cDNA微阵列分析人apoE4转基因鼠肾脏基因表达谱的变化

目的研究人apoE4转基因鼠肾脏的基因表达谱变化.方法分别提取人apoE4转基因鼠和正常C57BL/6J小鼠的肾脏总RNA,经逆转录合成cDNA探针后分别与鼠cDNA表达点阵杂交,再用ESTblot软件进行分析,并用Northern印迹证明基因表达的改变.结果人apoE4转基因鼠肾脏中有38个基因的mRNA表达升高,22个基因的mRNA表达降低.其中血浆谷胱甘肽过氧化物酶前体、视黄酸γ受体和白介素5受体等基因的表达明显增加.B-raf原癌基因、促红细胞生成素受体、整联蛋白α4的基因表达显著降低.Northern杂交证明转基因鼠肾脏的c-Jun基因表达升高.结论人apoE4转基因鼠肾脏的c-Jun、血浆谷胱甘肽过氧化物酶前体、白介素5受体等基因的表达增加;促红细胞生成素受体、整联蛋白α4等基因的表达减少.     

用改良消减杂交结合选择性PCR法构建老年性白内障消减cDNA文库

为构建含较多大片段的高质量的老年性白内障消减cDNA文库 ,利用生物素标记、磁珠分离的改良消减杂交法获得差异cDNA .利用选择性PCR法扩增其中大片段差异cDNA ,将其与T 载体进行T A连接并转化入大肠杆菌 ,成功构建老年性白内障消减cDNA文库 .共获得 4 0 0 0余个克隆 ,随机挑取的 2 2个克隆中 ,≥ 10 0 0bp的片段有 7个 ,占 31 8% ,≥ 75 0bp有 15个 ,占 6 8 2 % .将≥ 75 0bp的 15个克隆进行反向点杂交 ,排除其中假阳性克隆 ,阳性克隆经测序并与GenBank比较 ,得到 6个已知基因、1个新基因 ,6个已知基因中 4个为全长基因 ,说明所得cDNA片段较大 ,文库质量较高 .改良消减杂交法结合选择性PCR法可以快速有效地获得大片段高质量的消减cDNA文库 ,为进一步筛选、鉴定老年性白内障致病相关基因奠定了基础     

大鼠肾脏组织cDNA文库的制备和葡萄糖转运蛋白cDNA克隆的筛选

 大鼠的肾脏组织经匀浆后,提取纯化总RNA和mRNA合成cDNA,进行甲基化,加人工接头,最后连入载体(λgt11)和外壳蛋白包装步骤制成肾脏组织的cDNA文库。插入载体的cDNA长度为0.5kb到8kb之间。经反复稀释,测定出该文库的效价为1.5×10~7pfu/mL。     

毛竹笋全长cDNA文库构建

Gateway技术构建cDNA文库,利用了λ噬菌体的位点特异性重组,避免使用限制性内酶切割cDNA,能够解决常规方法构建cDNA文库的技术缺陷。应用Gateway技术构建毛竹笋cDNA文库,经检测cDNA入门文库的滴度达到1.7×106cfu/mL,文库总容量为8.5×106cfu,平均插入片段在1.0 kb以上。毛竹笋文库的构建为进一步克隆毛竹纤维化分子机理打下了基础。     

毛冠鹿大脑组织全长cDNA文库构建

运用SMART技术构建了毛冠鹿(Elaphodus cephalophus)大脑组织全长cDNA文库。提取大脑组织总RNA,Oligotex mRNA Kit纯化、获得poly(A) RNA,以CDSⅢ/3′PCR引物进行逆转录,LD-PCR扩增获得全长双链cDNA,经SfiⅠ酶切及柱层析分离后,500 bp以上的片段与载体λTripIEx2连接,体外包装得到cDNA文库。经鉴定原始文库滴度为5.1×105pfu/ml,扩增后文库滴度为1.5×109pfu/ml,重组率达到85%以上,插入片断平均长度约为1.0 kb,说明构建文库质量符合要求,可用于大脑特异表达基因的筛选。从该文库中克隆到了rig基因全长,包含5′和3′非编码区,从第43至477个核苷酸为一完整阅读框(ORF),此阅读框可编码一个145氨基酸的rig蛋白。     

用限制性cDNA文库制作K562细胞基因表达谱芯片探针

以人红白血病K562细胞为材料,应用限制性显示PCR（RD-PCR）技术构建cDNA文库,该文库通过PCR引物3′端延伸两个不同碱基形成136对引物对cDNA进行限制性扩增,得到136组不同的PCR扩增产物,纯化后与载体连接并转化细菌,即为限制性cDNA文库,根据不同的分组进行克隆的鉴定和分离。并进行大量扩增制备cDNA芯片探针,该方法构建的文库因经过了限制性分组扩增,每组均含有特定的cDNA,因而大大加快了随后克隆的分离 和鉴定的速度,为基因芯片探针制备提供了一个新方法。     

