福建橄榄18S-26S rRNA及其ITS片段的克隆与序列分析

利用18S-26S rRNA基因及其ITS片段的PCR扩增、克隆及测序分析,对福建14个橄榄品种进行分子标记及遗传分类。序列分析结果表明:14个品种可分为4个类别,以1号品种为参照,3、4、6、7、8、9、11号品种的ITS1、ITS2和5.8S共634个碱基序列完全一致,与1号仅ITS2上有1个碱基差异,2号和1号品种的ITS1和5.8S序列完全一致,仅ITS2上有2个碱基差异,归为第一类;5号和14号的序列完全一致,与1号在ITS1和ITS2上各有1个碱基差异,归为第二类;10号和12号序列完全一致,与1号在ITS1上有2个碱基差异,归为第三类;13号品种5.8S的序列与1号相同,但在ITS1上有1个碱基差异,在ITS2上有24个碱基差异,归为第四类。使用DNAMAN软件建立的同源关系树说明了不同橄榄品种的变异程度。将橄榄18S-26S rRNA基因及其ITS序列登陆GenBank,登陆号:DQ517524。     

贵州桐梓何首乌rDNA ITS序列分析

以改进的CTAB法对何首乌总基因组DNA进行提取,采用通用引物对不同来源的何首乌rDNA ITS序列进行PCR扩增、测序和序列分析.结果表明,何首乌rDNA完全序列片段长度共约652 bp,其中ITS1的长度为202 bp,5.8S的长度为161 bp,ITS2长度为232 bp,与其近缘种ITS序列间存在明显差异.其rDNA ITS序列在分子水平上为鉴别何首乌提供了参考依据.     

山茱萸不同栽培品种的 rDNA ITS 序列分析

为测定山茱萸（Cornus officinalis Sieb.et.Zucc.）核糖体DNA的ITS序列,对山茱萸不同栽培品种进行了ITS序列分析。通过实验筛选出一对引物,进行PCR扩增,对扩增产物提取纯化,双脱氧链终止法DNA测序。然后,利用DNAssist Version 2.0软件加手工校正确定ITS1-5.8S-ITS2序列,并进行ITS序列分析。获得了山茱萸的ITS1-5.8S-ITS2完全序列,ITS1为253bp,5.8S为156bp,ITS2为273bp,总共682bp。7种果型的山茱萸其5.8S基因序列显示高度的一致性,圆柱形果型、长梨形果型、椭圆形果型和纺锤形果型的ITS区序列完全一致,短圆柱形果型在ITS1区3′端及ITS2区5′端各有1个变异位点;短梨形果型在ITS1区5′端有3个变异位点;长圆柱形果型在ITS1区有5个变异位点。结果表明,ITS序列在山茱萸种内比较保守,有的栽培品种之间有较小的差异,此研究为中药山茱萸分子鉴定提供了科学依据。     

浙江乐清铁皮石斛rDNA ITS序列的克隆及序列比对

为判断浙江乐清铁皮石斛(Zhejiang Dendrobium officinale)与石斛属(Dendrobium)其它物种的亲缘关系,本文提取了该石斛鲜样的DNA,利用真核生物ITS序列通用引物ITS4/ITS5进行了扩增,并将扩增产物连接转化至大肠杆菌,在对阳性克隆测序。将得到的序列与GenBank上我国石斛属12个组中34个种的rDNAITS进行了比对,并在此基础上构建了系统发育树。序列比对结果表明浙江乐清铁皮石斛的rDNAITS与黄石斛(D.tosaense)一致,其次与铁皮石斛(D.officinale)最相近,序列相似性99%。系统发育树也表明浙江乐清铁皮石斛的rDNAITS序列与黄石斛(D.tosaense)的相似程度高于其与铁皮石斛(D.officinale)的相似程度。本研究将为利用ITS序列鉴别石斛物种种属关系提供参考。     

应用5.8S rDNA及ITS区序列分析链格孢种级分类

对9个链格孢小孢子种和3个大孢子种共20个链格孢菌株的5.8S rDNA及其两侧的ITS1区和ITS2区进行了序列分析。聚类分析结果表明形态差异大的种可以明确加以区分,而供试的9个小孢子种之间差异很小,不能根据对所选区段的序列分析加以区分。传统分类上的滨菊链格孢不属于Alternaria, 其分类地位需进一步研究。     

