世界菌物新命名发表概况(2021年)

21世纪以来, 菌物新物种的发现速度逐渐加快。每个新发表的菌物新名称都蕴含着大量的分类学和多样性信息, 通过对这些信息进行统计和分析, 可以揭示菌物分类学的发展趋势和存在的问题。2021年全球共发表了3,734个菌物新名称, 包括288个新高阶分类单元(1个新门、2个新纲及新亚纲、16个新目及新亚目、36个新科、233个新属及次级属下单元)、2,551个新种及种下单元、782个新组合、113个其他新名称。这些新名称隶属于3界13门40纲159目425科1,165属, 伞菌和小型子囊菌是本年度最受关注的类群。全球有2,060位学者参与了菌物新名称的研究与发表工作, 为历史上命名作者数量最多的一年。中国学者在本年度的菌物新命名工作中做出了突出贡献, 约30%的新名称(1,124个)由中国学者参与发表。来自中国的命名作者共有380位, 是我国命名作者数量最多的一年。本年度发现的2,533个菌物新物种来自于世界7个大洲的101个国家和地区, 新物种丰富度最多的地区是亚洲东部和南部, 而中国发现了756个菌物新物种, 是发现新物种最多的国家, 占全球的近30%。我国南方地区的新物种数量远多于北方地区, 发现新物种最多的省份是云南省, 共发现248种, 占全国的33%。总体来看, 全球菌物新物种发现的速度与近年持平, 处于波动上升的趋势, 而中国的菌物分类学发展速度和贡献度仍在快速提升。建议未来的分类学研究工作中, 继续扩大研究地域和类群, 将新物种发现与完善高阶分类系统并重, 逐步揭示全球菌物多样性本底。     

中国菌物分类学和多样性研究的历史与现状概况

我国菌物分类学研究始于20世纪初,经过百余年的不断探索和发展,取得了丰硕的成果,并逐渐走进世界前列。本研究通过对世界菌物名称信息库Fungal Names进行数据统计,对发现自中国的菌物新物种和中国学者发表菌物新分类单元等数据开展分析,从中揭示中国菌物分类学的历史和发展趋势。过去,一共有2 214位中国学者参与发表了15 626个菌物新分类单元,包括 3个新纲、27个新目及亚目、117个新科及亚科、769个新属及亚属、11 100个新种、322个新种下单元和3 288个新组合。在全球已知的菌物物种中,自中国发现的新物种有10 233种,隶属于 3界13门44纲174目572科2 379属,占全球已知物种多样性的6.84%,居世界第二位。地理分布上,我国西南地区(云南、四川、贵州、西藏)和低纬度的热带、亚热带地区(中国台湾、广东)发现的新物种最多。根据每年发现的新分类单元数量趋势和命名作者的构成,可将中国菌物分类学的发展历史分为五个阶段：外人在华采菌及研究(1750s-1929)、中国菌物分类学起步(1930-1949)、新中国菌物分类学早期发展(1950-1977)、全国性菌物标本采集与研究(1978-2010)、走进世界前列(2011至今)。本研究对每个发展时期的分类学概况和重要历史事件进行了总结和回顾,通过上述综述性研究,有助于系统地了解中国菌物分类学不同阶段的发展趋势和研究概况,为学科当下和未来的发展提供参考。     

新世纪中国菌物新名称发表概况(2000-2020)

2000-2020年间,我国菌物学研究取得了丰硕的成果,在新物种发现、重要类群新分类系统、资源保护与开发利用等多方面取得了重要进展.本文通过对世界菌物名称信息库Index Fungorum、Fungal Names和MycoBank进行数据整理,从中国学者的研究产出和中国的菌物新物种发现的角度展开分析,揭示我国菌物分类...     