SMART技术构建栀子cDNA文库

目的:构建栀子叶片cDNA文库。方法:提取栀子叶片总RNA。利用SMART技术合成双链cDNA。双链cDNA经限制酶Sfil酶切后与pDNR-LIB质粒连接。利用电刺激转化法将重组质粒导入E.coli DH5α而获得文库。利用PCR法检测文库的重组率。结果:原始文库滴度为2.63×105cfu/ml。随机检测文库中的15个克隆,表明重组率约为86.7%。选择14个插入片段的长度在400bp以上的克隆进行测序和生物信息学分析,结果预测的全长基因占所检测序列的64.3%。结论:成功构建了栀子叶片的cDNA文库,为栀子基因的结构和功能的研究提供了基础。     

野蚕黑卵蜂寄主识别利它素的cDNA文库构建

根据家蚕性附腺中含有的利它素能诱导野蚕黑卵蜂寄生涂有该利它素的人造卵及能用家蚕卵繁育野蚕黑卵蜂的特性 ,用化蛹 9天的家蚕雌蛹性附腺分泌部的高丰度的mRNA构建了富含利它素基因的cDNA文库。构建成的未扩增文库的滴度为 3.2 9× 10 4 pfu μL ,重组率为 90 .0 5 % ,扩增后的文库总滴度为 1.5 6× 10 7pfu μL。用PCR方法对总文库和随机挑取的噬菌斑进行扩增 ,表明λZiplox载体中已含有大小为 0 .5～ 8.0kb的cDNA插入片段 ,并在 2 .5kb、1.1kb和 0 .75kb处cDNA插入片段相对集中。所有分析结果表明 ,采用特定的发育时期和特定的组织提取的mRNA构建而成的cDNA表达文库具有较高频率的利它素基因片段和合适的滴度 ,定向插入技术并结合λZiplox噬菌体的表达功能 ,使构建的cDNA文库具有表达外源DNA的功能 ,有利于进行利它素基因的免疫筛选。     

人突变载脂蛋白E(apoE4,apoE7)转基因小鼠模型

为揭示人突变apoE基因表达在整体引起的异常反应并得到人类相关疾病的小鼠模型,用显微注射法制备了人apoE4与apoE7转基因小鼠,用Southern印迹杂交及ELISA证明人apoE基因在首建鼠及其子代体内整合与表达良好,具有遗传稳定性.血清脂质与行为测定表明,人apoE表达使小鼠患高脂血症并出现大脑学习与记忆功能衰退和寿命缩短,高脂食物对正常鼠与转基鼠均可诱发高血脂,但机制不同.同时还证明,氨基端与羧基端突变的apoE具有相同的致病作用.     

用λZAP Express作载体构建金针菇子实体表达型cDNA文库

采用QuickPrep micro mRNA Purification 试剂盒从新鲜金针菇子实体中快速提取、纯化mRNA,Time Saver cDNA Synthesis试剂盒逆转录成cDNA分子后,通过在cDNA分子两端加上EcoRⅠ/NotⅠ接头,在T4多核苷酸激酶的作用下磷酸化,与表达载体λZAP Express Predigested Vector连接,然后用包装蛋白在体外包装连接产物,感染E.coli XL1-Blue MRF'构建成表达cDNA文库.经检测文库滴度为4.0×106 pfu/ml,文库扩增后,滴度达2.0×1010 pfu/ml,重组率为90%,cDNA分子长度在0.3-3.5 Kb范围.应用原位免疫杂交,初步筛选出火菇素相关基因的阳性克隆.     

cDNA文库及其在原虫研究中的应用

cDNA文库构建和筛选是基因克隆的重要方法之一,它是目前发现新基因和研究基因功能的基本工具.从cDNA文库中可以筛选到目的基因,并直接用于该基因的表达.由于cDNA文库在基因分离和克隆中具有重要作用,因此其应用也日益广泛.简要介绍自cDNA文库创建以来,发展起来的各类文库及其构建cDNA文库的方法.作者重点阐述了弓形虫、利什曼原虫、阴道毛滴虫、疟原虫等原虫cDNA文库的构建及其应用.     

cDNA文库构建方法的进展

cDNA文库构建是基因克隆的重要方法之一。从cDNA文库中能够筛选到所需的目的基因,并直接用于该目的基因的表达,它是发现新基因和研究基因功能的基础工具,本文介绍几种cDNA文库构建中的改进技术,并着重阐述其原理和特点。     