不同产区太子参的rDNA ITS区序列的比较

使用1对引物18SPl和26SP2对采自14个产区的太子参[Pseudostellaria heterophylla(Miq．)Pax ex Pax et Hoffm．]进行ITS基因的PCR扩增和测序。序列分析结果表明,14个产区太子参的ITSl片段长度为219—222bp,ITS2片段长度为235～236bp,5．8S片段长度为155—157bp.除江苏宜兴,江苏句容马梗,江苏南京老鹰山和江苏溧阳等4个产区的ITS序列碱基完全一致外,其他10个产区的ITS序列则有不同的变异,碱基变异数目(包括5．8S编码区)为1—17个。使用UPGMA法重建系统发生树,从分子生物学角度说明了它们的变异程度,为利用ITS区序列的差异鉴别不同产区的太子参提供了依据。     

赤潮棕囊藻(Phaeocystis globosa)rDNA ITS区序列变异与二级结构分析

测定了南海球形棕囊藻香港株P1、P2和湛江株ZhJ1的rDNAITS区序列(含5.8srDNA),结合Gen Bank的13条同源序列,比对长度为904bp,变异位点271个,简约信息位点221个,平均(A+T)(34.5%)<(G+C)(65.4%).藻株P1、P2和ZhJ1序列存在变异位点20个,序列间相似性为97.9%～98.5%.ITS序列在种间和种内的解析度高于18srDNA和28srDNA基因;构建的NJ树、MP树、贝叶斯推断系统树的结构是一致的,不同种类的棕囊藻单独聚类,不同地理来源的球形棕囊藻混杂分布但相同地理来源的藻株多聚类在一起.RNA二级结构显示,不同藻种间5.8srDNA区结构基本一致,表现出属的特异性;ITS1、2区结构表现较大的种间差异,表明ITS区RNA二级结构可为棕囊藻分类鉴定提供有用的分子结构信息.     

不同群体毛蚶rDNA转录间隔区RFLP及序列分析

对3个地理种群毛蚶核糖体ITS区进行RFLP分析,并对其ITS-1端进行序列分析.未见ITS区具有限制性片段长度多态性,在ITS-1端564 bp的序列中多态位点为3.37%,表明毛蚶的遗传多样性很低,但3个群体的遗传多样性由高到低为塘沽、大连和宁波样本.依据564 bp序列构建的NJ聚类图显示大连和塘沽样本的亲缘关系相对较近.564 bp序列中C、G、A和T的含量平均分别为24.90%、26.89%、22.18%和26.09%.     

甘肃本地产当归、黄芪和大黄的rDNA ITS序列分析

本研究采用改良CTAB法分别提取18份甘肃本地产当归、黄芪和大黄基因组DNA,并用PCR分别扩增其ITS1-5.8S-ITS2序列、直接测序并作序列同源性比对分析。双向测序分析结果表明,甘肃6个不同产地当归rDNA的ITS1、5.8S和ITS2序列一致,片段长度分别为215bp、162bp和223bp;供试的黄芪ITS1、5.8S和ITS2序列分别为228bp、164bp和210bp;大黄ITS1、5.8S和ITS2序列分别为160bp、159bp和164bp。供试材料的ITS1-5.8S-ITS2核苷酸序列已提交GenBank。本研究为提供甘肃当归、黄芪和大黄指纹图谱鉴别的分子标记、其道地性药材的分子鉴定和品质评价提供参考。     

大血藤的rDNA ITS序列分析

采用PCR直接测序法,对大血藤科植物大血藤9个样品和单叶血藤1个样品进行nrDNA ITS序列测定和分析。研究结果发现大血藤和单叶血藤ITS的长度为634～635bp;其中ITS1为233bp,5.8S为163bp,ITS2的长度为238～239bp。以串果藤为外类群构建最大简约树,大血藤和单叶血藤的10个样品构成一个单系类群,并且得到了自展值100%的支持。根据大血藤在中国的分布情况,单叶血藤在陕西的出现,以及分子数据的分析结果,华中区系可能是大血藤的现代分布中心,而且大血藤分布呈华中区系、华东区系、西南区系地带性的分化。这种地带性分化,更多的跟其地理、气候、环境等协同进化有关。陕西宁陕县的大血藤和单叶血藤这两个样品,ITS长度均为635bp,核苷酸差异值只有0.0032。与其他样品相比,单叶血藤与大血藤(陕西)在ITS2的一个信息位点同时发生了颠换,并且都有碱基插入现象,表现出地理特异性。单叶血藤与大血藤其它9个样品的核苷酸差异值仅在0.32%～2.31%之间,远小于大多数被子植物属下种间的核苷酸差异值1.2%～10.2%。分子数据支持将单叶血藤合并到大血藤中去。     

