生物多样性数据论文发表趋势分析

近年来有关科学数据共享的呼声越来越高, 基于同行评审的生物多样性数据论文也受到越来越多的关注, 并出现了一些专门发表数据论文的数据期刊。本文总结了近年来生物多样性数据发表方面的进展, 选择两本代表性数据期刊(Biodiversity Data Journal和Scientific Data), 分析了它们自创刊以来的发文数量、涉及生物类群、文章浏览量和被引次数等指标。结果显示两本数据期刊的发文量都呈稳步增长趋势, 其生物多样性数据论文覆盖了包括动物界、植物界、真菌界在内的众多生物类群, 文章浏览量和被引次数方面也有可喜的表现, 说明数据论文正在被越来越多的研究者所接受。对文章作者国别的分析则显示了不同地区的研究者在发表生物多样性数据论文或数据共享方面的不均衡。建议相关领域的中国研究者和期刊关注生物多样性数据论文和数据共享政策, 更多地践行数据共享。     

生物多样性数据集成模式初探

本文以生物多样性研究发展现状的分析为基础,为生物多样性保护政策的制定提供可靠的数据支持为目标,通过对国内外几个著名的生物多样性数据库建设情况的分析,从相关学者的需求出发,提出了设计一个多层次多角度并带有一定人工智能的生物多样性集成数据库的构想。该系统基于都柏林核心(Dublin Core)的数据规范,并符合基于开放文献预研的元数据互操作协议(The Open Archixles Initiative Protocol for Metadata Hatvesting,OAIPMH)的标准,是一个集文字、图件、图片、声音、影像为一体的,能够在网上和硬件载体(如光盘)上同时进行发布的分布式数据库平台。其网上数据库系统的子系统之间以及子系统和硬件载体之间可以通过元数据获取的开放档案倡议协议互相交换数据。     

生物多样性数据共享和发表: 进展和建议

生物多样性研究、保护实践、自然资源管理及科学决策等越来越依赖于大量数据的共享和整合。虽然关于数据共享的呼吁和实践越来越多, 但很多科学家仍然主动或被动地拒绝共享数据。关于数据共享, 现实中存在一些认知和技术上的障碍, 比如科学家不愿意共享数据, 担心同行竞争, 认为缺少足够的回报, 不熟悉相关数据保存机构, 缺少简便的数据提交工具, 没有足够时间和经费等。解决这些问题及改善共享文化的关键在于使共享者获得适当的回报(比如数据引用)。基于同行评审的数据发表被认为不但能够为生产、管理和共享数据的科学家提供一种激励机制, 并且能够有效地促进数据再利用。因而, 数据发表作为数据共享的方式之一, 近来引起了较多关注, 在生物多样性领域出现了专门发表数据论文的期刊。在采取数据论文的模式上, 数据保存机构和科技期刊采用联合数据政策在促进数据共享方面可能更具可行性。本文总结了数据共享和发表方面的进展, 讨论了数据论文能在何种程度上促进数据共享, 以及数据共享和数据发表的关系等问题, 提出如下建议: (1)个体科学家应努力践行数据共享; (2)使用DOI号解决数据所有权和数据引用的问题; (3)科技期刊和数据保存机构联合采用更加合理和严格的数据保存政策; (4)资助机构和研究单位应当在数据共享中起到更重要的作用。     

松嫩草地草本植物生物多样性:物种多样性和功能群多样性

生物多样性对生态系统功能有重要的影响。作为生物多样性研究的重要方面,物种多样性和功能群多样性引起了生态学者的广泛关注。目前,有关松嫩草地的生物多样性一直缺乏全面而系统的研究。本研究通过对松嫩草地42种植物群落(涉及427个物种)的调查,全面探究了松嫩草地草本植物的生物多样性。从整体上看,松嫩草地主要以禾本科、菊科、豆科植物为主。松嫩草地优势种地上生物量在群落中占绝对优势,其地上生物量与群落地上生物量之间呈极显著正相关(R2=0.904)。不同群落之间物种多样性指数差异很大,其中最主要群落——羊草群落物种丰富度指数(2.6)最小。同时,松嫩草地不同功能群多样性指数之间差异明显,C4禾草为优势种的群落功能群多样性指数明显高于C3禾草为优势种的群落。松嫩草地功能群多样性与物种多样性之间呈极显著正相关(P0.01),功能群多样性在一定程度上能够指示松嫩草地生态系统的生物多样性。     

人类健康和生物多样性

1　人类健康和生物多样性之间的关系当前 ,科学家们开始关注人类健康和其他物种健康之间关系。本文拟介绍植物、动物和微生物支持人类健康的一些方式 ,以及生物多样性提供的“生态系统服务”,这一“生态系统服务”使所有生命 ,包括人类能够生存于地球上。随着物种的继续灭绝 ,在今后几十年里了解它们之间的联系对任何关注健康的人将变得越来越重要。1.1　潜在的医药　正在失去的植物、动物和微生物 ,可能大多数还没有被发现但却可以作为有价值的新医药。只有约 15 0万种物种已被记录 ,但科学家认为物种数目应是已做记录物种数目的 10倍甚至…     