2021年膜翅目新增分类单元

本文对2021年发表的膜翅目昆虫新分类单元进行了梳理和总结。结合数据库检索, 基于标本记录, 全球膜翅目学者于2021年发表该目新分类单元的期刊论文355篇, 新增分类单元条目共1,152条, 隶属于21总科66科416属, 包括5新科4新亚科83新属3新亚属1,054新种和3新亚种。现生类群相关期刊论文309篇, 新增分类单元条目980条, 隶属于18总科52科332属, 包括2新科26新属3新亚属946新种和3新亚种。绝灭类群相关期刊论文46篇, 新增分类单元条目172条, 隶属于14总科27科86属, 包括3新科4新亚科57新属和108新种。2021年中国膜翅目新增分类单元的相关期刊论文83篇, 新增分类单元条目235条, 隶属于17总科34科91属, 包括3新属(绝灭类群1新属)和232新种(绝灭类群2新种); 现生类群中新增的2属分别记录自台湾和浙江, 新种数量排前五位的省级行政单位有云南(54个)、浙江(42个)、福建(18个)、西藏(18个)和新疆(16个)。在全球现生、绝灭和中国现生膜翅目总科新物种数量的对比中, 姬蜂总科新种数量最多, 分别约占全球现生、绝灭和中国现生膜翅目新种总数的32.5% (307个/946个)、19.4% (21个/108个)和37.0% (85个/230个)。有关现生膜翅目新种发表情况, 在洲级地理单元中, 亚洲发表新种数量最多, 约占56.9% (538个); 在洲级地理亚单元中, 东亚发表新种数量最多, 约占28.6% (271个); 在国家和地区行政单元中, 中国发表新种数量最多, 约占24.3% (230个)。在76种期刊的355篇论文中, 有348篇英文论文、4篇中文论文和3篇法语论文。这些结果表明, 中国膜翅目分类在全球膜翅目分类中发挥着十分重要的作用。     

世界维管植物新分类群2021年年度报告

2021年全球共发表维管植物新分类群2,219个, 包括新亚科1个、新族7个、新亚族7个、新属68个、新亚属7个、新组15个、新亚组8个、新系10个、新种1,979个、新亚种46个、新变种59个和新变型12个; 这些新分类群隶属于185科881属, 兰科、菊科和茜草科是本年度最受关注的类群。2,219个维管植物新分类群由来自全球的1,942位学者发表在165个期刊和14部专著中, 其中有42位作者发表了11个以上的新分类群。值得关注的是, Phytotaxa和PhytoKeys是2021年发表维管植物新分类群的主要期刊, 分别发表586个和112个。本年度发表的2,096个新种及种下单元中, 被子植物门1,940个、蕨类植物门147个、裸子植物门9个, 其中兰科植物最多, 共227个。2021年发表的新种及种下单元来自世界115个国家和地区。亚洲和南美洲是新种及种下单元发现的热点地区, 分别发现837个和571个。中国、巴西和马达加斯加是2021年贡献维管植物新种及种下单元最多的前3个国家, 分别发现283、269和169个。考虑到在2021年2月1日之后IPNI对2020年发表的维管植物新种增加了797个, 我们估计在2022年4月16日之后, 各数据库中2021年发表的新种及种下单元会增加700个左右。这将使2021年发表的新种(和种下分类群)数量增加到大约2,800个, 这与2001年以来每年发表的维管植物新种数量相当。     

中国鳞翅目新物种2020年度报告

本文总结了2020年国内外学者发表的中国鳞翅目新分类单元的情况。经过统计, 2020年中国共发表鳞翅目新分类群196个, 其中新属1个, 新种190个, 新亚种5个; 发表国家级新记录71个; 发表新组合55个; 将11个名称处理为9个名称的异名; 新种(亚种)分别隶属于23个科。海南和云南两省发表的新物种数明显高于其他地区, 占全国新物种发表总数的2/5; 新记录种发表最多的地区为云南, 占全国新记录种总数的约1/2。整体来看, 我国南方新物种和新记录种发表数量明显高于北方。     

