肥胖与肠道菌群相关性的研究热点、前沿和演变路径可视化分析

目的 了解肥胖与肠道菌群相关性文献的科研合作网络特征、研究热点和前沿及其演变历史等,为后续研究提供参考依据.方法 以“obesity”和“gut microbiota”为主题词,基于Web of Science数据库的检索结果,利用VOSviewer和CiteSpace软件对国际肥胖与肠道菌群类研究领域文献进行计量学和...     

生物多样性相关传统知识研究热点与前沿的可视化分析

传统知识研究目前已经成为生物多样性保护研究的热点领域, 并对生态系统服务管理、社区可持续发展等领域产生了重要影响。本文以Web of Science (WoS)数据库为数据源, 应用WoS自带的统计分析功能和可视化分析软件CiteSpace III, 采用关键词共现分析、突现词分析、文献共被引分析等方法对传统知识的研究态势、研究热点以及知识演进进行系统分析。研究发现, 传统知识研究的文献数量呈逐年上升趋势; 中国科学院、墨西哥国立自治大学、印度农业研究理事会、加州大学系统等研究机构在该领域表现出较强的科研实力; 非洲、南美洲的巴西、玻利维亚以及亚洲的印度等地区为传统知识研究的热点区域; Albuquerque UP、Singh R、薛达元在该领域发表的学术论文最多; Berkes F、Drew JA、Gómez-Baggethun E等学者发表的论文为该领域知识基础的构建及相关研究的推进奠定了坚实的基础。与生物资源管理、生物多样性保护、生态系统服务和人类福祉、政策管理等相关的传统知识研究是未来该领域的重要方向。     

基于文献计量的基因组编辑技术发展态势分析

近年来,以CRISPR为代表的基因组编辑技术发展迅速,围绕该技术的一系列基础和应用研究成为全球研究热点。利用Web of Science信息检索平台中的SCI-Expanded来源数据库和CiteSpace分析软件,采用文献统计、共被引分析和关键词共现分析等文献计量方法,对基因组编辑技术研究态势进行分析,为相关研究提供参考。     

基于CiteSpace软件的丛枝菌根真菌近30年研究态势分析

丛枝菌根(arbuscular mycorrhizal,AM)真菌为植物专性共生真菌,可与大多数陆生植物共生,在植物养分吸收、抵御不良环境、维持生态平衡和植物多样性等方面具有重要作用。为了解AM真菌研究发展现状,本文运用CiteSpace软件,对1990–2020年Web of Science和CNKI数据库中的关键词、文献所属国家、机构、期刊、核心文献与作者进行可视化分析。结果表明,该领域发文量不断增长,其中美国发文量和中心度最高,中国发文量位居第二。国际研究机构中,西班牙高等学术研究委员会中心度最高,中国科学院发文量最高。通过对核心文献共被引和关键词突现及聚类分析发现,AM真菌研究领域不断拓展,研究深度不断增加。20世纪90年代开始,以新种描述、分类系统不断完善及培养技术改进为主;在各地菌种资源库逐步建立后,接种实验及效果评价相关研究逐渐增加;近年来环境变化的加剧使得重金属、干旱与盐胁迫以及植物修复等成为突现词。AM真菌共生的分子机理及与其他微生物的相互作用机制也成为当前研究热点。     

基于CiteSpace分析铜绿假单胞菌耐药性研究热点与趋势

【背景】铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)是临床引发感染的主要病原菌之一,对多种抗菌药物均有耐药性,临床治疗难度大,对该病原菌耐药性的研究一直备受关注。【目的】基于CiteSpace可视化功能,探究铜绿假单胞菌耐药性研究现状、热点与发展趋势。【方法】利用文献计量分析法,以2014–2021年中国知网(CNKI)、万方数据库(Wanfang)、Web of Science (WoS)共8 996篇铜绿假单胞菌耐药性的中英文文献为分析样本,运用Citespace软件对文献发文量、作者合作网络、国家和机构合作网络、文献共被引及期刊分析、关键词聚类、突现等方面进行分析,以探究该研究主题的研究热点及趋势。【结果】英文文献发文量增长速度高于中文文献;我国文献发文量仅次于美国、印度,在该领域科研成果贡献度较高,国际学术影响力较大;中英文文献中均对院内感染疾病和耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌持高关注度。然而,中文文献较关注铜绿假单胞菌耐药性的临床防治问题,英文文献则较关注铜绿假单胞菌耐药性的基础研究。【结论】国内外铜绿假单胞菌耐药性研究对院内感染疾病及新型耐药菌的产生与防治关注度最高,暗示以上研究主题是该领域的研究热点与趋势。     

