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活细胞依赖其众多的转录调控模块来实现复杂的生物功能,识别转录调控模块对深入理解细胞的功能及其转录机制有着重要的意义。本文结合酵母基因表达数据和ChIP-chip数据,提出了一种转录调控模块识别算法。该算法通过采用不同的P值阈值分别得到了核心集和粗糙集,然后对核心集和粗糙集进行判别,最后对基因进行扩展之后得到基因转录调控模块。将该算法运用到两个酵母基因表达数据中,得到了一些具有显著生物学意义的基因转录调控模块。与其它算法相比,该算法不仅可以识别含有较多基因的转录调控模块,而且可以识别一些其它算法不能识别的基因转录调控模块。识别得到的基因转录调控模块有着不同的生物学功能,并且有助于进一步理解酵母的转录调控机制。 相似文献
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在生命体内,基因以及其它分子间相互作用形成复杂调控网络,生命过程都是以调控网络的形式存在,如从代谢通路网络到转录调控网络,从信号转导网络到蛋白质相互作用网络等等。因此,网络现象是生命现象的复杂本质和主要特征。本文系统地介绍了基于表达谱数据构建基因调控网络的布尔网络模型,线性模型,微分方程模型和贝叶斯网络模型,并对各种网络构建模型进行了深入的分析和总结。同时,文章从基因组序列信息、蛋白质相互作用信息和生物医学文献信息等方面讨论了基因调控网络方面构建的研究,这对从系统生物学水平揭示生命复杂机制具有重要的参考价值。 相似文献
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为了对肝癌(hepatocellularcarcinoma,HCC)的分子发病机理进行研究,首先对肝癌基因表达谱数据用t-检验算法进行了分析,找到了肝癌中特异性表达基因(characteristicgenes).然后把这些基因结合已知的肝HNF家族转录因子染色质免疫共沉淀结合DNA启动子芯片(ChIP-chip)实验数据用SAEM算法进行分析,得到了肝癌特异性表达基因的转录调控关系,并寻找到了多个HNF家族转录因子调控单基因的转录调控模式.结果表明HNF家族转录因子对大量具有重要功能的肝癌特异性表达基因进行了转录调控,并且多个HNF家族转录因子调控单基因可以形成前馈环和多输入调控等模式. 相似文献
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基因调控网络的重构是功能基因组中最具挑战性的课题之一. 针对基因间转录调控的时间延迟性, 提出了一种寻找时间延迟调控关系的方法: 多点延迟调控网络算法, 简称TdGRN (time-delayed gene regulatory networking). 该方法根据时间序列基因表达谱数据, 构建时间延迟基因表达矩阵, 利用有监督决策树分类器方法和随机重排技术挖掘基因之间的时间延迟调控关系, 从而构建时间延迟的基因调控网络. 该方法是一种不依赖模型的基因网络重建方法, 相对于目前采用的基于模型的网络重建方法有显著优势, 可直接利用连续的基因表达谱数据发现延迟任一时间单位差的基因表达调控关系, 并避免了目前一些研究方法中需要人为设定基因的最大调控子数目(k)的问题. 将该方法应用于酿酒酵母细胞周期的基因表达谱数据, 并构建时间延迟的基因调控网络, 结果发现多数时间延迟调控关系获得了已有知识的支持. 相似文献
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在遗传学家、分子生物学家与胚胎学家携起手来,共同研究发育生物学的基本问题后,人们对于发育的遗传控制的认识有了长足的进步。80年代在果蝇(Drosophila melanogaster)中取得的一系列进展,如控制前后体节形成的一套完整基因系统的发现,同源异形突变(如双胸突变)基因的克隆,同源盒基因被证实在从线虫到人类的发育控制中均起重要作用,等等,使人们对于发育过程的基因控制有了这样的认识轮廓:每一种具体的发育过程主要 相似文献
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清道夫受体A基因的表达和调控研究进展 总被引:1,自引:0,他引:1
万腊香 《国外医学:分子生物学分册》1999,21(5):276-280
A类清道夫受体(SR-A)的表达具有巨噬细胞特异性,这与SR-A启动子上的PU.1/Spi-1识别位点有关,SR-A具有广泛的配体结合活性,在机体的防御,细胞粘附及信息转导等过程中起重要作用,对修饰脂蛋白的介导,内吞可能是动脉粥样硬化斑块形成的重要原因。 相似文献
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csrA基因产物是大肠杆菌芳香族氨基酸生物合成途径中碳中心代谢有关的一种全局性调控蛋白质。采用Red敲除系统介导的同源重组的方法定位缺失大肠杆菌染色体csrA基因,经PCR、DNA测序等多种方法证实了基因重组缺失的可靠性。csrA基因缺失后,缺失菌株较对照菌株,糖酸转化率有所提高,发酵生产苯丙氨酸的能力也得到一定的提高,产酸提高约13%。 相似文献
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Smad3基因剔除小鼠的繁殖与基因型鉴定 总被引:4,自引:1,他引:4
目的为进一步深入研究Smad3基因在脊椎动物发育中的重要作用,对Smad3基因剔除小鼠进行保种和繁育研究.方法采用基因剔除杂合子小鼠进行保种,通过PCR和Southern杂交对杂合子小鼠交配所产生的后代进行基因型鉴定,纯合子小鼠和野生型小鼠用于表型分析,杂合子小鼠用于留种和繁殖生产.结果采用PCR方法对278只子代小鼠进行了基因型鉴定,83只为野生型,133只为杂合子,62只为纯合子.结论Smad3基因剔除突变能稳定遗传.采用杂合子小鼠保种,子代小鼠三种基因型比例符合孟德尔遗传定律. 相似文献
