利用基因共表达网络分析蛋白质的相互作用

基于Hom in的基因共表达网络的比较分析,发现人类基因共表达网络和蛋白质相互作用数据之间存在一定的相关性。采用基因本体论对这两个网络重叠区域进行基因分类后发现,这些编码的蛋白质主要集中在对刺激物的应答途径之中。通过对该途径中的蛋白质相互作用网络作图,获得了两个独立的功能模块。通过对模块中的基因分类和关键基因分析得出两者分别对应于内外源刺激物的应答功能。本研究对于利用不断丰富的核酸公共数据信息挖掘蛋白质相互作用的研究具有积极的促进作用。     

钙敏感受体基因、白介素6基因与中国人群骨密度相关联

钙敏感受体是钙新陈代谢的一个重要因素,白介素6是参与破骨细胞分化及功能的一种多效细胞因子。因此,钙敏感受体基因和白介素6基因都为骨矿物质代谢的重要候选基因。本研究旨在利用数量性状传递不平衡检测法,检测白介素6基因和钙敏感受体基因与腰椎和髋部骨密度的关联和连锁,以证实它们是否为影响中国人群骨密度的重要候选基因。本研究的样本为来自中国上海的401个中国核心家庭,共1,263个个体,均为汉族。每个核心家庭由父母双亲和至少一个20～45岁的健康绝经前女儿组成。腰椎与髋部的骨密度采用Hologic QDR 2000＋双能X射线扫描仪进行了检测。用PE377测序仪及相关软件分别对白介素6和钙敏感受体基因中的一个CA重复多态微卫星位点进行了基因分型。分析结果表明钙敏感受体基因（CA）12等位基因（P=0．006）及（Ca）18等位基因（P=0．02）与股骨颈骨密度之间存在显著的整体关联。白介素6基因的（CA）18等位基因与整个髋部（P=0．021）、股骨颈（P=0．041）以及转子间区（P=0．029）骨密度之间均存在显著的家庭内关联。白介素6基因（CA）n位点与腰椎BMD之间存在显著的连锁（P=0．001）。本研究结果表明白介素6基因和钙敏感受体基因可能为与中国人群骨密度变异相关联的候选基因。     

连锁基因相互作用方式教学探讨

本文自拟了3道例题,这三个例题都突破了普通遗传学教材中相关内容的范畴,这类例题在教学中是首次探讨,用以介绍连锁的非等位基因不同作用方式的解题分析,以此来拓展和深化遗传学的教学内容。     

PHACTR3基因与中国汉族和美国高加索人群骨密度的关联研究

研究组前期的全基因组关联研究发现PHACTR3基因与骨折关联,为了检测该基因与骨密度的关联关系,采用精细定位关联研究来检测PHACTR3基因内及其附近的SNPs与骨密度的关系。首先在中国样本（1627个不相关的汉族样本）和美国样本（2286个不相关高加索样本）中对PHACTR3基因的140个SNPs进行基因分型,然后采用Plink软件检测PHACTR3基因与腰椎和髋部骨密度的关联关系。发现研究组以前报道的与骨折关联的SNPs rs1555364和rs6064822与腰椎和髋部骨密度关联（P=4．89×10^-2-1．26×10^-2）。另外还发现位于PHACTR3基因内含子中3个SNPs位点（rs6027138,rs1182531和rs1182532）与中国人群和白人腰椎骨密度均显著关联,将中国人与白人样本合并起来进行荟萃分析（Meta—analysis）,得到合并P值为1．40×10^-3到4．00×10^-4,另外发现rs6064820与髋部BMD相关联,合并P值为6．70×10^-3。本研究进一步证实了PHACTR3基因在骨密度变异中的作用,对骨质疏松发病机制的认识提供了新的理论依据。     