中国植物新分类群、新名称2020年度报告

2020年中国共发表高等植物新分类群359个, 其中新属21个、新种312个、新亚种6个、新变种14个、新变型6个; 发表新组合(等级) 217个, 新名称11个; 发表国家级新记录48个; 将85个名称处理为65个名称的异名; 对14个名称进行了应用订正; 新指定后选(新)模式物种147个; 还新发现多年未曾发现的物种2个, 排除物种分布3个。新发表的物种中, 苔类植物门有3个、藓类植物门3个、蕨类植物门6个、裸子植物门1个新杂交种、被子植物门299个。这些新物种中, 有86个发表的同时提供了详细的分子证据, 78个在发表时就依据IUCN标准被评估处于受威胁的状态。云南、西藏、广西和四川等西南4省区发表新物种最多, 占全国新物种发表总数的2/3; 新物种发现密度最高的省级行政单位是云南、海南、台湾、广西和浙江等省区; 墨脱县是新物种发现数量最多的县级行政单位。2020年中国高等植物净新增294个分类群, 占全国总数的0.79%, 313个高等植物名称发生变动, 占全国总数的0.84%。     

中国半翅目等29目昆虫新分类单元2021年年度报告

本文以2021年度中国半翅目等29目昆虫(除昆虫纲鞘翅目、双翅目、鳞翅目、膜翅目之外的其他昆虫类群)发表的新分类单元为研究对象, 系统编汇了新分类单元信息、模式标本名录与文献目录, 并分析了描述新种的热点地区、模式标本存放情况以及发表期刊的特点等。2021年度中国半翅目等29目昆虫描述了新属35个, 新物种386个以及1个新种下分类单元, 共计422个新分类单元; 基于对新物种在省级行政区分布的分析, 新物种发现的热点地区分布于中国西南(云南、贵州以及四川等)及其邻近地区(广西和西藏等), 而以200 km × 200 km栅格为操作单位, 新物种发现的热点地区主要集中在山地地区。395位研究者参与了本年度新分类单元命名和描述工作, 相关结果发表在28种期刊上, 共205篇文章。本研究及时更新了2021年度中国半翅目等29目昆虫的生物多样性基础数据, 对于加快建设数据共享平台、支撑生物多样性保护和管理, 以及保障国门生物安全等具有重要的作用。     

2020-2021年世界甲螨亚目新分类单元和近15年中国发表新种概况——纪念中国甲螨学开创100周年

甲螨是土壤动物主要的三大类群之一, 数量庞大且种类丰富。截至2020年, 中国已报道的甲螨仅占世界所有已知甲螨种类的7.6%, 这与我国已知甲螨种类真实物种状况仍有较大的差距。值此中国甲螨学开创100周年之际, 本研究以甲螨亚目为研究对象, 分别基于世界2020-2021年度和中国2007-2021年度发表的分类学文献资料, 编制了世界新增分类单元名录和近15年中国发表甲螨新种名录, 分析了新分类单元的地理分布、学者贡献和出版刊物情况。研究结果表明, 2020-2021年, 世界甲螨亚目共描述238个新分类单元, 包括新属及新亚属21个, 新种217个; 新分类单元发表的热点地区在埃塞俄比亚界、东洋界和新热带界; 描述的新分类单元由27位作者所贡献, 其中外国学者贡献占比高; 论文均发表在国外期刊上, Systematic and Applied Acarology是新分类单元发表的主要期刊。2007-2021年, 中国发表甲螨亚目新种183个, 无新科和新属发表; 新种发表的热点地区在华南区和西南区; 描述的新种由24位作者所贡献, 中国学者占主要贡献; 论文多发表在国外期刊上, Systematic and Applied Acarology和Zootaxa是新分类单元发表的主要期刊。基于以上结果, 本文认为目前从事甲螨分类学研究的学者相对较少, 发表的新分类单元在类群分布和区域分布上均表现出极不均衡的现象。传统分类学未来的发展将面临机遇和挑战。     

