口蹄疫病毒株China／99L区段核苷酸序列测定及比较分析

以口蹄疫病毒株China/ 99RNA为模板 ,反转录并扩增目的cDNA ,然后与 pGEM TEasy载体连接并转化JM10 9菌株 ,提取的重组质粒用电泳、PCRampos和EcoR1酶切法鉴定。该毒株与A10、O1K、O1Campos和TW 45毒株的核苷酸序列差异率分别为 15 .2 7%、15 .5 6 %、15 .5 6 %和 15 .49% ;氨基酸序列差异率分别为 8.2 9%、8.76 %、9.2 2 %和 10 .14%。五个毒株的L/P1连接处均为苷氨酸 (Gly) /异亮氨酸 (Ile)。序列比较表明 ,T C、A G和A C转换率较高 ,是点突变的热点核苷酸 ,是影响氨基酸稳定的因素之一。第 43 5 3、95 10 5、10 8 111、146 15 3、16 1 173、183 188和 182 187区域极有可能是L蛋白酶的活性中心 ,第 48位的H、5 1的C、6 5位的E、95位的H、10 9位的H、138位的H、148位的H和 16 5位的E可能是L蛋白酶的活性位点 ,它们在维持蛋白质的空间构像和功能方面具有重要作用     

6株O型口蹄疫病毒结构蛋白vp1基因的克隆与序列分析

提取6株O型口蹄疫病毒(FMDV)(T1-T6)的RNA,用一对通用引物经RT-PCR方法将6株FMDVVP1基因片段扩增出来.克隆测序,核苷酸序列分析表明,T1-T6六株vp1基因的核苷酸序列同源性在95%～99.8%之间,氨基酸序列同源性在94.8%～100%之间.T1-T6六株病毒vp1基因的核苷酸序列与已经发表的O/HKN/14/82、O/TAW/81/97、O/PHI/7/96、O/HKN/1/99和O/HKN/16/96的同源性较高,核苷酸序列同源性在86.1%～95.8%之间;发现6株毒株的主要中和抗原表位140-160、200-213位的氨基酸序列完全相同,推测它们有相近的中和抗体表位和抗原性.故推断本试验中的6株FMDV株属于同一基因型,即FMDV O型中国拓朴型(Cathaytopotype).     

12株猪瘟病毒E2基因主要抗原区域的序列差异分析

用RTPCR扩增了12个不同时期分离的HCV毒株E2基因主要抗原区域的cDNA片段并对其进行了序列测定。应用DNAstar序列分析软件对所测的12个HCV毒株与国内外已知的6个毒株Alfort株、Ald株、Brescia株、Gpe株、C株、CW株及早期已测定的HCLV株、HCVSM株和北京顺义株(BJSY2/96)3个毒株的相应片段进行了同源性比较分析。E2基因主要区域长度均为224 bp,包括从HCV 2485到2708位的E2基因B、C区域。所测的疫苗株HCLV与国外测得的疫苗株C株核苷酸及氨基酸同源性分别为991%和100%,表明目前应用的疫苗株是稳定的;用目前我国流行的部分野毒株对HCLV株免疫猪的攻击试验表明,HCLV对野毒株均具有很好的免疫力,这与序列分析结果相吻合。根据系统树分析,可将HCV分为两大群,5株90年代的野毒株及1株80年代的野毒株(其中北京3株、河南2株、广东1株)均与国内外C株、标准株属同一群(即第一群),其核苷酸及氨基酸的同源性分别为857%～100%和838%～100%;与Alfort株同属第二群的有6个野毒株(广西北海、辽宁、河北黄骅、吉林、深圳光明、四川成都),其中80年代与90年代的野毒株各有三株,核苷酸及氨基酸的同源性分别为843%～100%和851%～100%;21株HCV的核苷酸及氨基酸的同源性分别为781%～100%和784%～100%。两群之间的特征性差异表现在713和729位氨基酸位点的不同,经分析发现猪瘟野毒株具有复杂性与多样性。     

中国6省2005年麻疹病毒分离株分子特征分析

研究2005年我国6省麻疹暴发、流行的野毒株基因型特征和分子流行病学,为进一步的麻疹防治策略提供科学依据.用RT-PCR方法,从2005年6省分离的48株麻疹病毒株中扩增出核蛋白（nucleoprotein, N）基因C末端676个核苷酸片段.再对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并以C末端456个核苷酸片段构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸、氨基酸同源性分析.6省分离的48株麻疹病毒均为H1基因型,其中两株为H1b亚型, 其余为H1a亚型.48株野毒株的核苷酸同源性为95.1%～100%（核苷酸差异为0～22bp）,氨基酸同源性为92.7%～100%;与我国疫苗株S191的核苷酸同源性为88.7%～92.5%,氨基酸同源性为88.0%～91.2%.其中Shaanxi05-1和Yunnan05-1,Anhui05-2和Ningxia05-9的N末端456个核苷酸的同源性为100%;Hebei05-19、Anhui00-2和Liaoning02-2,Hebei05-1和Chongqing04-3的核苷酸的同源性为100%.引起2005年我国6省麻疹暴发流行的野毒株为H1基因型,并以H1a为绝对优势亚型.各省之间存在相同毒株引起的传播链,不同年份之间存在相同麻疹野毒株的持续循环传播.同时提示,有必要进一步研究由核苷酸变异引起的氨基酸变异及中和抗原位点等生物学性状的改变,可能影响麻疹病毒的毒力和传播力.     