ZBTB40基因与中国汉族人群和美国高加索人群骨密度的关联研究

最近的全基因组关联研究发现ZBTB40(zinc finger and BTB domain containing 40)基因是一个潜在的调节骨密度的新基因,为了可靠地验证该基因与骨密度的关联关系,采用精细定位关联研究来检测ZBTB40基因内及其附近的SNPs与骨密度的关系.首先在中国样本(1 627个不相关的汉族样本)和美国样本(2 286个不相关高加索样本)中对ZBTB40基因的50个SNPs进行基因分型,然后采用Plink软件检测ZBTB40基因与腰椎和髋部骨密度的关联关系.证实了以前报道的SNPs rs7524102与腰椎和髋部骨密度的关联关系.另外还发现5个SNPs(rs10917209、rs6426748、rs4433361、rs3856183和rs7550872)与腰椎和髋部骨密度相关联.其中最显著的SNP是位于ZBTB40基因上游区域的rs6426748,其与腰椎骨密度的关联P值为9.82×10-4,多重检验校正后仍然显著.连锁不平衡分析表明rs6426748与rs10917209,rs7524102和rs7550872呈现高度连锁关系,位于长度为27 kb的单体型块内,因此ZBTB40基因的功能致病位点可能是rs6426748或该单体型块内某一未分型的SNP.     

绝经后女性CYP19基因Val80及OPG基因A163G多态性与骨密度的相关性研究

探讨细胞色素P450 19 (CYP19) 基因Val80多态性及护骨素(OPG) 基因A163G多态性与绝经后女性骨密度 (BMD) 的关系。随机选择居住在重庆的绝经后女性200例, 采用多聚酶链反应-限制性片段长度多态性法检测Val80及A163G多态性, 采用Norland公司XR-46系列双能X线骨密度仪测量股骨近端及腰椎BMD。 200名绝经后女性中Val80基因型GG、GA及AA的频率分别为19.5％、44.5％及36.0％; A163G基因型GG、GC 及CC的频率分别为: 13.0％, 42.0％及45.0％; 基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡 (P＞0.05)。协方差分析及多元逐步回归分析显示CYP19基因第3外显子Val80多态性与绝经后女性BMD无相关性 (P＞0.05)。除大转子外, A163G位点AG/GG/AG+GG基因型者股骨颈、Ward’s三角及腰椎BMD均较AA基因型者低, A163G基因型与股骨颈、Ward’s三角及腰椎BMD有相关性 (P＜0.05)。OPG基因启动子区A163G多态性分布存在明显的种族差异, 且与绝经后女性BMD有一定关联, AA型对BMD具有一定的保护作用, G等位基因是BMD降低的危险因素。     

绝经后健康妇女甲状旁腺激素基因多态性与骨密度的关系

利用限制性片段长度多态性分析（RFLP）研究北京地区绝经后妇女甲状旁腺激素（PTH）基因多态性与骨密度的关系。筛选健康、无亲缘关系的绝经后妇女185例, 应用双能X射线骨密度仪（DEXA）检测腰椎等部位的骨密度,用PCR-RFLP方法检测绝经后妇女的PTH基因型。绝经后健康妇女中bb、Bb、BB三种基因型的分布频率分别为7.56%、28.11%和64.32%。方差分析显示前臂部位骨密度与PTH基因相关。除华氏三角区外,BB基因型各部位的骨密度值均高于Bb、bb基因型。Logistic回归分析结果显示,bb基因型组骨质疏松与正常妇女存在显著差异（P＜0.001）。 PTH基因中B基因型可能对维持骨量具有一定的作用。     

植物激素信号间的相互作用(综述)

本文从植物激素信号转导过程中特殊基因的鉴定、植物激素信号间、激素与糖之间的相互作用,以及激素对种子萌发和发育的影响等方面,概述近年来植物激素信号间相互作用的研究进展。     

连锁基因相互作用方式教学探讨(Ⅱ)

本文自拟了一道连锁基因相互作用方式——显性上位的例题,并注入了X^2检验内容,以拓展遗传学教学内涵。     

全基因组基因-基因相互作用研究现状

复杂疾病目前正在全球范围流行, 极大地影响人类的健康。研究发现, 复杂疾病的性状受到多个位点的相互作用影响。目前的全基因组关联分析(Genome-wide association study, GWAS)仅仅解析单个SNP位点对疾病易感性的贡献, 单纯依靠这一种策略并不能在寻找复杂疾病的病因上得到根本性的突破。基因-基因相互作用可能是复杂疾病致病的主要因素之一。针对这一点, 科学家已经提出了一些检验基因相互作用的算法, 包括惩罚logistic回归模型、多因子降维(Multifactor dimensional reduction)、集合关联法(Set-association approach)、贝叶斯网络(Bayesian networks)、随机森林法等。文章首先对目前这些方法做了综述, 并指出了其中的不足, 包括计算复杂度太高、假设驱动、数据会过度拟合、对低维数据不敏感等, 进而简述了一种由笔者所在实验室开发的基于GPU的研究基因相互作用的算法, 该算法复杂度低, 不需要任何假设, 没有边际效应, 有很好的稳定性, 速度快, 适用于进行全基因组范围内的基因-基因相互作用计算。     