《中国真菌志》50年编研成果及展望

历经几代真菌人的艰苦奋斗,《中国真菌志》目前已出版65卷,其中子囊菌类有35卷、担子菌类26卷、接合菌类1卷、卵菌1卷、黏菌2卷;上述卷册记录923属9 228种及种下分类群。编研涉及大型和小型的类群、腐生菌、食药用菌、菌根真菌、作物和林木病原菌、捕食性真菌、虫生菌、菌生真菌以及毒菌等。编研过程中发现并发表了大量新分类群,丰富了对菌物物种多样性的认知。归纳已有成果,已立项卷册应加快编研和出版进度;资源调查与分类学研究需进一步加强,按分类群(专科、专属)继续开展编研工作,注重拟参编类群的前期研究积累;以下分类群值得在后续工作中予以关注：水霉目等部分卵菌、壶菌类、座囊菌纲部分类群、盘菌纲和锤舌菌纲中尚未参编的主要类群、伞菌纲中具有小型子实体的类群等。由于分类系统在不断更新和完善,已出版卷册中使用的部分名称和分类地位的处理需依据被大多数学者所公认的分类系统给予适时的订正。期待建设一支继往开来的菌物分类学研究队伍,不断取得令世人瞩目的编研成果,为我国菌物资源利用和物种保护提供科学依据。     

Development trends in taxonomy,with special reference to fungi

Taxonomy is a traditional subject, but it still receives attention and has become a topic of much discussion in recent years. Many of these discussions have raised concerns about the future of taxonomy, especially with regard to the workforce responsible for the discovery of new species in the context of declining biodiversity. Previous discussions were based on the taxonomic data of plants and animals, but the status of fungal taxonomy has not been mentioned. Fungi have one of the highest levels of biodiversity among all living organisms, second only to insects. The discussion of the future of taxonomy without the inclusion of fungal data is incomplete. Here, we present the results of analyses based on all new fungal taxa published since 1753. Fungal taxonomy is an ever‐growing area of study with increasing numbers of new taxa being described and growing numbers of fungal taxonomists. Compared with plants and most animal groups, there has been a much sharper increase in the rate at which new fungal taxa are being described. Furthermore, the number of taxonomists studying fungi has increased at a faster speed than those studying plants or animals. This indicates that fungal taxonomy is a prosperous subject and a dynamic area for scientific studies, and that it deserves much more attention and support. The study of fungal taxonomy will deepen our understanding of the biodiversity of our planet.     

Defining individual size in the model filamentous fungus Neurospora crassa

It is challenging to apply the tenets of individuality to filamentous fungi: a fungal mycelium can contain millions of genetically diverse but totipotent nuclei, each capable of founding new mycelia. Moreover, a single mycelium can potentially stretch over kilometres, and it is unlikely that its distant parts share resources or have the same fitness. Here, we directly measure how a single mycelium of the model ascomycete Neurospora crassa is patterned into reproductive units (RUs), meaning subpopulations of nuclei that propagate together as spores, and function as reproductive individuals. The density of RUs is sensitive to the geometry of growth; we detected 50-fold smaller RUs when mycelia had expanding frontiers than when they were constrained to grow in one direction only. RUs fragmented further when the mycelial network was perturbed. In mycelia with expanding frontiers, RU composition was strongly influenced by the distribution of genotypes early in development. Our results provide a concept of fungal individuality that is directly connected to reproductive potential, and therefore to theories of how fungal individuals adapt and evolve over time. Our data show that the size of reproductive individuals is a dynamic and environment-dependent property, even within apparently totally connected fungal mycelia.     