生物分类和多样性保护

生物分类是生物学领域最基础的研究工作,生物多样性是当前生命科学研究热点之一。概述了生物分类思想的历史发展,探讨了基因组多样性研究中的伦理问题。     

生物多样性和生态系统稳定性

生物多样性和生态系统稳定性黄建辉,韩兴国（中国科学院植物研究所,北京１０００４４）１引言自从ＭａｃＡｒｔｈｕｒ［１］和Ｅｌｔｏｎ［２］分别在本世纪五十年代提出了多样性一稳定性理论以后,对多样性一稳定性的关系问题展开了激烈的争论。最初,为了简便起见,有...     

中国生物多样性保护优先区域生物多样性调查和评估方法

我国高度重视生物多样性保护,而开展本底调查是生物多样性保护的基础。但以往研究对苔藓、生物多样性相关传统知识等关注不够,而且调查大部分集中在生物多样性丰富区域。随着我国社会经济的快速发展,全国土地利用格局和生态环境发生了巨大变化,已有的部分调查成果数据与实际情况不符,难以满足我国生物多样性保护管理需求,因此亟待组织开展全国生物多样性调查与评估工作。在整理历史和现有生物多样性调查技术的基础上,推荐采用网格法开展全国生物多样性调查,按照10 km×10 km分辨率,将全国划分为97109个调查网格;制定了陆生高等植物、植被、陆生哺乳动物、鸟类、两栖类和爬行类、昆虫、大型真菌、内陆鱼类、内陆浮游生物、内陆大型底栖无脊椎动物、内陆周丛藻类以及生物多样性相关传统知识12个类群县域生物多样性调查评估技术规定;建立了全国统一、动态更新、信息共享的生物多样性数据库和信息化管理平台。从调查内容规范、评估指标体系和技术要求等方面探讨了陆域生态系统与物种调查、重点河流水生生物调查、重点物种调查、生物多样性相关传统知识调查技术方法,并构建生物多样性综合评估指标体系,规范了生物多样性保护优先区域生物多样性调查和评估。技术方法在横断山南、武陵山、太行山、西双版纳等生物多样性保护优先区域得到应用,同时北京、江苏、浙江和湖北等省份和祁连山、武夷山等区域也采用该技术体系开展调查,网格法得到逐步推广,并获得大量的生物多样性基础数据,为我国生物多样性保护和可持续利用、生物多样性公约履约等提供了基础数据。     

Biodiversity informatics: managing and applying primary biodiversity data

Recently, advances in information technology and an increased willingness to share primary biodiversity data are enabling unprecedented access to it. By combining presences of species data with electronic cartography via a number of algorithms, estimating niches of species and their areas of distribution becomes feasible at resolutions one to three orders of magnitude higher than it was possible a few years ago. Some examples of the power of that technique are presented. For the method to work, limitations such as lack of high-quality taxonomic determination, precise georeferencing of the data and availability of high-quality and updated taxonomic treatments of the groups must be overcome. These are discussed, together with comments on the potential of these biodiversity informatics techniques not only for fundamental studies but also as a way for developing countries to apply state of the art bioinformatic methods and large quantities of data, in practical ways, to tackle issues of biodiversity management.     

Data sharing across biobanks: epistemic values,data mutability and data incommensurability

Despite the centrality of epistemic issues in biobank knowledge generation, there is currently a lacuna in research addressing the epistemic assumptions of biobank science and data sharing. The article addresses this lacuna. Using the insights of philosophical and sociological analysis, we examine standardization and harmonization and central challenges biobank data-sharing faces. We defend two central epistemic values, namely “spatial and temporal translatability” and “epistemic adequacy” which foster effective biobank knowledge generation. The first refers to the way in which biobank data need to be re-usable and re-purposable by bioscience researchers who did not create them. Given the perennial issues of data mutability and incommensurability, we also propose “epistemic adequacy.” In uncovering the social and epistemic foundations of biobank science, we emphasize issues essential for achieving effective and transparent biobank practice and productive communication and engagement with the public about the nature, potential and limits of biobanks.     

中国生物多样性数据管理能力建设

首次生物多样性信息机构调查的结果表明,在103个国家级机构中,共贮存生物多样性数据集160个,其中物种信息最丰富。在人力资源方面,大学本科以上人员约占职工总数的1/4,其中博士、硕士、大学本科比例为1∶3∶7。在技术资源方面,PC机占计算机总数的86％,XBASE软件得到普遍使用,计算机网络化能力较弱。在资金资源方面,满足程度仅为20%～30％。 通过对现状的分析,作者认为数据管理的机构和机制建设在生物多样性数据管理中具有独特的作用。