mRNA差异显示

分离差异表达的基因是研究生命调节过程的重要手段,mRNA差异显示技术是一种能成功分离差异表达基因的方法,文章对该方法的基本原理、方法步骤及其应用作了较为详细的介绍。     

通过荧光差异显示PCR法分离水稻中由ABA调节的基因

脱落酸（ABA）在植物种子发育以及植物地外源环境因子（如逆境,胁迫等）反应过程中起着重要的作用,对其调节基因的分离将有助于了解其相关信号传导途径及作用机制。通过荧光差异显示PCR法我们由水稻中分离了部分ABA调节的cDNA片段,在所分离克隆的17个片段中,有14个片段被ABA诱导（2,4,8,12h),有2个片段被ABA抑制（8h),测序及序列分析表明这些片段可能分别编码与植物光合作用（7）,信号传导（1）,转录调控（2）,代谢（6）相关的蛋白或未知蛋白（1）而且其表达可能受到ABA的调节或ABA参与了其作用,对其中可能编码α/β水解酶折叠蛋白,酪氨酸磷酸酶,液泡H^ -ATPase的mRNA进行的RT－PCR和Northern blot分析,确证了ABA对它们表达的调节作用。在此基础上对FDD－PCR技术及ABA作用的可能机制进行了讨论。     

六种回收纯化差异显示PCR产物方法的比较

目的:建立mRNA差异显示PCR产物回收纯化方法。方法:采用了6种方法对干旱东亚砂藓mRNA差异显示技术的特异PCR产物进行分离回收纯化。结果:6种不同回收方法,显示不同的结果。结论:冻融法简单、方便、经济、有效,对东亚砂藓构建的mRNA差异显示技术中特异条带进行回收,具有有效性和可靠性。     

荧光差异显示PCR克隆参与胃腺癌转移的基因wcl1

使用来源于同一个胃腺癌病人的原发灶RF 1(ATCC编号CRL 186 4 )和转移灶RF 4 8(ATCC编号CRL 186 3)作为研究肿瘤转移的模型 .通过荧光差异显示PCR(FDD PCR)技术 ,克隆了 4 5个涉及胃腺癌转移相关基因 .和原发灶CRL 186 4相比 ,发现在转移灶CRL 186 3细胞中有 38个基因被显著上调 ,7个基因被显著下调 ,包括未被发现的基因 3个 .利用生物信息学技术对其中 1个在RF 4 8中高度上调的wcl1进行克隆和鉴定 ,发现wcl1的cDNA全长为 6 6 4bp ,含有 1个 2 4 0bp的完整阅读框 .用RT PCR和Northern印迹证实 ,结果与克隆拼接的大小完全一致 (NCBI数据库收录号AF36 4 86 3) .wcl1编码肽位于胞浆内含 79个氨基酸 ,理论上的pI Mr:5 2 8 896 1 72 .氨基酸序列分析发现 ,其N端 4～ 5 5氨基酸处为未知功能区UPF0 0 16蛋白 ,5 7～ 78处有一段亮氨酸拉链结构域 ,未发现与已知的蛋白质有高度的同源性 .该基因定位于 11q14.组织分布表明 ,wcl1除在分化差的胃腺癌中的表达要高于相应的正常胃组织 ,在微血管内皮中表达也明显高于乳腺管癌、脑纤维状星形细胞瘤 ,未检测到在其它组织有分布 .研究提示 ,Wcl1可能为胃腺癌转移过程中参与核内基因转录的相关蛋白质 .     

差异显示技术及其进展

差异显示技术是在转录水平上研究基因表达差异的有效方法。它通过一系列的锚定引物与随机引物组合把不同种细胞的ｍＲＮＡ进行分组反转录及ＰＣＲ扩增,在相邻泳道上显示扩增结果,通过比较电泳图谱找出差异。差异显示技术建立至今仅五年时间便在分析基因表达差异、绘制遗传图谱、分离特异性表达基因、临床诊断遗传疾病等方面被广泛应用,并不断得到改进和完善。     

差异显示反转录PCR技术研究进展

分析一对细胞或组织在不同状态下基因表达的差异,已成为分子生物学研究领域的热点之一.近年来,用于识别差异表达基因的方法已发展起来多种.DDRT-PCR是近年来较为广泛应用的一种技术.理论上,DDRT-PCR技术比较简单,但实施起来却存在着假阳性率高,凝胶中单条cDNA带成分不均一, 所获cDNA仅代表着mRNA 3′UT区(约300 bp)以及一些低拷贝数mRNA不能有效被呈现等问题.对DDRT-PCR技术的改良也主要集中在解决这些问题方面.     