梅PGIP基因的启动子克隆及生物信息学分析

根据梅PGIP基因(GenBank登录号:DQ364056.1)5′端序列设计特异反向引物,利用染色体步行法获得了该基因上游1 037 bp的启动子序列.启动子结构分析表明,梅PGIP基因启动子序列与中国李PGIP基因启动子显著相似,相似度达89%~96%,较中国李PGIP基因启动子多一个100 bp的区段,与水稻和豆的启动子序列均无Blast比对结果.转录调控元件预测结果表明,克隆序列与豆相应序列的保守区存在着能调控抗病基因转录的GT1结合位点.     

赵印泉1，2， 周斯建1， 彭培好1， 潘会堂2， 张启翔2*

以三轮玉蝶梅为材料,采用顶空-固相微萃取与气相色谱-质谱联用技术从5个开花阶段、24 h不同时段和花器官不同部位共鉴定了33种挥发性成分,其中苯基/苯丙烷类化合物占优,还有少量脂肪酸衍生物类和萜烯类化合物。三轮玉蝶梅花朵在不同开花阶段和24 h内不同时段释放的挥发性成分的种类、含量和出现频率有较大的差异。在不同开花阶段,苯基/苯丙烷类化合物数量从低-高-低的趋势,脂肪酸衍生物从低-高的趋势,萜烯类化合物从高-低的趋势;在24 h内不同时段,三类化合物释放的节律不同,苯基/苯丙烷类化合物、脂肪酸衍生物和萜烯类化合物分别在2:00、14:00和6:00达到最高,这表明梅花挥发物的释放具有多种调节模式。花器官不同部位挥发性成分的释放具有器官的特异性。     

四个青梅品种幼年树生长结果习性调查

对栽植在红壤丘陵地的大核青、横核、红面珠墩、鹅嗉等四个青梅品种三年生树的生长结果习性调查表明:大核青树冠扩大最快,横核和红面珠墩次之,鹅嗉最慢;短果枝占各类枝梢比率各品种分别为73.9%、70.2%、31.6%、48.5%;不完全花率各为9.3%、10.2%、8.3%和18.7%;每100朵花的花粉重量分别为86.1、84.2、73.8和64.2 mg;第一年结果的单株产量依次为7.25、1.75、0.90、和0.20 kg。     

梅花‘南京红须’F3'H全长基于gDNA的TAIL-PCR法克隆

根据从基因组DNA扩增到的梅花‘南京红须’类黄酮3’-羟化酶基因片段（469bp）设计3条嵌套的特异性引物．与6条短的随机简并引物组成的引物库分别用热不对称交错PCR法从‘南京红须’基因组DNA扩增该片段的5’和3’旁侧序列。获得的5’和3’旁侧序列分别长1443bp和1200bp。将两个旁侧序列在469bp片段的基础上拼接得到‘南京红须’全长为2lrl4bp的类黄酮3’-羟化酶基因,被命名为pmhxF3’H。序列分析表明：该基因与11条正式发表的、已递交到GenBank的类黄酮3’-羟化酶基因的eDNA序列在总体上有52．21％的一致性．具有3个内含子。其启动子含有1个“AGGA盒”、1个“GC盒”和3个“TATA盒”。这是首次用热不对称交错PCR法从木本植物的基因组DNA克隆到类黄酮3’-羟化酶基因。本研究将为梅花花色的分子生物学机理探索、花色的基因工程改良提供参考。     