Association between VDR Apal Polymorphism and Hip Bone Mineral Density Can Be Modified by Body Mass Index:A Study on Postmenopausal Chinese Women

Osteoporosis is a major public health problem for old people.Genetic factors are considered tobe major contributors to the pathogenesis of postmenopausal osteoporosis.The vitamin D receptor(VDR)gene is a prominent candidate gene for the regulation of postmenopausal bone mass;however,despite exten-sive studies,controversy remains regarding its association with postmenopausal body mineral density(BMD)variation.In this study,a total of 260 healthy postmenopausal Chinese women were genotyped at the VDRApaI locus using polymerase chain reaction(PCR)-restriction fragment length polymorphism (RFLP).Rawhip BMD was significantly associated with VDR ApaI polymorphism with and without adjusting for age(P=0.015 and 0.040,respectively).This genetic effect can explain 3.32% of hip BMD variation.However,the significant association vanished after correcting for both age and body mass index(BMI)(P=0.169).Inaddition,we observed a significant association between VDR ApaI polymorphism with unadjusted BMI(P=0.042)or BMI adjusted for age(P=0.049).The raw hip BMD was also found to be significantly corre-lated with BMI(r=0.517,P=0.0001),with BMI explaining 26.35% of the variation of hip BMD.All of thesefacts prompt us to conclude that the significant association between the VDR ApaI genotype and hip BMDmay be modified by BMI in postmenopausal Chinese women.Our findings may partially explain the earlierinconsistent association results concerning the VDR gene and BMD,and highlight the importance of incorpo-rating covariates such as BMI into osteoporosis association studies.     

富血小板血浆联合同种异体骨治疗非感染性骨不连的临床应用

目的:评价富血小板血浆联合同种异体骨治疗非感染性骨不连的临床疗效。方法:回顾性分析我院创伤骨科2010年2月-2015年1月的非感染性骨不连患者,比较同种异体骨加富血小板血浆混合物与自体髂骨植骨治疗非感染性骨不连的疗效。结果:两组共随访非感染性骨不连患者69例,全部进行了术中断端植骨,其中富血小板血浆联合同种异体骨植骨组(PRP组)21例,其中愈合19例,未愈合2例,临床愈合率90.5%。自体髂骨植骨组(自体骨组)48例,愈合44例,4例未愈合,临床愈合率91.6%。PRP组平均手术持续时间为(108.73±13.91),自体骨组为(120.54±13.87)min,两组间有统计学意义(P0.05)。术后3月,PRP组患者X线骨痂评价标准平均评分值为(2.54±0.43)分,自体骨组为(2.62±0.45)分,两组间差异无统计学意义(P0.05)。结论:富血小板血浆混合同种异体骨植骨治疗骨不连较传统自体髂骨植骨可缩短手术时间,避免供骨区并发症,修复效果良好,为骨不连的治疗提供了一个新的方法。     

粘虫及其寄生性天敌—管侧沟茧蜂饲养方法

系统介绍了粘虫Mythimna separata (Walker)室内饲养的设备、步骤、技术要点、人工饲料配方及环境要求,并以粘虫为中间寄主,实现了粘虫低龄幼虫寄生性天敌管侧沟茧蜂Microplitis tuberculifer (Wesmael) 的室内大量繁殖,为进一步利用该蜂防治甜菜夜蛾、粘虫等田间害虫打下了良好的基础。     