用基因芯片结合荧光差异显示—PCR筛选和识别胃腺癌转移相关的基因

使用来源于同一个胃腺癌病人的原发灶RF－1（ATCC编号：CRL－1864）和转移灶RF－48细胞系（ATCC编号,CRL－1863）作为研究肿瘤转移分子机制的模型,RF－1（实验组）和RF－48（对照组）的mRNA通过逆转录方法,将Cy3和Cy5两种荧光染料分别标记到两种细胞的cDNA上,制备成cDNA探针,并与表达谱芯片（双点4096条基因）进行杂交与扫描,重复2次实验,利用计算机数据处理判断基因是否在上述两种细胞中有表达差异,共筛选出差异表达的基因共138条,其中81条在RF－48细胞中表达明显上调,57条在RF－48细胞中表达显著下调,同时也通过荧光差异显示－PCR（FDD－PCR）技术,克服了45个涉及胃腺癌转移相关基因,包括未被发现的基因3个,在两种筛选方法中都存在差异表达的基因共有7条,对部分可能与肿瘤志移机制有关的差异表达基因的作用进行了分析和讨论,基因芯片技术可高通量,大规模地研究基因表达水平,FDD－PCR技术可克隆出未发现的新基因,二者结合,初步筛选出与转移相关的基因,有助于揭示胃腺癌转移的分子机制。     

差异显示技术在橡胶树分子生物学研究中的应用

差异显示技术是从分子水平研究细胞、组织、器官中基因结构和表达变异的手段之一,在巴西橡胶树研究中也已有应用。本文从DNA、RNA和蛋白质水平上介绍了近年来差异显示技术在橡胶树分子生物学研究中的进展,并对其前景作了展望。     

限制性酶切片段差异显示及其应用

差异显示技术(DD)-PCR是一种研究基因表达差异的重要而应用广泛的方法,传统的差异显示法由于在PCR时采用Poly（T）引物和随机引物而导致较高的假阳性率和产物的近Poly(A)非编码区的大量扩增。改进后的限制性酶切片段差异显示技术(RFDD)-PCR采用ToqI酶切双链cDNA,连上特殊设计的接头,再用经特殊设计的特异性配对于接头的引物来扩增,因此能重点扩增编码区并能极大地消除假阳性率。由于扩增时引物就带有荧光或放射性核素标记,还使得差异显示条带的检测更为方便、灵敏。本简要介绍了该法的原理、步骤、应用及其优缺点。     

mRNA差异显示条件的优化

运用优化的mRNA差异显示技术分离受内生真菌诱导的差异基因。优化差异显示条件表现在增如指定引物和随机引物的长度、改变PCR参数和再扩增程序、运用银染显色等。应用这些条件共获得7个阳性差异片段。用未优化的PCR程序1筛选35条差异带,得到3个两端均为随机引物的差示片段。而用优化的PCR程序2,52条差异带中得到9条只能用锚定引物和随机引物才能扩增出的片段。地高辛标记的反向-Northern鉴定为阳性后进行克隆和测序。PCR方法1所得的3个差示片段均无开放的阅读框。PCR程序2得到7个差异表达的基因中,2个为已知基因,5个为未知基因。因此可运用优化的差显技术分离差异表达的基因。     

Differential display

Characterization of regulated gene expression in eukaryotic cells is essential for studying cell growth and differentiation as well as for understanding the molecular mechanisms of diseases. Differential display was developed for such comparative studies by allowing a systematic and nonbiased screening for molecular differences at the level of mRNA expression between or among different cells or tissues. The essence of the method is to amplify messenger RNA 3′ termini using a pair of anchored oligo-dT primer and a short primer with an arbitrary sequence. The amplified cDNAs labeled with radioisotope are then distributed on a denaturing polyacrylamide gel and visualized by autoradiography. Side-by-side comparison of mRNA species from two or more related samples allows identification of both up- and downregulation genes of interest. Some of the most recent improvements have been incorporated into this general protocol for differential display.     