山羊草属二倍体物种核rDNA ITS区序列及其系统发育关系分析

测定了山羊草属（Ａｅｇｉｌｏｐｓ）二倍物种核ｒＤＮＡ ＩＴＳ区序列,发现其碱基粉介于６０１－６０７之间,比报道的小ｒｉｕｃｅａｅ）其他属的ＩＴＳ区我略长,Ｇ＋Ｃ含量达６１．１％～６２．９％,序列间的分化距离为０．００５０～０．０４６８。用ＰＨＹＬＩＰ３．５ｅ软件包对所测得的ＤＮＡ数据进行聚类分析,结果显示：１．Ａｅ．ｓｐｅｌｔｏｉｄｅｓ与该组其他种相距很远,支持将其从Ｓｉｔｏｐｓｉｓ组中独立出来,     

不同居群栽培牡丹rDNAITS区序列分析及鉴别

对我国四个地区牡丹主要栽培品种rDNA ITS区序列进行测定,研究各居群rDNA ITS序列特征及差异,建立不同地区主要牡丹栽培品种的区域性分子标记,参照GeneBank信息(登录号:U27692)利用Clustal X、MEGA 3.1分子进化遗传分析软件对测序结果排序.牡丹ITS全序列长度为652 bp,相对于GenBank中牡丹rDNA ITS全序列在448位少一个C碱基,其中ITS1为267 bp,5.8 S为163 bp,ITS2为222 bp,GC含量为55.7%～56.9%,共有30个变异位点,主要发生在ITS1、ITS2区,5.8S区也存在多个位点的变异.牡丹rDNA ITS区序列特征(SNPs)可用于不同地区主要牡丹栽培品种的鉴别.     

中国苋属nrDNA的ITS序列分析及其系统学意义

运用ＰＣＲ直接测序法,对苋属（Ａｍａｒａｎｒｈｕｓ Ｌ．）１５个种及外类群鸡冠花（Ｃｅｌｏｓｉａ ｃｒｉｓｔａｔａ Ｌ．）ｎｒＤＮＡ的ＩＴＳ区（包括ＩＴＳ－１,５．８５ｒＤＮＡ和ＩＴＳ－２）进行序列测定。结果表明苋属植物的ＩＴＳ序列总长度为６２９－６３２ｂｐ,长度变异仅发生在ＩＴＳ－１区（２５０－２５３ｂｐ）。采用ＰＡＵＰ软件进行系统发育分析表明：分布于中国的苋属植物可分为３组,即刺苋组（ｓｅｃｇ     

Sequence Analysis of the ITS Region of Nuclear Ribosomal DNA (nrDNA) in Chinese Amaranthus and Its Systematic Utility

The sequences of the ITS region (including ITS-1, 5.8S rDNA and ITS-2) of nuclear ribosomal DNA from 15 species of the genus Amaranthus L. and outgroup Celosia cristata L. were determined. The result shows that the size of the ITS region of Amaranthus is from 629 to 632 bp, and the length variation is only found in ITS-1 (250-253 bp). On the basis of phylogenetic analysis of nucleotide sequences, the Amaranthus species in China may be devided into three sections, viz., sect. Spinosus, sect. Amaranthus and sect. Paucestamen; the cultivated species, viz., Amaranthus paniculatus L., A. cruentus L., A. caudatus L. and A. hypochondriacus L. can be treated as the subsp. of A. hybridus L.; A. taishanensis F.Z.Li and A. tenuifolius Willd are both closely related to species in the sect. Paucestamen. The study also indicated that the number of stamens has more phylogenetic information than other characters, such as the number of sepals and dehiscence/indehiscence of fruits in Amaranthus.     

A comparative analysis of characteristic floral scent compounds in Prunus mume and related species

In order to investigate the difference in their characteristic floral scents between Prunus mume Siebold & Zucc. and the related Prunus species, their headspace volatiles and endogenous extraction were analyzed by gas chromatography–mass spectrometry. The efficiency of substrate utilization of the flowers was studied by incubating them with different alcohol substrates. Our results indicated that benzyl acetate is a dominant compound influencing the characteristic floral scent of P. mume. An alcohol substrate concentration of 4?mmol?L^?1 and a reaction time of 2?h were constituted the reaction condition for catalysis of exogenous alcohol substrates by the flowers. Under these conditions, Prunus sibirica exhibited the highest utilization efficiency for benzyl alcohol substrate while the utilization efficiency of Prunus persica was the lowest. Comparative analysis of several alcohol substrates indicated that the flowers of the tested species had selective specificity for benzyl alcohol substrates.