利用共振频率分析牙种植体骨愈合期稳定性变化 与早期边缘骨吸收的关系

目的:利用共振频率测量仪(Osstell)连续监测骨愈合期种植体稳定性变化与早期边缘骨吸收的关系。方法:本研究于2010-2011年期间根据纳入及排除标准连续纳入32名成年男性患者作为实验对象共植入45枚Strauman种植体,每名患者选择一颗(4.8mm×10mm)种植体,共计32颗种植体,种植区位于下颌后牙(骨质均为Ⅱ或Ⅲ类骨)。利用共振频率分析仪(Osstell)测量种植体的稳定性,测量时间点为植入时以及术后第1,2,3,4,6,8,12周。另外,影像学分析测量32颗种植体12周时的边缘骨吸收;结果:本实验中所有种植体在12周均实现骨结合,并成功完成种植修复。通过重复性方差分析,见表1,在种植体植入时,初期稳定系数(ISQ)均值为(79.03±6.756)。术后一周,种植体稳定系数(ISQ)均值均呈下降趋势,至术后第2周时达到最低点,与植入时稳定性有统计学差异(P<0.05)。从术后第3周开始种植体稳定系数(ISQ)均值逐渐上升。其中,稳定系数(ISQ)均值在第6周时与第12周无统计学差异,已达到延期稳定期。32颗种植体在第12周的边缘骨吸收均值为(0.86±0.068mm),而在第12周的种植体的稳定系数均值与种植体植入时的稳定系数均值无统计学差异。结论:本实验通过共振频率测量仪(OsstellTM)连续监测,目前的结果认为种植体愈合期边缘骨吸收对种植体愈合期稳定性变化没有影响。     

白色基因座(I)在中国地方猪种毛色遗传中的作用研究

通过利用PCR—RFLP和PCR—SSCP技术对中国地方猪种KIT基因内含子17、18的序列进行多态性分析。结果表明：内含子17上的替换突变(G→A)发生于毛色为白色的个体——白色五指山猪、大白猪、长白猪上,其基因型(AB型)频率分别为1、1和0．8;其他中国地方猪种的此基因型频率均为0。内含子18上的缺失突变(AGTT)也同样发生在上述3个猪种的白色个体中,其基因型(AA型)频率分别为1、1和0．93;而且同样在其他的地方品种中其基因型频率均为0。这充分证明KIT基因对于猪的白毛色有重要的调控作用,而且I基因座对于其他的经典遗传基因座有上位作用。另一方面,中国地方猪种荣昌猪虽然在表型上与引入猪种大白猪、长白猪相似(白毛色),但是在KIT基因上发生的突变完全不同,推测它们分别属于不同的毛色遗传体系。     

Association of Lean Tissue and Fat Mass with Bone Mineral Content in Children and Adolescents

Objectives: There has been uncertainty in the adult body composition literature about whether fat mass (FM) or fat free mass is a better predictor of bone mineral content and bone mineral density. This issue has recently also been raised in the pediatric literature. Based on suggested skeletal muscle–bone relationships, this study tested the hypothesis that in children and adolescents lean tissue mass (LTM) is a better predictor of total bone mineral content (TBMC) than is FM. Research Methods and Procedures: Subjects were 133 Italian children and adolescents, 5 to 17 years of age, undergoing a routine medical screen. FM (kilograms), LTM (kilograms), and TBMC (kilograms) were measured by DXA. Multiple regression analyses tested the independent association of FM and LTM with bone mineral content. Results: Regression analyses, adjusting for pubertal status and other covariates, showed that FM and LTM were independently associated with TBMC. These associations were similar for boys and girls. TBMC was more strongly associated with LTM than FM. Discussion: These observations support the hypothesis that in children and adolescents a close association exists between LTM, a measure of skeletal muscle, and skeletal characteristics.     

人骨形态发生蛋白7在中国仓鼠卵巢细胞中的表达研究

目的:构建重组人骨形态发生蛋白-7(rhBMP7)表达质粒,并研究其在中国仓鼠卵巢细胞中的表达。方法:将hBMP7重组表达质粒电转到中国仓鼠卵巢细胞(CHO)中,并用DOT-BLOT和ELISA方法分析检测rhBMP7在重组CHO细胞中的表达。结果:hBMP7 cDNA整合到CHO细胞基因组中并被转录。点杂交和ELISA检测证实rhBMP7在CHO细胞中得到表达。结论:hBMP7成功在CHO表达系统中得到表达。