乡村生态景观生物多样性研究热点和趋势——基于文献计量研究

乡村生态景观生物多样性是全球生物多样性的重要组成部分,是乡村景观构建、评价和乡村宜居发展的重要保障。以Web of Science中1990-2020年522篇相关文献为研究对象,运用文献计量工具CiteSpace绘制文献共被引和关键词共现网络知识图谱,重点考察转折点、高突现及高被引文献,理清乡村生态景观生物多样性研究的发展脉络、热点与趋势。研究发现:(1)乡村生态景观生物多样性研究的发展可分3阶段,即萌芽期(1993-2002年),该期为乡村生态景观生物多样性研究指引了方向,提出了城市化对乡村生物多样性的影响;蓄势期(2003-2010年),该期以Hansen在2005年发表的探究生物多样性对景观变化的响应机制文章为节点,重点研究如何可持续地进行乡村生态景观生物多样性的恢复与保护;发展期(2011-2020年),突现性文献为2014年Beilin发表的文章,研究重点转向社会生态系统,即从生态、经济和社会多维度出发研究乡村生态景观生物多样性;(2)乡村生态景观生物多样性研究主线变化从大量的案例研究,到城市化对乡村生态景观生物多样性影响的理论归纳,再到将理论用于实践并持续保护乡村生态景观生物多样性;(3)乡村生态景观生物多样性研究热点变化从城市化对乡村生态景观生物多样性的影响,到乡村可持续发展,再到保证人类可持续生计。未来应加强以下工作:(1)研究和建立适用于不同乡村生态景观建设的规划体系;(2)研究和创新乡村生态景观生态系统多样性的维护技术;(3)研究和构建乡村生态景观生物多样性的监控预警机制。最终的研究目标均指向如何将乡村生态景观生物多样性更好地服务于人类社会。     

阴道菌群研究的文献计量学与可视化分析

目的 通过文献计量学方法分析阴道菌群相关领域研究的历史进程、现状与前景,探求其知识演进和发展趋势。方法 以Web of Science核心合集数据库为检索平台,检索2002年至2021年阴道菌群领域相关文献,将搜索到的文献导入文献计量工具CiteSpace V5.8.R3和VOSviewer 1.16.18软件,通过生成网络地图可视化分析文献数据的作者、期刊、国家/地区、研究机构、参考文献和关键词等指标中的特征,解析研究的知识基础与前沿热点。结果 共纳入1 783篇阴道菌群相关领域的研究文献,文献数量随年份推移呈波动上升趋势,美国为主要研究国家,在该研究领域居主导地位,美国华盛顿大学可被视为该研究领域的国际性学术中心。Jacques Ravel教授是最大发文量作者,American Journal of Obstetrics and Gynecology为最高被引期刊,研究的热点主题围绕细菌性阴道病、妊娠期并发症、菌群母婴播种和定植及菌群检测技术等展开。阴道菌群调节炎症反应的内在机制可能是下一步的研究方向。结论 阴道菌群的研究现处于快速上升期,研究范围逐渐扩大,研究水平不断深入,靶向阴...     