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The fatty acids are shown to be critical in the maintenance of the water permeability barrier that is ascribed to the lipids in the intracellular milieu of the cornified cell layer in the epidermis. In view of this importance in the skin, we examined the phenotype of epidermal fatty acid binding protein (E-FABP)-deficient mice. In spite of total lack of E-FABP expression in the various tissues of E-FABP deficient mice, these animals appeared normal in gross and histological examination. In Northern blot analysis for other FABPs, the gene expression of heart (H-)-type FABP is specifically elevated in the liver of neonatal heterozygous and homozygous mice, suggesting the functional compensation of H-FABP for E-FABP deficiency during their development. In functional analyses of the skin, the basal transepidermal water loss (TEWL) of the adult homozygous mice showed lower levels compared with the wild-type mice, and the impairment of recovery in TEWL was observed in the homozygous mice when the lipid barrier of the skin was disrupted by acetone. These results demonstrate that E-FABP is responsible for the water permeability barrier of the skin, although the molecular mechanism remains to be further elucidated. 相似文献
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Serge Hardy Vincent Legagneux Yann Audic Luc Paillard 《Biology of the cell / under the auspices of the European Cell Biology Organization》2010,102(10):561-580
Reverse genetics consists in the modification of the activity of a target gene to analyse the phenotypic consequences. Four main approaches are used towards this goal and will be explained in this review. Two of them are centred on genome alterations. Mutations produced by random chemical or insertional mutagenesis can be screened to recover only mutants in a specific gene of interest. Alternatively, these alterations may be specifically targeted on a gene of interest by HR (homologous recombination). The other two approaches are centred on mRNA. RNA interference is a powerful method to reduce the level of gene products, while MO (morpholino) antisense oligonucleotides alter mRNA metabolism or translation. Some model species, such as Drosophila, are amenable to most of these approaches, whereas other model species are restricted to one of them. For example, in mice and yeasts, gene targeting by HR is prevalent, whereas in Xenopus and zebrafish MO oligonucleotides are mainly used. Genome‐wide collections of mutants or inactivated models obtained in several species by these approaches have been made and will help decipher gene functions in the post‐genomic era. 相似文献