用差异显示PCR法筛选与血管外膜细胞表型转化相关的基因

为筛选血管外膜成纤维细胞（adventitial fibroblast,AF）与肌成纤维细胞（myofibroblast,MF）间表型转化有关的基因,实验建立了大鼠胸主动脉AF和MF两种细胞模型,用差异显示聚合酶链反应（DD－PCR）技术获得表达差异片段,对差异片段进行克隆和测序分析,并用定量PCR和Northern blot对差别显示结果进行验证。用反义核酸转染技术观察骨桥蛋白（osteopontin,OPN）对AF迁移的影响。结果表明,两种表型细胞存在明显的基因表达差异,其中一个在MF下调的差异片段与GenBank中NADH脱氢酶亚单位5（NADH dehydrogenase subunit 5,Nd5）基因高度同源。另一个在MF上调的差异片段与OPN基因同源。上述差异表达结果被定量PCR及Northern blot证实。此外还有4个表达序列标志（expressed sequence-tag,EST）在GenBank中未查到同源序列。反义OPN寡脱氧核甘酸可抑制AF的迁移活动。结果提示,AF转化为MF可能与ND5基因下调、OPN上调及其它未知基因的表达改变有关。应用反义技术适度抑制OPN表达在防治血管重塑中具有重要作用。     

用银染mRNA差异显示进行基因筛选

介绍一种简便、快速的mRNA差异显示法银染法。并对在逆转录时总RNA加入的量、dNTP的浓度、银染的条件、差异条带的回收及再扩增等方面作了探讨和改进。实验表明,用银染进行mRNA差异显示具有快速、简便、经济、可靠性高等优点。为新基因的发现和克隆提供了有用的手段。     

降低mRNA差异显示技术假阳性率的一种方法

为了探讨降低mRNA差异显示技术假阳性率的方法 ,进一步提高此技术的可靠性 ,提取了手术切除肝癌及非癌肝组织成对标本的总RNA ,逆转录获得cDNA片段 ,以mRNA差异显示方法筛选差异表达基因 ,选取较明显的一条差异表达条带 ,行进一步PCR扩增 .分别对PCR产物及其经TA克隆后随机挑选的 6个单克隆质粒DNA进行序列分析 ,并通过GenBank BLAST数据库进行序列的同源性比较 ,以Northern杂交予以来源确认 .自 72 0余条扩增条带中共选出 2 8条差异条带 .序列分析及同源性比较表明 ,所选择条带的PCR产物为一可能的新基因片段 ;而随机选择的 6个TA克隆质粒DNA中 ,有 4个为同一已知基因片段 ,一个为另一已知基因片段 ,一个为一可能的新基因片段 .同源性比较表明 ,PCR产物直接测序所得序列与TA克隆质粒DNA的 6个片段不具同源性 .结果表明 ,mRNA差异显示条带可能由 1条以上分子量相似的片段构成 ,直接对PCR产物行序列分析并以其为探针进行Northern杂交 ,是导致出现假阳性片段的原因之一 .将PCR产物进行TA克隆 ,对单克隆质粒DNA进行序列分析并以其为探针进行Northern杂交 ,可能是解决此问题的一种较好方法 .     

mRNA差别显示技术对肝再生调控基因的研究

以正常肝和再生肝为对比材料,利用mRNA差别显示技术,研究肝再生过程中基因的差别表达,旨在从基因选择性表达水平上探讨肝再生调控机理。得到4种未知肝再生相关cDNA,完成其克隆与序列分析,其一在再生肝中的表达低于正常肝,余者则高于正常肝。这些序列均已在EMBL(Europe Molecular Biology Laboratory)数据库中登录,登录号分别为X95721、X95722、X95723、X97973。     

Identification of new early auxin markers in tobacco by mRNA differential display

Differential display of mRNA has been improved by developing a two-step PCR amplification procedure. The modified differential display has been applied to identify early alterations of mRNA expression in response to auxin treatment of tobacco seedlings. This approach has led to the isolation of four fragments corresponding to auxin-up-regulated mRNAs. One, named GO15-13, shows significant homology with the 3 end of the coding region of the soybean SAUR X10A [10]. The three other fragments present no homology with sequences available in the databases and constitute potential new early auxin markers.