基于Citespace知识图谱分析国际城市生物多样性研究

生物多样性保护一直是城市生态学与风景园林学的重要议题。以Web of Science核心数据库收录的近二十几年(1999—2020)的城市生物多样性文献为研究对象,利用文献计量分析与可视化知识图谱分析方法,将检索并剔除重复后的770篇文献导入Citespace 5.7.R2中。进一步分析了其时间与期刊分布,学科与研究方向分布,及国家与机构合作分布等基本特征;进行了外文文献中城市生物多样性的文献共被引分析与共现知识图谱分析;并利用关键词共现分析了其研究热点;突现词突发性探测算法分析了其研究前沿,包括四大方向：城市化对生物同质与物种丰富度的影响;城市绿地管理与生物多样性保护;城市生物多样性保护的关键因素;提高公众的保护意识与参与性。以期为相关科研工作者与我国城市生物多样性相关研究提供参考与借鉴。     

基于CiteSpace文献计量法的基因组学研究文献可视化图谱分析

本研究从文献计量学角度对比中外基因组学领域的研究情况,为我国该领域研究提供参考。通过检索Web of Science核心合集及CNKI数据库中于1985年1月1日至2016年4月30日国内外发表的基因组学相关文献,利用文献计量可视化软件Cite Space 4.0.R5 SE对文献进行发文量分析、作者合作网络分析、研究机构合作网络分析、国家合作网络分析、关键词共现分析及文献共被引分析。国内外基因组学研究的发文量总体呈现上升趋势。发文量最多的三个国家依次为美国、英国和中国。美国在基因组学领域已形成了颇具规模的核心机构,我国基因组学的主要研究机构为中科院。中外文文献发文量最多的研究者分别为刘家强、Zhang。国外各研究机构间、作者间的合作关系强于国内。文献中突现和共现的关键词主要有药物基因组学、功能基因组学、比较基因组学、蛋白质组学等。文献共被引分析中,中心性最高的文献为(Yang,2007),被引频次最高的文献为(Lander,2001),突现值最高的文献为(Altschul,1997)。通过文献计量分析和可视化分析可见,我国在基因组学方面的发文量较多,但研究者之间、研究机构之间的合作较少,因此我国在加强基因组学研究力度的同时,还应鼓励各研究机构间的合作与交流,紧紧把握该领域研究的前沿与热点,以促进我国基因组学研究向更多元化、更深层化的方向迈进。     

肿瘤免疫治疗文献计量及研究热点分析

自2013年美国《科学》杂志将"肿瘤免疫治疗"评为重大科学突破以来,肿瘤免疫治疗的热度不断攀升,已成为科学界和产业界的关注热点。基于Web of Science核心合集数据库,借助Cite Space、Vos Viewer等分析软件,采用文献统计、关键词共现聚类分析、共被引分析等文献计量方法,对肿瘤免疫治疗领域文献的分布特征、核心引文、研究热点和研究态势进行分析,为相关研究提供参考。     

基于CiteSpace的EwE模型文献计量学与可视化分析

为探究EwE(Ecopath with Ecosim)模型的历史演变和应用现状,本文通过Web of Science主题检索和引文链接法获得1984—2020年间的研究文献构成核心数据集和扩展数据集,并以此为数据源,从论文分布、研究力量、研究主题、热点演化等方面进行科学文献计量分析,利用CiteSpace软件绘制相关图谱。结果表明: EwE模型的系列研究成果产出总体呈上升态势,且广泛分布于多学科交叉领域, Christensen、Walters、Pauly等学者在模型应用和国际合作中起到重要推动作用。过去,EwE模型通过建立功能组间的营养关系,主要用于解决生态系统结构和功能的时空变化、捕捞对生态系统影响等问题。当前,研究主题聚焦于海洋资源管理、生态系统模拟、海洋保护区、生态系统指标等重点群组。研究热点从模型开发和食物网结构向生态系统预测和资源管理研究演变,从而为基于生态系统的水域资源管理和海洋保护区建设等提供科学依据。     

Using azobenzene incorporated DNA aptamers to probe molecular binding interactions

The rational design of DNA/RNA aptamers for use as molecular probes depends on a clear understanding of their structural elements in relation to target-aptamer binding interactions. We present a simple method to create aptamer probes that can occupy two different structural states. Then, based on the difference in binding affinity between these states, target-aptamer binding interactions can be elucidated. The basis of our two-state system comes from the incorporation of azobenzene within the DNA strand. Azobenzene can be used to photoregulate the melting of DNA-duplex structures. When incorporated into aptamers, the light-regulated conformational change of azobenzene can be used to analyze how aptamer secondary structure is involved in target binding. Azobenzene-modified aptamers showed no change in target selectivity, but showed differences in binding affinity as a function of the number, position, and conformation of azobenzene modifications. Aptamer probes that can change binding affinity on demand may have future uses in targeted drug delivery and photodynamic therapy.     