6株O型口蹄疫病毒结构蛋白vp1基因的克隆与序列分析

提取6株O型口蹄疫病毒(FMDV)(T1-T6)的RNA,用一对通用引物经RT-PCR方法将6株FMDVVP1基因片段扩增出来。克隆测序,核苷酸序列分析表明,T1-T6六株vp1基因的核苷酸序列同源性在95%～99.8%之间,氨基酸序列同源性在94.8%～100%之间。T1-T6六株病毒vp1基因的核苷酸序列与已经发表的O/HKN/14/82、O/TAW/81/97、O/PHI/7/96、O/HKN/1/99和O/HKN/16/96的同源性较高,核苷酸序列同源性在86.1%～95.8%之间;发现6株毒株的主要中和抗原表位140-160、200-213位的氨基酸序列完全相同,推测它们有相近的中和抗体表位和抗原性。故推断本试验中的6株FMDV株属于同一基因型,即FMDVO型中国拓朴型(Cathaytopotype)。     

鸡传染性支气管炎中国地方分离毒株LX4mRNA1ORF1的遗传变异特征

应用RT-PCR方法扩增了冠状病毒鸡传染性支气管炎中国分离毒株LX4的mRNA1 ORF1,并将其进行了克隆、序列测定和分析.表明LX4mRNA1基因包含2个ORF,其中ORF1a由11 916个核苷酸组成,编码一条3 971个氨基酸残基组成的多肽.ORF1b由7 950个核苷酸组成,编码2 649个氨基酸残基组成的多肽.与美国Beaudette株对应的ORF1a核苷酸及推导的氨基酸序列同源性均为85%,与对应的ORF1b的同源性分别为89%和95%.二者ORF1a和ORF1b重叠区推测的"滑脱序列"(slippery sequence)核苷酸序列一致,"假结"(pseudoknot)基本结构相似.不同之处在于"假结"第2环中LX4的第7位为A,而Beaudette株在该位置为G.与Beaudette株比较,LX4 ORF1a核苷酸变异最频繁的区域集中在第2 656～3 098位碱基处,且在该区域有60个碱基的插入,导致推导的氨基酸序列插入了20个氨基酸残基.LX4 ORF1b序列缺失9个核苷酸,主要集中在第5 168～5 181位之间,导致对应的氨基酸缺失3个.但这些差异是否与病毒的生物学特性有关不明.     

6株0型口蹄疫病毒结构蛋白vpl基因的克隆与序列分析

提取6株O型口蹄疫病毒(FMDV)(T1-T6)的RNA,用一对通用引物经RT-PCR方法将6株FMDVVP1基因片段扩增出来。克隆测序,核苷酸序列分析表明,T1-T6六株vpl基因的核苷酸序列同源性在95％～99．8％之间,氨基酸序列同源性在94．8％～100％之间。T1-T6六株病毒vpl基因的核苷酸序列与已经发表的O／HKN／14／82、O/TAW/81,97、O／PHI／7／96、O／HKN／1／99和O／HKN／16／96的同源性较高,核苷酸序列同源性在86．1％～95．8％之间：发现6株毒株的主要中和抗原表位140-160、200-213位的氨基酸序列完全相同,推测它们有相近的中和抗体表位和抗原性。故推断本试验中的6株FMDV株属于同一基因型,即FMDV O型中国拓朴型(Cathay topotype)。     

22株猪瘟病毒E2基因部分编码序列的序列分析

RT－PCR方法获得了13株猪瘟病毒分离株、石门系强毒、中国C株及法国温度敏感株Thiverval株的E2基因部分编码序列的拉增片段,并对其进行了测序,得到了251bp的E2基因部分编码序列。利用DNAStar软件对其中224bp的片段进行了序列分析,并与已发表的Alfort、Brescia等毒株进行比较,结果13株猪瘟分离株所测片段均为猪瘟病毒E2基因的序列,与石门系强毒的序列相比所有毒株的碱基替换随机地分布于整个序列,无碱基缺失和碱基插入。其中变化较大的区域位于序列的3′端。2 2株HCV E2基因部分编码序列的核苷酸及氨基酸同源性范围分别为78.1%-100%、78.4%-100%,其中13株猪瘟病毒流行毒株的核苷酸及氨基酸同源性范围分别为:78.1%-100%、78.4%-100%,4株70－80年代分离的毒株的核苷酸及氨基酸同源性范围分别为：79.0%-88.3%、81.1%-87.8%,9株90年代分离的毒株的核苷酸及氨基酸同源性范围分别为：90.3%-100%、83.8%-100％;说明猪病毒流行株的变异呈现一定的多样性。