快速简便筛选cDNA文库的SSS法

建立了一种快速简便筛选cDNA文库的方法—SSS法（subsection screening）。该方法用cDNA噬菌体平板划块分组和根据目的基因设计的一对特异性引物,用PCR技术逐级筛选cDNA文库获得目的基因。与其它筛选cDNA文库的方法相比,该方法范围可控,目标明确,易于获得目的基因,而且快速、简捷、省时,一般可在一周内筛选出目的基因。本实验室利用该方法在半个月内筛选出了一个查耳酮异构酶(chalcone isomerase)(CHI)基因,一个黄酮类化合物3′-羟化酶(flavonoid 3′hydroxylase)(F3′H)基因,一个热激蛋白(heat shock protein)(HSP)基因和一个1 484 bp 热激蛋白基因片段。此方法用于同时筛选多个基因,可收到事半功倍的效果,对其它文库筛选也有借鉴意义。 Abstract:A quick and simple method subsection screening (SSS) method for screening cDNA library by PCR was established.With this method,cDNA phage plate was cut into several blocks and a couple of primers was designed according to target gene.And then the target genes were obtained by screening cDNA library.Comparing with other methods,this method has many advantages such as controlled range and clear target,and also quick and simple for obtaining the target genes.It is possible to get a target gene in one week in general by this method.Thus,the CHI gene,F3′H gene,HSP gene and one HSP partial fragment,were obtained respectively in half month in our lab.We can get twice the result with half the effort when we screen several genes in the same time.It is also suitable to screen other libraries.     

人胃癌组织cDNA文库的建立

本文直接从一例人低分化胃腺癌组织中提取RNA和分离poly(A)~+RNA,进而合成双链cDNA。再以λgt10作为克隆载体和大肠杆菌C600hfl作为受体菌,构建了人胃癌cDNA文库。该文库中含有1.10×10~5重组子,重组率约为68.8％,克隆效率为2.21×10~6克隆/μgcDNA。     

几种全长cDNA文库构建方法比较

全长cDNA文库是高效、大规模获得基因全序列信息的一条有效途径,尤其是对基因组庞大,近期内尚不能进行全基因组测序的生物来说,是一条开展功能基因组研究的重要途径。本文对几种全长cDNA文库的构建方法进行了概述,针对各种方法的原理及优缺点做了分析、比较,并结合本实验室的结果,重点介绍了Cap-trapper法在小麦全长cDNA文库中的应用及文库中全长基因比例判定方法。     

正常人体淋巴细胞cDNA文库的构建

应用GIBCOBRL建库试剂盒建立了正常人体淋巴细胞cDNA文库。取新鲜的正常人外周血,分离出淋巴细胞,进行体外培养,提取总RNA,纯化mRNA,并将其反转录成cDNA,与SalI和NotI接头连接后插入λZipLox载体,体外包装后转染到Y1090宿主菌中,进行滴度测试及文库扩增。构建的正常人淋巴细胞cDNA文库含2-6×106重组子,克隆效率为5×1012重组子/g cDNA,插入片段长度约为1~5kb。扩增后的文库浓度为3×107重组子/μl,将文库稀释到10-6时所产生的噬菌斑密度最为适宜。试验结果表明,该库符合标准,所构建的正常人淋巴细胞cDNA文库为进一步筛选目的基因、制作基因芯片等提供了有效的工具。 Abstract:A lymphocyte cDNA library of normal human was constructed in order to obtain specific gene and prepare lymphocyte gene chips to detect the relative genes between psychiatric diseases and immunity.The lymphocyte was abstracted from fresh normal human blood and cultured in vitro.Total RNA of lymphocyte was extracted from the cultured cells and then mRNA was extracted further.Moreover,single-strand cDNA and double-strand cDNA were synthesized in turn.The double-strand cDNAs were ligated to SalI and NotI adaptor,which were later ligated to arms of λZipLox.Ligated-cDNAs were packed in vitro,and then infected E.coli Y1090.Titering the phage and amplifying the library.The lymphocyte cDNA library consisted of 2-6×106 recombinants with the length of 1~5kb and the cloning efficiency was 5×1012 recombinants/g cDNA.The amplified library was 3×107recombinants/μl in concentration and the number of bacteriophage plagues was the most suitable in density after it was diluted to 10-6 in concentration.The constructed cDNA library of normal human lymphocyte would be helpful to further detecting target genes and preparing gene chips etc.     

人脑胶质瘤c DNA文库的构建

<正> 本室曾制备得到两株单克隆抗体,分别特异地针对两种胶质瘤相关抗原-47kD和180kD的膜糖蛋白。为了阐明这两种胶质瘤相关抗原的生物化学本质及其在正常胶质细胞向恶性转化过程中可能起的作用,我们构建了一个λgtll表达型的人脑胶质瘤cDNA文库,以便用上述单克隆抗体作为探针,从该文库中筛选出与之对应的胶质瘤相关抗原的cDNA克隆。现将建库工作简述于下。     

Construction and Screening of Chickpea cDNA Library with Heterologous Legumin cDNA Probe

A cDNA library was constructed from developing chickpea cotyledons in the expression vector λ gt 11. The library when plated on X-gal and IPTG showed about 35% recombinants. These recombinants were screened using pea legumin cDNA probe. Of a total of 4 × 10⁴ cDNA clones screened, 20 clones showed homology to legumin probe. The presence of cDNA insert in these clones was further confirmed by Southern blot hybridization.