核酸适配体在靶向药物传递中的研究进展

抗癌药物的毒副作用限制了其临床应用,纳米药物载体可实现药物在病灶部位的聚集而不影响正常组织,从而降低药物毒副作用.在药物载体表面修饰靶向配体,以提高药物载体主动靶向进入到细胞的能力,可有效地将药物释放到靶细胞,大大提高药效.核酸适配体(aptamer)作为一种新型的靶向分子,近几年已被运用到靶向药物传递的研究中.本文介绍了几种适配体靶向载药体系,如适配体-药物、适配体-脂质体、适配体-聚合物胶束、适配体-聚合物纳米颗粒、适配体-金属颗粒以及适配体-支化聚合物等载药体系,并对当前研究的热点以及存在的问题和不足进行了评述.     

Aptamer selection and applications for breast cancer diagnostics and therapy

Aptamers are short non-coding, single-stranded oligonucleotides (RNA or DNA) developed through Systematic Evolution of Ligands by Exponential enrichment (SELEX) in vitro. Similar to antibodies, aptamers can bind to specific targets with high affinity, and are considered promising therapeutic agents as they have several advantages over antibodies, including high specificity, stability, and non-immunogenicity. Furthermore, aptamers can be produced at a low cost and easily modified, and are, therefore, called “chemical antibodies”. In the past years, a variety of aptamers specifically bound to both breast cancer biomarkers and cells had been selected. Besides, taking advantage of nanomaterials, there were a number of aptamer-nanomaterial conjugates been developed and widely investigated for diagnostics and targeted therapy of breast cancer. In this short review, we first present a systematical review of various aptamer selection methods. Then, various aptamer-based diagnostic and therapeutic strategies of breast cancer were provided. Finally, the current problems, challenges, and future perspectives in the field were thoroughly discussed.     

Chimeric aptamers in cancer cell-targeted drug delivery

Aptamers are single-stranded structured oligonucleotides (DNA or RNA) that can bind to a wide range of targets (“apatopes”) with high affinity and specificity. These nucleic acid ligands, generated from pools of random-sequence by an in vitro selection process referred to as systematic evolution of ligands by exponential enrichment (SELEX), have now been identified as excellent tools for chemical biology, therapeutic delivery, diagnosis, research, and monitoring therapy in real-time imaging. Today, aptamers represent an interesting class of modern pharmaceuticals which with their low immunogenic potential mimic extend many of the properties of monoclonal antibodies in diagnostics, research, and therapeutics. More recently, chimeric aptamer approach employing many different possible types of chimerization strategies has generated more stable and efficient chimeric aptamers with aptamer–aptamer, aptamer–nonaptamer biomacromolecules (siRNAs, proteins) and aptamer–nanoparticle chimeras. These chimeric aptamers when conjugated with various biomacromolecules like locked nucleic acid (LNA) to potentiate their stability, biodistribution, and targeting efficiency, have facilitated the accurate targeting in preclinical trials. We developed LNA-aptamer (anti-nucleolin and EpCAM) complexes which were loaded in iron-saturated bovine lactofeerin (Fe-blf)-coated dopamine modified surface of superparamagnetic iron oxide (Fe₃O₄) nanoparticles (SPIONs). This complex was used to deliver the specific aptamers in tumor cells in a co-culture model of normal and cancer cells. This review focuses on the chimeric aptamers, currently in development that are likely to find future practical applications in concert with other therapeutic molecules and modalities.     

