表明：脑垂体组织单独孵育时,半胱胺盐酸盐(0．1、1和10mmol／L)对基础生长激素分泌无影响;而下丘脑脑垂体组织共孵育时,半胱胺盐酸盐(0．1、1和10mmol／L)对基础生长激素分泌有明显影响,且是剂量依存的。神经肽hGHRH、sGnRH—A和LHRH—A对CSH影响的下丘脑脑垂体组织共孵育中生长激素分泌均无协同作用。我们认为,半胱胺盐酸盐可在下丘脑水平调节生长激素释放,半胱胺盐酸盐调节草鱼离体生长激素分泌是由下丘脑途径介导的。     

脆化草鱼(Ctenopharyngodon idellus C.et V)的病理生理生态学

分别就形态、生态和病理学性状对处于脆化终极阶段（LD50≥6．67kg／kgbw）的草鱼与普通草鱼进行比较分析。高度脆化的草鱼在生态学上出现明显变化,体长和体重的指数方程W=al^n显著不同于普通草鱼,DO阈值由平均值O．54mg／L上升到平均值1．68mg／L,CO2麻醉浓度（呼吸抑制值）由194mg／L高浓度下降到52．42～65．36mg／L,Root效应及Broh效应显著改变。解剖分析表明,草鱼脆化过程是渐进性组织病变的生理过程,包括各系统器官的功能性病变,最终使过度脆化的草鱼由于血液循环障碍直接导致死亡。草鱼脆化死亡具有明显的饲料（蚕豆）累积剂量——效应反应的毒理学规律,脆化草鱼的体长与体重的指数方程W=18．1719L^2.4360可作为华南地区商品脆肉鲩标准的参考。研究结果将为脆化草鱼规模化集约养殖和提高脆化草鱼长途运输成活率提供参考。     

Generation and analysis of ESTs from the grass carp, Ctenopharyngodon idellus

Grass carp, Ctenopharyngodon idellus (Valenciennes, 1844), is an economically important species widely cultured in the world, but its genome research resources are largely lacking. The objectives of this study were to construct normalized cDNA libraries for efficient EST analysis, to generate ESTs from these libraries, and to identify EST-related molecular markers such as microsatellites and single nucleotide polymorphisms (SNPs) for genetic analysis of this species. A total of 6,269 ESTs were generated representing 4,815 unique sequences, from which 105 putative microsatellites and 5,228 SNPs were identified. These genome resources provide the material basis for future genetic and functional analyses in this species.