Phylogenomics reveal a robust fungal tree of life

Our understanding of the tree of life (TOL) is still fragmentary. Until recently, molecular phylogeneticists have built trees based on ribosomal RNA sequences and selected protein sequences, which, however, usually suffered from lack of support for the deeper branches and inconsistencies probably due to limited subsampling of the entire genome. Now, phylogenetic hypotheses can be based on the analysis of full genomes. We used available complete genome data as well as the eukaryote orthologous group (KOG) proteins to reconstruct with confidence basal branches of the fungal TOL. Phylogenetic analysis of a core of 531 KOGs shared among 21 fungal genomes, three animal genomes and one plant genome showed a single tree with high support resulting from four different methods of phylogenetic reconstruction. The single tree that we inferred from our dataset showed excellent nodal support for each branch, suggesting that it reflects the true phylogenetic relationships of the species involved.     

Fungal evolution: major ecological adaptations and evolutionary transitions

Fungi are a highly diverse group of heterotrophic eukaryotes characterized by the absence of phagotrophy and the presence of a chitinous cell wall. While unicellular fungi are far from rare, part of the evolutionary success of the group resides in their ability to grow indefinitely as a cylindrical multinucleated cell (hypha). Armed with these morphological traits and with an extremely high metabolical diversity, fungi have conquered numerous ecological niches and have shaped a whole world of interactions with other living organisms. Herein we survey the main evolutionary and ecological processes that have guided fungal diversity. We will first review the ecology and evolution of the zoosporic lineages and the process of terrestrialization, as one of the major evolutionary transitions in this kingdom. Several plausible scenarios have been proposed for fungal terrestralization and we here propose a new scenario, which considers icy environments as a transitory niche between water and emerged land. We then focus on exploring the main ecological relationships of Fungi with other organisms (other fungi, protozoans, animals and plants), as well as the origin of adaptations to certain specialized ecological niches within the group (lichens, black fungi and yeasts). Throughout this review we use an evolutionary and comparative‐genomics perspective to understand fungal ecological diversity. Finally, we highlight the importance of genome‐enabled inferences to envision plausible narratives and scenarios for important transitions.     

真菌系统学大趋势：越来越多的分类单元

分子生物学技术与真菌系统学的有机融合,为真菌分类和系统发育研究带来了革命性的变化。最近20年来,真菌学家们建立了大量的新目、新科、新属和新种,掀开了真菌多样性及其起源进化研究的新纪元,但很多重要的系统发育问题仍没有解决,特别是大量目间、科间的亲缘关系并不清楚。细分是真菌系统学的主流趋势,野生食用菌和毒蘑菇的分类也是如此,近年涌现了越来越多的新分类单元,如在2010-2019年的10年间,中国发表大型真菌（含地衣）新种1 240余个。本专刊收载的15篇论文是对我国野生食用菌和毒蘑菇研究工作的部分总结,对真菌资源利用、毒蘑菇中毒预防与治疗具有较重要的科学意义和应用价值。     

A new fungal pathogen of the scavenger mite,Tydeus gloveri

A new fungal pathogen, Hirsutella tydeicola, was found causing epizootics in populations of the scavenger mite, Tydeus gloveri, during the summer of 1979 and 1980 on citrus in Florida. The fungus is described in association with its host using light and scanning electron microscopy. H. tydeicola is compared with a closely related species, H. thompsonii, a coexisting pathogen of the citrus rust mite. All attempts to isolate the fungus on various agar media failed.     

病原真菌中潜在的铁死亡通路：功能与研究展望

铁死亡是一种铁离子参与、使细胞内脂质过氧化物积累到致死水平的新型程序性细胞死亡形式。目前,铁死亡的作用与机制在动物细胞已广泛、深入研究,而真菌铁死亡研究才刚刚起步。本综述旨在探讨铁离子稳态调控因子、膜脂抗氧化系统及脂质过氧化酶促系统这3种已知的铁死亡调控途径,列举它们在真菌中的同源蛋白的生物学功能。我们推测,病原真菌细胞铁死亡也许广泛参与其生长发育和致病性方面的调控,铁死亡调控通路有可能成为真菌病害防控的新的潜在靶标。