综述与专论: 核酸适配体在分子医学中的应用

分子医学着眼于从疾病的分子层面出发,为个性化精准诊疗提供解决方案。然而,在众多疾病的诊疗中由于缺乏有力的分子识别工具,目前从分子水平上理解和研究疾病仍受到制约。核酸适配体是通过指数富集的配体系统进化（SELEX）技术在体外筛选得到的单链寡核苷酸,具有高选择性、高亲和力、易细胞内化、良好的组织渗透和快速的组织积累能力。近年来,由于其易合成、成本低、稳定性高且免疫原性低,核酸适配体作为分子工具应用于疾病的诊疗一体化受到广泛关注。本综述围绕分子医学中的核酸适配体,讨论了核酸适配体在疾病诊断中的应用,包括基于核酸适配体的肿瘤标志物发现、液体活检、分子成像。介绍了核酸适配体在癌症治疗中的应用包括基于核酸适配体的抑制剂、核酸适配体药物偶联物、纳米药物和核酸适配体介导的免疫治疗。最后对核酸适配体在临床诊疗和产业化面临的问题进行了讨论,包括基于应用场景的筛选方法、核酸适配体与靶标复合物结构、亲和力的机制以及核酸适配体在血液循环中的稳定性等方面。     

Trends in the Design and Development of Specific Aptamers Against Peptides and Proteins

Aptamers are single stranded oligonucleotides, comparable to monoclonal antibodies (mAbs) in selectivity and affinity and have significant strategic properties in design, development and applications more than mAbs. Ease of design and development, simple chemical modification and the attachment of functional groups, easily handling and more adaptability with analytical methods, small size and adaptation with nanostructures are the valuable characteristics of aptamers in comparison to large protein based ligands. Among a broad range of targets that their specific aptamers developed, proteins and peptides have significant position according to the number of related studies performed so far. Since proteins control many of important physiological and pathological incidents in the living organisms, particularly human beings and because of the benefits of aptamers in clinical and analytical applications, aptamer related technologies in the field of proteins and peptides are under progress, exclusively. Currently, there is only one FDA approved therapeutic aptamer in the pharmaceutical market, which is specific to vascular endothelial growth factor and is prescribed for age related macular degenerative disease. Additionally, there are several aptamers in the different phases of clinical trials. Almost all of these aptamers are specific to clinically important peptide or protein targets. In addition, the application of protein specific aptamers in the design and development of targeted drug delivery systems and diagnostic biosensors is another intersting field of aptamer technology. In this review, significant efforts related to development and applications of aptamer technologies in proteins and peptides sciences were considered to emphasis on the importance of aptamers in medicinal and clinical applications.     

Scientometric sorting by importance for literatures on life cycle assessments and some related methodological discussions

Purpose

This paper aims to sort the literatures on life cycle assessments (LCA) by their respective importance through citation and co-citation analysis and to further discuss the strengths and weaknesses of these kinds of scientometric methods in the case of LCA research.

Methods

CiteSpace II was used to generate document co-citation networks based on 3,824 articles retrieved from the ISI Web of Science database on this topic.

Results

Table 1 provides the top 50 highest cited documents in the LCA field. Here, we use two indicators, i.e., citation frequency in citation analysis and betweenness centrality metric in co-citation analysis, to measure the importance of these LCA literatures.

Conclusions

Citation and co-citation analysis are useful for environmental scientists and engineers to get a better understanding of the inner structure of LCA research. However, like all other research methods, this kind of analysis has some limitations. On the one hand, Scientometric studies and related software are very dependent on ISI Web of Science database, but considering the ISI Web of Science only began to track the LCA field fairly recently, the Scopus database would probably give a fuller picture. On the other hand, since the essence of scientometrics analysis is outsiders commenting insiders, so with only citation and co-citation analysis, to our understanding of the past, present, and future of LCA field, is insufficient.     

基于Web of Science的国际应用生态学研究进展

应用生态学是自然资源管理和生态环境保护最重要的科学技术工具之一.在当前自然资源短缺、环境污染严重、生态系统退化的严峻形势下,对国际应用生态学的理论基础、研究方法、研究热点进行分析,对夯实我国应用生态学的知识基础、指明研究方向、确定战略定位具有重要意义.本文基于文献计量学原理,借助CiteSpace、Carrot²等信息可视化软件,以Web of Science中1980—2018年国际应用生态学研究领域基于不同检索策略的两个文献数据集合为研究对象,从研究载体、研究力量及研究内容3个维度进行文献时空分布、核心研究力量、研究热点演进以及研究前沿及趋势分析,旨在揭示其学科发展轨迹、研究现状与发展趋势,以期为未来我国的应用生态学研究提供参考.